DebiChem Project
Summary
Crystallography
DebiChem crystallography

This metapackage will install packages for crystallography which might be useful for chemists.

Description

For a better overview of the project's availability as a Debian package, each head row has a color code according to this scheme:

If you discover a project which looks like a good candidate for DebiChem to you, or if you have prepared an unofficial Debian package, please do not hesitate to send a description of that project to the DebiChem mailing list

Links to other tasks

DebiChem Crystallography packages

Official Debian packages with high relevance

drawxtl
visionneur de structures cristallographiques
Versions of package drawxtl
ReleaseVersionArchitectures
buster5.5-3amd64,arm64,armhf,i386
stretch5.5-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie5.5-3amd64,armel,armhf,i386
sid5.5-6.1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
trixie5.5-6.1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
bookworm5.5-6amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye5.5-5amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Debtags of package drawxtl:
interfacex11
roleprogram
uitoolkitglut
x11application
Popcon: 12 users (2 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

À partir d'une description basique de la structure cristallographique, incluant les paramètres de la maille élémentaire, le groupe d'espace, les positions atomiques, les paramètres thermiques ou une carte de densité électronique (Fourier map), DRAWxtl produit un objet géométrique qui contient les polyèdres, les plans, les cones de doublets non liants, les sphères ou ellipsoides, les liaisons, les contours de l'isosurface de Fourier et la limite de la maille élémentaire.

Quatre types de dessins sont produits :

  • une fenêtre OpenGL pour un aperçu immédiat ;
  • un « Persistence of Vision Ray Tracer » (POV-RAY) pour des dessins de haute qualité destinés à des publications ;

  • le « Virtual Reality modeling Language » (VRML) pour la publication sur Internet ;

  • un rendu Postscript de la fenêtre OpenGL pour ceux qui souhaiteraient un dessin de haute qualité mais qui n'ont pas POV-RAY installé.

DRAWxtl peut lire les formats CIF, FDAT, Fullprof (pcr), GSAS, SCHAKAL, SHELX, DISCUS et WIEN2k.

Please cite: Larry W. Finger, Martin Kroeker and Brian H. Toby: DRAWxtl, an open-source computer program to produce crystal-structure drawings. (eprint) J. Appl. Cryst. 40:188-192 (2007)
Screenshots of package drawxtl
gamgi
interface graphique de modélisation atomique générale (GAMGI)
Versions of package gamgi
ReleaseVersionArchitectures
bookworm0.17.5-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid0.17.5-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
jessie0.17.1-1amd64,armel,armhf,i386
stretch0.17.1-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster0.17.3-2amd64,arm64,armhf,i386
bullseye0.17.3-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Debtags of package gamgi:
roleprogram
uitoolkitgtk
Popcon: 14 users (2 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

GAMGI (« General Atomistic Modelling Graphic Interface ») propose une interface graphique pour construire, visualiser et analyser les structures des atomes. Le programme est destiné à la communauté scientifique et propose une interface graphique pour étudier les structures des atomes et préparer les images pour les présentations, et pour enseigner la structure de l'atome.

The package is enhanced by the following packages: gamgi-data gamgi-doc
Registry entries: SciCrunch 
Screenshots of package gamgi
gcrystal
visualiseur léger de structures cristallines
Versions of package gcrystal
ReleaseVersionArchitectures
bookworm0.14.17-6.1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid0.14.17-6.2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
jessie0.14.9-1amd64,armel,armhf,i386
stretch0.14.15-1+deb9u1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster0.14.17-1.1amd64,arm64,armhf,i386
bullseye0.14.17-6amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Debtags of package gcrystal:
fieldchemistry
interfacex11
roleprogram
uitoolkitgtk
x11application
Popcon: 13 users (2 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

GNOME Crystal est un visualiseur léger de modèles de structures cristallines. Il est basé sur les utilitaires de chimie GNOME « GNOME Chemistry Utils » et devrait afficher les modèles de toutes sortes de structures cristallines en utilisant OpenGL.

Screenshots of package gcrystal
gemmi
bibliothèque pour la biologie structurale – exécutable
Versions of package gemmi
ReleaseVersionArchitectures
sid0.6.5+ds-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
trixie0.6.5+ds-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
bookworm0.5.7+ds-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
upstream0.6.7
Popcon: 1 users (0 upd.)*
Newer upstream!
License: DFSG free
Git

Il s’agit d’une bibliothèque pour la cristallographie des macromolécules et la bio-informatique structurale pour travailler avec les fichiers de coordonnées (mmCIF, PDB, mmJSON), les contraintes d’affinement (bibliothèque monomer), les cartes de densité électronique (CCP4) et les données de réflexions cristallographiques (MTZ, SF-mmCIF). Elle comprend les symétries de cristaux, elle sait comment basculer entre les espaces réel et réciproque et elle peut faire quelques autres choses.

Ce paquet fournit l'exécutable principal de gemmi.

Please cite: Wojdyr, Marcin: GEMMI: A library for structural biology. Journal of Open Source Software 7(73):4200 (2022)
libmmtf-java
Java API for macromolecular transmission format encoder/decoder
Versions of package libmmtf-java
ReleaseVersionArchitectures
trixie1.0.11-1all
sid1.0.11-1all
bullseye1.0.9-4all
bookworm1.0.11-1all
Popcon: 2 users (5 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

The Macromolecular Transmission Format (MMTF) is a compact binary format to transmit and store biomolecular structures for fast 3D visualization and analysis.

pdb-tools
tools for manipulating and editing PDB files
Versions of package pdb-tools
ReleaseVersionArchitectures
sid2.5.1-2all
trixie2.5.1-2all
bookworm2.5.0-2all
Popcon: 2 users (0 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Manipulating PDB (Protein Data Bank) files is often painful. Extracting a particular chain or set of residues, renumbering residues, splitting or merging models and chains, or just ensuring the file is conforming to the PDB specifications are examples of tasks that can be done using any decent parsing library or graphical interface. These, however, almost always require 1) scripting knowledge, 2) time, and 3) installing one or more programs.

pdb-tools were designed to be a swiss-knife for the PDB format. They have no external dependencies, besides the Python programming language. They are the descendant of a set of old FORTRAN77 programs that had the particular advantage of working with streams, i.e. the output of one script could be piped into another.

The philosophy of the scripts is simple: one script, one task. If you want to do two things, pipe the scripts together.

This package contains the command line tools.

Please cite: JPGLM Rodrigues, JMC Teixeira, M Trellet and AMJJ Bonvin: pdb-tools: a swiss army knife for molecular structures [version 1; peer review: 2 approved]. F1000Research 7(1961) (2018)
python3-fabio
bibliothèque d'E/S pour les images produites par détecteurs de rayons⋅X en⋅2D –⋅Python⋅3
Versions of package python3-fabio
ReleaseVersionArchitectures
buster-backports0.10.0+dfsg-1~bpo10+1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
stretch-backports0.7.0+dfsg-2~bpo9+1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster0.8.0+dfsg-1amd64,arm64,armhf,i386
stretch0.4.0+dfsg-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye0.11.0+dfsg-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bookworm0.14.0+dfsg-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bookworm-backports2023.6.0-3~bpo12+1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el
trixie2024.4.0-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64
sid2024.4.0-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64
upstream2024.9.0
Popcon: 27 users (10 upd.)*
Newer upstream!
License: DFSG free
Git

FabIO est une bibliothèque d’E/S pour les images produites par des détecteurs de rayons X en 2D et écrite en Python. FabIO prend en charge les détecteurs d'image issus d'une douzaine d'entreprises (notamment Mar, Dectris, ADSC, Hamamatsu, Oxford…), soit un total de 20 formats de fichier différents (comme CBF, EDF, TIFF…), et il offre une interface uniforme pour leurs entêtes (comme un dictionnaire Python) et leurs jeux de données (comme une structure ndarray d'entiers ou de flottants de NumPy).

Il s'agit de la version Python⋅3 du paquet.

python3-phonopy
phonon calculations at harmonic and quasi-harmonic levels (Python 3)
Versions of package python3-phonopy
ReleaseVersionArchitectures
trixie2.23.1-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
sid2.23.1-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
bookworm2.17.1-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
upstream2.29.1
Popcon: 3 users (1 upd.)*
Newer upstream!
License: DFSG free
Git

Phonopy is an open source package for phonon calculations at harmonic and quasi-harmonic levels.

This package contains Python 3 module.

shelxle
interface graphique pour SHELXL
Versions of package shelxle
ReleaseVersionArchitectures
sid1.0.1552-1amd64,arm64,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
trixie1.0.1552-1amd64,arm64,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
bookworm1.0.1472-1amd64,arm64,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster1.0.952-1amd64,arm64,i386
bullseye1.0.1179-1amd64,arm64,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
stretch1.0.816-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie1.0.677-1amd64,armel,armhf,i386
upstream1.0.1695
Debtags of package shelxle:
uitoolkitqt
Popcon: 5 users (2 upd.)*
Newer upstream!
License: DFSG free
Git

ShelXle combine un éditeur avec le surlignage syntaxique pour des fichiers de type SHELXL .ins (entrée) et .res (sortie) avec un affichage graphique interactif pour visualiser une structure en trois dimensions comprenant des cartes de densité d'électrons (Fo) et de densité différentielle (Fo-Fc).

http://dx.doi.org/10.1107/S0021889811043202

Please cite: Christian B. Hübschle, George M. Sheldrick and Birger Dittrich: ShelXle: a Qt graphical user interface for SHELXL. (eprint) J. Appl. Cryst. 44(6):1281-1284 (2011)
xcrysden
Crystalline and Molecular Structure Visualizer
Versions of package xcrysden
ReleaseVersionArchitectures
sid1.6.2-4amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
stretch1.5.60-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie1.5.60-1amd64,armel,armhf,i386
bookworm1.6.2-4amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
trixie1.6.2-4amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
bullseye1.6.2-4amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
upstream1.6.3~rc2
Popcon: 16 users (1 upd.)*
Newer upstream!
License: DFSG free
Git

XCrySDen is a crystalline and molecular structure visualisation program, which aims at display of isosurfaces and contours, which can be superimposed on crystalline structures and interactively rotated and manipulated. It can run on most UNIX platforms, without any special hardware requirements.

XCrySDen allows for real-time capture of display. Several movie encoders are supported, in particular for Animated-GIF convert (imagemagick), gifsicle, or whirlgif are necessary. For AVI/MPEG mencoder or ppmtompeg (netpbm) is required. For window dumps either imagemagick or xwd (x11-apps) needs to be present.

Screenshots of package xcrysden
*Popularitycontest results: number of people who use this package regularly (number of people who upgraded this package recently) out of 245494