DebiChem Project
Summary
Crystallography
DebiChem crystallography

This metapackage will install packages for crystallography which might be useful for chemists.

Description

For a better overview of the project's availability as a Debian package, each head row has a color code according to this scheme:

If you discover a project which looks like a good candidate for DebiChem to you, or if you have prepared an unofficial Debian package, please do not hesitate to send a description of that project to the DebiChem mailing list

Links to other tasks

DebiChem Crystallography packages

Official Debian packages with high relevance

Drawxtl
visionneur de structures cristallographiques
Versions of package drawxtl
ReleaseVersionArchitectures
sid5.5-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
squeeze5.4+dfsg-5amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
bullseye5.5-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster5.5-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
stretch5.5-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie5.5-3amd64,armel,armhf,i386
wheezy5.5-3amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
Debtags of package drawxtl:
interfacex11
roleprogram
uitoolkitglut
x11application
Popcon: 22 users (8 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Svn

À partir d'une description basique de la structure cristallographique, incluant les paramètres de la maille élémentaire, le groupe d'espace, les positions atomiques, les paramètres thermiques ou une carte de densité électronique (Fourier map), DRAWxtl produit un objet géométrique qui contient les polyèdres, les plans, les cones de doublets non liants, les sphères ou ellipsoides, les liaisons, les contours de l'isosurface de Fourier et la limite de la maille élémentaire.

Quatre types de dessins sont produits :

  • une fenêtre OpenGL pour un aperçu immédiat ;
  • un « Persistence of Vision Ray Tracer » (POV-RAY) pour des dessins de haute qualité destinés à des publications ;

  • le « Virtual Reality modeling Language » (VRML) pour la publication sur Internet ;

  • un rendu Postscript de la fenêtre OpenGL pour ceux qui souhaiteraient un dessin de haute qualité mais qui n'ont pas POV-RAY installé.

DRAWxtl peut lire les formats CIF, FDAT, Fullprof (pcr), GSAS, SCHAKAL, SHELX, DISCUS et WIEN2k.

Screenshots of package drawxtl
Gamgi
interface graphique de modélisation atomique générale (GAMGI)
Versions of package gamgi
ReleaseVersionArchitectures
bullseye0.17.3-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
squeeze0.14.8-1amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
wheezy0.15.8-1amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
jessie0.17.1-1amd64,armel,armhf,i386
stretch0.17.1-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster0.17.3-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid0.17.3-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Debtags of package gamgi:
roleprogram
uitoolkitgtk
Popcon: 19 users (9 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

GAMGI (« General Atomistic Modelling Graphic Interface ») propose une interface graphique pour construire, visualiser et analyser les structures des atomes. Le programme est destiné à la communauté scientifique et propose une interface graphique pour étudier les structures des atomes et préparer les images pour les présentations, et pour enseigner la structure de l'atome.

The package is enhanced by the following packages: gamgi-data gamgi-doc
Registry entries: SciCrunch  OMICtools 
Screenshots of package gamgi
Gcrystal
visualiseur léger de structures cristallines
Versions of package gcrystal
ReleaseVersionArchitectures
bullseye0.14.17-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster0.14.17-1.1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
stretch0.14.15-1+deb9u1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
wheezy0.12.12-1amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
jessie0.14.9-1amd64,armel,armhf,i386
squeeze0.12.4-1amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
sid0.14.17-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Debtags of package gcrystal:
fieldchemistry
interfacex11
roleprogram
uitoolkitgtk
x11application
Popcon: 21 users (17 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

GNOME Crystal est un visualiseur léger de modèles de structures cristallines. Il est basé sur les utilitaires de chimie GNOME « GNOME Chemistry Utils » et devrait afficher les modèles de toutes sortes de structures cristallines en utilisant OpenGL.

Screenshots of package gcrystal
Python-fabio
I/O library for images produced by 2D X-ray detector - Python2
Versions of package python-fabio
ReleaseVersionArchitectures
bullseye0.9.0+dfsg-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster0.8.0+dfsg-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
stretch0.4.0+dfsg-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
wheezy0.0.8-1amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
jessie0.1.4-1amd64,armel,armhf,i386
Popcon: 51 users (12 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

FabIO is an I/O library for images produced by 2D X-ray detectors and written in Python. FabIO support images detectors from a dozen of companies (including Mar, Dectris, ADSC, Hamamatsu, Oxford, ...), for a total of 20 different file formats (like CBF, EDF, TIFF, ...) and offers an unified interface to their headers (as a Python dictionary) and datasets (as a numpy ndarray of integers or floats)

This is the Python 2 version of the package.

Shelxle
interface graphique pour SHELXL
Versions of package shelxle
ReleaseVersionArchitectures
wheezy1.0.564-1amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
buster1.0.952-1amd64,arm64,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
stretch1.0.816-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie1.0.677-1amd64,armel,armhf,i386
sid1.0.1008-1amd64,arm64,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye1.0.1008-1amd64,arm64,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Debtags of package shelxle:
uitoolkitqt
Popcon: 3 users (8 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

ShelXle combine un éditeur avec le surlignage syntaxique pour des fichiers de type SHELXL .ins (entrée) et .res (sortie) avec un affichage graphique interactif pour visualiser une structure en trois dimensions comprenant des cartes de densité d'électrons (Fo) et de densité différentielle (Fo-Fc).

http://dx.doi.org/10.1107/S0021889811043202

Please cite: Christian B. Hübschle, George M. Sheldrick and Birger Dittrich: ShelXle: a Qt graphical user interface for SHELXL. (eprint) J. Appl. Cryst. 44(6):1281-1284 (2011)
Screenshots of package shelxle
Xcrysden
visualisation de structure cristalline et moléculaire
Versions of package xcrysden
ReleaseVersionArchitectures
stretch1.5.60-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
wheezy1.5.53-1amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
jessie1.5.60-1amd64,armel,armhf,i386
Popcon: 19 users (0 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free

XCrySDen est un programme de visualisation de structure cristalline et moléculaire, visant à afficher des isosurfaces et contours, qui peuvent être superposés sur des structures cristallines et de manière interactive, tournés et manipulés. Ce programme peut fonctionner sur la plupart des plateformes Unix, sans besoins matériels spécifiques.

XCrySDen permet l’enregistrement en temps réel de l’affichage. Plusieurs encodeurs vidéo sont pris en charge, en particulier pour les GIF animés, convert (imagemagick), gifsicle ou whirlgif est nécessaire. Pour AVI ou MPEG, mencoder ou ppmtompeg (netpbm) est nécessaire. Pour l’enregistrement de fenêtre, imagemagick ou xwd (x11-apps) doit être installé.

Screenshots of package xcrysden
*Popularitycontest results: number of people who use this package regularly (number of people who upgraded this package recently) out of 202569