Summary
Crystallography
cristallografia di DebiChem
Questo metapacchetto installa pacchetti per la cristallografia che possono
essere utili per i chimici.
Description
For a better overview of the project's availability as a Debian package, each head row has a color code according to this scheme:
If you discover a project which looks like a good candidate for DebiChem
to you, or if you have prepared an unofficial Debian package, please do not hesitate to
send a description of that project to the DebiChem mailing list
Links to other tasks
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DebiChem Crystallography packages
Official Debian packages with high relevance
drawxtl
visualizzatore di strutture di cristalli
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Versions of package drawxtl |
Release | Version | Architectures |
buster | 5.5-3 | amd64,arm64,armhf,i386 |
stretch | 5.5-3 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
jessie | 5.5-3 | amd64,armel,armhf,i386 |
sid | 5.5-6.1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
trixie | 5.5-6.1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
bookworm | 5.5-6 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bullseye | 5.5-5 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
Debtags of package drawxtl: |
interface | x11 |
role | program |
uitoolkit | glut |
x11 | application |
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License: DFSG free
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DRAWxtl legge una descrizione base della struttura del cristallo, che
include parametri della cella unitaria, gruppi spaziali, coordinate
atomiche, parametri termici o mappa di Fourier e produce in output un
oggetto geometrico che contiene poliedri, piani, coni di coppie di
elettroni, sfere o ellissoidi, legami, contorni di Fourier di iso-superfici
e legami delle celle unitarie.
Vengono prodotti quattro tipi di grafica:
- una finestra OpenGL per la visualizzazione immediata;
- un linguaggio di scena POV-RAY (Persistence of Vision Ray Tracer) per
disegni di qualità tipografica;
- il VRML (Virtual Reality Modeling Language) per la diffusione in
Internet;
- un rendering PostScript della finestra OpenGL per coloro che desiderano
un output di alta qualità ma non hanno POV-RAY installato.
I formati di file che DRAWxtl può leggere includono CIF, FDAT, FullProf
(pcr), GSAS, SCHAKAL, SHELX, DISCUS e WIEN2k.
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gamgi
GAMGI (General Atomistic Modelling Graphic Interface)
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Versions of package gamgi |
Release | Version | Architectures |
bookworm | 0.17.5-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
sid | 0.17.5-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
jessie | 0.17.1-1 | amd64,armel,armhf,i386 |
stretch | 0.17.1-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 0.17.3-2 | amd64,arm64,armhf,i386 |
bullseye | 0.17.3-3 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
Debtags of package gamgi: |
role | program |
uitoolkit | gtk |
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License: DFSG free
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GAMGI (General Atomistic Modelling Graphic Interface) fornisce
un'interfaccia grafica per costruire, visualizzare e analizzare strutture
atomiche. Il programma è pensato per la comunità scientifica e fornisce
un'interfaccia grafica per studiare le strutture atomiche, per preparare
immagini per presentazioni e per insegnare le strutture atomiche della materia.
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gcrystal
leggero visualizzatore della struttura di cristalli
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Versions of package gcrystal |
Release | Version | Architectures |
bookworm | 0.14.17-6.1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
sid | 0.14.17-6.2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
jessie | 0.14.9-1 | amd64,armel,armhf,i386 |
stretch | 0.14.15-1+deb9u1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 0.14.17-1.1 | amd64,arm64,armhf,i386 |
bullseye | 0.14.17-6 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
Debtags of package gcrystal: |
field | chemistry |
interface | x11 |
role | program |
uitoolkit | gtk |
x11 | application |
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License: DFSG free
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GNOME Crystal è un leggero visualizzatore della struttura di cristalli.
Si appoggia alle GNOME Chemistry Utils e visualizza i modelli di tutti i
tipi di strutture di cristalli microscopici usando OpenGL.
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gemmi
library for structural biology - executable
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Versions of package gemmi |
Release | Version | Architectures |
sid | 0.6.5+ds-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
trixie | 0.6.5+ds-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
bookworm | 0.5.7+ds-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
upstream | 0.6.7 |
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License: DFSG free
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Library for macromolecular crystallography and structural bioinformatics. For
working with coordinate files (mmCIF, PDB, mmJSON), refinement restraints
(monomer library), electron density maps (CCP4), and crystallographic
reflection data (MTZ, SF-mmCIF). It understands crystallographic symmetries,
it knows how to switch between the real and reciprocal space and it can do a
few other things.
This package contains main gemmi executable.
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libmmtf-java
API Java per codificatore/decodificatore del formato di trasmissione di macromolecole
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Versions of package libmmtf-java |
Release | Version | Architectures |
trixie | 1.0.11-1 | all |
sid | 1.0.11-1 | all |
bullseye | 1.0.9-4 | all |
bookworm | 1.0.11-1 | all |
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License: DFSG free
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MMTF (Macromolecular Transmission Format) è un formato binario compatto
per trasmettere e archiviare strutture biomolecolari per analisi e
visualizzazione 3D veloci.
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pdb-tools
strumenti per manipolare e modificare file PDB
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Versions of package pdb-tools |
Release | Version | Architectures |
sid | 2.5.1-2 | all |
trixie | 2.5.1-2 | all |
bookworm | 2.5.0-2 | all |
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License: DFSG free
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Manipolare file PDB (Protein Data Bank) è spesso difficoltoso. Estrarre una
catena o un insieme di residui specifici, rinumerare residui, suddividere o
unire modelli e catene, o semplicemente assicurarsi che il file sia
conforme alle specifiche PDB, sono esempi di compiti che possono essere
eseguiti usando qualsiasi decente libreria di parsificazione o interfaccia
grafica. Ciò, tuttavia, quasi sempre richiede 1) conoscenza degli script 2)
tempo e 3) l'installazione di uno o più programmi.
I pdb-tools sono stati progettati per essere un coltellino svizzero per il
formato PDB. Non hanno dipendenze esterne oltre al linguaggio di
programmazione Python. Sono i discendenti di un insieme di vecchi programmi
in FORTRAN77 che avevano il particolare vantaggio di lavorare con flussi,
cioè l'output di uno script poteva essere inviato via pipe ad un altro.
La filosofia degli script è semplice: uno script, un compito. Se si
desiderano fare due cose, unire gli script con una pipe.
Questo pacchetto contiene gli strumenti a riga di comando.
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python3-fabio
libreria di I/O per immagini prodotte con rilevatori 2D a raggi X - Python3
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Versions of package python3-fabio |
Release | Version | Architectures |
buster-backports | 0.10.0+dfsg-1~bpo10+1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
stretch-backports | 0.7.0+dfsg-2~bpo9+1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 0.8.0+dfsg-1 | amd64,arm64,armhf,i386 |
stretch | 0.4.0+dfsg-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bullseye | 0.11.0+dfsg-3 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bookworm | 0.14.0+dfsg-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bookworm-backports | 2023.6.0-3~bpo12+1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el |
trixie | 2024.4.0-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64 |
sid | 2024.4.0-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64 |
upstream | 2024.9.0 |
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License: DFSG free
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FabIO è una libreria di I/O per immagini prodotte con rilevatori 2D a raggi
X e scritta in Python. FabIO gestisce rilevatori di immagini di dozzine di
produttori (inclusi Mar, Dectris, ADSC, Hamamatsu, Oxford, ...), per un
totale di 20 diversi formati di file (come CBF, EDF, TIFF, ...) e offre
un'interfaccia unificata alle loro intestazioni (come un dizionario Python)
e insiemi di dati (come un ndarray numpy di numeri interi o a virgola mobile).
Questa è la versione per Python 3 del pacchetto.
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python3-phonopy
calcoli di fononi a livelli armonici e quasi armonici (Python 3)
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Versions of package python3-phonopy |
Release | Version | Architectures |
trixie | 2.23.1-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
sid | 2.23.1-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
bookworm | 2.17.1-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
upstream | 2.29.1 |
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License: DFSG free
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Phonopy è un pacchetto open source per calcoli di fononi a livelli armonici e
quasi armonici.
Questo pacchetto contiene il modulo per Python 3.
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shelxle
interfaccia utente grafica per SHELXL
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Versions of package shelxle |
Release | Version | Architectures |
sid | 1.0.1552-1 | amd64,arm64,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
trixie | 1.0.1552-1 | amd64,arm64,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
bookworm | 1.0.1472-1 | amd64,arm64,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 1.0.952-1 | amd64,arm64,i386 |
bullseye | 1.0.1179-1 | amd64,arm64,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
stretch | 1.0.816-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
jessie | 1.0.677-1 | amd64,armel,armhf,i386 |
upstream | 1.0.1695 |
Debtags of package shelxle: |
uitoolkit | qt |
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License: DFSG free
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ShelXle combina un editor con evidenziazione della sintassi per i file .ins
(input) e .res (output) associati a SHELXL con un display grafico
interattivo per la visualizzazione di una struttura tridimensionale incluse
mappe di densità elettronica (Fo) e di differenza di densità (Fo-Fc).
https://dx.doi.org/10.1107/S0021889811043202
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xcrysden
visualizzatore di strutture cristalline e molecolari
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Versions of package xcrysden |
Release | Version | Architectures |
sid | 1.6.2-4 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
stretch | 1.5.60-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
jessie | 1.5.60-1 | amd64,armel,armhf,i386 |
bookworm | 1.6.2-4 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
trixie | 1.6.2-4 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
bullseye | 1.6.2-4 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
upstream | 1.6.3~rc2 |
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License: DFSG free
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XCrySDen è un programma per la visualizzazione di strutture cristalline e
molecolari che mira alla visualizzazione di isosuperfici e contorni che
possono essere sovrapposti a strutture cristalline e ruotati e manipolati
in modo interattivo. Può essere eseguito nella maggior parte delle
piattaforme UNIX, senza alcun particolare requisito hardware.
XCrySDen permette la cattura in tempo reale del display. Sono gestiti
diversi codificatori di filmati, in particolare per le GIF animate è
necessario convert (imagemagick), gifsicle o whirlgif. Per gli AVI/MPEG è
richiesto mencoder o ppmtompeg (netpbm). Per i dump di finestre deve essere
presente imagemagick oppure xwd (x11-apps).
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