DebiChem Crystallography packages

DRAWxtl læser en grundlæggende beskrivelse af krystalstrukturen, der inkluderer parametre for enhedscelle, rumgruppe, atomiske koordinater, termiske parametre eller et Fourier-kort, og udlæser et geometrisk objekt som indeholder polyedre, planer, enlige par af kegler, kugler eller ellipsoider, bindinger, iso-overflade for Fourier-konturer og grænserne for enhedscellen.

Der produceres fire former for grafik:

• et OpenGL-vindue til øjeblikkelig fremvisning
• scenesproget »Persistence of Vision Ray Tracer« (POV-RAY) til tegninger i publikationskvalitet
• sproget »Virtual Reality Modeling Language« (VRML) til udbredelse via internettet
• en PostScript-udskrift af OpenGL-vinduet til de som ønsker en udskrift i høj kvalitet, men som ikke har POV-RAY installeret.

De filformater som DRAWxtl kan læse inkluderer CIF, FDAT, FullProf (pcr), GSAS, SCHAKAL, SHELX, DISCUS og WIEN2k.

General Atomistic Modelling Graphic Interface (GAMGI) tilbyder en grafisk grænseflade til at bygge, se og analysere atomare strukturer. Programmet har som målgruppe det videnskabelige samfund og tilbyder en grafisk brugerflade til at studere atomare strukturer og forberede billeder til præsentationer og for undervisning i stofs atomare struktur.

GNOME Crystal er en let modelvisualisering af krystalstrukturer. Programmet er baseret på GNOME Chemistry Utils og bør vise modeller for alle slags mikroskopiske krystalstrukturer, der bruger OpenGL.

Bibliotek for makromolekylær krystallografi og strukturel bioinformatik. For arbejdet med koordinatfiler (mmCIF, PDB, mmJSoN), forfinede begrænsninger (monomerbibliotek), elektrontæthedskort (CCP4) og krystallografisk refleksionsdata (MTZ, SF-mmCIF). Biblioteket forstår krystallografiske symmetrier, det ved, hvordan man skifter mellem det virkelige og det gensidige rum, og det kan udføre nogle få andre ting.

Denne pakke indeholder den kørbare fil for gemmi.

Macromolecular Transmission Format (MMTF) er et kompakt binært format til at transmittere og lagre biomolekylære strukturer for hurtig 3D-visualisering og analyse.

Manipulering af PDB-filer (Protein Data Bank) er ofte smertefuld. Udtrækning af en bestemt kæde eller sæt af rester, omnummerering af rester, spaltning eller sammenlægning af modeller og kæder, eller bare sikre, at filen er i overensstemmelse med PDB-specifikationerne er eksempler på opgaver, der kan udføres ved hjælp af ethvert anstændigt fortolkningsbibliotek eller en grafisk grænseflade. Disse kræver dog næsten altid 1) skriptviden, 2) tid og 3) installation af et eller flere programmer.

Pdb-tool blev designet som en schweizerkniv for PDB-formatet. Der er ingen eksterne afhængigheder, udover programmeringssproget Python. De er arvtager fra et sæt af gamle FORTRAN77-programmer, der havde den specifikke fordel at arbejde med strømme, dvs. resultatet af et skript kunne sendes via en datakanal til en anden datakanal.

Filosofien i skripterne er simpel: et skript, en opgave. Hvis du ønsker at gør to ting, lav en datakanal mellem skripterne.

Denne pakke indeholder værktøjerne for kommandolinjen.

FabIO er et I/O-bibliotek for billeder fremstillet af 2D X-røntgen-detektorer og det er skrevet i Python. FabIO understøtter billeddetektorer fra et dusin firmaer (inklusive mar, Dectris, ADSC, Hamamatsu, Oxford ...), i alt 20 forskellige filformater (såsom CBF, EDF, TIFF ...) og tilbyder en ensartet grænseflade til deres teksthoveder (som en Pythonordbog) og datasæt (som en numpy ndarray af heltal eller kommatal).

Dette er Python 3-versionen af pakken.

Phonopy er en pakke udviklet i åben kildekode til phonon-beregninger på harmoniske og kvasiharmoniske niveauer.

Denne pakke indeholder Python 3-modulet.

ShelXle kombinerer et redigeringsprogram med syntaksfremhævelse for SHELXL- associerede .ins- (input) og .res-filer (output) med en interaktiv grafisk skærm for visualisering af tredimensionelle strukturer inklusive elektrontætheds- (Fo) og forskeltæthedskort (Fo-Fc).

https://dx.doi.org/10.1107/S0021889811043202

XCrySDen er et krystallinsk og molekylært strukturvisualiseringsprogram, som forsøger at vise isooverflader og konturer, som kan overlejres på krystallinske strukturer og interaktivt roteres og manipuleres. Det kan køre på de fleste UNIX-platforme, uden nogen specielle udstyrskrav.

XCrySDen giver mulighed for realtids optagelse af visningen. Flere filmkodere er understøttet, specielt Animated-GIF convert (imagemagick), gifsicle eller whirlgif er nødvendige. For AVI/MPEG er mencoder eller ppmtompeg (netpbm) krævet. For vinduesdump skal enten imagemagick eller swd (x11-apps) være til stede.