PAN Blend tomography packages

CTSim è un simulatore interattivo di tomografia assiale computerizzata. Questa è una tecnica che stima l'interno degli oggetti mediante la misura dell'assorbimento dei raggi X che li attraversano.

Sono disponibili sia un'interfaccia grafica che strumenti da riga di comando. CTSim presenta delle modalità estremamente educative sia per vedere la simulazione della raccolta dati, che per la ricostruzione.

Questo pacchetto fornisce i file della documentazione del pacchetto ctsim nei formati HTML e PDF. CTSim è un simulatore interattivo di tomografia assiale computerizzata. Questo file di documentazione è incluso in un pacchetto separato così non deve essere incluso nel pacchetto ctsim binario per ogni architettura.

Questo pacchetto fornisce il file dell'aiuto in-linea del pacchetto ctsim. CTSim è un simulatore interattivo di tomografia assiale computerizzata. Questo file d'aiuto è incluso in un pacchetto separato così non deve essere incluso nel pacchetto ctsim binario per ogni architettura.

The presented ParaView plugin allows easy access to the algorithm described in Ref 1. It enables analysis of faceted objects that exhibit distortions in their digital representation, e.g. due to tomographic reconstruction artifacts. The contributed functionality can also be used outside ParaView in e.g. command-line programs. The code, data, a test and an example program are included.

Ref 1: Roman Grothausmann, Sebastian Fiechter, Richard Beare, Gaëtan Lehmann, Holger Kropf, Goarke Sanjeeviah Vinod Kumar, Ingo Manke, and John Banhart. Automated quantitative 3D analysis of faceting of particles in tomographic datasets. Ultramicroscopy, 122(0):65 – 75, 2012. ISSN 0304- 3991. doi: 10.1016/j.ultramic.2012.07.024.

Geomview è un programma per la visualizzazione interattiva particolarmente adatto per la ricerca e l'educazione matematica. In particolare, geomview è in grado di visualizzare figure sia in spazi iperbolici che sferici, così come in spazi euclidei.

Geomview consente l'utilizzo di numerosi oggetti e punti di vista indipendenti tra loro. Fornisce un controllo interattivo per il movimento, aspetto (inclusi illuminazione, opacità e materiale), selezione a livello di oggetti, spigoli o vertici, fotografie istantanee nel formato d'immagine SGI o Renderman RIB, mentre l'aggiunta o la rimozione di oggetti è gestita tramite la manipolazione diretta via mouse, pannelli di controllo e scorciatoie da tastiera. Programmi esterni possono gestire particolari aspetti del visualizzatore (come caricare continuamente geometrie che cambiano o controllare il movimento di certi oggetti) permettendo, nel contempo, il controllo interattivo di tutto il resto.

L'infrastruttura UFO per elaborazione dati è una libreria C fornita per creare elaborazioni di dati di flusso di scopo generico su piattaforme eterogenee quali CPU, GPU o cluster. Viene utilizzata in modo estensivo dall'Istituto di Tecnologia di Karlsruhe per immagini ultra veloci ai raggi X (radiografia, tomografia e laminografia).

Viene fornito anche un collegamento a gobject-introspection per scrivere script o interfacce utente.

Questo pacchetto può essere usato da altri pacchetti che utilizzano il formato GIRepository per generare collegamenti dinamici.

MayaVi2 è uno strumento multipiattaforma per la visualizzazione di dati scientifici 2D e 3D. Le sue caratteristiche includono:

• visualizzazione di dati scalari, vettori e tensori in 2 e 3 dimensioni;
• facile creazione di script usando Python;
• facile estensibilità grazie a fonti, moduli e filtri dati personalizzati;
• lettura di svariati formati di file: VTK (vecchi e XML), PLOT3D, ecc.;
• salvataggio delle visualizzazioni;
• salvataggio del rendering delle visualizzazioni in svariati formati immagine.

MayaVi2 è stato progettato pensando alla possibilità di creare script e alla estensibilità. Benché l'applicazione mayavi2 sia usabile di per sé, può essere usata come plugin Envisage che permette di incorporarla in modo nativo in applicazioni utente. In alternativa può essere usato come motore di visualizzazione per qualunque applicazione.

Questo pacchetto fornisce anche TVTK che fa da wrapper per oggetti VTK in modo da fornire una comoda API Pythonica, gestendo al contempo gli attributi Traits e gli array NumPy/SciPy. TVTK è implementato per la maggior parte in Python puro, tranne che per un piccolo modulo di estensione.

Meshio può leggere e scrivere svariati formati di dati che rappresentano maglie non strutturate, come DOLFIN, Gmsh, H5M o VTK.

Questo pacchetto fornisce gli strumenti a riga di comando e un plugin per paraview.

Questo pacchetto fornisce anche lo strumento msh2xdmf di Flavien Loiseau per convertire da MSH a formati per maglie XDMF.

Questo è un sistema open source, portabile ed estensibile per l'elaborazione e la modifica di mesh triangolari 3D non strutturate. Il sistema è orientato ad aiutare l'elaborazione dei tipici modelli non strutturati e non tanto piccoli che si incontrano nella scansione 3D, fornendo un insieme di strumenti per modificare, pulire, correggere, ispezionare, fare il rendering e convertire questo tipo di mesh.

MeshLab può leggere file in questi formati: PLY, STL, OFF, OBJ, 3DS, COLLADA e PTX. Può scrivere PLY, STL, OFF, OBJ, 3DS, COLLADA, VRML e DXF.

ParaView è un'applicazione multipiattaforma e open source progettata per visualizzare insiemi di dati di dimensioni variabili da piccole a molto grandi. Tra gli scopi del progetto ParaView sono inclusi i seguenti:

• sviluppare un'applicazione di visualizzazione open source e multipiattaforma;
• gestire modelli di calcolo distribuito per elaborare grandi insiemi di dati;
• creare un'interfaccia utente aperta, flessibile e intuitiva;
• sviluppare un'architettura estensibile basata su standard aperti.

ParaView gira su sistemi paralleli a memoria distribuita e condivisa così come con processori singoli ed è stata testata con successo su Windows, Mac OS X, Linux e varie workstation Unix, cluster e supercomputer. Sotto il cofano, ParaView usa il Visualization Toolkit come motore di elaborazione e rendering dei dati ed ha un'interfaccia utente scritta usando Qt.

ParaView è un'applicazione multipiattaforma e open source progettata per visualizzare insiemi di dati di dimensioni da piccole a molto grandi. Tra gli scopi del progetto ParaView sono inclusi i seguenti:

• sviluppare un'applicazione di visualizzazione open source e multipiattaforma;
• gestire modelli di calcolo distribuito per elaborare grandi insiemi di dati;
• creare un'interfaccia utente aperta, flessibile e intuitiva;
• sviluppare un'architettura estensibile basata su standard aperti.

ParaView gira su sistemi paralleli a memoria distribuita e condivisa così come con processori singoli ed è stata testata con successo su Windows, Mac OS X, Linux e varie workstation Unix, cluster e supercomputer. Sotto il cofano, ParaView usa il Visualization Toolkit come motore di elaborazione e rendering dei dati ed ha un'interfaccia utente scritta usando Qt. File header di sviluppo.

ParaView è un'applicazione multipiattaforma e open source progettata per visualizzare insiemi di dati di dimensioni da piccole a molto grandi. Tra gli scopi del progetto ParaView sono inclusi i seguenti:

• sviluppare un'applicazione di visualizzazione open source e multipiattaforma;
• gestire modelli di calcolo distribuito per elaborare grandi insiemi di dati;
• creare un'interfaccia utente aperta, flessibile e intuitiva;
• sviluppare un'architettura estensibile basata su standard aperti.

ParaView gira su sistemi paralleli a memoria distribuita e condivisa così come con processori singoli ed è stata testata con successo su Windows, Mac OS X, Linux e varie workstation Unix, cluster e supercomputer. Sotto il cofano, ParaView usa il Visualization Toolkit come motore di elaborazione e rendering dei dati ed ha un'interfaccia utente scritta usando Qt. Documentazione completa.

Plastimatch è un software open source per registratura di immagini deformabili. È progettato per registrature volumetriche ad alte prestazioni di immagini medicali, come tomografie computerizzate (CT) ai raggi X, tomografie a risonanza magnetica (MRI) e tomografie a emissione di positroni (PET). Le caratteristiche del software includono:

• metodo B-spline per la registratura deformabile di immagini (con accelerazione GPU e multiprocessore), inclusa la gestione di maschere per le immagini, penalità per punti di confine e regolarizzazione;
• metodo Demons per la registratura deformabile di immagini (con accelerazione GPU);
• segmentazione multi-atlante;
• algoritmi basati su ITK per registratura a traslazione, rigide, affini, diversi metodi demons e B-spline;
• infrastruttura di registratura con pipe, multi-stadio con conversione perfetta tra la maggior parte degli algoritmi e i tipi di trasformazione;
• registratura deformabile basata su punti di confine usando spline thin-plate per la registratura globale;
• registratura deformabile basata su punti di confine usando funzioni a base radiale per correzioni locali;
• ampia gestione di formati di file per immagini 3D (usando ITK) inclusi DICOM, Nifti, NRRD, MetaImage e Analyze;

• toolchain esaustiva per la ricerca radioterapica, inclusa la gestione per i formati di file DICOM, DICOM-RT, DICOM SRO, XiO, l'analisi della gamma, la manipolazione dei contorni, l'analisi della sovrapposizione dei contorni e l'analisi vettoriale dei campi. Plastimatch ha anche due utili strumenti che non sono direttamente correlati con la registratura di immagini:

• ricostruzione di CT con fascio a cono FDK (con accelerazione GPU e multiprocessore);

• generazione di radiografie ricostruite digitalmente (DRR) (con accelerazione GPU e multiprocessore).

Freeart is a tomographic image reconstruction library using Algebraic Reconstruction Technique (ART). It is able to deal with absorption and emission sinograms. Freeart core is written in C++ using template classes to have simple or double precision. A python interface is provided to access the core functionalities. A set of utils such as configuration files, interpreter to run reconstruction from configuration files are provided in python.

Nabu può essere usato in diversi modi:

• come libreria Python, da funzionalità come Backprojector, FlatField, ecc.;
• come applicazione autonoma con l'interfaccia a riga di comando;
• da Tomwer (https://gitlab.esrf.fr/tomotools/tomwer/).

ParaView è un'applicazione multipiattaforma e open source progettata per visualizzare insiemi di dati di dimensioni variabili da piccole a molto grandi. Tra gli scopi del progetto ParaView sono inclusi i seguenti:

• sviluppare un'applicazione di visualizzazione open source e multipiattaforma;
• gestire modelli di calcolo distribuito per elaborare grandi insiemi di dati;
• creare un'interfaccia utente aperta, flessibile e intuitiva;
• sviluppare un'architettura estensibile basata su standard aperti.

ParaView gira su sistemi paralleli a memoria distribuita e condivisa così come con processori singoli ed è stata testata con successo su Windows, Mac OS X, Linux e varie workstation Unix, cluster e supercomputer. Sotto il cofano, ParaView usa il Visualization Toolkit come motore di elaborazione e rendering dei dati ed ha un'interfaccia utente scritta usando Qt. Permette la gestione di Python.

scikit-image è una raccolta di algoritmi per l'elaborazione di immagini per Python. Esegue compiti come: caricamento, filtraggio, morfologia, segmentazione, conversione di colori e trasformazioni di immagini.

Questo pacchetto fornisce il modulo Python 3.

Tomogui offers a Graphical User Interface to run tomographic reconstruction based on freeart and silx algorithms

Tomogui contains two main applications:

• tomogui project : to create a new project from scratch
• tomogui recons : to run reconstruction from a configuration file created by 'tomogui project'

This library is offering an abstraction to access tomography data from various file formats.

It can read:

• acquisitions from spec (.edf) and bliss (.hdf5)
• volumes:
• single frame file: EDF, JP2K, tiff
• multi frame: HDF5, multitiff

Questo repository contiene script Python per elaborazione di dati, da utilizzare con l'infrastruttura UFO. Al momento sono progettati per la ricostruzione ad alte prestazioni di insiemi di dati di tomografia.

VisPy è una libreria per visualizzazione interattiva di dati 2D/3D ad alte prestazioni.

VisPy sfrutta la potenza di calcolo delle GPU (Graphics Processing Unit) moderne attraverso la libreria OpenGL per visualizzare insiemi di dati molto grandi.

Questo pacchetto fornisce VisPy per l'interprete di Python 3.

Rheolef è un ambiente per computer che funziona da comodo laboratorio per calcoli di matematica applicata che comportano metodi in stile elementi finiti. Fornisce un insieme di comandi e contenitori e algoritmi C++.

In maggior dettaglio, i contenitori coprono prima la classica struttura di dati a grafo per formati di matrici sparse e reticoli di elementi finiti. Ad un livello più elevato di astrazione, possono gestire spazi a elementi finiti approssimati, campi discreti. Per specificare forme bilineari vengono usate espressioni flessibili e potenti.

Attualmente le applicazioni includono:

• ambiente ad elementi finiti per memoria distribuita in modo massivo, basato su MPI;
• problemi Stokes e Navier-Stokes, elasticità, in 2D e 3D;
• applicazioni su fluidi complesse: viscoplasticità, viscoelasticità, velocità di scorrimento a parete;
• problemi non lineari con metodi con continuazione, Newton e a punto fisso;
• approcci con reticoli autoadattivi;
• problemi con simmetria assiale;
• problemi multi-regioni e con coefficienti variabili.

Questo pacchetto fornisce i comandi rheolef. Questi gestiscono input e output in diversi formati di file per generatori di reticoli e sistemi di visualizzazione di dati numerici come paraview e gnuplot.

L'infrastruttura UFO per elaborazione dati è una libreria C fornita per creare elaborazioni di dati di flusso di scopo generico su piattaforme eterogenee quali CPU, GPU o cluster. Viene utilizzata in modo estensivo dall'Istituto di Tecnologia di Karlsruhe per immagini ultra veloci ai raggi X (radiografia, tomografia e laminografia).

Viene fornito anche un collegamento a gobject-introspection per scrivere script o interfacce utente.

Questo pacchetto fornisce la documentazione per libufo.

L'infrastruttura UFO per elaborazione dati è una libreria C fornita per creare elaborazioni di dati di flusso di scopo generico su piattaforme eterogenee quali CPU, GPU o cluster. Viene utilizzata in modo estensivo dall'Istituto di Tecnologia di Karlsruhe per immagini ultra veloci ai raggi X (radiografia, tomografia e laminografia).

Questo pacchetto contiene i plugin "average", "backproject", "bin", "blur", "buffer", "calculate", "camera", "clip", "contrast", "crop", "denoise", "duplicate", "fftmult", "fft", "filter", "flatten", "flip", "forwardproject", "gemm", "ifft", "interpolate", "loop", "measure", "merge", "metaballs", "monitor", "null", "opencl", "ordfilt", "pad", "read", "reduce", "refeed", "replicate", "rescale", "ringwriter", "sleep", "slice", "stack", "stdin", "stdout", "subtract", "transpose", "write" e "zeropad".

L'infrastruttura UFO per elaborazione dati è una libreria C fornita per creare elaborazioni di dati di flusso di scopo generico su piattaforme eterogenee quali CPU, GPU o cluster. Viene utilizzata in modo estensivo dall'Istituto di Tecnologia di Karlsruhe per immagini ultra veloci ai raggi X (radiografia, tomografia e laminografia).

Questo pacchetto fornisce la documentazione per i plugin.

It supports 2D parallel and fan beam geometries, and 3D parallel and cone beam. All of them have highly flexible source/detector positioning.

A large number of 2D and 3D algorithms are available, including FBP, SIRT, SART, CGLS.

The basic forward and backward projection operations are GPU-accelerated, and directly callable from Octave and Python to enable building new algorithms.

This is the Octave library.

It supports 2D parallel and fan beam geometries, and 3D parallel and cone beam. All of them have highly flexible source/detector positioning.

A large number of 2D and 3D algorithms are available, including FBP, SIRT, SART, CGLS.

The basic forward and backward projection operations are GPU-accelerated, and directly callable from Octave and Python to enable building new algorithms.

This is the Python3 library.

PyHST is a Python program for Tomographic data reconstruction based on direct filtered back-projection algorithm

This is the CUDA version

Features:

• Image reconstruction algorithms for tomography.
• Various filters, ring removal algorithms, phase retrieval algorithms.
• Forward projection operator for absorption and wave propagation.

RabbitCT provides an open platform for worldwide performance-comparison of backprojection implementations on different architectures using one specific, clinical, high resolution C-arm CT dataset of a rabbit. This includes a sophisticated benchmark interface, a prototype implementation in C++, and image quality measures.

provided prior to the tomography experiment.