DebiChem Project
Summary
Analytical Biochemistry
biochimica analitica per DebiChem

Questo metapacchetto installa pacchetti che permettono di:

  • caricare e convertire file di dati di spettrometria di massa;
  • modificare sequenze di biopolimeri;
  • elaborare flussi di lavoro complessi di spettrometria di massa;
  • effettuare ricerche in database di proteine usando dati da tandem-ms;
  • visualizzare ed esplorare dati di spettrometria di massa;
  • simulare cluster isotopici;
  • implementare flussi di lavoro di proteomica.

Description

For a better overview of the project's availability as a Debian package, each head row has a color code according to this scheme:

If you discover a project which looks like a good candidate for DebiChem to you, or if you have prepared an unofficial Debian package, please do not hesitate to send a description of that project to the DebiChem mailing list

Links to other tasks

DebiChem Analytical Biochemistry packages

Official Debian packages with high relevance

comet-ms
motore di ricerca per spettrometria di massa tandem (MS/MS)
Versions of package comet-ms
ReleaseVersionArchitectures
bookworm2019015+cleaned1-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid2019015+cleaned1-4.1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
buster2018012-1amd64,arm64,armhf,i386
stretch2014022-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
trixie2019015+cleaned1-4.1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
bullseye2019015+cleaned1-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
upstream2021010
Popcon: 1 users (2 upd.)*
Newer upstream!
License: DFSG free
Git

Comet è un motore di ricerca open source per database di sequenze di spettrometria di massa tandem (MS/MS). Identifica i peptidi cercando gli spettri MS/MS nelle sequenze presenti nei database di sequenze proteiche.

Questo pacchetto fornisce un binario che esegue le ricerche in database di MS/MS. I formati di input gestiti sono: file mzXML, mzML e ms2. I formati di output gestiti sono: .out, SQT e pepXML.

Please cite: Jimmy K. Eng, Tahmina A. Jahan and Michael R. Hoopmann: Comet: an open source tandem mass spectrometry sequence database search tool. (PubMed) Proteomics 13(1) (2012)
freesasa
area di superficie accessibile ai solventi di biomolecole
Versions of package freesasa
ReleaseVersionArchitectures
trixie2.1.2-4amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
bookworm2.1.2-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid2.1.2-4amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
Popcon: 1 users (0 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

FreeSASA è una libreria C e uno strumento C++ a riga di comando per calcolare l'area di superficie accessibile ai solventi (SASA) di biomolecole. È progettata per essere semplice da usare con i valori predefiniti, ma permette la personalizzazione di tutti i parametri dei calcoli e fornisce alcuni strumenti diversi per analizzare i risultati. I collegamenti Python sono forniti separatamente.

Please cite: Mitternacht, Simon: FreeSASA: An open source C library for solvent accessible surface area calculations. F1000Research 5:189 (2016)
libmstoolkit-tools
librerie per manipolare dati di spettrometria di massa - strumenti
Versions of package libmstoolkit-tools
ReleaseVersionArchitectures
bookworm82-7amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid82-7.2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
buster82-6amd64,arm64,armhf,i386
bullseye82-7amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
trixie82-7.2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
Popcon: 3 users (0 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

MSToolkit è una libreria C++ leggera per leggere, scrivere e manipolare dati di spettrometria di massa. È facile fare il link di MSToolkit con virtualmente ogni algoritmo C++ per una lettura e un'analisi di file veloci e facili.

Formati di file gestiti:

 -----------------------
  - mzML in sola lettura inclusa la compressione interna (zlib e numpress)
    ed esterna (.mzML.gz);
  - mxXML in sola lettura inclusa compressione interna (zlib) ed esterna
    (.mzXML.gz);
  - lettura/scrittura di mgf, ms1, ms2, bms1, bms2, cms1, cms2.

Interfaccia semplice:

 --------------------
  - apertura di qualsiasi formato di file da un'unica chiamata a funzione;
  - archivia ogni spettro in una struttura di dati semplice ed esaustiva;
  - lettura dei file con accesso sequenziale o casuale.

Questo pacchetto fornisce uno strumento per caricare spettri MS/MS.

libpwiz-tools
strumenti a riga di comando di ProteoWizard
Versions of package libpwiz-tools
ReleaseVersionArchitectures
jessie3.0.6585-2amd64,armel,armhf,i386
sid3.0.18342-4.1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
bookworm3.0.18342-4amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye3.0.18342-4amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster3.0.18342-2amd64,arm64,armhf,i386
stretch3.0.9393-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Popcon: 4 users (2 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

La libreria libpwiz dal progetto ProteoWizard fornisce un insieme modulare ed estensibile di librerie e strumenti open source e multipiattaforma. Gli strumenti effettuano analisi di dati di proteomica; le librerie permettono la creazione veloce di strumenti fornendo un'infrastruttura di sviluppo robusta e a plugin, che semplifica e unifica l'accesso ai file di dati, ed effettua calcoli standard per insiemi di dati LCMS e di chimica.

Lo scopo principale di ProteoWizard è quello di eliminare le barriere esistenti per lo sviluppo di software di proteomica, in modo che i ricercatori possano concentrarsi sullo sviluppo di nuovi approcci analitici, piuttosto che dover dedicare quantità importanti di risorse a compiti banali (anche se importanti), come leggere i file dei dati.

Questo pacchetto fornisce strumenti a riga di comando che includono idconvert (conversione di identificazioni MS) e msconvert (conversione di file di dati grezzi MS da/verso qualsiasi formato gestito).

lutefisk
interpretazione de novo dello spettro CID del peptide
Versions of package lutefisk
ReleaseVersionArchitectures
bullseye1.0.7+dfsg-7amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster1.0.7+dfsg-4amd64,arm64,armhf,i386
stretch1.0.7+dfsg-4amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie1.0.7+dfsg-4amd64,armel,armhf,i386
bookworm1.0.7+dfsg-7amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
trixie1.0.7+dfsg-7amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
sid1.0.7+dfsg-7amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
Debtags of package lutefisk:
fieldbiology, chemistry
roleprogram
sciencecalculation
Popcon: 3 users (0 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Lutefisk effettua una interpretazione de novo dello spettro CID (Collision-Induced Decay, decadimento indotto da collisione), fornendo all'utente un file contenente tutte le possibili sequenze candidate che corrispondono ai dati CID.

massxpert
pacchetto di transizione per massxpert -> massxpert2
Versions of package massxpert
ReleaseVersionArchitectures
sid8.5.0-1all
bullseye6.0.2-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bookworm7.0.0-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
stretch3.6.1-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
trixie8.5.0-1all
jessie3.4.1-1amd64,armel,armhf,i386
Debtags of package massxpert:
biologynuceleic-acids, peptidic
fieldbiology, chemistry
interfacex11
roleprogram
uitoolkitqt
useanalysing, simulating
works-withbiological-sequence
works-with-formatxml
x11application
Popcon: 5 users (2 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Questo è un pacchetto di transizione; può essere rimosso senza problemi. Pacchetto runtime.

Registry entries: Bio.tools 
minexpert2
estrazione e visualizzazione di dati spettrometrici di massa MS^n (runtime)
Versions of package minexpert2
ReleaseVersionArchitectures
bullseye7.4.1-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bookworm8.6.3-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
trixie9.6.0-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
sid9.6.0-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
Popcon: 5 users (3 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

mineXpert2 permette all'utente di eseguire le seguenti attività:

  • aprire file di dati di spettrometria di massa (mzML, mzXML, asc, xy, ...);
  • visualizzare in una tabella l'intero insieme di dati, per un facile filtraggio;
  • calcolare e visualizzare il cromatogramma TIC;
  • calcolare e visualizzare una mappa di colori mz=f(rt);
  • per dati di mobilità, calcolare e visualizzare una mappa di colori mz=f(dt);
  • integrare i dati di spettrometria di massa da qualsiasi tipo di rappresentazione di dati (spettro di massa | drift, cromatogramma TIC | XIC, mappe di colori 2D) a qualsiasi altro tipo di rappresentazione di dati;
  • per qualsiasi caratteristica dei dati di massa (picco di massa, picco TIC | XIC, mappa di colore) integrare in un singolo valore di intensità XIC;
  • calcolare il cluster isotopico in maniera potente partendo da una formula chimica, opzionalmente con tassi di abbondanza isotopica definiti dall'utente;
  • fare il fit gaussiano su qualsiasi cluster isotopico per stimare la massa media di un dato ione;
  • fare la deconvoluzione di dati m/z guidata dal mouse (basata sull'inviluppo di carica o sul cluster isotopico);
  • esportare i dati in file di testo;
  • esportare la rappresentazione grafica dei dati spettrometrici di massa in file grafici in numerosi formati (jpg, png, pdf).

Questo pacchetto installa il programma mineXpert2.

Registry entries: Bio.tools 
mmass
strumento per spettrometria di massa per proteomica
Versions of package mmass
ReleaseVersionArchitectures
stretch5.5.0-5all
buster5.5.0-5all
jessie5.5.0-4all
Debtags of package mmass:
fieldbiology, chemistry
interfacex11
roleprogram
scienceplotting, visualisation
scopeapplication
uitoolkitgtk, wxwidgets
useanalysing
works-withbiological-sequence, db
works-with-formatxml
x11application
Popcon: 2 users (0 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

mMass è un visualizzatore/analizzatore libero per spettrografia di massa con cui possono essere eseguiti i seguenti compiti relativi alla proteomica:

  • aprire spettri di massa in puro testo, mzXML e mzData;
  • definire elenchi di picchi;
  • potente visualizzatore di spettri di massa (zoom, cursore, ...);
  • ricalibrare dati;
  • simulazioni solo-proteine;
  • ricerche Mascot online.

Il software può essere facilmente esteso con moduli aggiuntivi Python. Questo pacchetto contiene le parti del software indipendenti dalla piattaforma.

Please cite: Martin Strohalm, Daniel Kavan, Petr Novák, Michael Volný and Vladimír Havlíček: mMass 3: A Cross-Platform Software Environment for Precise Analysis of Mass Spectrometric Data. (PubMed,eprint) Analytical chemistry (ACS) 82(11):4648-4651 (2010)
Screenshots of package mmass
openms
pacchetto per gestione ed analisi di dati LC/MS
Versions of package openms
ReleaseVersionArchitectures
buster2.4.0-real-1all
bullseye2.6.0+cleaned1-3all
bookworm2.6.0+cleaned1-3all
trixie2.6.0+cleaned1-4all
sid2.6.0+cleaned1-4all
jessie1.11.1-5all
Popcon: 0 users (0 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

OpenMS è un pacchetto per gestione ed analisi di dati LC/MS. OpenMS offre un'infrastruttura per lo sviluppo di software relativo alla spettrometria di massa e potenti soluzioni per la visualizzazione 2D e 3D.

TOPP (OpenMS proteomic pipeline) è una catena di strumenti per l'analisi di dati HPLC/MS. Consiste di un insieme di numerose piccole applicazioni che possono essere concatenate insieme per creare catene di analisi su misura per un problema specifico.

Questo è un metapacchetto che dipende sia dal pacchetto delle librerie libopenms (libOpenMS e libOpenMS_GUI), sia dal pacchetto dell'OpenMS Proteomic Pipeline (topp).

Please cite: Marc Sturm, Andreas Bertsch, Clemens Gröpl, Andreas Hildebrandt, Rene Hussong, Eva Lange, Nico Pfeifer, Ole Schulz-Trieglaff, Alexandra Zerck, Knut Reinert and Oliver Kohlbacher: OpenMS – an Open-Source Software Framework for Mass Spectrometry. (PubMed,eprint) BMC Bioinformatics 9(163) (2008)
Registry entries: Bio.tools  SciCrunch  Bioconda 
Screenshots of package openms
python3-pymzml
analisi di dati di spettrometria di massa mzML (Python 3.x)
Versions of package python3-pymzml
ReleaseVersionArchitectures
trixie2.5.10+repack1-1all
sid2.5.10+repack1-1all
bullseye2.4.7-3all
stretch0.7.6-dfsg-4all
bookworm2.5.2+repack1-1all
Popcon: 6 users (0 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

python-pymzml (pymzML) è un'estensione per Python che offre:

  • facile accesso a dati di spettrometria di massa (MS) che permette lo sviluppo rapido di strumenti;
  • un analizzatore veramente veloce di dati mzML, lo standard per ciò che riguarda i formati di dati di spettrometria di massa;
  • un insieme di funzioni per confrontare o gestire spettri.

Questo pacchetto contiene python-pymzml per Python 3.

Please cite: T. Bald, J. Barth, A. Niehues, M. Specht, M. Hippler and C. Fufezan: pymzML - Python module for high throughput bioinformatics on mass spectrometry data. (PubMed,eprint) Bioinformatics, UK 28(7):1052-1053 (2012)
r-cran-maldiquant
pacchetto GNU R per analisi quantitativa di dati di spettrometria di massa
Versions of package r-cran-maldiquant
ReleaseVersionArchitectures
sid1.22.3-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
trixie1.22.3-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
bookworm1.22-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye1.19.3-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster1.18-1amd64,arm64,armhf,i386
stretch1.16.1-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie1.11-1amd64,armel,armhf,i386
Debtags of package r-cran-maldiquant:
biologypeptidic
devellang:r, library
fieldbiology, chemistry, statistics
roledevel-lib
scienceplotting
useanalysing
Popcon: 3 users (4 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

MALDIquant fornisce una pipe completa di analisi per MALDI-TOF e altri dati di spettrometria di massa. Le caratteristiche distintive includono la sottrazione della linea di base usando l'algoritmo SNIP, l'allineamento dei picchi usando funzioni di warping, la gestione di misure replicate, permettendo inoltre l'uso di spettri con risoluzioni diverse.

Please cite: Sebastian Gibb and Korbinian Strimmer: MALDIquant: a versatile R package for the analysis of mass spectrometry data. (PubMed,eprint) Bioinformatics 28(17):2270-2271 (2012)
r-cran-maldiquantforeign
pacchetto GNU R che fornisce funzioni di importazione ed esportazione per MALDIquant
Versions of package r-cran-maldiquantforeign
ReleaseVersionArchitectures
stretch0.10.1-1all
buster0.12-1all
bullseye0.12-2all
bookworm0.13-1all
trixie0.14.1-1all
sid0.14.1-1all
jessie0.9-2amd64,armel,armhf,i386
Debtags of package r-cran-maldiquantforeign:
devellang:r
fieldbiology, chemistry
useanalysing
Popcon: 3 users (4 upd.)*
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License: DFSG free
Git

il pacchetto MALDIquantForeign legge (tab, csv, Bruker fid, Ciphergen XML, mzXML, mzML, imzML, Analyze 7.5) e scrive (tab, csv, msd, mzML) diversi formati di file per dati di spettrometria di massa in e da oggetti MALDIquant.

r-cran-mixtools
strumenti GNU R per analizzare modelli finiti misti
Versions of package r-cran-mixtools
ReleaseVersionArchitectures
sid2.0.0-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
jessie1.0.2-1amd64,armel,armhf,i386
stretch1.0.4-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster1.1.0-2amd64,arm64,armhf,i386
bullseye1.2.0-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bookworm2.0.0-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
trixie2.0.0-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
Popcon: 6 users (4 upd.)*
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License: DFSG free
Git

Il pacchetto mixtools di GNU R è una raccolta di funzioni R per analizzare modelli finiti misti. Questo pacchetto è basato sul lavoro supportato dalla National Science Foundation con la borsa di ricerca n. SES-0518772.

Please cite: Tatiana Benaglia, Didier Chauveau, David R. Hunter and Derek Young: mixtools: An R Package for Analyzing Finite Mixture Models. (eprint) Journal of Statistical Software 32(6):1-29 (2009)
r-cran-readbrukerflexdata
pacchetto GNU R per leggere file in formato *flex di Bruker Daltonics
Versions of package r-cran-readbrukerflexdata
ReleaseVersionArchitectures
sid1.9.3-1all
jessie1.8-1amd64,armel,armhf,i386
stretch1.8.3-1all
buster1.8.5-2all
bullseye1.8.5-3all
bookworm1.9.0-1all
trixie1.9.3-1all
Debtags of package r-cran-readbrukerflexdata:
devellang:r, library
fieldbiology, chemistry, statistics
roledevel-lib
useanalysing
Popcon: 3 users (9 upd.)*
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License: DFSG free
Git

Il pacchetto readBrukerFlexData legge i file dei dati acquisiti con spettrometria di massa MALDI-TOF da apparecchiature Bruker Daltonics della serie *flex.

r-cran-readmzxmldata
pacchetto GNU R per leggere dati di spettrometria di massa in formato mzXML
Versions of package r-cran-readmzxmldata
ReleaseVersionArchitectures
jessie2.8-1amd64,armel,armhf,i386
stretch2.8.1-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster2.8.1-3all
bullseye2.8.1-4all
bookworm2.8.2-1all
trixie2.8.3-1all
sid2.8.3-1all
Debtags of package r-cran-readmzxmldata:
devellang:r
fieldbiology, chemistry
useanalysing
works-with-formatxml
Popcon: 3 users (4 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Il pacchetto readMzXmlData contiene funzioni per leggere dati di spettrometria di massa in formato mzXML.

r-other-amsmercury
calcolo efficiente di massa e abbondanza accurate per picchi isotopici
Versions of package r-other-amsmercury
ReleaseVersionArchitectures
sid1.3.0-4amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
trixie1.3.0-4amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
bookworm1.3.0-4amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye1.3.0-4amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster1.3.0-3amd64,arm64,armhf,i386
stretch1.3.0-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie1.3.0-1amd64,armel,armhf,i386
Popcon: 2 users (1 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Questo pacchetto GNU R fornisce un calcolo efficiente per massa e abbondanza accurate per picchi isotopici. È una precondizione per R NITPICK che esegue l'identificazione dei picchi per dati di spettrometria di massa.

r-other-curvefdp
stima dei livelli di confidenza per l'identificazione di peptidi
Versions of package r-other-curvefdp
ReleaseVersionArchitectures
bookworm2.0-6all
jessie2.0-1all
stretch2.0-2all
buster2.0-5all
bullseye2.0-6all
trixie2.0-6all
sid2.0-6all
Popcon: 2 users (1 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Questo è un pacchetto per GNU R per la pubblicazione intitolata "Estimating the Confidence of Peptide Identifications without Decoy Databases" su "Analytical Chemistry". La funzione curveFDR(scores) fa il fit di un modello di mistura di distribuzioni gaussiane a una distribuzione di punteggi di identificazione di peptidi e perciò permette la stima di livelli di confidenza basati sulla proporzione di false scoperte.

Please cite: Bernhard Y. Renard abd Wiebke Timm, Marc Kirchner, Judith A. J. Steen, Fred A. Hamprecht and Hanno Steen: Estimating the Confidence of Peptide Identifications without Decoy Databases. (eprint) Analytical Chemistry 82(11):4314-4318 (2010)
r-other-iwrlars
regressione least angle, lasso, lasso positivo e forward stagewise
Versions of package r-other-iwrlars
ReleaseVersionArchitectures
stretch0.9-5-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye0.9-5-4amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bookworm0.9-5-4amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
trixie0.9-5-4amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
sid0.9-5-4amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
jessie0.9-5-1amd64,armel,armhf,i386
buster0.9-5-3amd64,arm64,armhf,i386
Popcon: 2 users (1 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Questo pacchetto GNU R fornisce procedure efficienti per fare il fit di un'intera sequenza lasso al costo di un solo fit ai minimi quadrati. La regressione LAR (Least Angle Regression) e la regressione infinitesimale forward stagewise sono correlate al lasso descritto in http://www-stat.stanford.edu/~hastie/Papers/#LARS.

Questa è una versione modificata del pacchetto lars originale di Hastie ed Efron, che fornisce una modifica a LARS per lasso non negativo.

r-other-nitpick
identificazione dei picchi per dati di spettrometria di massa
Versions of package r-other-nitpick
ReleaseVersionArchitectures
jessie2.0-1all
bullseye2.0-7all
bookworm2.0-7all
trixie2.0-7all
sid2.0-7all
buster2.0-5all
stretch2.0-2all
Popcon: 2 users (1 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Questo pacchetto R permette un'estrazione affidabile di caratteristiche da spettri di massa e aiuta nell'analisi automatica di esperimenti di spettrometria di massa (MS) per la proteomica.

Questa è l'implementazione NITPICK per il rilevamento dei picchi in spettri MS.

Please cite: Bernhard Y Renard, Marc Kirchner, Hanno Steen, Judith AJ Steen and Fred A Hamprecht: NITPICK: peak identification for mass spectrometry data. (PubMed,eprint) BMC Bioinformatics 9:355 (2008)
tandem-mass
software per spettrometria di massa per identificare proteine
Versions of package tandem-mass
ReleaseVersionArchitectures
trixie201702011-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
bookworm201702011-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye201702011-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster201702011-1amd64,arm64,armhf,i386
stretch20151215-4amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid201702011-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
jessie2013.09.01-2amd64,armel,armhf,i386
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License: DFSG free
Git

X! Tandem può trovare la corrispondenza tra spettri di massa tandem e sequenze peptidiche, in un processo che viene comunemente usato per effettuare l'identificazione delle proteine.

Questo software ha una API (interfaccia per programmazione di applicazioni) molto semplice e non sofisticata: accetta semplicemente nella riga di comando un file XML con le istruzioni e produce in output i risultati in un file XML che è stato specificato nel file XML di input. Il formato del file di output è descritto all'indirizzo http://www.thegpm.org/docs/X_series_output_form.pdf.

A differenza di alcuni motori di ricerca delle generazioni precedenti, tutta la serie X! dei motori di ricerca calcola l'intervallo statistico di confidenza (valori attesi) per tutte le singole assegnazioni spettro-sequenza. Riassemblano anche tutti le assegnazioni dei peptidi in un insieme di dati nelle sequenze proteiche conosciute e assegnano la confidenza statistica che questo assemblaggio e allineamento non siano casuali. È possibile trovare la formula all'interno; perciò non è necessario utilizzare un software separato per l'assemblaggio e l'analisi statistica, come ad esempio PeptideProphet e ProteinProphet.

toppic
identificazione e caratterizzazione top-down di proteoforme (programmi)
Versions of package toppic
ReleaseVersionArchitectures
bookworm1.5.3+dfsg1-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid1.5.3+dfsg1-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
trixie1.5.3+dfsg1-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
bullseye1.3.0+dfsg1-4amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
upstream1.7.8
Popcon: 3 users (0 upd.)*
Newer upstream!
License: DFSG free
Git

La TopPIC Suite consiste di 4 strumenti software per l'interpretazione di dati di spettrometria di massa top-down: TopFD, TopPIC, TopMG e TopDiff.

 -TopFD (Top-down mass spectral Feature Detection) è uno strumento software
   per deconvoluzione spettrale top-down ed è un successore di MS-Deconv.
   Raggruppa picchi spettrali top-down in inviluppi isotopomeri e converte
   inviluppi di isotopomeri in masse neutre monoisotopiche. In aggiunta
   estrae caratteristiche di proteoforme da dati LC-MS o CE-MS.
 -TopPIC (Top-down mass spectrometry based Proteoform Identification
   and Characterization) identifica e caratterizza proteoforme a livello
   di proteoma e caratterizza proteoforme a livello di proteoma cercando
   spettri di massa tandem top-down in un database di sequenze proteiche.
   ToPIC è un successore di MS-Align+. Identifica in modo efficiente
   proteoforme con alterazioni inattese, come mutazioni e modifiche
   post-traduzione (PTM), stima accuratamente la significatività
   statistica delle identificazioni e caratterizza le proteoforme con
   spostamenti di massa sconosciuti che riporta. Usa diverse tecniche, come
   indici, allineamento degli spettri, metodi di funzione di generazione e
   il punteggio MIScore (Modification Identification Score), per aumentare
   velocità, sensibilità e accuratezza.
 -TopMG (Top-down mass spectrometry based proteoform identification
   using Mass Graphs) è uno strumento software per identificare proteoforme
   ultra-modificate cercando spettri di massa tandem top-down in un database
   di sequenze proteiche. È in grado di identificare proteoforme con più
   PTM variabili e alterazioni inattese, come proteoforme di istoni e
   quelle fosforilate. Usa grafi di massa che rappresentano in modo
   efficiente le proteoforme candidate con più PTM variabili, per aumentare
   la velocità e la sensibilità della identificazione delle proteoforme.
   In aggiunta sono impiegati metodi di filtraggio approssimato basato su
   spettri per filtrare le sequenze proteiche e viene usato un metodo
   Monte Carlo a catena di Markov (TopMCMC) per stimare la significatività
   statistica delle identificazioni.
 -TopDiff (Top-down mass spectrometry-based identification of
   Differentially expressed proteoforms) confronta l'abbondanza di
   proteoforme e trova proteoforme espresse in modo differente usando
   identificazioni di dati di spettrometria di massa top-down di diversi
   campioni di proteine.
xtpcpp
versione C++ di X!TandemPipeline
Versions of package xtpcpp
ReleaseVersionArchitectures
bullseye0.4.18-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Popcon: 1 users (0 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free

Il programma permette di eseguire le seguenti attività:

  • leggere file xml di risultati di X!Tandem;
  • leggere file dat di risultati di MASCOT;
  • leggere file pepXML di risultati di TPP;
  • leggere file mzIdentML di risultati di PSI;
  • eseguire analisi X!Tandem attraverso un'interfaccia utente grafica;
  • implementare vari filtri basati su valori statistici;
  • potenti algoritmi originali di raggruppamento per filtrare la ridondanza;
  • modalità fosfopeptidi per gestire insiemi di dati di fosfoproteomica;
  • modificare, cercare e ordinare i dati graficamente;
  • navigatore di cromatogrammi XIC (eXtracted Ion Current);
  • confronto di modelli teorici di isotopi con aree MS1 XIC misurate;
  • esportazione di dati direttamente in Microsoft Office 2010 e LibreOffice (esportazione ods);
  • gestione molto veloce di enormi insiemi di dati;
  • esecuzione della quantificazione di peptidi tramite esportazione MassChroQml.
Please cite: Olivier Langella, Benoît Valot, Thierry Balliau, Mélisande Blein-Nicolas, Ludovic Bonhomme and Michel Zivy: X!TandemPipeline: A Tool to Manage Sequence Redundancy for Protein Inference and Phosphosite Identification. (PubMed,eprint) Journal of Proteome Research 16(2):494-503 (2017)

Official Debian packages with lower relevance

libisospec++-dev
Isotopic fine structure calculator (C++ development files)
Versions of package libisospec++-dev
ReleaseVersionArchitectures
sid2.2.1-4.1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
trixie2.2.1-4.1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
bookworm2.2.1-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye2.1.3-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster1.9.1-5amd64,arm64,armhf,i386
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IsoSpec implements an algorithm for fast computation of isotopologues of chemical substances that can alternate between joint probability and peak height threshold.

This package ships the development files.

Please cite: Mateusz K. Łącki, Michał Startek, Dirk Valkenborg and Anna Gambin: IsoSpec: Hyperfast Fine Structure Calculator. (PubMed,eprint) Analytical Chemistry 89(5):3272-3277 (2017)
libpwiz-dev
libreria per effettuare analisi di dati di proteomica (file di sviluppo)
Versions of package libpwiz-dev
ReleaseVersionArchitectures
bullseye3.0.18342-4amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bookworm3.0.18342-4amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid3.0.18342-4.1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
jessie3.0.6585-2amd64,armel,armhf,i386
stretch3.0.9393-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster3.0.18342-2amd64,arm64,armhf,i386
Debtags of package libpwiz-dev:
devellibrary
roledevel-lib
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License: DFSG free
Git

La libreria libpwiz dal progetto ProteoWizard fornisce un insieme modulare ed estensibile di librerie e strumenti open source e multipiattaforma. Gli strumenti effettuano analisi di dati di proteomica; le librerie permettono la creazione veloce di strumenti fornendo un'infrastruttura di sviluppo robusta e a plugin, che semplifica e unifica l'accesso ai file di dati, ed effettua calcoli standard per insiemi di dati LCMS e di chimica.

Lo scopo principale di ProteoWizard è quello di eliminare le barriere esistenti per lo sviluppo di software di proteomica, in modo che i ricercatori possano concentrarsi sullo sviluppo di nuovi approcci analitici, piuttosto che dover dedicare quantità importanti di risorse a compiti banali (anche se importanti), come leggere i file dei dati.

Questo pacchetto fornisce i file di sviluppo della libreria.

libpwizlite-dev
libreria per caricare file mzML/mzXML (file di sviluppo)
Versions of package libpwizlite-dev
ReleaseVersionArchitectures
bullseye3.0.3-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bookworm3.0.4-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
trixie3.0.8-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
sid3.0.8-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
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License: DFSG free
Git

Questa libreria è una versione semplificata della libreria Proteowizard. Contiene solamente le funzionalità richieste per caricare file mzML/mzXML standard per dati di spettrometria di massa.

Vedere http://proteowizard.sourceforge.net/ per il progetto originale.

Questo pacchetto contiene i file di sviluppo.

Packaging has started and developers might try the packaging code in VCS

biceps
error-tolerant peptide identification
Versions of package biceps
ReleaseVersionArchitectures
VCS0.0.201401-1all
Versions and Archs
License: BSDlike
Debian package not available
Git
Version: 0.0.201401-1

BICEPS is tool for the error-tolerant identification of peptides based on a statistical regularization scheme. It balances possible improvements in peptide-spectrum-matches by allowing substitutions against the increased risk of false positives. BICEPS can identify peptides containing two or more substitutions as occuring e.g. in cross-species searches.

Please cite: Bernhard Y. Renard‡and Buote Xu, Marc Kirchner, Franziska Zickmann‡and Dominic Winter, Simone Korten‡and Norbert W. Brattig‡and Amit Tzur, Fred A. Hamprecht and Hanno Steen: Overcoming Species Boundaries in Peptide Identification with Bayesian Information Criterion-driven Error-tolerant Peptide Search (BICEPS). (PubMed,eprint) Mol Cell Proteomics ;11(7):M111.014167 (2012)
*Popularitycontest results: number of people who use this package regularly (number of people who upgraded this package recently) out of 245494