DebiChem Analytical Biochemistry packages

Comet è un motore di ricerca open source per database di sequenze di spettrometria di massa tandem (MS/MS). Identifica i peptidi cercando gli spettri MS/MS nelle sequenze presenti nei database di sequenze proteiche.

Questo pacchetto fornisce un binario che esegue le ricerche in database di MS/MS. I formati di input gestiti sono: file mzXML, mzML e ms2. I formati di output gestiti sono: .out, SQT e pepXML.

FreeSASA è una libreria C e uno strumento C++ a riga di comando per calcolare l'area di superficie accessibile ai solventi (SASA) di biomolecole. È progettata per essere semplice da usare con i valori predefiniti, ma permette la personalizzazione di tutti i parametri dei calcoli e fornisce alcuni strumenti diversi per analizzare i risultati. I collegamenti Python sono forniti separatamente.

MSToolkit è una libreria C++ leggera per leggere, scrivere e manipolare dati di spettrometria di massa. È facile fare il link di MSToolkit con virtualmente ogni algoritmo C++ per una lettura e un'analisi di file veloci e facili.

Formati di file gestiti:

 -----------------------
  - mzML in sola lettura inclusa la compressione interna (zlib e numpress)
    ed esterna (.mzML.gz);
  - mxXML in sola lettura inclusa compressione interna (zlib) ed esterna
    (.mzXML.gz);
  - lettura/scrittura di mgf, ms1, ms2, bms1, bms2, cms1, cms2.

Interfaccia semplice:

 --------------------
  - apertura di qualsiasi formato di file da un'unica chiamata a funzione;
  - archivia ogni spettro in una struttura di dati semplice ed esaustiva;
  - lettura dei file con accesso sequenziale o casuale.

Questo pacchetto fornisce uno strumento per caricare spettri MS/MS.

La libreria libpwiz dal progetto ProteoWizard fornisce un insieme modulare ed estensibile di librerie e strumenti open source e multipiattaforma. Gli strumenti effettuano analisi di dati di proteomica; le librerie permettono la creazione veloce di strumenti fornendo un'infrastruttura di sviluppo robusta e a plugin, che semplifica e unifica l'accesso ai file di dati, ed effettua calcoli standard per insiemi di dati LCMS e di chimica.

Lo scopo principale di ProteoWizard è quello di eliminare le barriere esistenti per lo sviluppo di software di proteomica, in modo che i ricercatori possano concentrarsi sullo sviluppo di nuovi approcci analitici, piuttosto che dover dedicare quantità importanti di risorse a compiti banali (anche se importanti), come leggere i file dei dati.

Questo pacchetto fornisce strumenti a riga di comando che includono idconvert (conversione di identificazioni MS) e msconvert (conversione di file di dati grezzi MS da/verso qualsiasi formato gestito).

Lutefisk effettua una interpretazione de novo dello spettro CID (Collision-Induced Decay, decadimento indotto da collisione), fornendo all'utente un file contenente tutte le possibili sequenze candidate che corrispondono ai dati CID.

Questo è un pacchetto di transizione; può essere rimosso senza problemi. Pacchetto runtime.

mineXpert2 permette all'utente di eseguire le seguenti attività:

• aprire file di dati di spettrometria di massa (mzML, mzXML, asc, xy, ...);
• visualizzare in una tabella l'intero insieme di dati, per un facile filtraggio;
• calcolare e visualizzare il cromatogramma TIC;
• calcolare e visualizzare una mappa di colori mz=f(rt);
• per dati di mobilità, calcolare e visualizzare una mappa di colori mz=f(dt);
• integrare i dati di spettrometria di massa da qualsiasi tipo di rappresentazione di dati (spettro di massa | drift, cromatogramma TIC | XIC, mappe di colori 2D) a qualsiasi altro tipo di rappresentazione di dati;
• per qualsiasi caratteristica dei dati di massa (picco di massa, picco TIC | XIC, mappa di colore) integrare in un singolo valore di intensità XIC;
• calcolare il cluster isotopico in maniera potente partendo da una formula chimica, opzionalmente con tassi di abbondanza isotopica definiti dall'utente;
• fare il fit gaussiano su qualsiasi cluster isotopico per stimare la massa media di un dato ione;
• fare la deconvoluzione di dati m/z guidata dal mouse (basata sull'inviluppo di carica o sul cluster isotopico);
• esportare i dati in file di testo;
• esportare la rappresentazione grafica dei dati spettrometrici di massa in file grafici in numerosi formati (jpg, png, pdf).

Questo pacchetto installa il programma mineXpert2.

OpenMS è un pacchetto per gestione ed analisi di dati LC/MS. OpenMS offre un'infrastruttura per lo sviluppo di software relativo alla spettrometria di massa e potenti soluzioni per la visualizzazione 2D e 3D.

TOPP (OpenMS proteomic pipeline) è una catena di strumenti per l'analisi di dati HPLC/MS. Consiste di un insieme di numerose piccole applicazioni che possono essere concatenate insieme per creare catene di analisi su misura per un problema specifico.

Questo è un metapacchetto che dipende sia dal pacchetto delle librerie libopenms (libOpenMS e libOpenMS_GUI), sia dal pacchetto dell'OpenMS Proteomic Pipeline (topp).

python-pymzml (pymzML) è un'estensione per Python che offre:

• facile accesso a dati di spettrometria di massa (MS) che permette lo sviluppo rapido di strumenti;
• un analizzatore veramente veloce di dati mzML, lo standard per ciò che riguarda i formati di dati di spettrometria di massa;
• un insieme di funzioni per confrontare o gestire spettri.

Questo pacchetto contiene python-pymzml per Python 3.

MALDIquant fornisce una pipe completa di analisi per MALDI-TOF e altri dati di spettrometria di massa. Le caratteristiche distintive includono la sottrazione della linea di base usando l'algoritmo SNIP, l'allineamento dei picchi usando funzioni di warping, la gestione di misure replicate, permettendo inoltre l'uso di spettri con risoluzioni diverse.

il pacchetto MALDIquantForeign legge (tab, csv, Bruker fid, Ciphergen XML, mzXML, mzML, imzML, Analyze 7.5) e scrive (tab, csv, msd, mzML) diversi formati di file per dati di spettrometria di massa in e da oggetti MALDIquant.

Il pacchetto mixtools di GNU R è una raccolta di funzioni R per analizzare modelli finiti misti. Questo pacchetto è basato sul lavoro supportato dalla National Science Foundation con la borsa di ricerca n. SES-0518772.

Il pacchetto readBrukerFlexData legge i file dei dati acquisiti con spettrometria di massa MALDI-TOF da apparecchiature Bruker Daltonics della serie *flex.

Il pacchetto readMzXmlData contiene funzioni per leggere dati di spettrometria di massa in formato mzXML.

Questo pacchetto GNU R fornisce un calcolo efficiente per massa e abbondanza accurate per picchi isotopici. È una precondizione per R NITPICK che esegue l'identificazione dei picchi per dati di spettrometria di massa.

Questo è un pacchetto per GNU R per la pubblicazione intitolata "Estimating the Confidence of Peptide Identifications without Decoy Databases" su "Analytical Chemistry". La funzione curveFDR(scores) fa il fit di un modello di mistura di distribuzioni gaussiane a una distribuzione di punteggi di identificazione di peptidi e perciò permette la stima di livelli di confidenza basati sulla proporzione di false scoperte.

Questo pacchetto GNU R fornisce procedure efficienti per fare il fit di un'intera sequenza lasso al costo di un solo fit ai minimi quadrati. La regressione LAR (Least Angle Regression) e la regressione infinitesimale forward stagewise sono correlate al lasso descritto in http://www-stat.stanford.edu/~hastie/Papers/#LARS.

Questa è una versione modificata del pacchetto lars originale di Hastie ed Efron, che fornisce una modifica a LARS per lasso non negativo.

Questo pacchetto R permette un'estrazione affidabile di caratteristiche da spettri di massa e aiuta nell'analisi automatica di esperimenti di spettrometria di massa (MS) per la proteomica.

Questa è l'implementazione NITPICK per il rilevamento dei picchi in spettri MS.

X! Tandem può trovare la corrispondenza tra spettri di massa tandem e sequenze peptidiche, in un processo che viene comunemente usato per effettuare l'identificazione delle proteine.

Questo software ha una API (interfaccia per programmazione di applicazioni) molto semplice e non sofisticata: accetta semplicemente nella riga di comando un file XML con le istruzioni e produce in output i risultati in un file XML che è stato specificato nel file XML di input. Il formato del file di output è descritto all'indirizzo http://www.thegpm.org/docs/X_series_output_form.pdf.

A differenza di alcuni motori di ricerca delle generazioni precedenti, tutta la serie X! dei motori di ricerca calcola l'intervallo statistico di confidenza (valori attesi) per tutte le singole assegnazioni spettro-sequenza. Riassemblano anche tutti le assegnazioni dei peptidi in un insieme di dati nelle sequenze proteiche conosciute e assegnano la confidenza statistica che questo assemblaggio e allineamento non siano casuali. È possibile trovare la formula all'interno; perciò non è necessario utilizzare un software separato per l'assemblaggio e l'analisi statistica, come ad esempio PeptideProphet e ProteinProphet.

La TopPIC Suite consiste di 4 strumenti software per l'interpretazione di dati di spettrometria di massa top-down: TopFD, TopPIC, TopMG e TopDiff.

 -TopFD (Top-down mass spectral Feature Detection) è uno strumento software
   per deconvoluzione spettrale top-down ed è un successore di MS-Deconv.
   Raggruppa picchi spettrali top-down in inviluppi isotopomeri e converte
   inviluppi di isotopomeri in masse neutre monoisotopiche. In aggiunta
   estrae caratteristiche di proteoforme da dati LC-MS o CE-MS.
 -TopPIC (Top-down mass spectrometry based Proteoform Identification
   and Characterization) identifica e caratterizza proteoforme a livello
   di proteoma e caratterizza proteoforme a livello di proteoma cercando
   spettri di massa tandem top-down in un database di sequenze proteiche.
   ToPIC è un successore di MS-Align+. Identifica in modo efficiente
   proteoforme con alterazioni inattese, come mutazioni e modifiche
   post-traduzione (PTM), stima accuratamente la significatività
   statistica delle identificazioni e caratterizza le proteoforme con
   spostamenti di massa sconosciuti che riporta. Usa diverse tecniche, come
   indici, allineamento degli spettri, metodi di funzione di generazione e
   il punteggio MIScore (Modification Identification Score), per aumentare
   velocità, sensibilità e accuratezza.
 -TopMG (Top-down mass spectrometry based proteoform identification
   using Mass Graphs) è uno strumento software per identificare proteoforme
   ultra-modificate cercando spettri di massa tandem top-down in un database
   di sequenze proteiche. È in grado di identificare proteoforme con più
   PTM variabili e alterazioni inattese, come proteoforme di istoni e
   quelle fosforilate. Usa grafi di massa che rappresentano in modo
   efficiente le proteoforme candidate con più PTM variabili, per aumentare
   la velocità e la sensibilità della identificazione delle proteoforme.
   In aggiunta sono impiegati metodi di filtraggio approssimato basato su
   spettri per filtrare le sequenze proteiche e viene usato un metodo
   Monte Carlo a catena di Markov (TopMCMC) per stimare la significatività
   statistica delle identificazioni.
 -TopDiff (Top-down mass spectrometry-based identification of
   Differentially expressed proteoforms) confronta l'abbondanza di
   proteoforme e trova proteoforme espresse in modo differente usando
   identificazioni di dati di spettrometria di massa top-down di diversi
   campioni di proteine.

Il programma permette di eseguire le seguenti attività:

• leggere file xml di risultati di X!Tandem;
• leggere file dat di risultati di MASCOT;
• leggere file pepXML di risultati di TPP;
• leggere file mzIdentML di risultati di PSI;
• eseguire analisi X!Tandem attraverso un'interfaccia utente grafica;
• implementare vari filtri basati su valori statistici;
• potenti algoritmi originali di raggruppamento per filtrare la ridondanza;
• modalità fosfopeptidi per gestire insiemi di dati di fosfoproteomica;
• modificare, cercare e ordinare i dati graficamente;
• navigatore di cromatogrammi XIC (eXtracted Ion Current);
• confronto di modelli teorici di isotopi con aree MS1 XIC misurate;
• esportazione di dati direttamente in Microsoft Office 2010 e LibreOffice (esportazione ods);
• gestione molto veloce di enormi insiemi di dati;
• esecuzione della quantificazione di peptidi tramite esportazione MassChroQml.

IsoSpec implements an algorithm for fast computation of isotopologues of chemical substances that can alternate between joint probability and peak height threshold.

This package ships the development files.

La libreria libpwiz dal progetto ProteoWizard fornisce un insieme modulare ed estensibile di librerie e strumenti open source e multipiattaforma. Gli strumenti effettuano analisi di dati di proteomica; le librerie permettono la creazione veloce di strumenti fornendo un'infrastruttura di sviluppo robusta e a plugin, che semplifica e unifica l'accesso ai file di dati, ed effettua calcoli standard per insiemi di dati LCMS e di chimica.

Lo scopo principale di ProteoWizard è quello di eliminare le barriere esistenti per lo sviluppo di software di proteomica, in modo che i ricercatori possano concentrarsi sullo sviluppo di nuovi approcci analitici, piuttosto che dover dedicare quantità importanti di risorse a compiti banali (anche se importanti), come leggere i file dei dati.

Questo pacchetto fornisce i file di sviluppo della libreria.

Questa libreria è una versione semplificata della libreria Proteowizard. Contiene solamente le funzionalità richieste per caricare file mzML/mzXML standard per dati di spettrometria di massa.

Vedere http://proteowizard.sourceforge.net/ per il progetto originale.

Questo pacchetto contiene i file di sviluppo.

BICEPS is tool for the error-tolerant identification of peptides based on a statistical regularization scheme. It balances possible improvements in peptide-spectrum-matches by allowing substitutions against the increased risk of false positives. BICEPS can identify peptides containing two or more substitutions as occuring e.g. in cross-species searches.

mMass is a free mass spectrum viewer/analyzer in which the following proteomics-related tasks can be performed:

• Open raw text, mzXML and mzData mass spectra;
• Define peak lists;
• Powerful mass spectrum viewer (zoom, cursor...);
• Data recalibration;
• Protein-only simulations;
• Online Mascot searches.

The software can be easily extended by additional Python modules. This package contains the platform-independent parts of the software.