Summary
Crystallography
This metapackage will install packages for crystallography which might be
useful for chemists.
Description
For a better overview of the project's availability as a Debian package, each head row has a color code according to this scheme:
If you discover a project which looks like a good candidate for DebiChem
to you, or if you have prepared an unofficial Debian package, please do not hesitate to
send a description of that project to the DebiChem mailing list
Links to other tasks
|
DebiChem Crystallography packages
Official Debian packages with high relevance
drawxtl
visionneur de structures cristallographiques
|
Versions of package drawxtl |
Release | Version | Architectures |
buster | 5.5-3 | amd64,arm64,armhf,i386 |
stretch | 5.5-3 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
jessie | 5.5-3 | amd64,armel,armhf,i386 |
sid | 5.5-6.1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
trixie | 5.5-6.1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
bookworm | 5.5-6 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bullseye | 5.5-5 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
Debtags of package drawxtl: |
interface | x11 |
role | program |
uitoolkit | glut |
x11 | application |
|
License: DFSG free
|
À partir d'une description basique de la structure cristallographique,
incluant les paramètres de la maille élémentaire, le groupe d'espace, les
positions atomiques, les paramètres thermiques ou une carte de densité
électronique (Fourier map), DRAWxtl produit un objet géométrique qui
contient les polyèdres, les plans, les cones de doublets non liants, les
sphères ou ellipsoides, les liaisons, les contours de l'isosurface de
Fourier et la limite de la maille élémentaire.
Quatre types de dessins sont produits :
- une fenêtre OpenGL pour un aperçu immédiat ;
-
un « Persistence of Vision Ray Tracer » (POV-RAY) pour des dessins de
haute qualité destinés à des publications ;
-
le « Virtual Reality modeling Language » (VRML) pour la publication sur
Internet ;
-
un rendu Postscript de la fenêtre OpenGL pour ceux qui souhaiteraient un
dessin de haute qualité mais qui n'ont pas POV-RAY installé.
DRAWxtl peut lire les formats CIF, FDAT, Fullprof (pcr), GSAS, SCHAKAL,
SHELX, DISCUS et WIEN2k.
|
|
gamgi
interface graphique de modélisation atomique générale (GAMGI)
|
Versions of package gamgi |
Release | Version | Architectures |
bookworm | 0.17.5-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
sid | 0.17.5-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
jessie | 0.17.1-1 | amd64,armel,armhf,i386 |
stretch | 0.17.1-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 0.17.3-2 | amd64,arm64,armhf,i386 |
bullseye | 0.17.3-3 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
Debtags of package gamgi: |
role | program |
uitoolkit | gtk |
|
License: DFSG free
|
GAMGI (« General Atomistic Modelling Graphic Interface ») propose une
interface graphique pour construire, visualiser et analyser les structures
des atomes. Le programme est destiné à la communauté scientifique et propose
une interface graphique pour étudier les structures des atomes et
préparer les images pour les présentations, et pour enseigner la structure de
l'atome.
|
|
gcrystal
visualiseur léger de structures cristallines
|
Versions of package gcrystal |
Release | Version | Architectures |
bookworm | 0.14.17-6.1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
sid | 0.14.17-6.2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
jessie | 0.14.9-1 | amd64,armel,armhf,i386 |
stretch | 0.14.15-1+deb9u1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 0.14.17-1.1 | amd64,arm64,armhf,i386 |
bullseye | 0.14.17-6 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
Debtags of package gcrystal: |
field | chemistry |
interface | x11 |
role | program |
uitoolkit | gtk |
x11 | application |
|
License: DFSG free
|
GNOME Crystal est un visualiseur léger de modèles de structures
cristallines. Il est basé sur les utilitaires de chimie GNOME « GNOME
Chemistry Utils » et devrait afficher les modèles de toutes sortes de
structures cristallines en utilisant OpenGL.
|
|
gemmi
bibliothèque pour la biologie structurale – exécutable
|
Versions of package gemmi |
Release | Version | Architectures |
sid | 0.6.5+ds-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
trixie | 0.6.5+ds-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
bookworm | 0.5.7+ds-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
upstream | 0.6.7 |
|
License: DFSG free
|
Il s’agit d’une bibliothèque pour la cristallographie des macromolécules et la bio-informatique structurale pour travailler avec les fichiers de coordonnées (mmCIF, PDB, mmJSON), les contraintes d’affinement (bibliothèque monomer), les cartes de densité électronique (CCP4) et les données de réflexions cristallographiques (MTZ, SF-mmCIF). Elle comprend les symétries de cristaux, elle sait comment basculer entre les espaces réel et réciproque et elle peut faire quelques autres choses.
Ce paquet fournit l'exécutable principal de gemmi.
|
|
libmmtf-java
Java API for macromolecular transmission format encoder/decoder
|
Versions of package libmmtf-java |
Release | Version | Architectures |
trixie | 1.0.11-1 | all |
sid | 1.0.11-1 | all |
bullseye | 1.0.9-4 | all |
bookworm | 1.0.11-1 | all |
|
License: DFSG free
|
The Macromolecular Transmission Format (MMTF) is a compact binary format to
transmit and store biomolecular structures for fast 3D visualization and
analysis.
|
|
pdb-tools
tools for manipulating and editing PDB files
|
Versions of package pdb-tools |
Release | Version | Architectures |
sid | 2.5.1-2 | all |
trixie | 2.5.1-2 | all |
bookworm | 2.5.0-2 | all |
|
License: DFSG free
|
Manipulating PDB (Protein Data Bank) files is often painful. Extracting a
particular chain or set of residues, renumbering residues, splitting or merging
models and chains, or just ensuring the file is conforming to the PDB
specifications are examples of tasks that can be done using any decent parsing
library or graphical interface. These, however, almost always require
1) scripting knowledge, 2) time, and 3) installing one or more programs.
pdb-tools were designed to be a swiss-knife for the PDB format. They have no
external dependencies, besides the Python programming language. They are the
descendant of a set of old FORTRAN77 programs that had the particular advantage
of working with streams, i.e. the output of one script could be piped into
another.
The philosophy of the scripts is simple: one script, one task. If you want to
do two things, pipe the scripts together.
This package contains the command line tools.
|
|
python3-fabio
bibliothèque d'E/S pour les images produites par détecteurs de rayons⋅X en⋅2D –⋅Python⋅3
|
Versions of package python3-fabio |
Release | Version | Architectures |
buster-backports | 0.10.0+dfsg-1~bpo10+1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
stretch-backports | 0.7.0+dfsg-2~bpo9+1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 0.8.0+dfsg-1 | amd64,arm64,armhf,i386 |
stretch | 0.4.0+dfsg-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bullseye | 0.11.0+dfsg-3 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bookworm | 0.14.0+dfsg-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bookworm-backports | 2023.6.0-3~bpo12+1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el |
trixie | 2024.4.0-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64 |
sid | 2024.4.0-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64 |
upstream | 2024.9.0 |
|
License: DFSG free
|
FabIO est une bibliothèque d’E/S pour les images produites par des
détecteurs de rayons X en 2D et écrite en Python. FabIO prend en charge les
détecteurs d'image issus d'une douzaine d'entreprises (notamment Mar,
Dectris, ADSC, Hamamatsu, Oxford…), soit un total de 20 formats de fichier
différents (comme CBF, EDF, TIFF…), et il offre une interface uniforme pour
leurs entêtes (comme un dictionnaire Python) et leurs jeux de données (comme
une structure ndarray d'entiers ou de flottants de NumPy).
Il s'agit de la version Python⋅3 du paquet.
|
|
python3-phonopy
phonon calculations at harmonic and quasi-harmonic levels (Python 3)
|
Versions of package python3-phonopy |
Release | Version | Architectures |
trixie | 2.23.1-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
sid | 2.23.1-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
bookworm | 2.17.1-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
upstream | 2.29.1 |
|
License: DFSG free
|
Phonopy is an open source package for phonon calculations at harmonic and
quasi-harmonic levels.
This package contains Python 3 module.
|
|
shelxle
interface graphique pour SHELXL
|
Versions of package shelxle |
Release | Version | Architectures |
sid | 1.0.1552-1 | amd64,arm64,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
trixie | 1.0.1552-1 | amd64,arm64,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
bookworm | 1.0.1472-1 | amd64,arm64,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 1.0.952-1 | amd64,arm64,i386 |
bullseye | 1.0.1179-1 | amd64,arm64,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
stretch | 1.0.816-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
jessie | 1.0.677-1 | amd64,armel,armhf,i386 |
upstream | 1.0.1695 |
Debtags of package shelxle: |
uitoolkit | qt |
|
License: DFSG free
|
ShelXle combine un éditeur avec le surlignage syntaxique pour des fichiers
de type SHELXL .ins (entrée) et .res (sortie) avec un affichage graphique
interactif pour visualiser une structure en trois dimensions comprenant des
cartes de densité d'électrons (Fo) et de densité différentielle (Fo-Fc).
http://dx.doi.org/10.1107/S0021889811043202
|
|
xcrysden
Crystalline and Molecular Structure Visualizer
|
Versions of package xcrysden |
Release | Version | Architectures |
sid | 1.6.2-4 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
stretch | 1.5.60-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
jessie | 1.5.60-1 | amd64,armel,armhf,i386 |
bookworm | 1.6.2-4 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
trixie | 1.6.2-4 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
bullseye | 1.6.2-4 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
upstream | 1.6.3~rc2 |
|
License: DFSG free
|
XCrySDen is a crystalline and molecular structure visualisation
program, which aims at display of isosurfaces and contours, which can
be superimposed on crystalline structures and interactively rotated
and manipulated. It can run on most UNIX platforms, without any
special hardware requirements.
XCrySDen allows for real-time capture of display. Several movie encoders
are supported, in particular for Animated-GIF convert (imagemagick),
gifsicle, or whirlgif are necessary. For AVI/MPEG mencoder or
ppmtompeg (netpbm) is required. For window dumps either imagemagick or
xwd (x11-apps) needs to be present.
|
|
|