Debian Science Numerical Computation packages

Aktuelt læser ADMesh alene STL-filformatet, som anvendes til hurtig fremstilling af applikationsprototyper, selv om det kan skrive STL-, VRML-, OFF- og DXF-filer. Nogle egenskaber for admesh er: Fyld huller i gitteret ved at tilføje facetter. Reparer facetter ved at forbinde til nærtliggende facetter. Reparer normale retninger (dvs. facetter skal være mod uret). Fjern fejlgenererede facetter (dvs. facetter lig med 2 eller flere hjørnepunkter).

Algotutor er et interaktivt program for observering af de mellemliggende trin i algoritmer (»algoritmeanimation«). Målgruppen er studenter indenfor computervidenskab og/eller alle som studier algoritmer og/eller datastrukturer. Man kan oprette datafiler i klarttekstformat (i Perl-anonyme hash'er, men den detalje skal man ikke tænke over) og lade algotutor kører igennem nogle foruddefinerede algoritmer. Man kan så gå frem og tilbage igennem kørselssekvensen for algoritmen på forskellige detaljeniveauer.

Calculix er et frit finitte elementanalyseprogram, udviklet i åben kildekode, som bruger et lignende inddataformat som Abaqus. Det har en implicit og eksplicit løser og en for- og efterbrænder (CGX). Denne pakke indeholder løseren CalculiX CrunchiX (cxx).

Calculix GraphiX (cgx) er en 3-dimensionel for- og efterbrænder for finitte elementer. CalculiX CrunchiX Finite Element Models kan bygges, beregnes og efterbehandles. For- og efterbrænderen er et interaktivt 3D-værktøj, der bruger openGL API'en.

Udover Calculix CrunchiX-resultatfiler (frd) kan resultater fra OpenFoam, Duns (2D og 3D), Isaac (2D og 3D) og Nastran (f06) læses. For forbrænderens Netgen-standardformat kan STEP og STL importeres.

Cbc (Coin-or branch and cut) er en blandet heltals programmeringsløser udviklet i åben kildekode og skrevet i C++. Den kan bruges som et bibliotek, der kan kaldes eller som en uafhængig kørbar fil.

Denne pakke indeholder kørbare filer for cbc.

Clp (Coin-or lineær programmering) er en lineær programmeringsløser udviklet i åben kildekode og skrevet i C++. Den er primært lavet for at blive brugt som et kaldbart bibliotek, men en grundlæggende, uafhængig version er også tilgængelig. Den er designet til at finde løsninger indenfor begrænsede lineære matematiske optimeringsproblemer.

SYMPHONY er en generisk blandet-heltals lineær programløser (MILP). Udviklet i åben kildekode som et kaldbart bibliotek og med en udvidelig ramme for implementering af tilpassede løsere. SYMPHONY har et antal avancerede funktioner, inklusiv evnen til at løse fler-objektive MILP'er, evnen til at forvarme sine løsningsprocedure og evnen til at udføre grundlæggende følsomhedsanalyser.

SYMPHONY er en del af det større COIN-OR-initiativ (Computational Infrastructure for Operations Research).

Denne pakke indeholder symphony's kørbare fil.

ESyS-Particle er et program, udviklet i åben kildekode, til partikelbaseret numerisk modellering. Programmet implementerer Discrete Element Method (DEM), en almindeligt anvendt teknik til modellering af processer, der involverer store deformationer, kornet forløb og/eller fragmentering. ESyS-Particle er designet til udførelse på parallelle supercomputere, klynger eller pc'er med flere kerner, der kører et Linux-baseret operativsystem. C++-simulationsmotoren implementerer en rumlig domænenedbrydning via Message Passing Interface (MPI). En Pythonomslags-API giver fleksibilitet i udformningen af ​​numeriske modeller, specifikation af modelleringsparametre og kontaktlogik samt analyse af simulationsdata. ESyS-Particle har været anvendt til at simulere jordskælv kimdannelse, findeling i »shear-celler«, siloforløb, stenfragmentering og »fault gouge«-evolution, for blot at nævne nogle anvendelsesområder.

FreeMat er et frit miljø for hurtig ingeniørmæssig og videnskabelig prototype- og databehandling. Programmet ligner kommercielle systemer såsom MATLAB fra Mathworks og IDL fra Research Systems, men er udarbejdet i åben kildekode. FreeMat er tilgængelig under GPL-licensen.

GNU Data Language (DGL) er en fri IDL-kompatibel (Interactive Data Language) trinvis kompiler. Den har fuld syntakskompatibilitet med IDL 7.1. IDL er et registreret varemærke for ITT Visual Information Solutions. Fra IDL 8.0 er de følgende sprogelementer understøttet:

• FOREACH-loop
• negative tabelindekser
• affaldssamlingspegere og objekter
• kald-metoder på et objekt via ».« (f.eks. »object.aMemberProcedure,arg1«)

Filinddatasystemet er fuldt implementeret. GUI-understøttelse (kontroller) er officielt tilbudt, men ikke helt færdig endnu.

Denne pakke indeholder hovedbrugerfladen for kommandolinjen og fortolkeren.

Pyzo er en Python IDE for flere platforme fokuseret på interaktivitet og introspektion, som gør den meget egnet for videnskabelig beregning. Dens praktiske design er rettet mod enkelhed og effektivitet.

Den består af to hovedkomponenter, redigeringsprogrammet og skallen, og bruger et sæt af værktøjer, der kan tilkobles, for at hjælpe programmøren på forskellig måde. Nogle eksempler er kildestruktur, projekthåndtering, interaktiv hjælp, arbejdsrum ...

Pyzo er skrevet i (ren) Python 3 og bruger Qt GUI-værktøjssættet. Binære filer tilbydes for alle væsentlige operativsystemer. Efter installation af Pyzo kan det bruges til at køre kode på enhver Pythonversion tilgængelig på dit system (Python 2.4 - 3.x, inklusiv Pypy).

Dette er en tom overgangspakke, der aktiverer opgraderingen fra IEP til Pyzo. Den kan fjernes igen.

IPython kan bruges som en erstatning for standardskallen for Python, eller den kan bruges som et fuldstændig arbejdsmiljø for videnskabelig beregning (såsom Matlab eller Mathematica) når parret med de videnskabelige og numeriske standardværktøjer for Python. Pakken understøtter dynamiske objektintrospektioner, nummererede input/output prompter, et makrosystem, sessionslogning, gendannelse af session, fuldstændig skaladgang for systemet, uddybende og farvelagte sporingsrapporter, automatiske parenteser, automatisk citation og er indlejret i andre Pythonprogrammer.

Denne pakke indeholder den faktiske terminalskal for Python 3.

Julia er et højtydende dynamisk programmeringssprog på højt niveau for teknisk beregning, med syntaks som er kendt af brugere fra andre tekniske beregningsmiljøer. Det tilbyder en sofistikeret kompiler, distribueret parallel kørsel, numerisk præcision, og et omfattende matematisk funktionsbibliotek. Biblioteket, hovedsagelig skrevet i selve Julia, integrerer også de modne samt bedste C- og Fortranbiblioteker for lineær algebra, vilkårlig taloprettelse, FFT'er og strengbehandling. Juliaprogrammer er organiseret omkring definering af funktioner og overbelastning af dem for forskellige kombinationer af parametertyper (som også kan være brugerdefineret).

Denne pakke tilbyder en fuldstændig Juliainstallation (JIT-kompiler, standardbibliotek, tekstbaseret brugergrænseflade).

LAMMPS er en klassisk molekylær dynamisk kode, og et akronym for Large-scale Atomic/Molecular Massively Parallel Simulator.

LAMMPS har potentiale for bløde materialer (biomolekyler, polymerer) og faste materialer (metaller, semikonduktører) og grovkornede eller mesoskopiske systemer. Programmet kan bruges til at opbygge atomer eller, mere generisk, som en parallel partikelsimulator på skalaerne atomar, meso eller kontinuum.

LAMMpS kører på enkelte processorer eller parallelt via teknikker for beskedfortolkning og en delvis-dekomponering af simuleringsdomænet. Koden er designet til at være nemt at ændre eller udvide med ny funktionalitet.

ADOLC-systemet beregner automatisk præcise derivater for en C/C++- funktion. Systemet bruger C++-overbelastning til at registrere aritmetiske operationer, som det afspiller senere på forskellige måder for at beregne de ønskede værdier.

Denne pakke indeholder udviklingsbiblioteket, teksthovedfiler og brugermanualen.

Ceres Solver er et C++-bibliotek, udviklet i åben kildekode, for modellering og løsning af store og komplicerede optimeringsproblemer. Det er et modent og ydende bibliotek med mange funktioner, som er blevet brugt i produktionen hos Google siden 2010.

Ceres Solver kan løse to slags problemer.

• Ikkelineær »Least Squares«-problemer med begrænsninger
• Generelle ubegrænsede optimeringsproblemer

Denne pakke indeholder udviklingshovedfilerne.

Dette bibliotek tilbyder en implementering for Basic Linear Algebra Subprograms niveau 1, 2 og 3, der bruger OpenCL og er optimeret for AMD GPU-udstyr.

Denne pakke tilbyder udviklingsfilerne.

Biblioteket clFFT er en OpenCL-biblioteksimplementering af diskret Fast Fourier Transforms, som:

• Tilbyder en hurtig og præcis platform for beregning af diskrete FFT'er.
• Arbejder på CPU- og GPU-motorer.
• Understøtter på stedet og uden for stedet transformeringer.
• Understøtter 1D-, 2D- og 3D-transformeringer med en jobstørrelse som kan være større end 1.
• Understøtter planar (reelle og komplekse komponenter i separate tabeller) og blandede (reelle og komplekse komponenter som et par sammenhængende i hukommelse) formater.
• Understøtter dimensionslængder som kan være en blanding af opløftet til 2, 3 og 5.
• Understøtter enkel og dobbelt præcisions flydende heltalsformater.

Denne pakke tilbyder udviklingsfilerne.

ColPack is a package comprising of implementation of algorithms for specialized vertex coloring problems that arise in sparse derivative computation. It is written in an object-oriented fashion heavily using the Standard Template Library (STL). It is designed to be simple, modular, extenable and efficient. Its primary application has been for use in automatic differentiation.

This package contains the development library, header files, and documentation.

DUNE, Distributed and Unified Numerics Environment er en modulopbygget værktøjskasse til at løse delvise differentialligninger (PDE'er) med gitterbaserede metoder. Den understøtter den nemme implementering af metoder såsom Finite Elements (FE), Finite Volumes (FV) og også Finite Differences (FD).

Denne pakke indeholder udviklingsfilerne for gittergrænsefladen.

Parma Polyhedra Library (PPL) er et C++-bibliotek for manipulation af (ikke nødvendigvis lukket) konvekse polyeder og andre numeriske abstraktioner. Programmerne for konvekse polyeder inkluderer programanalyse, optimeret kompilering, heltal og kombinatoriel optimering og statistisk dataredigering. Parma Polyhedra Library er brugervenlig (du skriver »x + 2y + 5z <= 7« når du skal bruge det), fuld dynamisk (tilgængelig virtuel hukommelse er den eneste begrænsning for dimensionerne på alt), skrevet i standard C++, undtagelsessikker, ret så effektiv og veldokumenteret.

Denne pakke tilbyder teksthovedfiler og statiske biblioteker for C- og C++- grænseflader.

QSopt-ex er en implementering af en simplex-baseret algoritme, som returnerer præcise rationelle løsninger, har fordel af hastigheden for flydende kommatalsberegninger og forsøger at minimere operationerne udført i rationel aritmetik.

Denne pakke indeholder teksthovedfilerne og det statiske bibliotek.

This is a library for sparse matrix computations featuring the Recursive Sparse Blocks (RSB) matrix format. This format allows cache efficient and multi-threaded (that is, shared memory parallel) operations on large sparse matrices. It provides the most common operations necessary to iterative solvers, like matrix-vector multiplication, triangular solution, rows/columns scaling, diagonal extraction / setting, blocks extraction, norm computation, formats conversion. The RSB format is especially well suited for symmetric and transposed multiplication variants.

This package contains the static libraries for development with librsb, including examples.

SLEEF stands for SIMD Library for Evaluating Elementary Functions. It implements vectorized versions of all C99 real floating point math functions. It can utilize SIMD instructions of modern processors. SLEEF is designed to fully utilize SIMD computation by reducing the use of conditional branches and scatter/gather memory access.

The library contains subroutines for all C99 real FP math functions in double precision and single precision. SLEEF also includes subroutines for discrete Fourier transform(DFT).

This package ships development files.

Suitesparse is a collection of libraries for computations involving sparse matrices. This package includes the following libraries:

AMD approximate minimum degree ordering

CAMD symmetric approximate minimum degree

BTF permutation to block triangular form (beta)

COLAMD column approximate minimum degree ordering

CCOLAMD constrained column approximate minimum degree ordering

CHOLMOD sparse Cholesky factorization

CXSparse a concise sparse matrix package

KLU sparse LU factorization, primarily for circuit simulation

LDL a simple LDL' factorization

UMFPACK sparse LU factorization

ParU unsymmetric multifrontal multithreaded sparse LU factorization

RBio read/write sparse matrices in Rutherford/Boeing format

SPQR sparse QR factorization

Mongoose graph partitioning library that can quickly compute edge cuts

SPEX solves sparse linear systems in exact arithmetic

SuiteSparse_config configuration routines for all the above packages.

This package contains the static libraries and header files.

Denne pakke indeholder alle udviklingsfiler nødvendige for at bygge programmer, der bruger SUNDIALS (SUite of Nonlinear and DIfferential/ALgebraic equation Solvers). Alle eksempler og dokumentationshenvisninger er også i denne pakke.

TooN is a C++ numerics library which is designed to operate efficiently on large numbers of small matrices, and provides easy access to a number of algorithms including matrix decompositions and optimizations.

TooN is type generic and works well with a variety of numeric types including double, float and automatic differentiation types.

It is designed to integrate very will with the libCVD computer vision library and GVars3 configuration library.

TooN is a C++ numerics library which is designed to operate efficiently on large numbers of small matrices, and provides easy access to a number of algorithms including matrix decompositions and optimizations.

TooN is type generic and works well with a variety of numeric types including double, float and automatic differentiation types.

It is designed to integrate very will with the libCVD computer vision library and GVars3 configuration library.

TaG is the TooN Algorithm Library, it contains a mixed bag of algorithms including estimation, 3D geoometry and standard library enhancements.

LIGGGHTS står for LAMMPS forbedret for generel granulering og granuleret varmeoverførselssimulationer (LAMMPS improved for general granular and granular heat transfer simulations).

LAMMPS er en simulator for klassisk molekylær dynamik. Den er udbredt indenfor molekylær dynamik. Takket være fysiske analogier og algoritmeanalogier er LAMMPS en særdeles god platform til DEM-simulationer. LAMMPS tilbyder en GRANULAR-pakke til at udføre denne slags simulationer. LIGGGHTS forsøger at forbedre denne evne med det mål at pakken kan bruges i industrielle programmer. Udviklingsversion.

METIS er et sæt af serielle programmer for partitionering af grafer, partitionering af finitte elementmesher og fremstilling af fyldte reducerende ordninger for tynde matricer. Algoritmerne implementeret i METIS er baseret på flere niveauer af rekursiv-bisektion, flere niveauer af k-way og flere begrænsninger for partitioneringsskemaer. Pakken indeholder nogle binære filer for grafanalyse.

Octave er et (for det meste Matlab®-kompatibelt) sprog på højt niveau, primært beregnet til numeriske beregninger. Programmet tilbyder en nem brugerflade fra kommandolinjen til løsning af lineære og ikkelineære problemer numerisk.

Octave kan udvides dynamisk med filer i C++ som leveres af brugeren.

PDL giver standard-Perl mulighed for at COMPACTLY lagre og SPEEDILY manipulere de store N-dimensionelle dataarrayer, som er smørret og brødet indenfor videnskabelig beregning. Ideen er at omdanne Perl til et frit, array-orienteret, numerisk sprog på samme måde som kommercielle pakker såsom IDL og MatLab. Man kan skrive simple Perludtryk for at manipulere hele numeriske arrayer på en gang. For eksempel kan Perlvariablen $a, der bruger PDL, indeholde et 1024x1024 flydende heltals billede, det kræver kun 4 Mb hukommelse at lagre det og udtryk såsom $a=sqrt($a)+2 vil manipulere hele billedet på få sekunder.

En simpel interaktiv skal (perldl) tilbydes for kommandolinjen sammen med et modul (PDL) for brug i Perlskripter.

Psurface er et C++-bibliotek, der håndterer stykvise lineære bijektioner mellem triangulerede overflader. Disse overflader kan være af arbitrær form og behøver ikke engang være manifold'er.

Denne pakke indeholder flere redskaber for arbejdet med psurface.

Bitstring er et rent Pythonmodul designet til at hjælpe med at gøre oprettelsen og analyse af binære data så simpel og naturligt som muligt.

Bitstrenge kan konstrueres fra heltal (big og little endian), hex, oktal, binær, strenge eller filer. De kan opdeles, lægges sammen, vendes om, indsættes i, overskrives etc. med simple funktioner eller slice-notation. De kan også læses fra, søges i og erstattes fra, og navigeres i, svarende til en fil eller strøm.

Denne pakke tilbyder Python 3-versionen af modulet.

CSA-biblioteket tilbyder elementære forbindelsessæt og operatører til at kombinere dem. Tilbyder også en gennemløbsgrænseflade til sådanne forbindelsessæt, der aktiverer effektiv gennemløb over eksisterende forbindelser med et lille hukommelsesaftryk også for meget store netværk. CSA'en kan bruges som en komponent af neuronale netværkssimulatorer eller andre værktøjer.

DEAP er en ny evolutionær beregningsramme for hurtig prototyping og afprøvning af ideer. Den søger at gøre algoritmer eksplicitte og datastrukturer gennemsigtige. Den fungerer i perfekt harmoni med paralleliseringmekanismer, som f.eks multiprocessing og SCOOP.

Denne pakke indeholder modulerne for Python 3.

Escript er et programmeringsværktøj til at implementere matematiske modeller i Python via den finitte element metode (FEM). DA brugere ikke tilgår datastrukturerne er det meget nemt at bruge og skripter kan køre på skrivebordscomputere samt store parallelle supercomputere uden ændringer. Programområder for escript inkluderer jordmantelkonvektion, geofysisk inversion, jordskælv, porøse væskeløb, reaktiv transport, pladesubduktion, erosion og tsunamier.

Skripter kan køres parallelt (på varierende antal tråde eller knuder) uden nogen specielle ændringer.

Escript inkluderer nu modulet esys.downunder for 3D-inversion af geofysiske datasæt. Den nuværende version understøtter tyngdekraft, magnetisk og fælles inversion.

Denne pakke indeholder kommandoerne og bibliotekerne for Python 3 med understøttelse for OpenMP-tråde og MPI-multiproces.

Escript er et programmeringsværktøj til at implementere matematiske modeller i Python via den finitte element metode (FEM). DA brugere ikke tilgår datastrukturerne er det meget nemt at bruge og skripter kan køre på skrivebordscomputere samt store parallelle supercomputere uden ændringer. Programområder for escript inkluderer jordmantelkonvektion, geofysisk inversion, jordskælv, porøse væskeløb, reaktiv transport, pladesubduktion, erosion og tsunamier.

Skripter kan køres parallelt (på varierende antal tråde eller knuder) uden nogen specielle ændringer.

Escript inkluderer nu modulet esys.downunder for 3D-inversion af geofysiske datasæt. Den nuværende version understøtter tyngdekraft, magnetisk og fælles inversion.

Denne pakke indeholder kommandoerne og bibliotekerne for Python 3 med både OpenMP-tråde og understøttelse af MPI-flerproces.

Pythonbiblioteket guiqwt tilbyder effektiv 2D-dataplotfunktioner (kurve/billedvisualisering og relaterede værktøjer) for signal- og billedbehandlingsprogramudvikling og interaktiv beregning. Det er baseret på de videnskabelige moduler NumPy og SciPy og PyQwt-plotkontrollerne for de PyQt4-grafiske brugerflader.

Dette er Python 3-versionen af pakken.

Pakken lmfit tilbyder en simpel, fleksibel grænseflade til ikkelineær optimering af kurvetilpasningsproblemer. Pakken udvider optimeringsfunktionerne i scipy.optimize ved at erstatte flydende kommatalsværdier for variablerne til optimering med parameterobjekterne. Disse parametre kan være faste eller varierende, have øvre og/eller lavere grænser placeret på deres værdi, eller skrevet som et algebraisk udtryk for andre parametre.

The principal advantage of using Parameters instead of simple variables is that the objective function does not have to be rewritten to reflect every change of what is varied in the fit, or what relationships or constraints are placed on the Parameters. This means a scientific programmer can write a general model that encapsulates the phenomenon to be optimized, and then allow user of that model to change what is varied and fixed, what range of values is acceptable for Parameters, and what constraints are placed on the model. The ease with which the model can be changed also allows one to easily test the significance of certain Parameters in a fitting model.

The lmfit package allows a choice of several optimization methods available from scipy.optimize. The default, and by far best tested optimization method used is the Levenberg-Marquardt algorithm from MINPACK-1 as implemented in scipy.optimize.leastsq. This method is by far the most tested and best support method in lmfit, and much of this document assumes this algorithm is used unless explicitly stated. An important point for many scientific analysis is that this is only method that automatically estimates uncertainties and correlations between fitted variables from the covariance matrix calculated during the fit.

A few other optimization routines are also supported, including Nelder-Mead simplex downhill, Powell's method, COBYLA, Sequential Least Squares methods as implemented in scipy.optimize.fmin, and several others from scipy.optimize. In their native form, some of these methods setting allow upper or lower bounds on parameter variables, or adding constraints on fitted variables. By using Parameter objects, lmfit allows bounds and constraints for all of these methods, and makes it easy to swap between methods without hanging the objective function or set of Parameters.

Finally, because the approach derived from MINPACK-1 usin the covariance matrix to determine uncertainties is sometimes questioned (and sometimes rightly so), lmfit supports methods to do a brute force search of the confidence intervals and correlations for sets of parameters.

Dette er Python 3-versionen af pakken.

Matplotlib er et rent Python-plotbibliotek designet til plot i udgivelseskvalitet for Python, med en syntaks der er kendt af Matlab- brugere. Alle plotkommandoerne i pylab-grænsefladen kan tilgås enten via en funktionel grænseflade kendt af Matlab-brugere eller en objektorienteret grænseflade der er kendt af Pythonbrugere.

Numpy indeholder et kraftfuldt n-dimensionelt tabelobjekt, sofistikerede (udsendelser) funktioner, værktøjer til integrering af kode i C/C++ og Fortran og brugbare lineære algebra, Fourieromdannelse og vilkårlige talfunktioner.

Denne pakke installerer Numpy for Python 3.

En Pythongrænseflade til C++ Parma Polyhedra Library (PPL), der tillader beregninger med polyeder og gitter, som blandet heltals lineær programmering.

Denne pakke installerer biblioteket for Python 3.

It is implemented in Python and the performance critical parts are implemented in Cython.

PySPH is implemented in a way that allows a user to specify the entire SPH simulation in pure Python. High-performance code is generated from this high-level Python code, compiled on the fly and executed. PySPH also features optional automatic parallelization using mpi4py and Zoltan.

PySwarms is an extensible research toolkit for particle swarm optimization (PSO) in Python.

It is intended for swarm intelligence researchers, practitioners, and students who prefer a high-level declarative interface for implementing PSO in their problems. PySwarms enables basic optimization with PSO and interaction with swarm optimizations.

Features:

• High-level module for Particle Swarm Optimization
• Built-in objective functions to test optimization algorithms
• Plotting environment for cost histories and particle movement
• Hyperparameter search tools to optimize swarm behaviour

This package contains the Python 3.x version of PySwarms.

Implementerer bånd-begrænset sinc-interpolationsmetode for samplingens konverteringshastighed.

rioxarray is an extension to the xarray package that

• supports multidimensional datasets such as netCDF
• stores the CRS as a WKT, which is the recommended format
• loads in the CRS, transform, and nodata metadata in standard CF & GDAL locations
• supports masking and scaling data with the masked and mask_and_scale kwargs
• adds the coordinate axis CF metadata
• loads in raster metadata into the attributes

This package provides the Python 3 library

SciPy er et supplement til det populære NumPy-modul (pakken python-numpy), der samler en række af videnskabelige og ingeniørmæssige moduler på højt niveau i en pakke.

SciPy er et sæt af åben kildekode videnskabelige og numeriske værktøjer for Python. Den understøtter aktuelt specielle funktioner, integration, ordinære løsere af differentialligninger (ODE), gradoptimering, genetiske algoritmer, parallelle programmeringsværktøjer, en udtryk-til-C++ kompiler for hurtig udførelse og andre.

SfePy er et program til at løse systemer med »coupled partial differential equations« (PDE'er) ved den finitte elementmetode i 1D, 2D og 3D. Den kan ses som både en sortboks PDE-løser og som en Pythonpakke, der kan bruges til at bygge egne programmer. Ordet »simpel« betyder, at de komplekse FEM-problemer kan kodes meget hurtigt og nemt.

Denne pakke implementerer rumlige flerdimensionelle tabeller oven på NumPy og scipy.sparse. Pakken generaliserer scipy.sparse.coo_matrix-layouttet, men udvider udover bare rækker og kolonner til et arbitrært antal dimensioner. Den oprindelige motivation er til maskinlæringsalgoritmer, men er lavet for mere generel brug.

Dæmonen understøtter:

• NumPy ufuncs (hvor nuller bevares)
• Aritmetik med skalering (hvor nuller bevares)
• Reduktioner (sum, maks)
• Ændr størrelse
• Omdan
• Tensordot
• Opdeling med heltal, lister og dele (uden nogen trinværdi)
• Afkortelse og stabling
• Tilføjelse med andre rumlige tabeller med samme form

Denne pakke tilbyder modulerne for Python 3.

PyTables er en pakke til at håndtere hierarkiske datasæt og designet til effektivt at håndtere ekstremt store mængder af data.

Er bygget oven på HDF5-biblioteket og NumPy-pakken. Den indeholder en objektorienteret grænseflade som, kombineret med C-udvidelser for de ydelseskritiske dele af koden (oprettet via Cython), gør den til et hurtigt, men stadig ekstremt nemt værktøj for interaktivt at gemme og hente meget store mængder af data. En vigtig funktion i PyTables er at programmet optimerer hukommelses- og diskressourcer, så de optager meget mindre plads (mellem en faktor 3 til 5), og mere hvis dataene kan komprimeres) end andre løsninger, som for eksempel, relationelle eller objektorienterede databaser.

• Compound-typer (poster) kan bruges helt fra Python (dvs. det er ikke nødvendigt at bruge C for at udnytte dem)
• Tabellerne kan både øges og komprimeres
• I/O er mellemlagret, så du kan få meget hurtig I/O, specielt med store tabeller
• Meget nemt at vælge data via brugen at iteratorer over rækker i tabeller. Udvidet opdeling er også understøttet.
• Pakken understøtter det fuldstændige sæt af NumPy-objekter

Theano er et Pythonbibliotek, som giver mulighed for at definere og evaluere matematiske udtryk, der involverer flerdimensionale tabeller effektivt. Det tilbyder et Numpy-lignende udtrykssprog på højt niveau for funktionel beskrivelse af beregning, arrangerer om på udtryk for hastighed og stabilitet og opretter maskininstruktioner for hurtig beregning. Valgfrit så kan accelererede beregninger udføret på grafikkortprocessorer.

Denne pakke indeholder Theano for Python 3.

Xarray (tidligere xray) er et projekt i åben kildekode og en Pythonpakke, der forsøger at hente etiketdatakraften fra pandas til de fysiske videnskaber, ved at tilbyder N-dimensionelle varianter af pandas grundlæggende datastrukturer.

Pakken tilbyder en pandas-lignende og pandas-kompatibel værktøjssæt for analyser på flerdimensionelle tabeller, frem for den tabelfrom hvormed pandas brillerer.

Denne pakke tilbyder Python 3-biblioteket.

Pyzo er en Python IDE for flere platforme fokuseret på interaktivitet og introspektion, som gør den meget egnet for videnskabelig beregning. Dens praktiske design er rettet mod enkelhed og effektivitet.

Den består af to hovedkomponenter, redigeringsprogrammet og skallen, og bruger et sæt af værktøjer, der kan tilkobles, for at hjælpe programmøren på forskellig måde. Nogle eksempler er kildestruktur, projekthåndtering, interaktiv hjælp, arbejdsrum ...

Pyzo er skrevet i (ren) Python 3 og bruger Qt GUI-værktøjssættet. Binære filer tilbydes for alle væsentlige operativsystemer. Efter installation af Pyzo kan det bruges til at køre kode på enhver Pythonversion tilgængelig på dit system (Python 2.4 - 3.x, inklusiv Pypy).

Denne pakke tilbyder Pyzo-IDE'en.

QSopt-ex er en implementering af en simplex-baseret algoritme, som returnerer præcise rationelle løsninger, har fordel af hastigheden for flydende kommatalsberegninger og forsøger at minimere operationerne udført i rationel aritmetik.

Denne pakke indeholder redskaberne for kommandolinjen.

R er et system til statistisk beregning og grafik. Det består af et sprog plus et afviklingsmiljø med grafik, et aflusningsredskab, adgang til særlige systemfunktioner, samt evnen til at køre programmer som er gemt som skriptfiler.

Designet af R er tungt påvirket af to eksisterende sprog: Becker, Chambers & Wilks' S og Sussman's Scheme. Hvor sprogudformningen i sin fremtræden i høj grad ligner S, så er den underliggende implementering og semantik afledt fra Scheme.

Kernen i R er et fortolket programmeringssprog som tillader forgrening og løkker, så vel som modulær programmering med brug af funktioner. De fleste funktioner som er synlige for brugeren i R er skrevet i R. Det er muligt for brugeren at tilgå procedurer skrevet i C, C++ eller FORTRAN sprogene for effektivitet, og mange af R's kernefunktioner gør dette. Distributionen R indeholder funktionalitet til et stort antal statistiske procedurer og underliggende anvendte matematiske beregninger. Der er også et stort sæt af funktioner, der tilbyder et grafisk miljø til oprettelse af adskillige slags datarepræsentationer.

Derudover er flere tusinde udvidelsespakker tilgængelige fra CRAN (Comprehensive R Archive Network), mange også som Debianpakker, der er navngivet »r-cran-«.

Disse pakker er en metapakke, som letter overgangen fra pre-1.5.0-pakkestrukturen med dennes store r-base-pakke. Så snart den er installeret, kan den uden videre fjernes og apt-get vil automatisk opgradere dens komponenter under fremtidige opgraderinger. Denne pakke gør det muligt for brugerne kun at installere r-base-core, hvis de ønsker det.

Denne R-pakke løser et system med ikkelineære ligninger via en Broyden- eller en Newton-metode med et valg af globale strategier såsom linjesøgning og trust-region. Der er indstillinger for brug af en numerisk eller brugerangivet Jacobian, for angivelse af en banded numerisk Jacobian og for en singular eller ill-conditioned Jacobian.

Scilab er en matricebaseret videnskabelig softwarepakke. Scilab indeholder hundreder af indbyggede matematiske funktioner, rige datastrukturer (inklusive polynomier, rationelle lineære systemer, lister etc...) og der medfølger et antal videnskabelige værktøjsbokse for kontrol, signalprocessering...

Denne pakke tilbyder også Xcos, et grafisk redigeringsprogram til at designe hybride dynamiske systemmodeller. Modeller kan designes, indlæses, gemmes, kompileres og simuleres. Stabil og effektiv løsning for industribehov og akademiske behov, Xcos tilbyder funktionaliteter for modellering af mekaniske systemer (bilproduktion, flyproduktion...), hydrauliske kredsløb (dæmning, datakanalmodeller...), kontrolsystemer etc. Mulighed for Modelica tilbydes også.

Installer pakken »scilab-cli« for en minimal version af scilab.

SDPB er en arbitrær-præcision, paralleliseret semidefinite programløser, designet for conformal bootstrap. SDPB overgår signifikant mindre specialiserede løsere og skal muliggøre mange nye beregninger.

For yderligere information, se »A Semidefinite Program Solver for the Conformal Bootstrap« på http://arxiv.org/abs/1502.02033.

Spyder er et funktionsrigt interaktivt udviklingsmiljø for Python, der tilbyder mange funktioner og faciliteter, inklusive avancerede redigeringsfaciliteter (inklusive værktøjsfif og fuldførelsesfaciliteter), fremhævelse af problemstillinger, interaktive test, fejlsøgning og introspektion, en indlejret konsol (IPython) der understøtter grafik og meget mere.

Denne pakke tilbyder programmet.

Det er et udvidelsesmodul tilgængelig i Debian: spyder-unittest, i pakken python3-spyder-unittest.

Toulbar2 er et præcist diskret optimeringsværktøj for grafiske modeller såsom Cost Function Networks, Markov Random Fields, Weighted Constraint Satisfaction Problems og Bayesian Nets.

ViTables er en komponent i PyTables-familien. Det er et grafisk værktøj til at gennemse og redigere filer i både PyTables- og HDF5-formaterne.

Funktionerne i ViTables inkluderer nem navigering via datahierarki, visning af reelle data og dets associerede metadata, en simpel men stadig funktionsrig måde at gennemse flerdimensionelle data og meget mere.

En af de største styrker i ViTables er dets evne til at vise meget store tabeller. Tabeller med tusind millioner rækker (og mere) navigeres igennem imponerende hurtigt og med meget små hukommelseskrav. Så hvis du på et tidspunkt skal gennemse meget store tabeller, så tøv ikke, ViTables er dit bedste valg.

Xtensor er et C++-bibliotek lavet til numerisk analyse med flerdimensionale tabeludtryk.

Dette er en tom pakke, der forestår overgangen til libxtensor-dev.

Yet Another Dynamic Engine.

Ramme, der er udviklet i åben kildekode og som kan udvides, for diskrete numeriske modeller, fokuseret på den diskret elementmetode. Beregningsdelene er skrevet i C++ med brug af en fleksibel objektmodel, der giver mulighed for uafhængig implementering af nye algoritmer og grænseflader. Python bruges for hurtig og præcis scenekonstruktion, simuleringskontrol, efterbehandling og fejlsøgning.

Denne pakke indeholder en hastighedsoptimeret bygning af yade.

Yorick er et tolket sprog til:

• videnskabelige simuleringer eller beregninger
• forbehandling eller styring af store simuleringskoder
• interaktiv videnskabelig grafik
• læsning, skrivning og oversættelse af store filer med tal

Sproget har en kompakt syntaks for mange almindelige vektoroperationer, så det håndterer store tal-vektorer meget hurtigt og effektivt. Yorick-kode ligner C-kode på overfladen, men yorick-variable bliver aldrig erklæret eksplicit og har dynamiske miljøer (scoping) svarende til mange lisp-dialekter. Yorick-sproget er lavet til at blive skrevet interaktivt på et tastatur, så vel som skrevet i filer til senere brug.

Denne pakke indeholder også et emacs-baseret udviklingsmiljø, som du kan starte ved at trykke M-x yorick i emacs.

Mange udvidelsespakker og udvidelsesmoduler er tilgængelige for Yorick (pakkenavnene begynder med »yorick-«). Du kan eventuelt installere metapakken yorick-full, som afhænger af den største del af dem.

Calculix er et frit finitte elementanalyseprogram, udviklet i åben kildekode, som bruger et lignende inddataformat som Abaqus. Det har en implicit og eksplicit løser og en for- og efterbrænder (CGX).

Denne pakke indeholder dokumentationen i html-format for CalculiX CrunchiX.

Calculix er et frit finitte elementanalyseprogram, udviklet i åben kildekode, som bruger et lignende inddataformat som Abaqus. Det har en implicit og eksplicit løser og en for- og efterbrænder (CGX).

Denne pakke indeholder eksempelfiler for Calculix CrunchiX.

Calculix GraphiX (cgx) er en 3-dimensionel for- og efterbrænder for finitte elementer. CalculiX CrunchiX Finite Element Models kan bygges, beregnes og efterbehandles. For- og efterbrænderen er et interaktivt 3D-værktøj, der bruger openGL API'en.

Udover Calculix CrunchiX-resultatfiler (frd) kan resultater fra OpenFoam, Duns (2D og 3D), Isaac (2D og 3D) og Nastran (f06) læses. For forbrænderens Netgen-standardformat kan STEP og STL importeres.

Denne pakke indeholder eksemplerne.

Ceres Solver er et C++-bibliotek, udviklet i åben kildekode, for modellering og løsning af store og komplicerede optimeringsproblemer. Det er et modent og ydende bibliotek med mange funktioner, som er blevet brugt i produktionen hos Google siden 2010.

Ceres Solver kan løse to slags problemer.

• Ikkelineær »Least Squares«-problemer med begrænsninger
• Generelle ubegrænsede optimeringsproblemer

Denne pakke indholder dokumentationen fundet på http://ceres-solver.org/ og eksemplerne, som blev inkluderet i denne udgivelse.

Coin-MP-optimeringsprogrammet er en løser, udviklet i åben kildekode, som er en del af COIN-OR-projektet, som er et initiativ der skal øge udvikling af programmer udviklet i åben kildekode for forskningsfællesskabet indenfor operation.

CoinMP er et C-API-bibliotek, som understøtter det meste af funktionalitetet i CLP (Coin LP)-, CBC (Coin Branch-and-Cut)- og CGL (Cut Generation Library)-projekter.

Denne pakke indeholder filerne krævet for at bygge programmer, der bruger libCoinMP.

Surface Evolver er et interaktivt program for modelopbygning af væskeoverflader formet af forskellige energier og begrænsninger.

Denne pakke indeholder evolver-varianter bygget med forskellige kommatalsformater (dobbelt, lang dobbelt, firdobbelt) men uden X-understøttelse.

Surface Evolver er et interaktivt program for modelopbygning af væskeoverflader formet af forskellige energier og begrænsninger.

Denne pakke tilbyder evolvervarianter bygget med forskellige kommatalsformater (dobbelt, lang dobbelt, firdobbelt) og med en OpenGL/GLUT-visning.

High Performance Computing (HPC) Challenge benchmark kører en programpakke med 7 test, som måler ydelsen for CPU, hukommelse og netværk for HPC- klynger. Blandt andet er Performance LINPACK (HPL) benchmark inkluderet, brugt af Top500 ranking (http://www.top500.org/).

Neartree is an API and a library for finding nearest neighbors among points in spaces of arbitrary dimensions. This package provides a C++ template, TNear.h, and C library and header files for compiling programs using Neartree.

The library uses the Nearest Neighbor algorithm after Kalantari and McDonald, (IEEE Transactions on Software Engineering, v. SE-9, pp. 631-634,1983) modified to use recursion instead of a double-linked tree and simplified so that it does less checking for things like is the distance to the right less than the distance to the left; it was found that these checks make little to no difference.

Et simpelt C++-bibliotek for numeriske optimeringsmetoder for ikkelineære funktioner, inklusive L-BFGS-B for TensorFlow.

This is a simple C package for adaptive multidimensional integration (cubature) of vector-valued integrands over hypercubes. Of course, it can handle scalar integrands as the special case where f is a one-dimensional vector: the dimensionalities of f and x are independent. The integrand can be evaluated for an array of points at once to enable easy parallelization.

This package contains the development files.

LBFGS++ er et C++-bibliotek kun med teksthoveder, der implementerer den hukommelsesbegrænsede BFGS-algoritme (L-BFGS) for ubegrænsede minimeringsproblemer og en ændret version af L-BFGS-B-algoritmen for boks-begrænsede algoritmer.

Psurface is a C++ library that handles piecewise linear bijections between triangulated surfaces. These surfaces can be of arbitrary shape and need not even be manifolds.

There are two main uses for psurface. When doing adaptive finite element simulations on grids with parametrized boundaries, psurface can store the parametrization. Boundary parametrizations are practically mappings from the coarse grid boundary to the actual boundary, and if that actual boundary is a triangulated surface then psurface can handle it. This is implemented, for example, in the dune-grid module of Dune.

Secondly, when doing domain decomposition methods with nonconforming interfaces, you need to relate the two interface grids to each other. Psurface can do this for you, even if your interfaces do not match geometrically. Such is the case, e.g., in contact problems. This second functionality is also available for 1d surfaces in 2d space.

The easiest way to use psurface for domain decomposition is to get the dune-grid-glue module and use it to drive psurface.

This package contains the development files.

Libquantum er et C-bibliotek for simulering af en kvantumcomputer. Baseret på principperne i kvantummekanik tilbyder det en implementering af et kvantumregister. Grundlæggende operationer for registrermanipulation såsom Hadarmad-porten eller Controlled-NOT-porten er tilgængelig via en nem brugerflade. Målinger kan udføres på enten enkelte qubits eller hele kvantumregisteret.

Funktioner:

• Simulering af arbitrære kvantumalgoritmer er mulig
• Høj ydelse og lavt hukommelsesforbrug
• Understøttelse af decoherence for realistisk kvantumberegning
• Grænseflade for quantum error correction (QEC)
• Understøttelse for tæthedsoperatørformalisme
• Implementeringer for Shors faktoreringsalgoritme og Grovers søgningsalgoritmer er inkluderet

Denne pakke indeholder teksthovedfilerne og statiske biblioteker, der er krævet for at udvikle programmer baseret på libquantum.

STochastic OPTimization library (StOpt) forsøger at tilbyde værktøjer i C++ for løsning af nogle stokastiske optimeringsproblemer mødt i finans eller i industri. Forskellige metoder er tilgængelige:

• dynamiske programmeringsmetoder baseret på Monte Carlo med regressioner (global, lokal, kerne og rumlig regressor), for underliggende tilstande der følger nogle ukontrollerede stokastiske differentialligninger
• dynamisk programmering med en repræsentation af usikkerheder med et træ: overgangsproblemer løses her af nogle diskretiseringer af kommandoerne, opløsning af LP med klip-repræsentation af Bellmann- værdierne
• Semi-Lagrangian-metoder for Hamilton Jacobi Bellman-generelle ligninger for underliggende tilstande, der følger nogle kontrollerede stokastiske differentialligninger
• Stochastic Dual Dynamic Programming-metoder til at håndtere stokastiske lagerhåndteringsmetoder i høj dimension. Usikkerheder kan angives af Monte Carlo og kan repræsenteres af en tilstand med et finitte antal værdier (træ)
• Nogle indlejringsmetoder for forgreninger til at løse meget høje dimensionelle og ikkelineære PDE'er og nogle der fremgår af HJK- problemer. Derudover tilbydes nogle metoder til at bruge Monte Carlo til at løse nogle problemer hvor den underliggende stokastiske tilstand er kontrolleret. For hver metode tilbydes en ramme for at optimere problemet og så simulere det ud fra prøven via de optimale kommandoer tidligere beregnet. Paralleliseringsmetoder baseret på OpenMP og MPI tilbydes i denne ramme hvilket gør løsning af høj dimensionelle problemer på klynger mulig. Biblioteket bør være fleksibelt nok til at blive brugt på forskellige niveauer afhængig af brugerens indsats.

Denne pakke indeholder teksthovederne og de statiske biblioteker (libstopt-mpi der gør brug af flere samtidige tråde mulig og libstopt der ikke gør).