DebiChem Crystallography packages

DRAWxtl læser en grundlæggende beskrivelse af krystalstrukturen, der inkluderer parametre for enhedscelle, rumgruppe, atomiske koordinater, termiske parametre eller et Fourier-kort, og udlæser et geometrisk objekt som indeholder polyedre, planer, enlige par af kegler, kugler eller ellipsoider, bindinger, iso-overflade for Fourier-konturer og grænserne for enhedscellen.

Der produceres fire former for grafik:

• et OpenGL-vindue til øjeblikkelig fremvisning
• scenesproget »Persistence of Vision Ray Tracer« (POV-RAY) til tegninger i publikationskvalitet
• sproget »Virtual Reality Modeling Language« (VRML) til udbredelse via internettet
• en PostScript-udskrift af OpenGL-vinduet til de som ønsker en udskrift i høj kvalitet, men som ikke har POV-RAY installeret.

De filformater som DRAWxtl kan læse inkluderer CIF, FDAT, FullProf (pcr), GSAS, SCHAKAL, SHELX, DISCUS og WIEN2k.

General Atomistic Modelling Graphic Interface (GAMGI) tilbyder en grafisk grænseflade til at bygge, se og analysere atomare strukturer. Programmet har som målgruppe det videnskabelige samfund og tilbyder en grafisk brugerflade til at studere atomare strukturer og forberede billeder til præsentationer og for undervisning i stofs atomare struktur.

GNOME Crystal er en let modelvisualisering af krystalstrukturer. Programmet er baseret på GNOME Chemistry Utils og bør vise modeller for alle slags mikroskopiske krystalstrukturer, der bruger OpenGL.

Bibliotek for makromolekylær krystallografi og strukturel bioinformatik. For arbejdet med koordinatfiler (mmCIF, PDB, mmJSoN), forfinede begrænsninger (monomerbibliotek), elektrontæthedskort (CCP4) og krystallografisk refleksionsdata (MTZ, SF-mmCIF). Biblioteket forstår krystallografiske symmetrier, det ved, hvordan man skifter mellem det virkelige og det gensidige rum, og det kan udføre nogle få andre ting.

Denne pakke indeholder den kørbare fil for gemmi.

Macromolecular Transmission Format (MMTF) er et kompakt binært format til at transmittere og lagre biomolekylære strukturer for hurtig 3D-visualisering og analyse.

Manipulating PDB (Protein Data Bank) files is often painful. Extracting a particular chain or set of residues, renumbering residues, splitting or merging models and chains, or just ensuring the file is conforming to the PDB specifications are examples of tasks that can be done using any decent parsing library or graphical interface. These, however, almost always require 1) scripting knowledge, 2) time, and 3) installing one or more programs.

pdb-tools were designed to be a swiss-knife for the PDB format. They have no external dependencies, besides the Python programming language. They are the descendant of a set of old FORTRAN77 programs that had the particular advantage of working with streams, i.e. the output of one script could be piped into another.

The philosophy of the scripts is simple: one script, one task. If you want to do two things, pipe the scripts together.

This package contains the command line tools.

FabIO er et I/O-bibliotek for billeder fremstillet af 2D X-røntgen-detektorer og det er skrevet i Python. FabIO understøtter billeddetektorer fra et dusin firmaer (inklusive mar, Dectris, ADSC, Hamamatsu, Oxford ...), i alt 20 forskellige filformater (såsom CBF, EDF, TIFF ...) og tilbyder en ensartet grænseflade til deres teksthoveder (som en Pythonordbog) og datasæt (som en numpy ndarray af heltal eller kommatal).

Dette er Python 3-versionen af pakken.

Phonopy er en pakke udviklet i åben kildekode til phonon-beregninger på harmoniske og kvasiharmoniske niveauer.

Denne pakke indeholder Python 3-modulet.

ShelXle kombinerer et redigeringsprogram med syntaksfremhævelse for SHELXL- associerede .ins- (input) og .res-filer (output) med en interaktiv grafisk skærm for visualisering af tredimensionelle strukturer inklusive elektrontætheds- (Fo) og forskeltæthedskort (Fo-Fc).

https://dx.doi.org/10.1107/S0021889811043202

XCrySDen er et krystallinsk og molekylært strukturvisualiseringsprogram, som forsøger at vise isooverflader og konturer, som kan overlejres på krystallinske strukturer og interaktivt roteres og manipuleres. Det kan køre på de fleste UNIX-platforme, uden nogen specielle udstyrskrav.

XCrySDen giver mulighed for realtids optagelse af visningen. Flere filmkodere er understøttet, specielt Animated-GIF convert (imagemagick), gifsicle eller whirlgif er nødvendige. For AVI/MPEG er mencoder eller ppmtompeg (netpbm) krævet. For vinduesdump skal enten imagemagick eller swd (x11-apps) være til stede.