PAN Blend spectroscopy packages

DMRGPP / DMRG++ is an implementation of the Density matrix renormalization group algorithm which attempts to find the lowest-energy matrix product state wavefunction corresponding to the total energy of the system. DMRGPP embeds the PsimagLite utility to obtain codes for the simulation of strongly correlated electrons.

This package contains the dmrg executable and helpers, built using OpenBLAS.

La European Theoretical Spectroscopy Facility (ETSF) è una rete europea dedicata a fornire supporto e servizi per la ricerca in corso in laboratori universitari, governativi e industriali.

La ETSF è divisa in 7 traiettorie, ognuna delle quali si occupa di uno specifico argomento scientifico:

• ottica;
• spettroscopia di perdita di energia;
• trasporto quantistico;
• spettroscopia risolta nel tempo;
• spettroscopia di fotoemissione;
• spettroscopia vibrazionale;
• spettroscopia a raggi X.

Per permettere l'adozione delle sue raccomandazioni riguardanti la standardizzazione, la ETSF propone sia diverse librerie e diversi strumenti che implementano o usano queste specifiche, sia software di utilizzo più generale.

ETSF_IO è una libreria di routine F90 per leggere e scrivere il formato di file ETSF. Questo pacchetto contiene gli strumenti utente per:

• controllare la conformità dei file alle specifiche,
• estrarre dati dai file,
• unire file multipli da esecuzioni parallele, come previsto dalle specifiche.

La spettromicroscopia combina i dati spettrali con la microscopia, e gli insiemi di dati tipici consistono di stack di immagini di microscopia prese lungo un intervallo di energia. A causa della complessità dei dati, l'analisi manuale può richiedere molto tempo ed essere inefficiente, mentre gli strumenti di analisi multivariata non solo riducono il tempo necessario, ma possono anche scoprire trend nascosti nei dati.

Manti è lo strumento per analisi multivariata per spettromicroscopia (Multivariate ANalysis Tool for Spectromicroscopy) sviluppato in Python da 2nd Look Consulting. Usa l'analisi delle componenti principali e l'analisi di cluster per classificare i pixel in base alla similarità spettrale.

PyMca è un insieme di applicazioni e librerie Python per l'analisi di spettri di fluorescenza a raggi X.

Le applicazioni incluse in questo pacchetto sono:

• edfviewer - visualizzazione e ispezione di file di dati in ESRF Data Format;
• elementsinfo - visualizza dati di raggi X specifici di un elemento;
• mca2edf - converte un file dal formato SPEC MCA a EDF;
• peakidentifier - visualizza picchi di fluorescenza a raggi X in un dato intervallo di energia;
• pymcabatch - fitting non interattivo di spettri;
• pymcapostbatch - post-elaborazione dei risultati del fitting non interattivo;
• pymca - analisi interattiva dei dati;
• pymcaroitool - strumento per immagini Region-of-interest (ROI).

Il toolkit PyMca può leggere file di dati nei formati SPEC, ESRF data file (EDF), OMNIC, HDF5, AIFIRA e SupaVisio.

Questi sono gli script del pacchetto.

Raccolta di librerie, funzioni e strumenti relativi all'analisi e al caricamento di dati ARPES.

CodraFT è un software per elaborazione generica di immagini e segnali, basato sulle librerie scientifiche Python (come NumPy, SciPy o scikit-image) e le interfacce utente grafiche Qt (grazie a guidata e guiqwt).

CodraFT sta per "CODRA Filtering Tool".

CodraFT è disponibile come applicazione autonoma o come modulo aggiuntivo per le applicazioni Python-Qt grazie a funzionalità avanzate per automazione e integrazione.

Analizzatori Python per file .ibw (Igor Binary Waves) e .pxp (Packed Experiment) scritti dal software IGOR Pro di WaveMetrics.

NavARP fornisce uno strumento di navigazione per dati di spettroscopia di fotoemissione risolta in angolo. NavARP è una app di accompagnamento all'acquisizione di dati ARPES (come in beamtime) e un insieme di librerie dedicate che aiutano ad ottenere figure di alta qualità per la pubblicazione.

Questo pacchetto installa l'utilità navarp per Python 3.

Orange add-on for spectral data analysis. Provides spectra and hyperspectra plotting, interpolation, preprocessing (cutting, smoothing, normalization), and integration. Supports common spectral file formats.

Features

### Load and process data

• Load the spectroscopy data
• Preprocess and interpolate spectra
• Integrate spectra
• Average spectra
• Performs Fast Fourier Transform

### Visualisation

• Visually explore series of spectra
• Plots 2D map of hyperspectra

Phonopy è un pacchetto open source per calcoli di fononi a livelli armonici e quasi armonici.

Questo pacchetto contiene il modulo per Python 3.

Python Image Tool può essere utilizzato per visualizzare analisi di dati di microscopia (STM, SSM, ottica), ARPES, XRD o altri insiemi di dati multidimensionali su coordinate in griglie regolari.

Questo pacchetto installa il modulo per Python 3 e uno script ausiliario d'esempio per creare una cache di dati scrivibile.

Pymatgen (Python Materials Genomics) is a robust, open-source Python library for materials analysis. These are some of the main features:

1.Highly flexible classes for the representation of Element, Site, Molecule, Structure objects.

1. Extensive input/output support, including support for VASP (http://cms.mpi.univie.ac.at/vasp/), ABINIT (http://www.abinit.org/), CIF, Gaussian, XYZ, and many other file formats.

2. Powerful analysis tools, including generation of phase diagrams, Pourbaix diagrams, diffusion analyses, reactions, etc.

3. Electronic structure analyses, such as density of states and band structure.

4. Integration with the Materials Project REST API, Crystallography Open Database.

This package provides the pymtgen module for Python 3.

Pure Python module for processing hyperspectral image data (imaging spectroscopy data). It has functions for reading, displaying, manipulating, and classifying hyperspectral imagery.

Raccolta di strumenti e moduli Python 3 per estrarre e analizzare dati di scattering Raman a raggi X (XRS) da ID20 dell'European Synchrotron Radiation Facility.

XRS_wizard viene omesso fino a che non è disponibile il supporto per Qt5.

Questo pacchetto installa la libreria per Python 3.

SPVIEW è un'applicazione Java multipiattaforma che permette l'assegnazione grafica di spettri molecolari ad alta risoluzione. È possibile caricare, visualizzare e manipolare spettri sperimentali e simulati (formato ASCII XY * OPUS) e spettri a istogramma in vari formati (incluso il formato HITRAN).