Debian Science Distributed Computing packages

Balík Modules umožňuje dynamickú zmenu prostredia používateľa prostredníctvom súborov modulefile. Každý modulefile obsahuje informácie potrebné na nastavenie shellu pre aplikáciu. Po inicializácii balíka Modules je možné dynamicky meniť prostredie jednotlivých modulov pomocou príkazu module, ktorý interpretuje súbory modulefile. Súbory modulefile typicky inštruujú príkaz module, aby zmenil alebo nastavil premenné prostredia ako sú PATH, MANPATH atď. Súbory modulefile je možné zdieľať v rámci systému medzi viacerými používateľmi a používatelia môžu mať vlastnú kolekciu, ktorá doplní alebo nahradí zdieľané súbory modulefile. Prostredie modulov je bežné na počítačoch SGI/Cray a na mnohých farmách pracovných staníc.

Grid Engine je softvér, ktorý umožňuje „distribuovanú správu zdrojov“ (distributed resource management; DRM). Je oveľa viac než len nástroje na vyvažovanie záťaže alebo mechanizmy plánovania dávkových úloh - DRM softvér typicky poskytuje nasledovné kľúčové funkcie nad veľkými množinami distribuovaných zdrojov:

• alokácia distribuovaných zdrojov (čas CPU, licencie softvéru) podľa určenej politiky
• dávkové požiadavky a plánovanie
• podpora rozličného serverového hardvéru, OS a architektúr
• vyvažovanie záťaže a spúšťanie vzdialených úloh
• podrobné štatistiky o úlohách
• jemné používateľsky určené zdroje
• uspanie/obnovenie/migrovanie úloh
• nástroje na oznamovanie stavu úlohy/počítača/klastra
• polia úloh
• integrácia a riadenie paralelných úloh

Tento balík obsahuje používateľské nástroje Grid Engine.

Grid Engine je softvér, ktorý umožňuje „distribuovanú správu zdrojov“ (distributed resource management; DRM). Je oveľa viac než len nástroje na vyvažovanie záťaže alebo mechanizmy plánovania dávkových úloh - DRM softvér typicky poskytuje nasledovné kľúčové funkcie nad veľkými množinami distribuovaných zdrojov:

• alokácia distribuovaných zdrojov (čas CPU, licencie softvéru) podľa určenej politiky
• dávkové požiadavky a plánovanie
• podpora rozličného serverového hardvéru, OS a architektúr
• vyvažovanie záťaže a spúšťanie vzdialených úloh
• podrobné štatistiky o úlohách
• jemné používateľsky určené zdroje
• uspanie/obnovenie/migrovanie úloh
• nástroje na oznamovanie stavu úlohy/počítača/klastra
• polia úloh
• integrácia a riadenie paralelných úloh

Tento balík obsahuje server na spúšťanie Grid Engine.

Grid Engine je softvér, ktorý umožňuje „distribuovanú správu zdrojov“ (distributed resource management; DRM). Je oveľa viac než len nástroje na vyvažovanie záťaže alebo mechanizmy plánovania dávkových úloh - DRM softvér typicky poskytuje nasledovné kľúčové funkcie nad veľkými množinami distribuovaných zdrojov:

• alokácia distribuovaných zdrojov (čas CPU, licencie softvéru) podľa určenej politiky
• dávkové požiadavky a plánovanie
• podpora rozličného serverového hardvéru, OS a architektúr
• vyvažovanie záťaže a spúšťanie vzdialených úloh
• podrobné štatistiky o úlohách
• jemné používateľsky určené zdroje
• uspanie/obnovenie/migrovanie úloh
• nástroje na oznamovanie stavu úlohy/počítača/klastra
• polia úloh
• integrácia a riadenie paralelných úloh

Tento balík obsahuje hlavný server Grid Engine.

Grid Engine je softvér, ktorý umožňuje „distribuovanú správu zdrojov“ (distributed resource management; DRM). Je oveľa viac než len nástroje na vyvažovanie záťaže alebo mechanizmy plánovania dávkových úloh - DRM softvér typicky poskytuje nasledovné kľúčové funkcie nad veľkými množinami distribuovaných zdrojov:

• alokácia distribuovaných zdrojov (čas CPU, licencie softvéru) podľa určenej politiky
• dávkové požiadavky a plánovanie
• podpora rozličného serverového hardvéru, OS a architektúr
• vyvažovanie záťaže a spúšťanie vzdialených úloh
• podrobné štatistiky o úlohách
• jemné používateľsky určené zdroje
• uspanie/obnovenie/migrovanie úloh
• nástroje na oznamovanie stavu úlohy/počítača/klastra
• polia úloh
• integrácia a riadenie paralelných úloh

Tento balík obsahuje grafické používateľské rozhranie na správu Grid Engine.

This package aids upgrades of existing htcondor installations to the package name "condor". The package is empty and it can safely be removed.

IPython možno použiť ako náhradu za štandardný shell pre Python alebo ho možno použiť ako kompletné pracovné prostredie na vedecké výpočty (ako Matlab alebo Mathematica) vďaka štandardným vedeckým a numerickým nástrojom. Podporuje dynamické introspekcie objektov, číslované V/V výzvy, systém makier, záznam relácie, obnovovanie relácie, kompletný prístup k shellu systému, výrečné a zafarbené hlásenia traceback, uzatváranie úvodzoviek, automatické citovanie a možno ho v iných programoch Pythonu.

Tento balík obsahuje samotný shell jazyka Python 3 pre terminál.

NorduGrid is a collaboration aiming at development, maintenance and support of the middleware, known as the Advanced Resource Connector (ARC).

This client package contains all the CLI tools that are needed to operate with x509 proxies, submit and manage jobs and handle data transfers.

Open MPI je projekt kombinujúci technológie a zdroje z niekoľkých ďalších projektov (FT-MPI, LA-MPI, LAM/MPI a PACX-MPI), aby zostavil tú najlepšiu dostupnú knižnicu MPI. Celkom nová implementácia MPI-3.1, Open MPI ponúka výhody dodávateľom systémov a softvéru, vývojárom aplikácií a výskumníkom oblasti informatiky.

Vlastnosti:

• plne v súlade so štandardmi MPI-3.1
• reentrantná, podporujúca paralelizáciu
• dynamické spúšťanie procesov
• vysoký výkon na všetkých platformách
• spoľahlivá a rýchla správa úloh
• tolerancia voči sieťovým chybám a chybám v procesoch
• podpora heterogénnej siete
• jediná knižnica podporuje všetky siete
• dynamická implementácia
• podpora mnohých plánovačov úloh
• internacionalizované chybové hlásenia
• dizajn založený na komponentoch, zdokumentované API

Tento balík obsahuje pomocné programy Open MPI.

SCOOP (Scalable COncurrent Operations in Python) is a distributed task module allowing concurrent parallel programming on various environments, from heterogeneous grids to supercomputers.

This package contains the Python3 modules.

This is a collection of software that help users to share resources in a complex, heterogeneous, and unreliable computing environment. This includes:

• Chirp: A personal filesystem and I/O protocol that allows unprivileged users to share space securely, efficiently, and conveniently. When combined with Parrot, Chirp allows users to create custom wide-area distributed filesystems.
• Parrot: A transparent user-level virtual filesystem that allows any ordinary program to be attached to a remote storage device such as an FTP server or a Chirp server.
• Makeflow: A workflow system for parallel and distributed computing that uses a language very similar to Make.
• Work Queue: A system and API for building master-worker style programs that scale up to thousands of processors.
• All Pairs: A computational abstraction for running very large Cartesian products.
• Wavefront: A computational abstraction for running very large dynamic programming problems.
• The Fault Tolerant Shell: A high-level programming language that allows users to combine the ease of shell scripting, the power of distributed programming, and the precision of compiled languages. Basically, parallel programming and exception handling for scripts.

The High Performance Computing (HPC) Challenge benchmark runs a suite of 7 tests that measure the performance of CPU, memory and network for HPC clusters. Amongst others, it includes the High-Performance LINPACK (HPL) benchmark, used by the Top500 ranking (http://www.top500.org/).

MPI for Python (mpi4py) poskytuje väzby štandardu (MPI Message Passing Interface) pre programovací jazyk Python, čím umožňuje ktorémukoľvek programu v Pythone využívať viacero procesorov.

mpi4py je postavený na špecifikácii MPI-1/MPI-2 a poskytuje objektovo orientované rozhranie, ktoré úzko sleduje väzby MPI-2 pre C++. Podporuje komunikáciu typu point-to-point (posielanie, prijímanie) a kolektívnu komunikáciu (vysielanie, roztrúsenie, zhromaždenie) akéhokoľvek objektu Pythonu, ktorý je možné serializovať pomocou Pickle a tiež optimalizovanú komunikáciu objektov Pythonu, ktorá sprístupňuje rozhranie jednosegmentového buffera (polia NumPy, zabudované objekty bajtov/reťazcov/polí).

PSOM is a lightweight library to manage complex multi-stage data processing. A pipeline is a collection of jobs, i.e. Matlab or Octave code with a well identified set of options that are using files for inputs and outputs. To use PSOM, the only requirement is to generate a description of a pipeline in the form of a simple Matlab/Octave structure. PSOM then automatically offers the following services:

• Run jobs in parallel using multiple CPUs or within a distributed computing environment.
• Generate log files and keep track of the pipeline execution. These logs are detailed enough to fully reproduce the analysis.
• Handle job failures: successful completion of jobs is checked and failed jobs can be restarted.
• Handle updates of the pipeline: change options or add jobs and let PSOM figure out what to reprocess.