PAN Blend tomography packages

CTSim fournit un simulateur interactif de tomographie. La tomographie calculée est la technique permettant d'estimer l'intérieur d'un objet en mesurant l'absorption des rayons X à travers cet objet.

CTSim inclut des outils en ligne de commande et une interface graphique. Il possède des modes éducatifs permettant de voir une simulation de la collecte des données ainsi que de la reconstruction.

Ce paquet fournit les fichiers de documentation en HTML et PDF pour le paquet ctsim. CTSim est un simulateur informatique de tomographie. Ce fichier de documentation est inclus dans un paquet séparé de façon à ne pas être inclus dans le paquet binaire ctsim pour chaque architecture.

Ce paquet fournit le fichier d’aide en ligne pour le paquet ctsim. CTSim est un simulateur informatique de tomographie. Ce paquet d’aide est inclus dans un paquet séparé de façon à ne pas être inclus dans le paquet binaire ctsim pour chaque architecture.

The presented ParaView plugin allows easy access to the algorithm described in Ref 1. It enables analysis of faceted objects that exhibit distortions in their digital representation, e.g. due to tomographic reconstruction artifacts. The contributed functionality can also be used outside ParaView in e.g. command-line programs. The code, data, a test and an example program are included.

Ref 1: Roman Grothausmann, Sebastian Fiechter, Richard Beare, Gaëtan Lehmann, Holger Kropf, Goarke Sanjeeviah Vinod Kumar, Ingo Manke, and John Banhart. Automated quantitative 3D analysis of faceting of particles in tomographic datasets. Ultramicroscopy, 122(0):65 – 75, 2012. ISSN 0304- 3991. doi: 10.1016/j.ultramic.2012.07.024.

Geomview est un logiciel de géométrie interactif, particulièrement bien adapté à la recherche et à l'enseignement à propos de mathématiques. En particulier, geomview peut afficher des objets dans des espaces hyperboliques et sphériques ainsi que dans des espaces euclidiens.

Geomview vous permet de manipuler indépendamment plusieurs objets et plusieurs représentations géométriques (camera). Il vous permet de contrôler le mouvement et l'apparence (éclairage, ombrage, matière) des objets. Vous pouvez manipuler les sommets, les arêtes des objets ; prendre des captures d'écran de vos scènes sous forme de fichiers SGI ou dans le format Renderman RIB. Il est possible d'ajouter ou de supprimer des objets directement à la souris, par l'intermédiaire de menus ou à l'aide de raccourcis claviers. Des programmes externes peuvent contrôler certains paramètres de visualisation (tel que la mise à jour continue du changement de géométrie ou le contrôle du déplacement de certains objets) tout en permettant le contrôle interactif de tout le reste.

The UFO data processing framework is a C library suited to build general purpose streams data processing on heterogeneous architectures such as CPUs, GPUs or clusters. It is extensively used at the Karlsruhe Institute of Technology for Ultra-fast X-ray Imaging (radiography, tomography and laminography).

A gobject-instrospection binding is also provided to write scripts or user interfaces.

This package can be used by other packages using the GIRepository format to generate dynamic bindings.

MayaVi2 est un outil multiplateformes de visualisation de donnée scientifiques 2D et 3D. Ses fonctionnalités incluent :

• Visualisation de données scalaires, en vecteur et de tenseur en 2 et 3 dimensions
• Scriptabilité simple en Python
• Extensitivé simple via des sources personnalisée, des modules et des filtres de données
• lecture de divers formats de fichiers : VTK (de base et XML), PLOT3D, etc.
• Enregistrement des visualisations
• Enregistrement des visualisations affichées dans divers formats d'image.

MayaVi2 a été conçu pour être scriptable et extensible. Si vous pouvez utiliser l'application mayavi2 elle-même, vous pouvez l'utiliser comme greffon Envisage, ce qui vous permet de l'embarquer nativement dans des applications utilisateur. Vous pouvez aussi l'utiliser comme un moteur de

 visualisation pour une application.

Ce paquet fournit également TVTK, qui englobe des objets VTK pour offrir une API pratique et en Python, tout en supportant les attributs Traits et les palettes NumPy/SciPy. TVTK est en général implémenté en pur Python, sauf pour un petit module complémentaire.

Meshio can read from and write to various data formats representing unstructured meshes, such as DOLFIN, Gmsh, H5M or VTK.

This package provides the command-line tools, and a plugin for paraview.

This package also provides Flavien Loiseau's msh2xdmf tool to convert from MSH to XDMF mesh formats.

Il s’agit d’un système libre, portable et extensible pour calculer et éditer des grilles triangulaires en 3D non structurées. Le système est conçu pour aider au calcul de modèles non structurés de grande taille qu'on trouve pour les scanners 3D, en fournissant une série d'outils pour l'édition, le nettoyage, la réparation, l'inspection, le rendu et la conversion de ces grilles.

Mashlab peut lire les formats de fichiers suivant : PLY, STL, OFF, OBJ, 3DS, COLLADA et PTX. Il peut écrire en PLY, STL, OFF, OBJ, 3DS, COLLADA, VRML et DXF.

ParaView est une application multi-plateforme au code source ouvert conçue pour visualiser des ensembles de données allant du plus petit au plus grand. Les buts du projet ParaView incluent les éléments suivants :

 – développer une application de visualisation, multi-plateforme et au code
   source ouvert ;
 – prendre en charge les modèles de calcul distribué pour traiter de grands
   ensembles de données ;
 – créer une interface pour l’utilisateur libre, adaptable et intuitive ;
 – développer une architecture extensible basée sur les normes ouvertes.

ParaView s’exécute aussi bien sur des systèmes distribués avec partage de mémoire que sur des systèmes avec processeur unique, et a été testé avec succès sur Windows, Mac OS X, Linux et sur diverses stations de travail Unix, des grappes et des supercalculateurs. Sous le capot, ParaView utilise la boîte à outils de visualisation « Visualization Toolkit » pour le traitement des données et le moteur de rendu et possède une interface écrite en Qt.

ParaView est une application multi-plateforme au code source ouvert conçue pour visualiser des ensembles de données allant du plus petit au plus grand. Les buts du projet ParaView incluent les éléments suivants :

 – développer une application de visualisation, multi-plateforme et au code
   source ouvert ;
 – prendre en charge les modèles de calcul distribué pour traiter de grands
   ensembles de données ;
 – créer une interface pour l’utilisateur libre, adaptable et intuitive ;
 – développer une architecture extensible basée sur les normes ouvertes.

ParaView s’exécute aussi bien sur des systèmes distribués avec partage de mémoire que sur des systèmes avec processeur unique, et a été testé avec succès sur Windows, Mac OS X, Linux et sur diverses stations de travail Unix, des grappes et des supercalculateurs. Sous le capot, ParaView utilise la boîte à outils de visualisation « Visualization Toolkit » pour le traitement des données et le moteur de rendu et possède une interface écrite en Qt. Ce paquet fournit les fichiers d’en-tête pour le développement.

ParaView est une application multi-plateforme au code source ouvert conçue pour visualiser des ensembles de données allant du plus petit au plus grand. Les buts du projet ParaView incluent les éléments suivants :

 – développer une application de visualisation, multi-plateforme et au code
   source ouvert ;
 – prendre en charge les modèles de calcul distribué pour traiter de grands
   ensembles de données ;
 – créer une interface pour l’utilisateur libre, adaptable et intuitive ;
 – développer une architecture extensible basée sur les normes ouvertes.

ParaView s’exécute aussi bien sur des systèmes distribués avec partage de mémoire que sur des systèmes avec processeur unique, et a été testé avec succès sur Windows, Mac OS X, Linux et sur diverses stations de travail Unix, des grappes et des supercalculateurs. Sous le capot, ParaView utilise la boîte à outils de visualisation « Visualization Toolkit » pour le traitement des données et le moteur de rendu et possède une interface écrite en Qt. Ce paquet fournit la documentation complète.

Plastimatch est un logiciel au code source ouvert pour le recalage d’images fluctuantes (« deformable »). Il est conçu pour un enregistrement volumétrique de haute performance d’images médicales, telles que scanographie, imagerie par résonance magnétique (IRM) ou tomoscintigraphie par émission de positons (TEP). Les propriétés du logiciel sont :

 — méthode « B-spline » pour le recalage d’images fluctuantes (accélérations
     graphique GPU et multi-cœur), y compris le masquage d’image, « landmark
     penalties » et régularisation ;
 — méthode « Demons » pour l’enregistrement d’images fluctuantes (accélération
     graphique GPU) ;
 — segmentation multi-atlas ;
 — algorithmes basés sur ITK pour les multiples méthodes de translation,
     rigides, affines, démons multiples, et enregistrement « B-spline z ;
 — cadriciel d’enregistrement multi-étape parallélisé avec une conversion
     homogène entre la plupart des algorithmes et les types de transformation ;
 — enregistrement d’images fluctuantes en fonction de repères en utilisant
     des splines de fines tranches pour un enregistrement global ;
 — enregistrement d’images fluctuantes en fonction de repères en utilisant
     des fonctions basiques en utilisant des fonctions basiques radiales ;
 — vaste prise en charge des formats de fichier d’image 3D (avec ITK),
     intégrant DICOM, Nifti, NRRD, MetaImage et Analyze ;
 — chaîne d’outils extensibles pour la recherche en radiothérapie, comprenant
     la prise en charge des formats de fichier DICOM, DICOM-RT, DICOM SRO et
     XiO, l’analyse gamma, les manipulations de contour, l’analyse des
     recoupements et l’analyse des champs de vecteurs ;
Plastimatch prend aussi en charge deux utilitaires pratiques qui ne concernent

pas directement le recalage d’image :

 — reconstruction FDK cone-beam CT (accélérations graphique GPU et
     multi-cœur) ;
 — génération de radiographies reconstruites de manière numérique
     (accélérations graphique GPU et multi-cœur).

Freeart is a tomographic image reconstruction library using Algebraic Reconstruction Technique (ART). It is able to deal with absorption and emission sinograms. Freeart core is written in C++ using template classes to have simple or double precision. A python interface is provided to access the core functionalities. A set of utils such as configuration files, interpreter to run reconstruction from configuration files are provided in python.

Nabu can be used in several ways:

• As a Python library, by features like Backprojector, FlatField, etc
• As a standalone application with the command line interface
• From Tomwer (https://gitlab.esrf.fr/tomotools/tomwer/)

ParaView est une application multi-plateforme au code source ouvert conçue pour visualiser des ensembles de données allant du plus petit au plus grand. Les buts du projet ParaView incluent les éléments suivants :

 – développer une application de visualisation, multi-plateforme et au code
   source ouvert ;
 – prendre en charge les modèles de calcul distribué pour traiter de grands
   ensembles de données ;
 – créer une interface pour l’utilisateur libre, adaptable et intuitive ;
 – développer une architecture extensible basée sur les normes ouvertes.

ParaView s’exécute aussi bien sur des systèmes distribués avec partage de mémoire que sur des systèmes avec processeur unique, et a été testé avec succès sur Windows, Mac OS X, Linux et sur diverses stations de travail Unix, des grappes et des supercalculateurs. Sous le capot, ParaView utilise la boîte à outils de visualisation « Visualization Toolkit » pour le traitement des données et le moteur de rendu et possède une interface écrite en Qt. Ce paquet fournit la prise en charge de Python.

scikit-image is a collection of image processing algorithms for Python. It performs tasks such as image loading, filtering, morphology, segmentation, color conversions, and transformations.

This package provides the Python 3 module.

Tomogui offers a Graphical User Interface to run tomographic reconstruction based on freeart and silx algorithms

Tomogui contains two main applications:

• tomogui project : to create a new project from scratch
• tomogui recons : to run reconstruction from a configuration file created by 'tomogui project'

This library is offering an abstraction to access tomography data from various file formats.

It can read:

• acquisitions from spec (.edf) and bliss (.hdf5)
• volumes:
• single frame file: EDF, JP2K, tiff
• multi frame: HDF5, multitiff

This repository contains Python data processing scripts to be used with the UFO framework. At the moment they are targeted at high-performance reconstruction of tomographic data sets.

Vispy is a high-performance interactive 2D/3D data visualization library.

Vispy leverages the computational power of modern Graphics Processing Units (GPUs) through the OpenGL library to display very large datasets.

This package provides VisPy for the Python 3 interpreter.

Rheolef est un environnement informatique qui sert de laboratoire pratique pour les calculs en mathématiques appliquées impliquant les méthodes de type éléments finis. Il fournit un ensemble de commandes ainsi que des algorithmes et conteneurs⋅C++.

Plus généralement, les conteneurs couvrent la structure classique de données de graphe pour les formats de matrice creuse et les maillages d'éléments discrets. À un niveau supérieur d'abstraction, ils peuvent manipuler des espaces d'éléments finis approchés ou des champs discrets. Des expressions flexibles et puissantes sont utilisées pour spécifier les formes bilinéaires.

Les applications actuelles comprennent⋅:

 −⋅environnement d'éléments finis massivement distribué en mémoire, basé
   sur MPI⋅;
 −⋅problèmes d’élasticité, de Stokes et de Navier-Stokes en 2D et 3D ;
 – applications complexes pour les fluides : viscoplasticité,
   viscoélasticité, non-glissement ;
 – problèmes non linéaires avec les méthodes à point fixe, de Newton et de
   prolongement ;
 – méthodes de Galerkine pour les polynômes de degré élevé d’éléments
   hybrides et discontinus ;
 −⋅approximations de maillages auto-évolutives⋅;
 −⋅problèmes axisymétriques⋅;
 −⋅problèmes à coefficients variables et multi-régions.

Ce paquet fournit les commandes de rheolef. Celles-ci prennent en charge l’entrée et la sortie dans divers formats de fichier pour les générateurs de maillage et les systèmes de visualisation de données numériques tels que Paraview et gnuplot.

The UFO data processing framework is a C library suited to build general purpose streams data processing on heterogeneous architectures such as CPUs, GPUs or clusters. It is extensively used at the Karlsruhe Institute of Technology for Ultra-fast X-ray Imaging (radiography, tomography and laminography).

A gobject-instrospection binding is also provided to write scripts or user interfaces.

This package provides the documentation for libufo.

The UFO data processing framework is a C library suited to build general purpose streams data processing on heterogeneous architectures such as CPUs, GPUs or clusters. It is extensively used at the Karlsruhe Institute of Technology for Ultra-fast X-ray Imaging (radiography, tomography and laminography).

This package contains average',backproject', bin',blur', buffer',calculate', camera',clip', contrast',crop', denoise',duplicate', fftmult',fft', filter',flatten', flip',forwardproject', gemm',ifft', interpolate',loop', measure',merge', metaballs',monitor', null',opencl', ordfilt',pad', read',reduce', refeed',replicate', rescale',ringwriter', sleep',slice', stack',stdin', stdout',subtract', transpose',write' and `zeropad' plugins

The UFO data processing framework is a C library suited to build general purpose streams data processing on heterogeneous architectures such as CPUs, GPUs or clusters. It is extensively used at the Karlsruhe Institute of Technology for Ultra-fast X-ray Imaging (radiography, tomography and laminography).

This package provides the documentation for the plugins

It supports 2D parallel and fan beam geometries, and 3D parallel and cone beam. All of them have highly flexible source/detector positioning.

A large number of 2D and 3D algorithms are available, including FBP, SIRT, SART, CGLS.

The basic forward and backward projection operations are GPU-accelerated, and directly callable from Octave and Python to enable building new algorithms.

This is the Octave library.

It supports 2D parallel and fan beam geometries, and 3D parallel and cone beam. All of them have highly flexible source/detector positioning.

A large number of 2D and 3D algorithms are available, including FBP, SIRT, SART, CGLS.

The basic forward and backward projection operations are GPU-accelerated, and directly callable from Octave and Python to enable building new algorithms.

This is the Python3 library.

PyHST is a Python program for Tomographic data reconstruction based on direct filtered back-projection algorithm

This is the CUDA version

Features:

• Image reconstruction algorithms for tomography.
• Various filters, ring removal algorithms, phase retrieval algorithms.
• Forward projection operator for absorption and wave propagation.

RabbitCT provides an open platform for worldwide performance-comparison of backprojection implementations on different architectures using one specific, clinical, high resolution C-arm CT dataset of a rabbit. This includes a sophisticated benchmark interface, a prototype implementation in C++, and image quality measures.

provided prior to the tomography experiment.