Summary
Cognitive Neuroscience
pacchetti Debian Science per neuroscienze cognitive
Questo metapacchetto installa i pacchetti Debian che potrebbero essere
utili per gli scienziati che fanno ricerca nel campo delle neuroscienze
cognitive. Ciò comprende il completo processo di ricerca dall'esecuzione di
esperimenti psicofisici, passando per l'acquisizione e l'analisi dei dati,
alla visualizzazione e impaginazione di risultati scientifici.
Questa selezione di pacchetti è mirata all'applicazione di tecniche
d'analisi. Gli sviluppatori dei metodi si sono riferiti ai metapacchetti
science-statistics, science-imageanalysis, science-numericalcomputation,
med-imaging e med-imaging-dev per una varietà di software aggiuntivi che
possono essere utili nel contesto delle neuroscienze cognitive.
Description
For a better overview of the project's availability as a Debian package, each head row has a color code according to this scheme:
If you discover a project which looks like a good candidate for Debian Science
to you, or if you have prepared an unofficial Debian package, please do not hesitate to
send a description of that project to the Debian Science mailing list
Links to other tasks
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Debian Science Cognitive Neuroscience packages
Official Debian packages with high relevance
amide
software per immagini medicali
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Versions of package amide |
Release | Version | Architectures |
sid | 1.0.6-5 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
bookworm | 1.0.6-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bullseye | 1.0.5-15 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 1.0.5-12 | amd64,arm64,armhf,i386 |
jessie | 1.0.5-2 | amd64,armel,armhf,i386 |
trixie | 1.0.6-5 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
stretch | 1.0.5-7 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
Debtags of package amide: |
field | medicine, medicine:imaging |
role | program |
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License: DFSG free
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AMIDE: (Amide's a Medical Imaging Data Examiner).
AMIDE è uno strumento per visualizzare e analizzare insiemi di dati di
immagini medicali. Tra le sue funzionalità sono incluse: la gestione
simultanea di insiemi di dati multipli importati da diversi formati di
file, la fusione di immagini, il disegno e l'analisi di regioni 3D di
interesse, la resa dei volumi e l'allineamento di corpi rigidi.
Amide importa la maggior parte dei file DICOM clinici (usando la libreria
DCMTK).
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caret
??? missing short description for package caret :-(
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Versions of package caret |
Release | Version | Architectures |
jessie | 5.6.4~dfsg.1-3 | amd64,armel,armhf,i386 |
Debtags of package caret: |
role | program |
uitoolkit | qt |
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License: DFSG free
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dicom3tools
strumenti di manipolazione e conversione di file di immagini medicali DICOM
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Versions of package dicom3tools |
Release | Version | Architectures |
bullseye | 1.00~20190724083540-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 1.00~20180803063840-1 | amd64,arm64,armhf,i386 |
stretch | 1.00~20170109062447-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
jessie | 1.00~20140902075059-1 | amd64,armel,armhf,i386 |
sid | 1.00~20240118131615-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
trixie | 1.00~20240118131615-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
bookworm | 1.00~20220618093127-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bullseye-backports | 1.00~20220120135102-1~bpo11+1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
upstream | 1.00~20241114112559 |
Debtags of package dicom3tools: |
field | medicine, medicine:imaging |
role | program |
use | converting |
works-with | image |
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License: DFSG free
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Utilità a riga di comando per creare, modificare, fare il dump e
convalidare file di attributi DICOM. Supporta la conversione di alcuni
formati per immagini medicali proprietari in DICOM. Può gestire dati nel
vecchio formato ACR/NEMA e alcune versioni proprietarie di esso come SPI.
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dicomnifti
converte file DICOM nel formato NIfTI
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Versions of package dicomnifti |
Release | Version | Architectures |
bullseye | 2.33.1-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 2.33.1-1 | amd64,arm64,armhf,i386 |
stretch | 2.32.1-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
jessie | 2.32.1-1 | amd64,armel,armhf,i386 |
bookworm | 2.33.1-5 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
Debtags of package dicomnifti: |
interface | commandline |
role | program |
scope | utility |
use | converting |
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License: DFSG free
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Il programma dinifti converte immagini MRI memorizzate in formato DICOM nel
formato NIfTI. Quest'ultimo è considerato il nuovo formato standard per le
immagini medicali e può essere usato con, per esempio, FSL, AFNI, SPM,
Caret o Freesurfer.
dinifti converte file singoli, ma supporta anche la conversione
completamente automatica di complete directory dicom. In aggiunta, i file
NIfTI convertiti possono essere rinominati in modo appropriato usando le
informazioni sulle serie di immagini nei file DICOM.
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fslview
??? missing short description for package fslview :-(
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Versions of package fslview |
Release | Version | Architectures |
jessie | 4.0.1-4 | amd64,armel,armhf,i386 |
Debtags of package fslview: |
interface | x11 |
made-of | html |
role | documentation, program |
scope | utility |
suite | debian |
uitoolkit | qt |
use | viewing |
x11 | application |
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License: DFSG free
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Please cite:
S.M. Smith, M. Jenkinson, M.W. Woolrich, C.F. Beckmann, T.E.J. Behrens, H. Johansen-Berg, P.R. Bannister, M. De Luca, I. Drobnjak, D.E. Flitney, R. Niazy, J. Saunders, J. Vickers, Y. Zhang, N. De Stefano, J.M. Brady and P.M. Matthews:
Advances in functional and structural MR image analysis and implementation as FSL.
(PubMed)
NeuroImage
23:208-219
(2004)
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itksnap
segmentazione semiautomatica di strutture in immagini 3D
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Versions of package itksnap |
Release | Version | Architectures |
jessie | 2.2.0-1.1 | amd64,armel,armhf,i386 |
bullseye | 3.6.0-5 | amd64,i386 |
buster | 3.6.0-3 | amd64,i386 |
stretch | 3.4.0-2 | amd64,i386 |
Debtags of package itksnap: |
field | medicine:imaging |
role | program |
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License: DFSG free
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SNAP fornisce la segmentazione semiautomatica di strutture in immagini
medicali (es. immagini di risonanza magnetica del cervello) usando metodi
di contorno attivo e delineazione manuale e navigazione di immagini.
Funzionalità notevoli sono:
- cursore collegato per navigazione 3D senza interruzioni;
- segmentazione manuale in 3 piani ortogonali contemporaneamente;
- gestione di molti formati differenti di immagini 3D, incluso NIfTI;
- gestione di visualizzazioni collegate concorrenti e segmentazione di
immagini multiple;
- gestione limitata di immagini a colori (es. mappe di tensori di
diffusione);
- strumento di taglio di piani 3D per post-elaborazione veloce dei
risultati della segmentazione.
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medcon
strumento di conversione di immagini medicali (DICOM, ECAT...)
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Versions of package medcon |
Release | Version | Architectures |
sid | 0.24.0-gtk3+dfsg-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
trixie | 0.24.0-gtk3+dfsg-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
bookworm | 0.23.0-gtk3+dfsg-1+deb12u1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bullseye | 0.16.3+dfsg-1+deb11u1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 0.16.1+dfsg-1 | amd64,arm64,armhf,i386 |
stretch | 0.14.1-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
jessie | 0.13.0-2 | amd64,armel,armhf,i386 |
Debtags of package medcon: |
field | biology |
interface | commandline |
role | program |
uitoolkit | gtk |
use | converting |
works-with | image, image:raster |
x11 | application |
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License: DFSG free
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Questo progetto riguarda la conversione di immagini medicali. È rilasciato
sotto licenza (L)GPL e viene fornito con il completo codice sorgente in C
della libreria, una flessibile utilità a riga di comando e una bella
interfaccia grafica che usa il toolkit GTK+. I formati attualmente
gestiti sono: Acr/Nema 2.0, Analyze (SPM), DICOM 3.0, InterFile 3.3 e PNG.
Può anche leggere file non supportati senza compressione, visualizzare i
valori dei pixel o estrarre/riordinare le immagini specificate.
È possibile recuperare i vettori grezzi delle immagini in formato binario o
ASCII o produrre immagini PNG per le applicazioni desktop.
Questo è lo strumento a riga di comando per l'elaborazione di massa.
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minc-tools
strumenti per immagini medicali in formato MNI
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Versions of package minc-tools |
Release | Version | Architectures |
buster | 2.3.00+dfsg-3 | amd64,arm64,armhf,i386 |
bullseye | 2.3.00+dfsg-6 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bookworm | 2.3.00+dfsg-10 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
trixie | 2.3.00+dfsg-10 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
sid | 2.3.00+dfsg-10 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
jessie | 2.2.00-6 | amd64,armel,armhf,i386 |
stretch | 2.3.00+dfsg-1.1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
Debtags of package minc-tools: |
field | medicine, medicine:imaging |
interface | commandline |
role | program |
scope | utility |
use | analysing, converting |
works-with | image, image:raster |
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License: DFSG free
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Questo pacchetto contiene strumenti per manipolare file MINC.
Il formato di file Minc è un formato per immagini medicali altamente
flessibile costruito sulla base del formato dati generalizzato NetCDF. Il
formato è semplice, auto-descrittivo, estensibile, portabile e a N
dimensioni, con interfacce di programmazione sia per accesso di basso
livello ai dati, sia per manipolazione di volumi ad alto livello. Sopra
alle librerie è costruita una suite di strumenti generici per la
manipolazione di file immagine. Il formato, le librerie e gli strumenti
sono pensati per l'uso in ambienti di ricerca sulle immagini medicali: sono
semplici e potenti e non cercano in alcun modo di fornire una bella
interfaccia per gli utenti.
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mriconvert
utilità di conversione per file di immagini medicali
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Versions of package mriconvert |
Release | Version | Architectures |
stretch | 2.1.0-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bookworm | 2.1.0-5 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
jessie | 2.0.7-2 | amd64,armel,armhf,i386 |
bullseye | 2.1.0-4 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 2.1.0-3 | amd64,arm64,armhf,i386 |
Debtags of package mriconvert: |
field | medicine:imaging |
role | program |
uitoolkit | wxwidgets |
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License: DFSG free
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MRIConvert è un'utilità di conversione per file di immagini medicali che
converte i file DICOM nei formati di volumi NIfTI 1.1, Analyze 7.5,
SPM99/Analyze, BrainVoyager e MetaImage.
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mricron
conversione, visualizzazione e analisi di immagini di risonanza magnetica
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Versions of package mricron |
Release | Version | Architectures |
bullseye | 1.0.20190902+dfsg-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,ppc64el |
stretch | 0.20140804.1~dfsg.1-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386 |
jessie | 0.20140804.1~dfsg.1-1 | amd64,armel,armhf,i386 |
buster | 0.20140804.1~dfsg.1-3 | amd64,arm64,armhf,i386 |
bookworm | 1.2.20211006+dfsg-4 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,ppc64el |
trixie | 1.2.20211006+dfsg-6 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,ppc64el |
sid | 1.2.20211006+dfsg-6 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,ppc64el |
Debtags of package mricron: |
uitoolkit | gtk |
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License: DFSG free
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Questo è uno strumento di visualizzazione e analisi basato su GUI per
immagini di risonanza magnetica (funzionale). MRIcron può essere usato per
creare rendering 2D o 3D di mappe statistiche sovrapposte su immagini
dell'anatomia del cervello. Inoltre aiuta a disegnare le ROI
(regions-of-interest) anatomiche o la mappatura delle lesioni, e l'analisi
di base delle serie temporali funzionali (es. creando grafici dei
cambiamenti di segnali peristimolo).
Oltre a "mricron", questo pacchetto fornisce anche "dcm2nii", che gestisce
la conversione di immagini DICOM e PAR/REC nel formato NIfTI, e "npm", per
l'analisi di dati non parametrici.
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nifti-bin
strumenti forniti con la libreria NIfTI
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Versions of package nifti-bin |
Release | Version | Architectures |
stretch | 2.0.0-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bullseye | 3.0.1-8 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
jessie | 2.0.0-2 | amd64,armel,armhf,i386 |
sid | 3.0.1-9.1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
trixie | 3.0.1-9.1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
bookworm | 3.0.1-9 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 2.0.0-3 | amd64,arm64,armhf,i386 |
Debtags of package nifti-bin: |
field | medicine, medicine:imaging |
interface | commandline |
role | program, shared-lib |
scope | utility |
use | checking, converting |
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License: DFSG free
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Niftilib è un insieme di librerie di I/O per la lettura e la scrittura di
file dati nel formato NIfTI-1. NIfTI-1 è un formato binario per
l'archiviazione di immagini mediche, tipo risonanza magnetica (RMN) o
immagini cerebrali da RMN funzionale (fRMN).
Questo pacchetto comprende gli strumenti forniti con la libreria
(nifti_tool, nifti_stats e nifti1_test).
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nifti2dicom
converte immagini medicali 3D in serie di DICOM 2D
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Versions of package nifti2dicom |
Release | Version | Architectures |
bullseye | 0.4.11-3 | amd64,i386 |
stretch | 0.4.11-1 | amd64,i386 |
buster | 0.4.11-1 | amd64,i386 |
jessie | 0.4.9-1 | amd64,armel,armhf,i386 |
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License: DFSG free
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Nifti2Dicom è uno strumento di conversione che converte file 3D NIfTI (e
altri formati gestiti da ITK, inclusi Analyze, MetaImage Nrrd e VTK) in DICOM.
A differenza di altri strumenti di conversione, può importare un file DICOM
che viene usato per importare il paziente e studiare i tag DICOM, e
permette di modificare il numero di accrescimento e altri tag DICOM per
creare un DICOM valido che può essere importato in PACS.
Questo pacchetto include gli strumenti a riga di comando.
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praat
programma per l'analisi e la sintesi del linguaggio
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Versions of package praat |
Release | Version | Architectures |
bullseye | 6.1.38-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 6.0.48-1 | amd64,arm64,i386 |
bookworm | 6.3.07-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
sid | 6.4.23+dfsg-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
stretch | 6.0.23-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
jessie | 5.4.0-1 | amd64,armel,armhf,i386 |
Debtags of package praat: |
field | linguistics |
interface | x11 |
role | program |
scope | application |
uitoolkit | motif |
works-with | audio |
x11 | application |
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License: DFSG free
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Secondo i suoi autori, praat è "fonetica tramite il computer".
Molteplici funzionalità di analisi del linguaggio sono disponibili tramite
la sua interfaccia grafica: spettrogrammi, cocleogrammi, estrazione del
tono e della formante. Sono altresì disponibili sintesi articolatorie, dal
tono, dalla formante e dall'intensità. Fra le altre funzionalità si
segnalano segmentazione, etichettatura con uso
dell'alfabeto fonetico e computazione statistica. Praat è configurabile ed
estensibile attraverso il suo linguaggio di script ed è inoltre predisposto
per poter comunicare con altri programmi.
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psignifit
interpolazione e test delle ipotesi di funzioni psicometriche
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Versions of package psignifit |
Release | Version | Architectures |
stretch | 2.5.6-3.1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
jessie | 2.5.6-3 | amd64,armel,armhf,i386 |
buster | 2.5.6-5 | amd64,arm64,armhf,i386 |
bullseye | 2.5.6-7 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bookworm | 2.5.6-8 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
trixie | 2.5.6-8 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
sid | 2.5.6-8 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
Debtags of package psignifit: |
field | statistics |
interface | commandline |
role | program |
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License: DFSG free
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Psignifit permette l'adattamento di funzioni psicometriche a insiemi di
dati mantenendo il controllo completo su un gran numero di parametri. I
dati possono essere letti da file di testo o passati tramite una pipe.
Psignifit effettua il calcolo degli intervalli di fiducia ma anche dei
test della bontà dell'adattamento.
Questa è la versione a riga di comando.
Notare che questa è la versione obsoleta 2.x di psignifit.
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python3-nibabel
collegamenti Python 3 a vari formati di dati per neuroimmagini
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Versions of package python3-nibabel |
Release | Version | Architectures |
buster | 2.3.2-1 | all |
bullseye | 3.2.1-2 | all |
bookworm | 5.0.0-2 | all |
trixie | 5.2.1-2 | all |
stretch | 2.1.0-1 | all |
sid | 5.2.1-2 | all |
upstream | 5.3.2 |
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License: DFSG free
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NiBabel fornisce accesso in lettura e scrittura ad alcuni formati di file
comuni per neuroimmagini e file medicali, inclusi: ANALYZE (plain, SPM99,
SPM2), GIFTI, NIfTI1, MINC, così come PAR/REC. Le varie classi per formato
per immagini danno accesso pieno o selettivo alle informazioni delle
intestazioni (metainformazioni) e l'accesso ai dati dell'immagine è reso
disponibile attraverso matrici NumPy. NiBabel è il successore di PyNIfTI.
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python3-pydicom
lettura e scrittura di file medicali DICOM (Python 3)
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Versions of package python3-pydicom |
Release | Version | Architectures |
buster | 1.2.1-1 | all |
bookworm | 2.3.1-1 | all |
sid | 2.4.3-1 | all |
trixie | 2.4.3-1 | all |
bullseye | 2.0.0-1 | all |
upstream | 3.0.1 |
|
License: DFSG free
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pydicom è un modulo in Python puro per l'analisi di file DICOM. DICOM è uno
standard (http://medical.nema.org) per comunicare le immagini medicali e le
informazioni relative, come rapporti e oggetti di radioterapia.
pydicom rende facile la lettura di file DICOM in naturali strutture
pythoniche per una facile manipolazione. Gli insiemi di dati modificati
posso essere nuovamente scritti su file in formato DICOM.
Questo pacchetto installa il modulo per Python 3.
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python3-pyxnat
interfaccia per accedere a dati di neuroimmagini su server XNAT
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Versions of package python3-pyxnat |
Release | Version | Architectures |
bookworm | 1.5-2 | all |
trixie | 1.6.2-2 | all |
sid | 1.6.2-2 | all |
bullseye | 1.4-1 | all |
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License: DFSG free
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pyxnat è una semplice libreria Python che si basa sull'API REST fornita
dalla piattaforma XNAT a partire dalla sua versione 1.4. XNAT è un database
estensibile per dati di neuroimmagini. L'obiettivo principale è di
facilitare la comunicazione con un server XNAT per usare come plugin
strumenti esterni o script Python per elaborare i dati. Ha:
- funzionalità di navigazione delle risorse;
- accesso in lettura e scrittura alle risorse;
- ricerche complesse;
- cache su disco dei file richiesti e delle risorse.
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python3-statsmodels
modulo Python 3 per la stima di modelli statistici
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Versions of package python3-statsmodels |
Release | Version | Architectures |
trixie | 0.14.4+dfsg-1 | all |
bookworm | 0.13.5+dfsg-7 | all |
bullseye | 0.12.2-1 | all |
stretch-backports | 0.8.0-9~bpo9+1 | all |
buster | 0.8.0-9 | all |
sid | 0.14.4+dfsg-1 | all |
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License: DFSG free
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Il modulo Python 3 statsmodels fornisce classi e funzioni per la stima di
diverse categorie di modelli statistici. Tra questi attualmente sono
inclusi: modelli di regressione lineare, OLS, GLS, WLS e GLS con errori
AR(p), modelli lineari generalizzati per diverse famiglie di distribuzione
ed M stimatori per modelli lineari robusti. È disponibile un'ampia lista di
statistiche dei risultati per ciascun problema di stima.
Please cite:
Skipper Seabold and Josef Perktold:
Statsmodels: Econometric and statistical modeling with python
(eprint)
(2010)
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qnifti2dicom
converte immagini medicali 3D in serie di DICOM 2D (GUI)
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Versions of package qnifti2dicom |
Release | Version | Architectures |
bullseye | 0.4.11-3 | amd64,i386 |
stretch | 0.4.11-1 | amd64,i386 |
jessie | 0.4.9-1 | amd64,armel,armhf,i386 |
buster | 0.4.11-1 | amd64,i386 |
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License: DFSG free
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Nifti2Dicom è uno strumento di conversione che converte file 3D NIfTI (e
altri formati gestiti da ITK, inclusi Analyze, MetaImage Nrrd e VTK) in DICOM.
A differenza di altri strumenti di conversione, può importare un file DICOM
che viene usato per importare il paziente e studiare i tag DICOM, e
permette di modificare il numero di accrescimento e altri tag DICOM per
creare un DICOM valido che può essere importato in PACS.
Questo pacchetto contiene l'interfaccia utente grafica Qt5.
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voxbo
elaborazione, analisi statistica e visualizzazione di dati di immagini del cervello
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Versions of package voxbo |
Release | Version | Architectures |
stretch | 1.8.5~svn1246-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 1.8.5~svn1246-3 | amd64,arm64,armhf,i386 |
jessie | 1.8.5~svn1246-1.1 | amd64,armel,armhf,i386 |
Debtags of package voxbo: |
field | medicine:imaging |
role | program |
uitoolkit | qt |
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License: DFSG free
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Questo è un toolkit per l'analisi di esperimenti di neuroimmagini
funzionali (principalmente fMRI) e mappatura lesione-comportamento basata
su voxel. VoxBo gestisce GLM modificato (per dati autocorrelati), oltre a
GLM standard per dati non autocorrelati. Il toolkit è progettato per poter
funzionare insieme a AFNI, FSL, SPM e altri.
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xmedcon
strumento di conversione di immagini medicali (DICOM, ECAT...) (GUI)
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Versions of package xmedcon |
Release | Version | Architectures |
jessie | 0.13.0-2 | amd64,armel,armhf,i386 |
trixie | 0.24.0-gtk3+dfsg-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
bookworm | 0.23.0-gtk3+dfsg-1+deb12u1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 0.16.1+dfsg-1 | amd64,arm64,armhf,i386 |
stretch | 0.14.1-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
sid | 0.24.0-gtk3+dfsg-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
bullseye | 0.16.3+dfsg-1+deb11u1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
Debtags of package xmedcon: |
field | biology |
interface | commandline, x11 |
role | program |
scope | utility |
uitoolkit | gtk |
use | converting |
works-with | image, image:raster |
x11 | application |
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License: DFSG free
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Questo progetto riguarda la conversione di immagini medicali. È rilasciato
sotto licenza (L)GPL e viene fornito con il completo codice sorgente in C
della libreria, una flessibile utilità a riga di comando e una bella
interfaccia grafica che usa il toolkit GTK+. I formati attualmente
gestiti sono: Acr/Nema 2.0, Analyze (SPM), DICOM 3.0, InterFile 3.3 e PNG.
Può anche leggere file non supportati senza compressione, visualizzare i
valori dei pixel o estrarre/riordinare le immagini specificate.
È possibile recuperare i vettori grezzi delle immagini in formato binario o
ASCII o produrre immagini PNG per le applicazioni desktop.
Questa è la versione per X del programma, basata su GTK+. Elabora un solo
file alla volta.
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Official Debian packages with lower relevance
connectomeviewer
Interactive Analysis and Visualization for MR Connectomics
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Versions of package connectomeviewer |
Release | Version | Architectures |
jessie | 2.1.0-1 | all |
buster | 2.1.0+dfsg-1 | all |
|
License: DFSG free
|
The Connectome Viewer is a extensible, scriptable, pythonic research
environment for visualization and (network) analysis in neuroimaging
and connectomics.
Employing the Connectome File Format, diverse data types such as
networks, surfaces, volumes, tracks and metadata are handled and
integrated. The Connectome Viewer is part of the MR Connectome Toolkit.
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python-mvpa2
??? missing short description for package python-mvpa2 :-(
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Versions of package python-mvpa2 |
Release | Version | Architectures |
stretch | 2.6.0-1 | all |
jessie | 2.3.1-2 | all |
|
License: DFSG free
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python3-bioxtasraw
process biological small angle scattering data
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Versions of package python3-bioxtasraw |
Release | Version | Architectures |
sid | 2.3.0-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64 |
bookworm | 2.1.1-4 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el |
|
License: DFSG free
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BioXTAS RAW is a GUI based, Python program for reduction and
analysis of small-angle X-ray solution scattering (SAXS) data.
The package is designed for biological SAXS data.
BioXTAS RAW provides an alternative to closed source programs
such as Primus and Scatter for primary data analysis. Because
it can calibrate, mask, and integrate images it also provides
an alternative to synchrotron beamline pipelines that scientists
can install on their own computers and use both at home and at
the beamline.
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science-psychophysics
pacchetti Debian Science per la psicofisica
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Versions of package science-psychophysics |
Release | Version | Architectures |
bookworm | 1.14.5 | all |
stretch | 1.7 | all |
trixie | 1.14.6 | all |
sid | 1.14.6 | all |
bullseye | 1.14.2 | all |
buster | 1.10 | all |
jessie | 1.4 | all |
Debtags of package science-psychophysics: |
role | metapackage |
suite | debian |
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License: DFSG free
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Questo metapacchetto installa i pacchetti Debian che possono essere utili
per effettuare qualsiasi esperimento relativo a stimoli fisici e ai loro
effetti psicologici.
La selezione dei pacchetti è focalizzata su software per la
somministrazione di stimoli. Per software aggiuntivo relativo all'analisi
dei dati acquisiti guardare science-neuroscience-cognitive e med-imaging, a
seconda del campo di applicazione. In aggiunta guardare science-bci dato
che quei pacchetti spesso forniscono infrastrutture per il ciclo completo
di lavoro compresa la somministrazione degli stimoli.
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science-typesetting
pacchetti Debian Science per la composizione tipografica
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Versions of package science-typesetting |
Release | Version | Architectures |
bookworm | 1.14.5 | all |
jessie | 1.4 | all |
stretch | 1.7 | all |
buster | 1.10 | all |
bullseye | 1.14.2 | all |
sid | 1.14.6 | all |
trixie | 1.14.6 | all |
Debtags of package science-typesetting: |
role | metapackage |
suite | debian |
|
License: DFSG free
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Questo metapacchetto installa i pacchetti Debian Science relativi alla
composizione tipografica. Chi installa questo pacchetto potrebbe essere
interessato al debtag use::typesetting.
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Debian packages in contrib or non-free
fsl
transitional dummy package
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Versions of package fsl |
Release | Version | Architectures |
buster | 5.0.8-6 (non-free) | all |
jessie | 5.0.7-4 (non-free) | all |
Debtags of package fsl: |
field | medicine:imaging |
interface | commandline, x11 |
role | program |
uitoolkit | tk |
use | analysing |
x11 | application |
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License: non-free
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The only purpose of this package is to enable upgrades to the new 'fsl-core'
package which replaces 'fsl'. This package can safely be removed.
Users aiming to perform a complete FSL installation (including all data
components) are advised to install the 'fsl-complete' package from
NeuroDebian.
Please cite:
Mark Jenkinson, Christian F. Beckmann, Timothy E. J. Behrens, Mark W. Woolrich and Stephen M. Smith:
FSL.
(PubMed)
NeuroImage
62(2):782-790
(2012)
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Packaging has started and developers might try the packaging code in VCS
bioimagesuite
integrated image analysis software suite
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Versions of package bioimagesuite |
Release | Version | Architectures |
VCS | 2.0-1 | all |
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License: GPL-2+
Debian package not available
Version: 2.0-1
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BioImage Suite has extensive capabilities for both neuro/cardiac
and abdominal image analysis and state of the art visualization.
Many packages are available that are highly extensible, and provide
functionality for image visualization and registration, surface
editing, cardiac 4D multi-slice editing, diffusion tensor image
processing, mouse segmentation and registration, and much more. It
can be integrated with other biomedical image processing software,
such as FSL and SPM. This site provides information, downloads,
documentation, and other resources for users of the software.
BioImage Suite was developed at Yale University and has been
extensively used at different labs at Yale since 2004.
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debruijn
De Bruijn cycle generator
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Versions of package debruijn |
Release | Version | Architectures |
VCS | 1.6-2 | all |
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License: BSD-4-clause
Version: 1.6-2
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Stimulus counter-balance is important for many experimental designs. This
command-line software creates De Bruijn cycles, which are pseudo-random
sequences with arbitrary levels of counterbalance. "Path-guided" de Bruijn
cycles may also be created. These sequences encode a hypothesized neural
modulation at specified temporal frequencies, and have enhanced detection
power for BOLD fMRI experiments.
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freesurfer
analysis and visualization of functional brain imaging data
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Versions of package freesurfer |
Release | Version | Architectures |
VCS | 5.1.0+dev+cvs20120104-1 | all |
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License: FreeSurfer-Software-License-Agreement
Version: 5.1.0+dev+cvs20120104-1
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FreeSurfer is a set of tools for analysis and visualization of
structural and functional brain imaging data. It contains a fully
automatic structural stream for processing cross sectional and
longitudinal data.
FreeSurfer provides many anatomical analysis tools, including:
representation of the cortical surface between white and gray matter,
representation of the pial surface, segmentation of white matter from
the rest of the brain, skull stripping, B1 bias field correction,
nonlinear registration of the cortical surface of an individual with
an sterotaxic atlas, labeling of regions of the cortical surface,
statistical analysis of group morphometry differences, and labeling of
subcortical brain structures, etc.
This package depends upon the latest version of freesurfer.
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openmeeg-tools
openmeeg library -- command line tools
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Versions of package openmeeg-tools |
Release | Version | Architectures |
VCS | 2.4.2-1 | all |
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License: CeCILL-B
Debian package not available
Version: 2.4.2-1
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OpenMEEG consists of state-of-the art solvers for forward problems in
the field of MEG and EEG. Solvers are based on the symmetric
Boundary Element method [Kybic et al, 2005], providing excellent
accuracy, particularly for superficial cortical sources. OpenMEEG can
compute four types of lead fields (EEG, MEG, Internal Potential and
Electrical Impedence Tomography).
This package provides command line interface to openmeeg functionality.
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slicer
software package for visualization and image analysis - main application
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Versions of package slicer |
Release | Version | Architectures |
VCS | 4.10.2-1 | all |
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License: free
Debian package not available
Version: 4.10.2-1
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Slicer is an application for computer scientists and clinical researchers. The
platform provides functionality for segmentation, registration and
three-dimensional visualization of multi-modal image data, as well as advanced
image analysis algorithms for diffusion tensor imaging, functional magnetic
resonance imaging and image-guided therapy. Standard image file formats are
supported, and the application integrates interface capabilities to biomedical
research software and image informatics frameworks.
3D Slicer main application.
Please cite:
Steven Pieper, Michael Halle, Ron Kikinis:
3D SLICER.
(2004)
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xnat
platform for data management and productivity tasks in neuroimaging
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Versions of package xnat |
Release | Version | Architectures |
VCS | 1.7.5.1-1 | all |
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License: XNAT_SLA
Debian package not available
Version: 1.7.5.1-1
|
The primary functionality of XNAT is to provide a place to store and
control access to neuroimaging data. This includes sophisticated user
control, search and retrieval, and archiving capabilities. As
open-source software, XNAT also supports a wide variety of
research-based processing pipelines, and is able to link up with
supercomputer processing power to dramatically shorten image
processing time.
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Unofficial packages built by somebody else
eeglab
toolbox for processing and visualization of electrophysiological data
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License: GPL-2+
Language: C, Matlab/Octave
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EEGLAB is an interactive Matlab toolbox for processing continuous and
event-related EEG, MEG and other electrophysiological data
incorporating independent component analysis (ICA), time/frequency
analysis, artifact rejection, event-related statistics, and several
useful modes of visualization of the averaged and single-trial data.
Please register by following this link if you are using eeglab.
Please cite:
Delorme A and Makeig S:
EEGLAB: an open source toolbox for analysis of single-trial EEG dynamics
(2004)
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mni-autoreg
MNI average brain (305 MRI) stereotaxic registration model
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License: no-free, but GPLed parts
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This package provides a version of the MNI Average Brain (an average of 305
T1-weighted MRI scans, linearly transformed to Talairach space) specially
adapted for use with the MNI Linear Registration Package.
- average_305.mnc - a version of the average MRI that covers the whole brain
(unlike the original Talairach atlas), sampled with 1mm cubic voxels
- average_305_mask.mnc - a mask of the brain in average_305.mnc
- average_305_headmask.mnc - another mask, required for nonlinear mode
Remark: Michael Hanke agreed to take over his stuff from mentors
http://mentors.debian.net/cgi-bin/sponsor-pkglist?action=details;package=mni-autoreg
and
http://mentors.debian.net/cgi-bin/sponsor-pkglist?action=details;package=mni-autoreg-model
to Debian Med svn and start group maintenance.
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mni-n3
MNI Non-parametric Non-uniformity Normalization
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License: BSDish
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MNI Non-parametric Non-uniformity Normalization (N3). This package provides
the 'nu_correct' tool for unsupervised correction of radio frequency (RF)
field inhomogenities in MR volumes. Two packages are provided:
- mni-n3 - provides 'nu_correct'
- libebtks-dev - MNI support library with numerical types and algorithms
Remark: Michael Hanke agreed to take over his stuff from mentors
http://mentors.debian.net/cgi-bin/sponsor-pkglist?action=details;package=mni-n3
to Debian Med svn and start group maintenance.
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No known packages available but some record of interest (WNPP bug)
toolbox for MEG and EEG analysis
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License: GPL-2+
Debian package not available
Language: Matlab/Octave
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The software includes algorithms for simple and advanced analysis of MEG and
EEG data, such as time-frequency analysis, source reconstruction using dipoles,
distributed sources and beamformers and non-parametric statistical testing. It
supports the data formats of all major MEG systems (CTF, Neuromag, BTi) and of
the most popular EEG systems, and new formats can be added easily. FieldTrip
contains high-level functions that you can use to construct your own analysis
protocols in Matlab. Furthermore, it easily allows developers to incorporate
low-level algorithms for new EEG/MEG analysis methods.
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visualize Freesurfer's data in Python
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License: BSD-3
Debian package not available
Language: Python
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This is a Python package for visualization and interaction with cortical
surface representations of neuroimaging data from Freesurfer. It
extends Mayavi’s powerful visualization engine with a high-level interface for
working with MRI and MEG data.
PySurfer offers both a command-line interface designed to broadly replicate
Freesurfer’s Tksurfer program as well as a Python library for writing scripts
to efficiently explore complex datasets.
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analysis of brain imaging data sequences
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License: GPL-2+
Debian package not available
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Statistical Parametric Mapping (SPM) refers to the construction and assessment
of spatially extended statistical processes used to test hypotheses about
functional imaging data. These ideas have been instantiated in software that is
called SPM. It is designed for the analysis of fMRI, PET, SPECT, EEG and MEG.
Please register by following this link if you are using spm8.
|
No known packages available
brainvisa
image processing factory for MR images
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License: Free? (CeCill License)
Debian package not available
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BrainVISA is a software, which embodies an image processing
factory. A simple control panel allows the user to trigger some
sequences of treatments on series of images. These treatments are
performed by calls to command lines provided by different
laboratories. These command lines, hence, are the building blocks on
which are built the assembly lines of the factory. BrainVISA is
distributed with a toolbox of building blocks dedicated to the
segmentation of T1-weighted MR images. The product of the main
assembly line made up from this toolbox is the following: grey/white
classification for Voxel Based Morphometry, Meshes of each hemisphere
surface for visualization purpose, Spherical meshes of each
hemisphere white matter surface, a graph of the cortical folds, a
labeling of the cortical folds according to a nomenclature of the
main sulci.
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hid
database management system for clinical imaging
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License: BSD, BIRN
Debian package not available
Language: java
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The Human Imaging Database (HID) is an extensible database management
system developed to handle the increasingly large and diverse
datasets collected as part of the MBIRN and FBIRN collaboratories and
throughout clinical imaging communities at large.
Please register by following this link if you are using hid.
Please cite:
Keator, D.B.; Grethe, J.S.; Marcus, D.; Ozyurt, B.;
Gadde, S.; Murphy, S.; Pieper, S.; Greve, D.;Notestine, R.; Bockholt,
H.J.; Papadopoulos, P.:
A National Human Neuroimaging Collaboratory Enabled
By The Biomedical Informatics Research Network (BIRN)
(2008)
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iqr
large-scale multi-level neuronal systems simulator
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License: GPL-3+
Debian package not available
|
This graphical environment allows for designing large-scale multi-level
neuronal systems that can control real-world devices, such as cameras and
mobile robots, in real-time. iqr is an extensible framework with the ability
to handle new, user-provided, neuron and synapse types, as well as custom
interfaces to other hardware systems. iqr employes an XML-based format for
system descriptions.
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