Debian Science High Energy Physics (devel) packages

CERNLIB è una suite di strumenti e librerie per l'analisi dei dati, pensati per l'uso negli esperimenti di fisica ma applicabili anche ad altri campi come ad esempio le scienze biologiche.

Questo pacchetto include lo script "cernlib" che elenca le opzioni a riga di comando necessarie per linkare le librerie CERNLIB. Lo script è stato riscritto dalla versione originale per calcolare ricorsivamente le dipendenze. Sono inclusi anche un insieme di macro Autoconf per testare le librerie CERNLIB e un insieme di macro Imake per permettere ai moduli CERNLIB di essere compilati all'esterno dell'albero dei sorgenti.

CERNLIB è una suite di strumenti e librerie per l'analisi dei dati, pensati per l'uso negli esperimenti di fisica ma applicabili anche ad altri campi come ad esempio le scienze biologiche.

Questo metapacchetto fornisce i file header e le librerie statiche necessari agli sviluppatori che usano le librerie CERN e non sono interessati in modo specifico alla fisica ad alte energie. Fornisce anche gli strumenti di sviluppo per CERNLIB: DZedit, KUIPC e la famiglia di programmi Nypatchy. I programmi di analisi CERNLIB possono essere ottenuti installando il metapacchetto cernlib-core.

LoopTools è un pacchetto per la valutazione di integrali scalari e tensoriali ad un loop basati sul pacchetto FF di G.J. van Oldenborgh. Implementa una semplice interfaccia Fortran, C++ e Mathematica per le funzioni scalari ad un loop di FF e in aggiunta fornisce le funzioni, a 2, 3 e 4 punti, dei coefficienti dei tensori.

Questo pacchetto fornisce uno script, fcc, per compilare programmi C e C++ e linkarli con librerie Fortran.

CLHEP fornisce un insieme di classi di base e di utilità specifiche per la fisica delle alte energie (HEP, High Energy Physics), come generatori di casualità, vettori fisici, geometria e algebra lineare.

Questo pacchetto fornisce i file di sviluppo per CLHEP.

The FastJet package provides a fast implementation of several longitudinally invariant sequential recombination jet algorithms, in particular the longitudinally invariant kt jet algorithm, the inclusive longitudinally invariant version of the Cambridge/Aachen jet-algorithm, and the inclusive anti-kt algorithm.

FastJet also provides a uniform interface to external jet finders via a plugin mechanism, and tools for calculating jet areas and performing background (pileup/UE) subtraction.

This package provides development files of FastJet.

The FastJet package provides a fast implementation of several longitudinally invariant sequential recombination jet algorithms, in particular the longitudinally invariant kt jet algorithm, the inclusive longitudinally invariant version of the Cambridge/Aachen jet-algorithm, and the inclusive anti-kt algorithm.

FastJet also provides a uniform interface to external jet finders via a plugin mechanism, and tools for calculating jet areas and performing background (pileup/UE) subtraction.

This package provides development files for Fortran bindings of FastJet.

The FastJet package provides a fast implementation of several longitudinally invariant sequential recombination jet algorithms, in particular the longitudinally invariant kt jet algorithm, the inclusive longitudinally invariant version of the Cambridge/Aachen jet-algorithm, and the inclusive anti-kt algorithm.

FastJet also provides a uniform interface to external jet finders via a plugin mechanism, and tools for calculating jet areas and performing background (pileup/UE) subtraction.

This package provides development files for plugins of FastJet. Note that ATLASCone and CDFCones plugins are removed due to license issue.

The FastJet package provides a fast implementation of several longitudinally invariant sequential recombination jet algorithms, in particular the longitudinally invariant kt jet algorithm, the inclusive longitudinally invariant version of the Cambridge/Aachen jet-algorithm, and the inclusive anti-kt algorithm.

FastJet also provides a uniform interface to external jet finders via a plugin mechanism, and tools for calculating jet areas and performing background (pileup/UE) subtraction.

This package provides development files of FastJet Tools.

Il pacchetto HepMC è un registro di eventi orientato agli oggetti scritto in C++ per generatori Monte Carlo per la fisica delle alte energie.

Sono gestite molte estensioni da HEPEVT, lo standard Fortran per HEP: il numero di voci è illimitato, le matrici di densità degli spin possono essere memorizzate con ogni vertice, i modelli di flusso (come il colore) possono essere memorizzati e tracciati, gli interi che rappresentano gli stati dei generatori di numeri casuali possono essere memorizzati e può essere incluso un numero arbitrario di pesi per gli eventi. Particelle e vertici sono tenuti separati in una struttura a grafo, strutturalmente simile a un evento di fisica.

Le informazioni aggiunte permettono la modularizzazione dei generatori di eventi. Alle informazioni sugli eventi si accede per mezzo di iteratori forniti col pacchetto.

Questo pacchetto fornisce i file di sviluppo per HepMC3.

The KIM API is an Application Programming Interface for atomistic simulations. The API provides a standard for exchanging information between atomistic simulation codes (molecular dynamics, molecular statics, lattice dynamics, Monte Carlo, etc.) and interatomic models (potentials or force fields). It also includes a set of library routines for using the API with bindings for:

FORTRAN 77, Fortran 90/95, Fortran 2003 C, C++

Atomistic simulation codes that support the KIM API work seamlessly with the KIM-compliant interatomic models (KIM Models) distributed on this website. The interface is computationally efficient and often requires relatively minor changes to existing codes.

This package contains the development files (headers and documentation) for KIM-API.

Common tool chain for working with molecular structure data in various applications. This library provides a unified way to perform operations on molecular structure data, like reading and writing to common geometry file formats.

This package contains development files.

MMDB is designed to assist developers in working with macromolecular coordinate files. The library handles both PDB and mmCIF format files.

The Library also features an internal binary format, portable between different platforms. This is achieved at uniformity of the Library's interface functions, so there is no difference in handling different formats.

MMDB provides various high-level tools for working with coordinate files, including reading and writing, orthogonal-fractional transforms, generation of symmetry mates, editing the molecular structure and more.

This package contains library and header files needed for program development.

Questa è una distribuzione sorgente di NCrystal, una libreria e strumenti associati che consentono calcoli per simulazioni Monte Carlo di neutroni termici nei cristalli.

Questo pacchetto contiene i file di sviluppo.

LoopTools è un pacchetto per la valutazione di integrali scalari e tensoriali ad un loop basati sul pacchetto FF di G.J. van Oldenborgh. Implementa una semplice interfaccia Fortran, C++ e Mathematica per le funzioni scalari ad un loop di FF e in aggiunta fornisce le funzioni, a 2, 3 e 4 punti, dei coefficienti dei tensori.

Questo pacchetto fornisce i file di sviluppo per LoopTools.

SISCone implements a seedless infrared (IR) safe cone jet algorithm, it takes N^2ln(N) time to find jets among N particles, comparing to N2^N time of other algorithms.

This package provides development files of SISCone.

SISCone implements a seedless infrared (IR) safe cone jet algorithm, it takes N^2ln(N) time to find jets among N particles, comparing to N2^N time of other algorithms.

The spherical version of SISCone is designed for use in e+e- collisions.

This package provides development files of spherical version of SISCone.

NEURON è un ambiente di simulazione per modellare neuroni individuali e reti di neuroni. Fornisce strumenti comodi per costruire, gestire e usare modelli in un modo che è numericamente solido e computazionalmente efficiente. È particolarmente bene adatto ai problemi che sono strettamente collegati a dati sperimentali, specialmente quelli che coinvolgono celle con proprietà biofisiche e anatomiche complesse.

Questo pacchetto contiene i file di sviluppo per l'ambiente NEURON.

The DIALS software is developed in a fully open-source, collaborative environment. The main development teams are based at Diamond Light Source and CCP4, in the UK, and at Lawrence Berkeley National Laboratory, USA. However, in the spirit of the open source movement, we welcome collaboration from anyone who wishes to contribute to the project.

To avoid “reinventing the wheel” as much as possible, the DIALS project builds on knowledge accumulated over many decades in the field of crystallographic data processing. We benefit greatly from the altruism of experts who contribute their ideas and advice, either directly or via their detailed publications on existing algorithms and packages such as XDS [2] and MOSFLM [3]. At the heart of the DIALS framework lies a design philosophy of hardware abstraction and a generalised model of the experiment that is inspired directly by material published on the seminal workshops on position sensitive detector software [1]. Continuing in the spirit of these workshops we held our own series of meetings, with talks from invited speakers, and code camps in which specific problems are addressed by intensive effort across the collaboration. Summaries of these meetings and copies of slides given as presentations are available here.

DIALS is written using Python and C++, making heavy use of the cctbx [4] for core crystallographic calculations and much infrastructure including a complete build system. Seamless interaction between the C++ and Python components of this hybrid system is enabled by Boost.Python. Python provides a useful ground for rapid prototyping, after which core algorithms and data structures may be transferred over to C++ for speed. High level interfaces of the hybrid system remain in Python, facilitating further development and code reuse both within DIALS and by third parties.

This is the Python 3 version of the package.

GPU-accelerated Python framework for exploring algorithms for alchemical free energy calculations.

NEURON è un ambiente di simulazione per modellare neuroni individuali e reti di neuroni. Fornisce strumenti comodi per costruire, gestire e usare modelli in un modo che è numericamente solido e computazionalmente efficiente. È particolarmente bene adatto ai problemi che sono strettamente collegati a dati sperimentali, specialmente quelli che coinvolgono celle con proprietà biofisiche e anatomiche complesse.

Questo pacchetto contiene i collegamenti Python per NEURON.

Pymbar is a library that provides tools for optimally combining simulations from multiple thermodynamic states using maximum likelihood methods to compute free energies (normalization constants) and expectation values from all of the samples simultaneously.

ckon è un programma/strumento in C++ che automaticamente si occupa di compilare, generare il dizionario e fare il link di programmi e librerie sviluppati per l'analisi di dati all'interno dell'infrastruttura ROOT del CERN. Questo comprende l'analisi degli header inclusi per capire a quali librerie è necessario fare il link dei programmi principali. Usa automake/autoconf per essere indipendente dalla piattaforma e conforme alle installazioni GNU. Inoltre le macro m4 sono scaricate automaticamente e i corrispondenti flag per il compilatore sono aggiunti in base a un elenco di librerie boost fornito nel file di configurazione. Allo scopo di usare i database YAML, una macro m4 può essere scaricata durante l'impostazione per fare i link con la libreria yaml-cpp.

CLHEP fornisce un insieme di classi di base e di utilità specifiche per la fisica delle alte energie (HEP, High Energy Physics), come generatori di casualità, vettori fisici, geometria e algebra lineare.

Questo pacchetto fornisce la documentazione HTML per CLHEP.

The FastJet package provides a fast implementation of several longitudinally invariant sequential recombination jet algorithms, in particular the longitudinally invariant kt jet algorithm, the inclusive longitudinally invariant version of the Cambridge/Aachen jet-algorithm, and the inclusive anti-kt algorithm.

FastJet also provides a uniform interface to external jet finders via a plugin mechanism, and tools for calculating jet areas and performing background (pileup/UE) subtraction.

This package provides documentation of FastJet.

The FastJet package provides a fast implementation of several longitudinally invariant sequential recombination jet algorithms, in particular the longitudinally invariant kt jet algorithm, the inclusive longitudinally invariant version of the Cambridge/Aachen jet-algorithm, and the inclusive anti-kt algorithm.

FastJet also provides a uniform interface to external jet finders via a plugin mechanism, and tools for calculating jet areas and performing background (pileup/UE) subtraction.

This package provides example source files of FastJet.

Dictionary of ligands and constituent blocks (e.g. amino acids, nucleic acids, sugars) contains necessary stereochemical information (e.g. bond lengths, angles, torsion angles) about small molecules used in refinement and model building. Values in the dictionary are for an abstract form of monomers, i.e there is no conformational/configurational or environment dependence.

SISCone implementa un algoritmo di jet a coni infrarossi (IR) sicuri senza seed, impiega un tempo N^2ln(N) per trovare i jet tra N particelle, rispetto al tempo N2^N impiegato da altri algoritmi.

Questo pacchetto fornisce il manuale di riferimento di SISCone in formato HTML.

SISCone implementa un algoritmo di jet a coni infrarossi (IR) sicuri senza seed, impiega un tempo N^2ln(N) per trovare i jet tra N particelle, rispetto al tempo N2^N impiegato da altri algoritmi.

Questo pacchetto fornisce il manuale di riferimento di SISCone in formato PDF.

SISCone implements a seedless infrared (IR) safe cone jet algorithm, it takes N^2ln(N) time to find jets among N particles, comparing to N2^N time of other algorithms.

This package provides example source files of SISCone.