PAN Blend spectroscopy packages

DMRGPP/DMRG++ est une implémentation de l’algorithme de Groupe de Renormalisation de la Matrice Densité (DMRG) qui essaie de trouver la fonction d’onde d’état de produit de matrice (MPS) pour les plus basses énergie correspondant à l’énergie totale du système. DMRGPP intègre l’utilitaire PsimagLite pour obtenir les codes pour la simulation d’électrons fortement corrélés.

Ce paquet fournit l’exécutable dmrg et des assistants, construits en utilisant OpenBLAS.

The European Theoretical Spectroscopy Facility (ETSF) is a European network dedicated to providing support and services for ongoing research in academic, government and industrial laboratories.

The ETSF is divided into 7 beamlines, each of which is concerned with a specific scientific topic:

• Optics ;
• Energy Loss Spectroscopy ;
• Quantum Transport ;
• Time-resolved Spectroscopy ;
• Photo-emission Spectroscopy ;
• Vibrational Spectroscopy ;
• X-Rays Spectroscopy.

To allow the adoption of its recommendations about standardization, the ETSF proposes different libraries and tools implementing or using these specifications, as well as widely usable pieces of software.

ETSF_IO is a library of F90 routines to read/write the ETSF file format. This package contains the user tools to:

• check file conformance to the specifications;
• extract data from files;
• merge multiple files from parallel runs, as specified in the specifications.

Spectromicroscopy combines spectral data with microscopy, where typical datasets consist of a stack of microscopic images taken across an energy range. Due to the data complexity, manual analysis can be time consuming and inefficient, whereas multivariate analysis tools not only reduce the time needed but also can uncover hidden trends in the data.

Mantis is Multivariate ANalysis Tool for Spectromicroscopy developed in Python by 2nd Look Consulting. It uses principal component analysis and cluster analysis to classify pixels according to spectral similarity.

PyMca est un ensemble d’applications et de bibliothèques de Python pour l’analyse de spectre de fluorescence des rayons X.

Les applications incluses dans ce paquet sont :

 – edfviewer : affichage et inspection de fichiers de données au
               format de données ESRF ;
 – elementsinfo : affichage de données de rayons X d’élément spécifique ;
 – mca2edf : conversion des fichiers MCA SPEC vers EDF ;
 – peakidentifier : affichage de pics de fluorescence X dans une gamme
                    d’énergie donnée ;
 – pymcabatch : ajustement par lot de spectre ;
 – pymcapostbatch : post-traitement des résultats d’ajustement par lot ;
 – pymca : analyse de données interactive ;
 – pymcaroitool : outil de zone d’intérêt (ROI) d’imagerie.

La boîte à outils PyMca peut lire les fichiers de données aux formats SPEC, ESRF data file (EDF), OMNIC, HDF5, AIFIRA et SupaVisio.

Il s’agit des scripts du paquet.

Il s’agit d’une collection de bibliothèques, de fonctions et d’outils concernant le chargement et l’analyse de données de spectroscopie photoélectronique résolue en angle (ARPES – Angle Resolved PhotoEmission Spectroscopy).

CodraFT is a generic signal and image processing software based on Python scientific libraries (such as NumPy, SciPy or scikit-image) and Qt graphical user interfaces (thanks to guidata and guiqwt.

CodraFT stands for "CODRA Filtering Tool".

CodraFT is available as a stand-alone application or as an addon to your Python-Qt application thanks to advanced automation and embedding features.

Python parsers for Igor Binary Waves (.ibw) and Packed Experiment (.pxp) files written by WaveMetrics’ IGOR Pro software.

NavARP fournit un outil de navigation pour les données de spectroscopie photoélectronique résolue en angle (ARPES – Angle Resolved Photoemission spectroscopy). NavARP est une application d’aide durant l’acquisition de données ARPES (comme lors du temps alloué d’utilisation du faisceau) et un ensemble de bibliothèques dédiées pour obtenir des représentations de haute qualité pour leur publication.

Ce paquet installe l’utilitaire pour Python 3.

Orange add-on for spectral data analysis. Provides spectra and hyperspectra plotting, interpolation, preprocessing (cutting, smoothing, normalization), and integration. Supports common spectral file formats.

Features

### Load and process data

• Load the spectroscopy data
• Preprocess and interpolate spectra
• Integrate spectra
• Average spectra
• Performs Fast Fourier Transform

### Visualisation

• Visually explore series of spectra
• Plots 2D map of hyperspectra

Phonopy is an open source package for phonon calculations at harmonic and quasi-harmonic levels.

This package contains Python 3 module.

Python Image Tool can be used to visualise analysis of data in microscopy (STM, SSM, optics), ARPES, XRD, or other multidimensional datasets on regularly gridded coordinates.

This package installs the module for Python 3 and an example helper script to create a writeable data cache.

Pymatgen (Python Materials Genomics) is a robust, open-source Python library for materials analysis. These are some of the main features:

1.Highly flexible classes for the representation of Element, Site, Molecule, Structure objects.

1. Extensive input/output support, including support for VASP (http://cms.mpi.univie.ac.at/vasp/), ABINIT (http://www.abinit.org/), CIF, Gaussian, XYZ, and many other file formats.

2. Powerful analysis tools, including generation of phase diagrams, Pourbaix diagrams, diffusion analyses, reactions, etc.

3. Electronic structure analyses, such as density of states and band structure.

4. Integration with the Materials Project REST API, Crystallography Open Database.

This package provides the pymtgen module for Python 3.

Pure Python module for processing hyperspectral image data (imaging spectroscopy data). It has functions for reading, displaying, manipulating, and classifying hyperspectral imagery.

Il s’agit d’une collection d’outils et de modules de Python 3 pour extraire et analyser des données de diffusion Raman de rayons X (XRS – x-ray Raman scattering) d’ID20 d’ESRF (European Synchrotron Radiation Facility – Installation européenne de rayonnement synchrotron).

XRS_wizard est omis jusqu’à sa prise en charge avec Qt5.

Ce paquet installe la bibliothèque pour Python 3.

SPVIEW is a multiplatform Java application that allows graphical assignment of high-resolution molecular spectra. It is possible to load, display and manipulate experimental and simulated spectra (XY ASCII or OPUS formats) as well as stick spectra in various formats (including HITRAN format).