PAN Blend tomography packages

CTSim tilbyder en interaktiv beregnet tomografisimulator. Beregnet tomografi er en teknik til stimering af interiøret for et objekt ved at måle x-strålingabsorbering igennem objektet.

CTSim har både kommandolinjeværktøjer og en grafisk brugerflade. CTSim har meget undervisende sporingstilstande for visning af dataindsamlingssimuleringen samt rekonstruktionen.

Denne pakke tilbyder HTML- og PDF-dokumentationsfiler for pakken ctsim. CTSim er en grafisk beregnet tomografisimulator. Denne dokumentationsfil er inkluderet i en separat pakke, så den ikke skal inkluderes i den binære pakke for ctsim for alle arkitekturer.

Denne pakke tilbyder nettets hjælpefil for pakken ctsim. CTSim er en grafisk beregnet tomografisimulator. Denne hjælpefil er inkluderet i en separat pakke, så at den ikke skal inkluderes i den binære pakke ctsim for hver arkitektur.

Det præsenterede ParaView-udvidelsesmodul giver nem adgang til algoritmen beskrevet i Ref 1. Modulet aktiverer analyse af facetteret objekter, der udviser forvrængninger i deres digitale repræsentation, f.eks. på grund af tomografisk rekonstruktionsartefakter. Den bidragne funktionalitet kan også bruges uden for ParaView i f.eks. kommandolinjeprogrammer. Koden, data, en test og et eksempel på et program er inkluderet.

Ref 1: Roman Grothausmann, Sebastian Fiechter, Richard Beare, Gaëtan Lehmann, Holger Kropf, Goarke Sanjeeviah Vinod Kumar, Ingo Manke, and John Banhart. Automated quantitative 3D analysis of faceting of particles in tomographic datasets. Ultramicroscopy, 122(0):65 – 75, 2012. ISSN 0304- 3991. doi: 10.1016/j.ultramic.2012.07.024.

Geomview er et program til interaktiv geometri, der er særligt egnet inden for forskning og undervisning i matematik. Helt specifikt kan geomview fremstille ting fra det hyperbolske og sfæriske rum, såvel som fra det euklidiske rum.

Geomview tillader flere, uafhængigt kontrollerbare objekter og kameraer. Det tilbyder en interaktiv kontrol for bevægelse, udseender (inklusive lys, skygger, kant- eller hjørneniveau, øjebliksbilleder i billedformatet SGI eller Renderman RIB, og tilføjelse og fjernelse af objekter tilbydes gennem direkte manipulation med mus, kontrolpaneler og tastaturgenveje. Eksterne programmer kan drive ønskede aspekter på fremviseren (såsom kontinuerlig indlæsning af geometri som ændrer sig, eller kontrol af bevægelsen for visse objekter), mens der tillades interaktiv kontrol af alt andet.

UFO-databehandlingsrammen er et C-bibliotek egnet til at bygge almene strøms databehandling på heterogene arkitekturer såsom cpu'er, gpu'er eller klynger. Bruges i stor udstrækning af Karlsruhe Institute of Technology for Ultra-fast X-ray Imaging (radiografi, tomografi og laminografi).

En gobject-instrospection-binding tilbydes også til at skrive skripter eller brugergrænseflader.

Denne pakke kan bruges af andre pakker, der bruger GIRepository-formatet til at oprette dynamiske bindinger.

MayaVi2 er et værktøj for flere platforme for 2-D og 3-D videnskabelig datavisualisering. Programmets funktioner inkluderer:

• Visualisering for skala-, vektor- og tensordata i 2 og 3 dimensioner
• Nem udarbejdelse af skripter med Python
• Nem udvidelse via tilpassede kilder, moduler og datafiltre
• Læser flere filformater: VTK (forældet og XML), PLOT3D, etc.
• Visualiseringer kan gemmes
• Optegnede visualiseringer kan gemmes i en række billedformater

MayaVi2 er blevet designet med tanke på skripter og udvidelser. Mens selve mayavi2-programmet kan bruges i sig selv, kan det også bruges som et Envisage-udvidelsesmodul, hvilket gør det muligt at det - som standard - kan indlejres i brugerprogrammer. Alternativt kan det bruges som en visualiseringsmotor for ethvert program.

Denne pakke tilbyder også TVTK, som omslutter VTK-objekter for at tilbyde en Pythonic API, mens den stadig understøtter Traits-attributter og NumPy/SciPy-array. TVTK implementeres hovedsagelig i ren Python med undtagelse af et lille udvidelsesmodul.

Meshio kan læse fra og skrive til diverse dataformater, der repræsenterer ustrukturerede mesh'er, såsom DOLFIN, Gmsh, HSM eller VTK.

Denne pakke indeholder værktøjerne for kommandolinjen og et udvidelsesmodul for paraview.

Denne pakke tilbyder også Flavien Loiseaus msh2xdmf-værktøj til at konvertere fra MSH til XDMF mesh-formaterne.

MeshLab er et system udviklet i åben kildekode, der kan flyttes og udvides for behandling og redigering af ustrukturerede 3D-triangulære mesh'er. Systemet er lavet for at hjælpe i behandlingen af de typisk ikke så små ustrukturerede modeller, der opstår i 3D-skanning. Det tilbyder et sæt af værktøjer for redigering, oprydning, rensning, inspektion, optegning og konvertering af denne slags mesh'er.

MeshLab kan læse filer i disse formater: PLY, STL, OFF, OBJ, 3DS, COLLADA and PTX. It can write PLY, STL, OFF, OBJ, 3DS, COLLADA, VRML og DXF.

ParaView er et program til flere platforme, udviklet i åben kildekode og designet til at visualisere datasæt med en størrelse der varierer fra lille til meget stor.

• Udvikl et visualiseringsprogram i åben kildekode og til flere platforme
• Understøt distribuerede beregningsmodeller til behandling af store datasæt.
• Opret en åben, fleksibel og intuitiv brugergrænseflade.
• Udvikl en arkitektur, der kan udvides, baseret på åbne standarder.

ParaView kører på distribueret og delt hukommelse parallelt samt på systemer kun med en processor. Er blevet testet med succes på Windows, Mac OS X, Linux og diverse Unix-arbejdsstationer, klynger og supercomputere. Under motorhjelmen bruger ParaView visualiseringsværktøjssættet da databehandlings- og optegningsmotoren har en brugergrænseflade skrevet med Qt.

ParaView er et program til flere platforme, udviklet i åben kildekode og designet til at visualisere datasæt med en størrelse der varierer fra lille til meget stor.

• Udvikl et visualiseringsprogram i åben kildekode og til flere platforme
• Understøt distribuerede beregningsmodeller til behandling af store datasæt.
• Opret en åben, fleksibel og intuitiv brugergrænseflade.
• Udvikl en arkitektur, der kan udvides, baseret på åbne standarder.

ParaView kører på distribueret og delt hukommelse parallelt samt på systemer med en processor og er blevet testet med succes på Windows, Mac OS X, Linux og diverse Unix-arbejdsstationer, klynger og supercomputere. Under motorhjelmen bruger ParaView Visualization Toolkit som databehandlings- og optegningsmotor og har en brugerflade skrevet i Qt. Denne pakke indeholder teksthovederne for udvikling.

ParaView er et program til flere platforme, udviklet i åben kildekode og designet til at visualisere datasæt med en størrelse der varierer fra lille til meget stor.

• Udvikl et visualiseringsprogram i åben kildekode og til flere platforme
• Understøt distribuerede beregningsmodeller til behandling af store datasæt.
• Opret en åben, fleksibel og intuitiv brugergrænseflade.
• Udvikl en arkitektur, der kan udvides, baseret på åbne standarder.

ParaView kører på distribueret og delt hukommelse parallelt samt på systemer med en processor og er blevet testet med succes på Windows, Mac OS X, Linux og diverse Unix-arbejdsstationer, klynger og supercomputere. Under motorhjelmen bruger ParaView Visualization Toolkit som databehandlings- og optegningsmotor og har en brugerflade skrevet i Qt. Denne pakke indeholder omfattende dokumentation.

Plastimatch er et program for deformationsbilledregistrering, udarbejdet i åben kildekode. Det er designet for højtydende rumfangsregistrering for medicinske billeder, såsom x-røntgen beregnet tomografi (CT), magnetisk resonans billedbehandling (MRI) og positron-emissionstomografi (PET). Inkluderede funktioner:

• B-spline-metode for deformationsbilledregistrering (GPU- og multikerneaccelereret), inklusive understøttelse for billedmaskering, skelsættende sanktioner, og legalisering
• Demons method for deformable image registration (GPU-accelereret)
• Fleratlassegmentering
• ITK-baserede algoritmer for oversættelse, rigid, affine, flere dæmonmetoder og B-spline-registrering
• Pipelined, flertrins registreringsrammeværktøj med seamless konvertering mellem de fleste algoritmer og transformeringstyper
• Landmark-based deformable registrering med brug af thin- plate splines for global registrering
• Landmark-based deformable registration med brug af radial grundfunktioner for lokale rettelser
• Bred understøttelse for 3D-billedformater (der bruger ITK), inklusive DICOM, Nifti, NRRD, MetaImage og Analyze

• Omfattende værktøjskæde for radioterapiforskning, inklusive understøttelse for DICOM- DICOM-RT-, DICOM SRO- og XiO-filformatet, gammaanalyse, kontourmanipulering, kontouroverlapsanalyse og analyse af vektorfelt Plastimatch indeholder også to nyttige redskaber, som ikke er direkte forbundet med billedregistrering:

• FDK cone-beam CT reconstruction (GPU og accelereret via flere kerner)

• Digitalt rekonstrueret radiograf-oprettelse (DRR) (GPU- og flerkerneaccelereret)

Freeart is a tomographic image reconstruction library using Algebraic Reconstruction Technique (ART). It is able to deal with absorption and emission sinograms. Freeart core is written in C++ using template classes to have simple or double precision. A python interface is provided to access the core functionalities. A set of utils such as configuration files, interpreter to run reconstruction from configuration files are provided in python.

Nabu can be used in several ways:

• As a Python library, by features like Backprojector, FlatField, etc
• As a standalone application with the command line interface
• From Tomwer (https://gitlab.esrf.fr/tomotools/tomwer/)

ParaView er et program til flere platforme, udviklet i åben kildekode og designet til at visualisere datasæt med en størrelse der varierer fra lille til meget stor.

• Udvikl et visualiseringsprogram i åben kildekode og til flere platforme
• Understøt distribuerede beregningsmodeller til behandling af store datasæt.
• Opret en åben, fleksibel og intuitiv brugergrænseflade.
• Udvikl en arkitektur, der kan udvides, baseret på åbne standarder.

ParaView kører på distribueret og delt hukommelse parallelt samt på systemer med en processor og er blevet testet med succes på Windows, Mac OS X, Linux og diverse Unix-arbejdsstationer, klynger og supercomputere. Under motorhjelmen bruger ParaView Visualization Toolkit som databehandlings- og optegningsmotor og har en brugerflade skrevet i Qt. Denne pakke indeholder understøttelse for Python.

Scikit-image er en samling af billedbehandlingsalgoritmer for Python. Samlingen udfører opgaver såsom billedindlæsning, filtrering, morfologi, segmentering, farvekonverteringer og transformationer.

Denne pakke indeholder Python 3-modulet.

Tomogui offers a Graphical User Interface to run tomographic reconstruction based on freeart and silx algorithms

Tomogui contains two main applications:

• tomogui project : to create a new project from scratch
• tomogui recons : to run reconstruction from a configuration file created by 'tomogui project'

This library is offering an abstraction to access tomography data from various file formats.

It can read:

• acquisitions from spec (.edf) and bliss (.hdf5)
• volumes:
• single frame file: EDF, JP2K, tiff
• multi frame: HDF5, multitiff

Dette arkiv indeholder skripter til at behandle Pythondata til brug med UFO-rammen. I øjeblikket er de målrettet højtydende rekonstruktion af tomografiske datasæt.

Vispy er et højtydende interaktivt 2D/3D-datavisualiseringsbibliotek.

Vispy udnytter beregningskraften i moderne grafiske behandlingsenheder (GPU'er) via OpenGL-biblioteket til at vise meget store datasæt.

Denne pakke tilbyder VisPy for Python 3-fortolkeren.

Rheolef er et computermiljø, som fungerer som et nemt laboratorie for beregninger i anvendt matematik, der involverer »finite element«-lignende metoder. Miljøet tilbyder et sæt af kommandoer og C++-algoritmer og containere.

Grundlæggende dækker containere først den klassiske grafdatastruktur for sjældne matrixformater og gitre for finitte elementer. På et højere abstraktionsniveau kan de håndtere omtrentlige finitte elementrum og diskrete felter. Fleksible og funktionsrige udtryk bruges til at specificere bilineære formularer.

Aktuelle programmer dækker:

• massivt distribueret hukommelses finitte elementmiljø, baseret på MPI
• elasticitet, Stokes- og Navier-Stokes-problemer i 2D og 3D
• Komplekse væskeanvendelser: viskoplastisk, viskoelasticitet, vægglidning
• ikkelineære problemer med enten fixpunkt algoritmer eller en tilbudt generisk dæmpet Newton-løsningsalgoritme
• højordenspolynomier, blandede elementer og diskontinuerlige Galerkin- metoder
• automatisk tilpassede gitterfremgangsmåder
• aksesymmetriske problemer
• flere regioner og variable koefficientproblemer

Denne pakke tilbyder kommandoerne for rheolef. Disse understøtter input og output i diverse filformater for gitter-generatorer og numeriske datavisualiseringssystemer såsom Paraview og gnuplot.

UFO-databehandlingsrammen er et C-bibliotek egnet til at bygge almene strøms databehandling på heterogene arkitekturer såsom cpu'er, gpu'er eller klynger. Bruges i stor udstrækning af Karlsruhe Institute of Technology for Ultra-fast X-ray Imaging (radiografi, tomografi og laminografi).

En gobject-instrospection-binding tilbydes også til at skrive skripter eller brugergrænseflader.

Denne pakke indeholder dokumentationen for libufo.

UFO-databehandlingsrammen er et C-bibliotek egnet til at bygge almene strøms databehandling på heterogene arkitekturer såsom cpu'er, gpu'er eller klynger. Bruges i stor udstrækning af Karlsruhe Institute of Technology for Ultra-fast X-ray Imaging (radiografi, tomografi og laminografi).

Denne pakke indeholder udvidelsesmodulerne average, backproject, bin, blur, buffer, calculate, camera, clip, contrast, crop, denoise, duplicate, fftmult, fft, filter, flatten, flip, forwardproject, gemm, ifft, interpolate, loop, measure, merge, metaballs, monitor, null, opencl, ordfilt, pad, read, reduce, refeed, replicate, rescale, ringwriter, sleep, slice, stack, stdin, stdout, subtract, transpose, write og zeropad.

UFO-databehandlingsrammen er et C-bibliotek egnet til at bygge almene strøms databehandling på heterogene arkitekturer såsom cpu'er, gpu'er eller klynger. Bruges i stor udstrækning af Karlsruhe Institute of Technology for Ultra-fast X-ray Imaging (radiografi, tomografi og laminografi).

Denne pakke tilbyder dokumentationen for udvidelsesmodulerne.

It supports 2D parallel and fan beam geometries, and 3D parallel and cone beam. All of them have highly flexible source/detector positioning.

A large number of 2D and 3D algorithms are available, including FBP, SIRT, SART, CGLS.

The basic forward and backward projection operations are GPU-accelerated, and directly callable from Octave and Python to enable building new algorithms.

This is the Octave library.

It supports 2D parallel and fan beam geometries, and 3D parallel and cone beam. All of them have highly flexible source/detector positioning.

A large number of 2D and 3D algorithms are available, including FBP, SIRT, SART, CGLS.

The basic forward and backward projection operations are GPU-accelerated, and directly callable from Octave and Python to enable building new algorithms.

This is the Python3 library.

PyHST is a Python program for Tomographic data reconstruction based on direct filtered back-projection algorithm

This is the CUDA version

Features:

• Image reconstruction algorithms for tomography.
• Various filters, ring removal algorithms, phase retrieval algorithms.
• Forward projection operator for absorption and wave propagation.

RabbitCT provides an open platform for worldwide performance-comparison of backprojection implementations on different architectures using one specific, clinical, high resolution C-arm CT dataset of a rabbit. This includes a sophisticated benchmark interface, a prototype implementation in C++, and image quality measures.

provided prior to the tomography experiment.