DebiChem Project
Summary
Crystallography
cristallografia di DebiChem

Questo metapacchetto installa pacchetti per la cristallografia che possono essere utili per i chimici.

Description

For a better overview of the project's availability as a Debian package, each head row has a color code according to this scheme:

If you discover a project which looks like a good candidate for DebiChem to you, or if you have prepared an unofficial Debian package, please do not hesitate to send a description of that project to the DebiChem mailing list

Links to other tasks

DebiChem Crystallography packages

Official Debian packages with high relevance

Drawxtl
visualizzatore di strutture di cristalli
Versions of package drawxtl
ReleaseVersionArchitectures
squeeze5.4+dfsg-5amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
sid5.5-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye5.5-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster5.5-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
stretch5.5-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie5.5-3amd64,armel,armhf,i386
wheezy5.5-3amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
Debtags of package drawxtl:
interfacex11
roleprogram
uitoolkitglut
x11application
Popcon: 24 users (7 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Svn

DRAWxtl legge una descrizione base della struttura del cristallo, che include parametri della cella unitaria, gruppi spaziali, coordinate atomiche, parametri termici o mappa di Fourier e produce in output un oggetto geometrico che contiene poliedri, piani, coni di coppie di elettroni, sfere o ellissoidi, legami, contorni di Fourier di iso-superfici e legami delle celle unitarie.

Vengono prodotti quattro tipi di grafica:

  • una finestra OpenGL per la visualizzazione immediata;
  • un linguaggio di scena POV-RAY (Persistence of Vision Ray Tracer) per disegni di qualità tipografica;
  • il VRML (Virtual Reality Modeling Language) per la diffusione in Internet;
  • un rendering PostScript della finestra OpenGL per coloro che desiderano un output di alta qualità ma non hanno POV-RAY installato.

I formati di file che DRAWxtl può leggere includono CIF, FDAT, FullProf (pcr), GSAS, SCHAKAL, SHELX, DISCUS e WIEN2k.

Screenshots of package drawxtl
Gamgi
GAMGI (General Atomistic Modelling Graphic Interface)
Versions of package gamgi
ReleaseVersionArchitectures
bullseye0.17.3-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
squeeze0.14.8-1amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
wheezy0.15.8-1amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
jessie0.17.1-1amd64,armel,armhf,i386
stretch0.17.1-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster0.17.3-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid0.17.3-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Debtags of package gamgi:
roleprogram
uitoolkitgtk
Popcon: 24 users (7 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

GAMGI (General Atomistic Modelling Graphic Interface) fornisce un'interfaccia grafica per costruire, visualizzare e analizzare strutture atomiche. Il programma è pensato per la comunità scientifica e fornisce un'interfaccia grafica per studiare le strutture atomiche, per preparare immagini per presentazioni e per insegnare le strutture atomiche della materia.

The package is enhanced by the following packages: gamgi-data gamgi-doc
Registry entries: SciCrunch  OMICtools 
Screenshots of package gamgi
Gcrystal
leggero visualizzatore della struttura di cristalli
Versions of package gcrystal
ReleaseVersionArchitectures
bullseye0.14.17-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster0.14.17-1.1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
stretch0.14.15-1+deb9u1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie0.14.9-1amd64,armel,armhf,i386
squeeze0.12.4-1amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
wheezy0.12.12-1amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
sid0.14.17-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Debtags of package gcrystal:
fieldchemistry
interfacex11
roleprogram
uitoolkitgtk
x11application
Popcon: 22 users (19 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

GNOME Crystal è un leggero visualizzatore della struttura di cristalli. Si appoggia alle GNOME Chemistry Utils e visualizza i modelli di tutti i tipi di strutture di cristalli microscopici usando OpenGL.

Screenshots of package gcrystal
Python-fabio
libreria di I/O per immagini prodotte con rilevatori 2D a raggi X - Python 2
Versions of package python-fabio
ReleaseVersionArchitectures
sid0.9.0+dfsg-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye0.9.0+dfsg-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster0.8.0+dfsg-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
stretch0.4.0+dfsg-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
wheezy0.0.8-1amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
jessie0.1.4-1amd64,armel,armhf,i386
Popcon: 14 users (16 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

FabIO è una libreria di I/O per immagini prodotte con rilevatori 2D a raggi X e scritta in Python. FabIO gestisce rilevatori di immagini di dozzine di produttori (inclusi Mar, Dectris, ADSC, Hamamatsu, Oxford, ...), per un totale di 20 diversi formati di file (come CBF, EDF, TIFF, ...) e offre un'interfaccia unificata alle loro intestazioni (come un dizionario Python) e insiemi di dati (come un ndarray numpy di numeri interi o a virgola mobile).

Questa è la versione per Python 2 del pacchetto.

Shelxle
interfaccia utente grafica per SHELXL
Versions of package shelxle
ReleaseVersionArchitectures
wheezy1.0.564-1amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
buster1.0.952-1amd64,arm64,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
stretch1.0.816-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie1.0.677-1amd64,armel,armhf,i386
sid1.0.985-1amd64,arm64,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye1.0.985-1amd64,arm64,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
upstream1.0.988
Debtags of package shelxle:
uitoolkitqt
Popcon: 6 users (8 upd.)*
Newer upstream!
License: DFSG free
Git

ShelXle combina un editor con evidenziazione della sintassi per i file .ins (input) e .res (output) associati a SHELXL con un display grafico interattivo per la visualizzazione di una struttura tridimensionale incluse mappe di densità elettronica (Fo) e di differenza di densità (Fo-Fc).

https://dx.doi.org/10.1107/S0021889811043202

Please cite: Christian B. Hübschle, George M. Sheldrick and Birger Dittrich: ShelXle: a Qt graphical user interface for SHELXL. (eprint) J. Appl. Cryst. 44(6):1281-1284 (2011)
Screenshots of package shelxle
Xcrysden
visualizzatore di strutture cristalline e molecolari
Versions of package xcrysden
ReleaseVersionArchitectures
stretch1.5.60-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
wheezy1.5.53-1amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
jessie1.5.60-1amd64,armel,armhf,i386
Popcon: 21 users (0 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free

XCrySDen è un programma per la visualizzazione di strutture cristalline e molecolari che mira alla visualizzazione di isosuperfici e contorni che possono essere sovrapposti a strutture cristalline e ruotati e manipolati in modo interattivo. Può essere eseguito nella maggior parte delle piattaforme UNIX, senza alcun particolare requisito hardware.

XCrySDen permette la cattura in tempo reale del display. Sono gestiti diversi codificatori di filmati, in particolare per le GIF animate è necessario convert (imagemagick), gifsicle o whirlgif. Per gli AVI/MPEG è richiesto mencoder o ppmtompeg (netpbm). Per i dump di finestre deve essere presente imagemagick oppure xwd (x11-apps).

Screenshots of package xcrysden
*Popularitycontest results: number of people who use this package regularly (number of people who upgraded this package recently) out of 201330