Summary
Analytical Biochemistry
biochimica analitica per DebiChem
Questo metapacchetto installa pacchetti che permettono di:
- caricare e convertire file di dati di spettrometria di massa;
- modificare sequenze di biopolimeri;
- elaborare flussi di lavoro complessi di spettrometria di massa;
- effettuare ricerche in database di proteine usando dati da tandem-ms;
- visualizzare ed esplorare dati di spettrometria di massa;
- simulare cluster isotopici;
- implementare flussi di lavoro di proteomica.
Description
For a better overview of the project's availability as a Debian package, each head row has a color code according to this scheme:
If you discover a project which looks like a good candidate for DebiChem
to you, or if you have prepared an unofficial Debian package, please do not hesitate to
send a description of that project to the DebiChem mailing list
Links to other tasks
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DebiChem Analytical Biochemistry packages
Official Debian packages with high relevance
comet-ms
motore di ricerca per spettrometria di massa tandem (MS/MS)
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Versions of package comet-ms |
Release | Version | Architectures |
bookworm | 2019015+cleaned1-3 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
sid | 2019015+cleaned1-4.1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
buster | 2018012-1 | amd64,arm64,armhf,i386 |
stretch | 2014022-3 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
trixie | 2019015+cleaned1-4.1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
bullseye | 2019015+cleaned1-3 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
upstream | 2021010 |
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License: DFSG free
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Comet è un motore di ricerca open source per database di sequenze di
spettrometria di massa tandem (MS/MS). Identifica i peptidi cercando gli
spettri MS/MS nelle sequenze presenti nei database di sequenze proteiche.
Questo pacchetto fornisce un binario che esegue le ricerche in database di
MS/MS. I formati di input gestiti sono: file mzXML, mzML e ms2. I formati
di output gestiti sono: .out, SQT e pepXML.
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freesasa
area di superficie accessibile ai solventi di biomolecole
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Versions of package freesasa |
Release | Version | Architectures |
trixie | 2.1.2-4 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
bookworm | 2.1.2-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
sid | 2.1.2-4 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
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License: DFSG free
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FreeSASA è una libreria C e uno strumento C++ a riga di comando per
calcolare l'area di superficie accessibile ai solventi (SASA) di
biomolecole. È progettata per essere semplice da usare con i valori
predefiniti, ma permette la personalizzazione di tutti i parametri dei
calcoli e fornisce alcuni strumenti diversi per analizzare i risultati. I
collegamenti Python sono forniti separatamente.
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libmstoolkit-tools
librerie per manipolare dati di spettrometria di massa - strumenti
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Versions of package libmstoolkit-tools |
Release | Version | Architectures |
bookworm | 82-7 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
sid | 82-7.2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
buster | 82-6 | amd64,arm64,armhf,i386 |
bullseye | 82-7 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
trixie | 82-7.2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
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License: DFSG free
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MSToolkit è una libreria C++ leggera per leggere, scrivere e manipolare
dati di spettrometria di massa. È facile fare il link di MSToolkit con
virtualmente ogni algoritmo C++ per una lettura e un'analisi di file veloci
e facili.
Formati di file gestiti:
-----------------------
- mzML in sola lettura inclusa la compressione interna (zlib e numpress)
ed esterna (.mzML.gz);
- mxXML in sola lettura inclusa compressione interna (zlib) ed esterna
(.mzXML.gz);
- lettura/scrittura di mgf, ms1, ms2, bms1, bms2, cms1, cms2.
Interfaccia semplice:
--------------------
- apertura di qualsiasi formato di file da un'unica chiamata a funzione;
- archivia ogni spettro in una struttura di dati semplice ed esaustiva;
- lettura dei file con accesso sequenziale o casuale.
Questo pacchetto fornisce uno strumento per caricare spettri MS/MS.
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libpwiz-tools
strumenti a riga di comando di ProteoWizard
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Versions of package libpwiz-tools |
Release | Version | Architectures |
jessie | 3.0.6585-2 | amd64,armel,armhf,i386 |
sid | 3.0.18342-4.1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
bookworm | 3.0.18342-4 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bullseye | 3.0.18342-4 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 3.0.18342-2 | amd64,arm64,armhf,i386 |
stretch | 3.0.9393-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
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License: DFSG free
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La libreria libpwiz dal progetto ProteoWizard fornisce un insieme modulare
ed estensibile di librerie e strumenti open source e multipiattaforma. Gli
strumenti effettuano analisi di dati di proteomica; le librerie permettono
la creazione veloce di strumenti fornendo un'infrastruttura di sviluppo
robusta e a plugin, che semplifica e unifica l'accesso ai file di dati, ed
effettua calcoli standard per insiemi di dati LCMS e di chimica.
Lo scopo principale di ProteoWizard è quello di eliminare le barriere
esistenti per lo sviluppo di software di proteomica, in modo che i
ricercatori possano concentrarsi sullo sviluppo di nuovi approcci
analitici, piuttosto che dover dedicare quantità importanti di risorse a
compiti banali (anche se importanti), come leggere i file dei dati.
Questo pacchetto fornisce strumenti a riga di comando che includono
idconvert (conversione di identificazioni MS) e msconvert (conversione
di file di dati grezzi MS da/verso qualsiasi formato gestito).
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lutefisk
interpretazione de novo dello spettro CID del peptide
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Versions of package lutefisk |
Release | Version | Architectures |
bullseye | 1.0.7+dfsg-7 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 1.0.7+dfsg-4 | amd64,arm64,armhf,i386 |
stretch | 1.0.7+dfsg-4 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
jessie | 1.0.7+dfsg-4 | amd64,armel,armhf,i386 |
bookworm | 1.0.7+dfsg-7 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
trixie | 1.0.7+dfsg-7 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
sid | 1.0.7+dfsg-7 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
Debtags of package lutefisk: |
field | biology, chemistry |
role | program |
science | calculation |
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License: DFSG free
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Lutefisk effettua una interpretazione de novo dello spettro CID
(Collision-Induced Decay, decadimento indotto da collisione), fornendo
all'utente un file contenente tutte le possibili sequenze candidate che
corrispondono ai dati CID.
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massxpert
pacchetto di transizione per massxpert -> massxpert2
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Versions of package massxpert |
Release | Version | Architectures |
sid | 8.5.0-1 | all |
bullseye | 6.0.2-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bookworm | 7.0.0-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
stretch | 3.6.1-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
trixie | 8.5.0-1 | all |
jessie | 3.4.1-1 | amd64,armel,armhf,i386 |
Debtags of package massxpert: |
biology | nuceleic-acids, peptidic |
field | biology, chemistry |
interface | x11 |
role | program |
uitoolkit | qt |
use | analysing, simulating |
works-with | biological-sequence |
works-with-format | xml |
x11 | application |
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License: DFSG free
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Questo è un pacchetto di transizione; può essere rimosso senza problemi.
Pacchetto runtime.
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minexpert2
estrazione e visualizzazione di dati spettrometrici di massa MS^n (runtime)
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Versions of package minexpert2 |
Release | Version | Architectures |
bullseye | 7.4.1-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bookworm | 8.6.3-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
trixie | 9.6.0-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
sid | 9.6.0-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
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License: DFSG free
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mineXpert2 permette all'utente di eseguire le seguenti attività:
- aprire file di dati di spettrometria di massa (mzML, mzXML, asc, xy,
...);
- visualizzare in una tabella l'intero insieme di dati, per un facile
filtraggio;
- calcolare e visualizzare il cromatogramma TIC;
- calcolare e visualizzare una mappa di colori mz=f(rt);
- per dati di mobilità, calcolare e visualizzare una mappa di colori
mz=f(dt);
- integrare i dati di spettrometria di massa da qualsiasi tipo di
rappresentazione di dati (spettro di massa | drift, cromatogramma TIC |
XIC, mappe di colori 2D) a qualsiasi altro tipo di rappresentazione di
dati;
- per qualsiasi caratteristica dei dati di massa (picco di massa, picco
TIC | XIC, mappa di colore) integrare in un singolo valore di intensità
XIC;
- calcolare il cluster isotopico in maniera potente partendo da una
formula chimica, opzionalmente con tassi di abbondanza isotopica
definiti dall'utente;
- fare il fit gaussiano su qualsiasi cluster isotopico per stimare la
massa media di un dato ione;
- fare la deconvoluzione di dati m/z guidata dal mouse (basata
sull'inviluppo di carica o sul cluster isotopico);
- esportare i dati in file di testo;
- esportare la rappresentazione grafica dei dati spettrometrici di massa
in file grafici in numerosi formati (jpg, png, pdf).
Questo pacchetto installa il programma mineXpert2.
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mmass
strumento per spettrometria di massa per proteomica
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Versions of package mmass |
Release | Version | Architectures |
stretch | 5.5.0-5 | all |
buster | 5.5.0-5 | all |
jessie | 5.5.0-4 | all |
Debtags of package mmass: |
field | biology, chemistry |
interface | x11 |
role | program |
science | plotting, visualisation |
scope | application |
uitoolkit | gtk, wxwidgets |
use | analysing |
works-with | biological-sequence, db |
works-with-format | xml |
x11 | application |
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License: DFSG free
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mMass è un visualizzatore/analizzatore libero per spettrografia di massa
con cui possono essere eseguiti i seguenti compiti relativi alla proteomica:
- aprire spettri di massa in puro testo, mzXML e mzData;
- definire elenchi di picchi;
- potente visualizzatore di spettri di massa (zoom, cursore, ...);
- ricalibrare dati;
- simulazioni solo-proteine;
- ricerche Mascot online.
Il software può essere facilmente esteso con moduli aggiuntivi Python.
Questo pacchetto contiene le parti del software indipendenti dalla piattaforma.
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openms
pacchetto per gestione ed analisi di dati LC/MS
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Versions of package openms |
Release | Version | Architectures |
buster | 2.4.0-real-1 | all |
bullseye | 2.6.0+cleaned1-3 | all |
bookworm | 2.6.0+cleaned1-3 | all |
trixie | 2.6.0+cleaned1-4 | all |
sid | 2.6.0+cleaned1-4 | all |
jessie | 1.11.1-5 | all |
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License: DFSG free
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OpenMS è un pacchetto per gestione ed analisi di dati LC/MS. OpenMS offre
un'infrastruttura per lo sviluppo di software relativo alla spettrometria
di massa e potenti soluzioni per la visualizzazione 2D e 3D.
TOPP (OpenMS proteomic pipeline) è una catena di strumenti per l'analisi di
dati HPLC/MS. Consiste di un insieme di numerose piccole applicazioni che
possono essere concatenate insieme per creare catene di analisi su misura
per un problema specifico.
Questo è un metapacchetto che dipende sia dal pacchetto delle librerie
libopenms (libOpenMS e libOpenMS_GUI), sia dal pacchetto dell'OpenMS
Proteomic Pipeline (topp).
Please cite:
Marc Sturm, Andreas Bertsch, Clemens Gröpl, Andreas Hildebrandt, Rene Hussong, Eva Lange, Nico Pfeifer, Ole Schulz-Trieglaff, Alexandra Zerck, Knut Reinert and Oliver Kohlbacher:
OpenMS – an Open-Source Software Framework for Mass Spectrometry.
(PubMed,eprint)
BMC Bioinformatics
9(163)
(2008)
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python3-pymzml
analisi di dati di spettrometria di massa mzML (Python 3.x)
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Versions of package python3-pymzml |
Release | Version | Architectures |
trixie | 2.5.10+repack1-1 | all |
sid | 2.5.10+repack1-1 | all |
bullseye | 2.4.7-3 | all |
stretch | 0.7.6-dfsg-4 | all |
bookworm | 2.5.2+repack1-1 | all |
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License: DFSG free
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python-pymzml (pymzML) è un'estensione per Python che offre:
- facile accesso a dati di spettrometria di massa (MS) che permette lo
sviluppo rapido di strumenti;
- un analizzatore veramente veloce di dati mzML, lo standard per ciò che
riguarda i formati di dati di spettrometria di massa;
- un insieme di funzioni per confrontare o gestire spettri.
Questo pacchetto contiene python-pymzml per Python 3.
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r-cran-maldiquant
pacchetto GNU R per analisi quantitativa di dati di spettrometria di massa
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Versions of package r-cran-maldiquant |
Release | Version | Architectures |
sid | 1.22.3-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
trixie | 1.22.3-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
bookworm | 1.22-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bullseye | 1.19.3-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 1.18-1 | amd64,arm64,armhf,i386 |
stretch | 1.16.1-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
jessie | 1.11-1 | amd64,armel,armhf,i386 |
Debtags of package r-cran-maldiquant: |
biology | peptidic |
devel | lang:r, library |
field | biology, chemistry, statistics |
role | devel-lib |
science | plotting |
use | analysing |
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License: DFSG free
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MALDIquant fornisce una pipe completa di analisi per MALDI-TOF e altri dati
di spettrometria di massa. Le caratteristiche distintive includono la
sottrazione della linea di base usando l'algoritmo SNIP, l'allineamento dei
picchi usando funzioni di warping, la gestione di misure replicate,
permettendo inoltre l'uso di spettri con risoluzioni diverse.
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r-cran-maldiquantforeign
pacchetto GNU R che fornisce funzioni di importazione ed esportazione per MALDIquant
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Versions of package r-cran-maldiquantforeign |
Release | Version | Architectures |
stretch | 0.10.1-1 | all |
buster | 0.12-1 | all |
bullseye | 0.12-2 | all |
bookworm | 0.13-1 | all |
trixie | 0.14.1-1 | all |
sid | 0.14.1-1 | all |
jessie | 0.9-2 | amd64,armel,armhf,i386 |
Debtags of package r-cran-maldiquantforeign: |
devel | lang:r |
field | biology, chemistry |
use | analysing |
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License: DFSG free
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il pacchetto MALDIquantForeign legge (tab, csv, Bruker fid, Ciphergen XML,
mzXML, mzML, imzML, Analyze 7.5) e scrive (tab, csv, msd, mzML) diversi
formati di file per dati di spettrometria di massa in e da oggetti MALDIquant.
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r-cran-mixtools
strumenti GNU R per analizzare modelli finiti misti
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Versions of package r-cran-mixtools |
Release | Version | Architectures |
sid | 2.0.0-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
jessie | 1.0.2-1 | amd64,armel,armhf,i386 |
stretch | 1.0.4-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 1.1.0-2 | amd64,arm64,armhf,i386 |
bullseye | 1.2.0-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bookworm | 2.0.0-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
trixie | 2.0.0-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
|
License: DFSG free
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Il pacchetto mixtools di GNU R è una raccolta di funzioni R per analizzare
modelli finiti misti. Questo pacchetto è basato sul lavoro supportato dalla
National Science Foundation con la borsa di ricerca n. SES-0518772.
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r-cran-readbrukerflexdata
pacchetto GNU R per leggere file in formato *flex di Bruker Daltonics
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Versions of package r-cran-readbrukerflexdata |
Release | Version | Architectures |
sid | 1.9.3-1 | all |
jessie | 1.8-1 | amd64,armel,armhf,i386 |
stretch | 1.8.3-1 | all |
buster | 1.8.5-2 | all |
bullseye | 1.8.5-3 | all |
bookworm | 1.9.0-1 | all |
trixie | 1.9.3-1 | all |
Debtags of package r-cran-readbrukerflexdata: |
devel | lang:r, library |
field | biology, chemistry, statistics |
role | devel-lib |
use | analysing |
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License: DFSG free
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Il pacchetto readBrukerFlexData legge i file dei dati acquisiti con
spettrometria di massa MALDI-TOF da apparecchiature Bruker Daltonics della
serie *flex.
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r-cran-readmzxmldata
pacchetto GNU R per leggere dati di spettrometria di massa in formato mzXML
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Versions of package r-cran-readmzxmldata |
Release | Version | Architectures |
jessie | 2.8-1 | amd64,armel,armhf,i386 |
stretch | 2.8.1-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 2.8.1-3 | all |
bullseye | 2.8.1-4 | all |
bookworm | 2.8.2-1 | all |
trixie | 2.8.3-1 | all |
sid | 2.8.3-1 | all |
Debtags of package r-cran-readmzxmldata: |
devel | lang:r |
field | biology, chemistry |
use | analysing |
works-with-format | xml |
|
License: DFSG free
|
Il pacchetto readMzXmlData contiene funzioni per leggere dati di
spettrometria di massa in formato mzXML.
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r-other-amsmercury
calcolo efficiente di massa e abbondanza accurate per picchi isotopici
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Versions of package r-other-amsmercury |
Release | Version | Architectures |
sid | 1.3.0-4 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
trixie | 1.3.0-4 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
bookworm | 1.3.0-4 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bullseye | 1.3.0-4 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 1.3.0-3 | amd64,arm64,armhf,i386 |
stretch | 1.3.0-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
jessie | 1.3.0-1 | amd64,armel,armhf,i386 |
|
License: DFSG free
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Questo pacchetto GNU R fornisce un calcolo efficiente per massa e
abbondanza accurate per picchi isotopici. È una precondizione per R NITPICK
che esegue l'identificazione dei picchi per dati di spettrometria di massa.
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r-other-curvefdp
stima dei livelli di confidenza per l'identificazione di peptidi
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Versions of package r-other-curvefdp |
Release | Version | Architectures |
bookworm | 2.0-6 | all |
jessie | 2.0-1 | all |
stretch | 2.0-2 | all |
buster | 2.0-5 | all |
bullseye | 2.0-6 | all |
trixie | 2.0-6 | all |
sid | 2.0-6 | all |
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License: DFSG free
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Questo è un pacchetto per GNU R per la pubblicazione intitolata "Estimating
the Confidence of Peptide Identifications without Decoy Databases" su
"Analytical Chemistry". La funzione curveFDR(scores) fa il fit di un
modello di mistura di distribuzioni gaussiane a una distribuzione di
punteggi di identificazione di peptidi e perciò permette la stima di
livelli di confidenza basati sulla proporzione di false scoperte.
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r-other-iwrlars
regressione least angle, lasso, lasso positivo e forward stagewise
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Versions of package r-other-iwrlars |
Release | Version | Architectures |
stretch | 0.9-5-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bullseye | 0.9-5-4 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bookworm | 0.9-5-4 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
trixie | 0.9-5-4 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
sid | 0.9-5-4 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
jessie | 0.9-5-1 | amd64,armel,armhf,i386 |
buster | 0.9-5-3 | amd64,arm64,armhf,i386 |
|
License: DFSG free
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Questo pacchetto GNU R fornisce procedure efficienti per fare il fit di
un'intera sequenza lasso al costo di un solo fit ai minimi quadrati. La
regressione LAR (Least Angle Regression) e la regressione infinitesimale
forward stagewise sono correlate al lasso descritto in
http://www-stat.stanford.edu/~hastie/Papers/#LARS.
Questa è una versione modificata del pacchetto lars originale di Hastie ed
Efron, che fornisce una modifica a LARS per lasso non negativo.
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r-other-nitpick
identificazione dei picchi per dati di spettrometria di massa
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Versions of package r-other-nitpick |
Release | Version | Architectures |
jessie | 2.0-1 | all |
bullseye | 2.0-7 | all |
bookworm | 2.0-7 | all |
trixie | 2.0-7 | all |
sid | 2.0-7 | all |
buster | 2.0-5 | all |
stretch | 2.0-2 | all |
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License: DFSG free
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Questo pacchetto R permette un'estrazione affidabile di caratteristiche da
spettri di massa e aiuta nell'analisi automatica di esperimenti di
spettrometria di massa (MS) per la proteomica.
Questa è l'implementazione NITPICK per il rilevamento dei picchi in spettri MS.
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tandem-mass
software per spettrometria di massa per identificare proteine
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Versions of package tandem-mass |
Release | Version | Architectures |
trixie | 201702011-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
bookworm | 201702011-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bullseye | 201702011-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 201702011-1 | amd64,arm64,armhf,i386 |
stretch | 20151215-4 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
sid | 201702011-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
jessie | 2013.09.01-2 | amd64,armel,armhf,i386 |
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License: DFSG free
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X! Tandem può trovare la corrispondenza tra spettri di massa tandem e
sequenze peptidiche, in un processo che viene comunemente usato per
effettuare l'identificazione delle proteine.
Questo software ha una API (interfaccia per programmazione di applicazioni)
molto semplice e non sofisticata: accetta semplicemente nella riga di
comando un file XML con le istruzioni e produce in output i risultati in un
file XML che è stato specificato nel file XML di input. Il formato del file
di output è descritto all'indirizzo
http://www.thegpm.org/docs/X_series_output_form.pdf.
A differenza di alcuni motori di ricerca delle generazioni precedenti,
tutta la serie X! dei motori di ricerca calcola l'intervallo statistico di
confidenza (valori attesi) per tutte le singole assegnazioni
spettro-sequenza. Riassemblano anche tutti le assegnazioni dei peptidi in
un insieme di dati nelle sequenze proteiche conosciute e assegnano la
confidenza statistica che questo assemblaggio e allineamento non siano
casuali. È possibile trovare la formula all'interno; perciò non è
necessario utilizzare un software separato per l'assemblaggio e l'analisi
statistica, come ad esempio PeptideProphet e ProteinProphet.
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toppic
identificazione e caratterizzazione top-down di proteoforme (programmi)
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Versions of package toppic |
Release | Version | Architectures |
bookworm | 1.5.3+dfsg1-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
sid | 1.5.3+dfsg1-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
trixie | 1.5.3+dfsg1-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
bullseye | 1.3.0+dfsg1-4 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
upstream | 1.7.8 |
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License: DFSG free
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La TopPIC Suite consiste di 4 strumenti software per l'interpretazione di
dati di spettrometria di massa top-down: TopFD, TopPIC, TopMG e TopDiff.
-TopFD (Top-down mass spectral Feature Detection) è uno strumento software
per deconvoluzione spettrale top-down ed è un successore di MS-Deconv.
Raggruppa picchi spettrali top-down in inviluppi isotopomeri e converte
inviluppi di isotopomeri in masse neutre monoisotopiche. In aggiunta
estrae caratteristiche di proteoforme da dati LC-MS o CE-MS.
-TopPIC (Top-down mass spectrometry based Proteoform Identification
and Characterization) identifica e caratterizza proteoforme a livello
di proteoma e caratterizza proteoforme a livello di proteoma cercando
spettri di massa tandem top-down in un database di sequenze proteiche.
ToPIC è un successore di MS-Align+. Identifica in modo efficiente
proteoforme con alterazioni inattese, come mutazioni e modifiche
post-traduzione (PTM), stima accuratamente la significatività
statistica delle identificazioni e caratterizza le proteoforme con
spostamenti di massa sconosciuti che riporta. Usa diverse tecniche, come
indici, allineamento degli spettri, metodi di funzione di generazione e
il punteggio MIScore (Modification Identification Score), per aumentare
velocità, sensibilità e accuratezza.
-TopMG (Top-down mass spectrometry based proteoform identification
using Mass Graphs) è uno strumento software per identificare proteoforme
ultra-modificate cercando spettri di massa tandem top-down in un database
di sequenze proteiche. È in grado di identificare proteoforme con più
PTM variabili e alterazioni inattese, come proteoforme di istoni e
quelle fosforilate. Usa grafi di massa che rappresentano in modo
efficiente le proteoforme candidate con più PTM variabili, per aumentare
la velocità e la sensibilità della identificazione delle proteoforme.
In aggiunta sono impiegati metodi di filtraggio approssimato basato su
spettri per filtrare le sequenze proteiche e viene usato un metodo
Monte Carlo a catena di Markov (TopMCMC) per stimare la significatività
statistica delle identificazioni.
-TopDiff (Top-down mass spectrometry-based identification of
Differentially expressed proteoforms) confronta l'abbondanza di
proteoforme e trova proteoforme espresse in modo differente usando
identificazioni di dati di spettrometria di massa top-down di diversi
campioni di proteine.
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xtpcpp
versione C++ di X!TandemPipeline
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Versions of package xtpcpp |
Release | Version | Architectures |
bullseye | 0.4.18-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
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License: DFSG free
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Il programma permette di eseguire le seguenti attività:
- leggere file xml di risultati di X!Tandem;
- leggere file dat di risultati di MASCOT;
- leggere file pepXML di risultati di TPP;
- leggere file mzIdentML di risultati di PSI;
- eseguire analisi X!Tandem attraverso un'interfaccia utente grafica;
- implementare vari filtri basati su valori statistici;
- potenti algoritmi originali di raggruppamento per filtrare la
ridondanza;
- modalità fosfopeptidi per gestire insiemi di dati di fosfoproteomica;
- modificare, cercare e ordinare i dati graficamente;
- navigatore di cromatogrammi XIC (eXtracted Ion Current);
- confronto di modelli teorici di isotopi con aree MS1 XIC misurate;
- esportazione di dati direttamente in Microsoft Office 2010 e LibreOffice
(esportazione ods);
- gestione molto veloce di enormi insiemi di dati;
- esecuzione della quantificazione di peptidi tramite esportazione
MassChroQml.
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Official Debian packages with lower relevance
libisospec++-dev
Isotopic fine structure calculator (C++ development files)
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Versions of package libisospec++-dev |
Release | Version | Architectures |
sid | 2.2.1-4.1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
trixie | 2.2.1-4.1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
bookworm | 2.2.1-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bullseye | 2.1.3-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 1.9.1-5 | amd64,arm64,armhf,i386 |
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License: DFSG free
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IsoSpec implements an algorithm for fast computation of isotopologues of
chemical substances that can alternate between joint probability and peak
height threshold.
This package ships the development files.
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libpwiz-dev
libreria per effettuare analisi di dati di proteomica (file di sviluppo)
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Versions of package libpwiz-dev |
Release | Version | Architectures |
bullseye | 3.0.18342-4 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bookworm | 3.0.18342-4 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
sid | 3.0.18342-4.1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
jessie | 3.0.6585-2 | amd64,armel,armhf,i386 |
stretch | 3.0.9393-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 3.0.18342-2 | amd64,arm64,armhf,i386 |
Debtags of package libpwiz-dev: |
devel | library |
role | devel-lib |
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License: DFSG free
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La libreria libpwiz dal progetto ProteoWizard fornisce un insieme modulare
ed estensibile di librerie e strumenti open source e multipiattaforma. Gli
strumenti effettuano analisi di dati di proteomica; le librerie permettono
la creazione veloce di strumenti fornendo un'infrastruttura di sviluppo
robusta e a plugin, che semplifica e unifica l'accesso ai file di dati, ed
effettua calcoli standard per insiemi di dati LCMS e di chimica.
Lo scopo principale di ProteoWizard è quello di eliminare le barriere
esistenti per lo sviluppo di software di proteomica, in modo che i
ricercatori possano concentrarsi sullo sviluppo di nuovi approcci
analitici, piuttosto che dover dedicare quantità importanti di risorse a
compiti banali (anche se importanti), come leggere i file dei dati.
Questo pacchetto fornisce i file di sviluppo della libreria.
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libpwizlite-dev
libreria per caricare file mzML/mzXML (file di sviluppo)
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Versions of package libpwizlite-dev |
Release | Version | Architectures |
bullseye | 3.0.3-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bookworm | 3.0.4-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
trixie | 3.0.8-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
sid | 3.0.8-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
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License: DFSG free
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Questa libreria è una versione semplificata della libreria Proteowizard.
Contiene solamente le funzionalità richieste per caricare file mzML/mzXML
standard per dati di spettrometria di massa.
Vedere http://proteowizard.sourceforge.net/ per il progetto originale.
Questo pacchetto contiene i file di sviluppo.
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Packaging has started and developers might try the packaging code in VCS
biceps
error-tolerant peptide identification
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Versions of package biceps |
Release | Version | Architectures |
VCS | 0.0.201401-1 | all |
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License: BSDlike
Debian package not available
Version: 0.0.201401-1
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BICEPS is tool for the error-tolerant identification of peptides based
on a statistical regularization scheme. It balances possible
improvements in peptide-spectrum-matches by allowing substitutions
against the increased risk of false positives. BICEPS can identify
peptides containing two or more substitutions as occuring e.g. in
cross-species searches.
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