DebiChem Project
Summary
Analytical Biochemistry
DebiChem Analytical BioChemistry

This metapackage will install packages which enable you to:

  • load and convert mass spectrometric data files;
  • edit biopolymer sequences;
  • elaborate complex mass spectrometry workflows;
  • perform protein database searches using tandem-ms data;
  • visualize and explore mass spectrometric data;
  • simulate isotopic clusters;
  • implement proteomics workflows.

Description

For a better overview of the project's availability as a Debian package, each head row has a color code according to this scheme:

If you discover a project which looks like a good candidate for DebiChem to you, or if you have prepared an unofficial Debian package, please do not hesitate to send a description of that project to the DebiChem mailing list

Links to other tasks

DebiChem Analytical Biochemistry packages

Official Debian packages with high relevance

comet-ms
moteur de recherche de spectrométrie de masse en tandem (MS/MS)
Versions of package comet-ms
ReleaseVersionArchitectures
bullseye2019015+cleaned1-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bookworm2019015+cleaned1-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
stretch2014022-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid2019015+cleaned1-4amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
trixie2019015+cleaned1-4amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,s390x
buster2018012-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
upstream2021010
Popcon: 0 users (3 upd.)*
Newer upstream!
License: DFSG free
Git

Comet est un moteur de recherche libre de base de données de séquences de spectrométrie de masse en tandem (MS/MS). Il identifie les peptides en recherchant dans les spectres MS/MS des séquences présentes dans les bases de données de séquences de protéines.

Ce paquet fournit un exécutable réalisant les recherches dans les bases de données MS/MS. Les formats de fichiers d'entrée pris en charge sont mzXML, mzML et ms2. Les formats de sortie pris en charge sont .out, SQT et pepXML.

Please cite: Jimmy K. Eng, Tahmina A. Jahan and Michael R. Hoopmann: Comet: an open source tandem mass spectrometry sequence database search tool. (PubMed) Proteomics 13(1) (2012)
freesasa
Solvent Accessible Surface Area of biomolecules
Versions of package freesasa
ReleaseVersionArchitectures
sid2.1.2-4amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
bookworm2.1.2-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
trixie2.1.2-4amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,s390x
Popcon: 1 users (1 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

FreeSASA is a C library and C++ command line tool for calculating Solvent Accessible Surface Area (SASA) of biomolecules. It is designed to be simple to use with defaults, but allows customization of all parameters of the calculation and provides a few different tools to analyze the results. Python bindings are provided separately.

Please cite: Mitternacht, Simon: FreeSASA: An open source C library for solvent accessible surface area calculations. F1000Research 5:189 (2016)
libmstoolkit-tools
libraries for manipulating mass spectrometry data - tools
Versions of package libmstoolkit-tools
ReleaseVersionArchitectures
sid82-7.2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
bookworm82-7amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye82-7amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster82-6amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
trixie82-7amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,s390x
Popcon: 1 users (0 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

The MSToolkit is a light-weight C++ library for reading, writing, and manipulating mass spectrometry data. The MSToolkit is easily linked to virtually any C++ algorithm for simple, fast file reading and analysis.

Supported File Formats:

  • read-only mzML including internal compression (zlib and numpress) and external compression (.mzML.gz) read-only;
  • read-only mzXML including internal compression (zlib) and external compression (.mzXML.gz)
  • read/write mgf, ms1, ms2, bms1, bms2, cms1, cms2

Simple Interface:

  • Open any file format from a single function call;
  • Store any spectrum in a simple, comprehensive data structure;
  • Sequential or random-access file reading.

This package ships a MS/MS spectrum loader tool.

libpwiz-tools
ProteoWizard command line tools
Versions of package libpwiz-tools
ReleaseVersionArchitectures
buster3.0.18342-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid3.0.18342-4.1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
trixie3.0.18342-4amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,s390x
bookworm3.0.18342-4amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye3.0.18342-4amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
stretch3.0.9393-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie3.0.6585-2amd64,armel,armhf,i386
Popcon: 3 users (2 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

The libpwiz library from the ProteoWizard project provides a modular and extensible set of open-source, cross-platform tools and libraries. The tools perform proteomics data analyses; the libraries enable rapid tool creation by providing a robust, pluggable development framework that simplifies and unifies data file access, and performs standard chemistry and LCMS dataset computations.

The primary goal of ProteoWizard is to eliminate the existing barriers to proteomic software development so that researchers can focus on the development of new analytic approaches, rather than having to dedicate significant resources to mundane (if important) tasks, like reading data files.

This package ships command line tools that include idconvert (conversion of MS identifications) and msconvert (conversion of MS raw data files from/to any supported format).

lutefisk
interprétation de novo d’un spectre de CID de peptide
Versions of package lutefisk
ReleaseVersionArchitectures
buster1.0.7+dfsg-4amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
stretch1.0.7+dfsg-4amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie1.0.7+dfsg-4amd64,armel,armhf,i386
sid1.0.7+dfsg-7amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
trixie1.0.7+dfsg-7amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,s390x
bookworm1.0.7+dfsg-7amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye1.0.7+dfsg-7amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Debtags of package lutefisk:
fieldbiology, chemistry
roleprogram
sciencecalculation
Popcon: 0 users (0 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Lutefisk réalise une interprétation de novo d’un spectre de CID (collision-induced decay – décomposition activée par une collision), donnant à l’utilisateur un fichier contenant toutes les séquences possibles correspondant aux données du CID.

massxpert
paquet de transition pour massxpert -> massxpert2
Versions of package massxpert
ReleaseVersionArchitectures
stretch3.6.1-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie3.4.1-1amd64,armel,armhf,i386
trixie7.0.0-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,s390x
bookworm7.0.0-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye6.0.2-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid8.3.0-1all
Debtags of package massxpert:
biologynuceleic-acids, peptidic
fieldbiology, chemistry
interfacex11
roleprogram
uitoolkitqt
useanalysing, simulating
works-withbiological-sequence
works-with-formatxml
x11application
Popcon: 1 users (3 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Il s’agit d’un paquet de transition pouvant être supprimé sans danger.

Registry entries: Bio.tools 
minexpert2
visualisation et fouille de données de spectrométrie de masse MS^n – exécutable
Versions of package minexpert2
ReleaseVersionArchitectures
sid9.3.1-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
bullseye7.4.1-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
trixie9.3.1-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,s390x
bookworm8.6.3-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Popcon: 0 users (3 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

MineXpert2 permet de réaliser les tâches suivantes :

 – ouvrir les fichiers de données de spectrométrie de masse (mzML, mzXML,
   asc, xy…) ;
 – afficher dans une table l’ensemble complet de données pour un
   filtrage aisé ;
 – calculer et afficher le chromatogramme TIC ;
 – calculer et afficher le graphique coloré mz=f(rt) ;
 – pour les données de mobilité, calculer et afficher la carte de
   couleurs mz=f(dt) ;
 – intégrer les données de spectrométrie de masse de n’importe quelle
   représentation de données (spectre de masse ou « drift »,
   chromatogramme TIC ou XIC, carte de couleurs 2D) dans n’importe
   quelle sorte de représentation ;
 – pour n’importe quelle caractéristique de masse (pic de masse, pic TIC
   ou XIC, carte de couleurs), intégrer dans une seule valeur
   d’intensité XIC ;
 – calcul puissant de groupe isotopique à partir d’une formule chimique,
   avec facultativement des ratios d’abondance définis par l’utilisateur ;
 – ajustement gaussien sur n’importe quel groupe isotopique pour estimer
   la masse moyenne d’une installation donnée ;
 – déconvolution avec la souris de données m/z (charge basée sur
   l’enveloppe ou sur le groupe isotopique) ;
 – exportation des données dans des fichiers texte ;
 – exportation de la représentation graphique de données de spectrométrie
   de masse dans des fichiers graphiques (jpg, png, pdf).

Ce paquet fournit le programme mineXpert2.

Registry entries: Bio.tools 
mmass
outil de spectrométrie de masse pour les protéomes
Versions of package mmass
ReleaseVersionArchitectures
stretch5.5.0-5all
jessie5.5.0-4all
buster5.5.0-5all
Debtags of package mmass:
fieldbiology, chemistry
interfacex11
roleprogram
scienceplotting, visualisation
scopeapplication
uitoolkitgtk, wxwidgets
useanalysing
works-withbiological-sequence, db
works-with-formatxml
x11application
Popcon: 4 users (0 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

mMass est un analyseur et visualisateur de spectrométrie de masse, libre, avec lequel peuvent être réalisées les tâches suivantes relatives aux protéomes :

 — lecture des données de spectrométrie aux formats texte brut, mzXML
   et mzData ;
 — définition d’une liste de pics ;
 — visualisation de spectrométrie puissante (zoom, curseur…) ;
 — recalibration des données ;
 — simulation uniquement de protéines ;
 — recherche en ligne avec Mascot.

Ce logiciel peut être élargi facilement avec des modules supplémentaires en Python. Ce paquet fournit les parties indépendantes de l’architecture du logiciel.

Please cite: Martin Strohalm, Daniel Kavan, Petr Novák, Michael Volný and Vladimír Havlíček: mMass 3: A Cross-Platform Software Environment for Precise Analysis of Mass Spectrometric Data. (PubMed,eprint) Analytical chemistry (ACS) 82(11):4648-4651 (2010)
Screenshots of package mmass
openms
package for LC/MS data management and analysis
Versions of package openms
ReleaseVersionArchitectures
buster2.4.0-real-1all
sid2.6.0+cleaned1-4all
trixie2.6.0+cleaned1-4all
bookworm2.6.0+cleaned1-3all
bullseye2.6.0+cleaned1-3all
jessie1.11.1-5all
Popcon: 0 users (0 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

OpenMS is a package for LC/MS data management and analysis. OpenMS offers an infrastructure for the development of mass spectrometry-related software and powerful 2D and 3D visualization solutions.

TOPP (the OpenMS proteomic pipeline) is a pipeline for the analysis of HPLC/MS data. It consists of a set of numerous small applications that can be chained together to create analysis pipelines tailored for a specific problem.

This package is a metapackage that depends on both the libopenms library package (libOpenMS and libOpenMS_GUI) and the OpenMS Proteomic Pipeline (topp) package.

Please cite: Marc Sturm, Andreas Bertsch, Clemens Gröpl, Andreas Hildebrandt, Rene Hussong, Eva Lange, Nico Pfeifer, Ole Schulz-Trieglaff, Alexandra Zerck, Knut Reinert and Oliver Kohlbacher: OpenMS – an Open-Source Software Framework for Mass Spectrometry. (PubMed,eprint) BMC Bioinformatics 9(163) (2008)
Registry entries: Bio.tools  SciCrunch  Bioconda 
Screenshots of package openms
python3-pymzml
mzML mass spectrometric data parsing (Python 3.x)
Versions of package python3-pymzml
ReleaseVersionArchitectures
bullseye2.4.7-3all
trixie2.5.2+repack1-1all
stretch0.7.6-dfsg-4all
sid2.5.2+repack1-1all
bookworm2.5.2+repack1-1all
Popcon: 7 users (1 upd.)*
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License: DFSG free
Git

python-pymzml (pymzML) is an extension to Python that offers:

  • easy access to mass spectrometry (MS) data that allows the rapid development of tools;
  • a very fast parser for mzML data, the standard in mass spectrometry data format;
  • a set of functions to compare or handle spectra.

This package contains python-pymzml for Python 3.

Please cite: T. Bald, J. Barth, A. Niehues, M. Specht, M. Hippler and C. Fufezan: pymzML - Python module for high throughput bioinformatics on mass spectrometry data. (PubMed,eprint) Bioinformatics, UK 28(7):1052-1053 (2012)
r-cran-maldiquant
GNU R package for quantitative analysis of mass spectrometry data
Versions of package r-cran-maldiquant
ReleaseVersionArchitectures
sid1.22.2-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
jessie1.11-1amd64,armel,armhf,i386
stretch1.16.1-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster1.18-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye1.19.3-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bookworm1.22-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
trixie1.22.2-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,s390x
Debtags of package r-cran-maldiquant:
biologypeptidic
devellang:r, library
fieldbiology, chemistry, statistics
roledevel-lib
scienceplotting
useanalysing
Popcon: 4 users (2 upd.)*
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License: DFSG free
Git

MALDIquant provides a complete analysis pipeline for MALDI-TOF and other mass spectrometry data. Distinctive features include baseline subtraction using the SNIP algorithm, peak alignment using warping functions, handling of replicated measurements as well as allowing spectra with different resolutions.

Please cite: Sebastian Gibb and Korbinian Strimmer: MALDIquant: a versatile R package for the analysis of mass spectrometry data. (PubMed,eprint) Bioinformatics 28(17):2270-2271 (2012)
r-cran-maldiquantforeign
GNU R package providing import/export routines for MALDIquant
Versions of package r-cran-maldiquantforeign
ReleaseVersionArchitectures
bookworm0.13-1all
trixie0.14.1-1all
sid0.14.1-1all
jessie0.9-2amd64,armel,armhf,i386
stretch0.10.1-1all
buster0.12-1all
bullseye0.12-2all
Debtags of package r-cran-maldiquantforeign:
devellang:r
fieldbiology, chemistry
useanalysing
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Git

The MALDIquantForeign package reads (tab, csv, Bruker fid, Ciphergen XML, mzXML, mzML, imzML, Analyze 7.5) and writes (tab, csv, msd, mzML) different file formats of mass spectrometry data into/from MALDIquant objects.

r-cran-mixtools
GNU R tools for analyzing finite mixture models
Versions of package r-cran-mixtools
ReleaseVersionArchitectures
sid2.0.0-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
trixie2.0.0-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,s390x
bookworm2.0.0-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie1.0.2-1amd64,armel,armhf,i386
stretch1.0.4-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster1.1.0-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye1.2.0-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
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License: DFSG free
Git

The GNU R mixtools package is a collection of R functions for analyzing finite mixture models. This package is based upon work supported by the National Science Foundation under Grant No. SES-0518772.

Please cite: Tatiana Benaglia, Didier Chauveau, David R. Hunter and Derek Young: mixtools: An R Package for Analyzing Finite Mixture Models. (eprint) Journal of Statistical Software 32(6):1-29 (2009)
r-cran-readbrukerflexdata
GNU R package to read Bruker Daltonics *flex format files
Versions of package r-cran-readbrukerflexdata
ReleaseVersionArchitectures
bullseye1.8.5-3all
jessie1.8-1amd64,armel,armhf,i386
stretch1.8.3-1all
buster1.8.5-2all
sid1.9.2-1all
trixie1.9.2-1all
bookworm1.9.0-1all
Debtags of package r-cran-readbrukerflexdata:
devellang:r, library
fieldbiology, chemistry, statistics
roledevel-lib
useanalysing
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License: DFSG free
Git

The readBrukerFlexData package reads data files acquired by MALDI-TOF MS on Bruker Daltonics machines of the *flex series.

r-cran-readmzxmldata
GNU R package to read mass spectrometry data in mzXML format
Versions of package r-cran-readmzxmldata
ReleaseVersionArchitectures
jessie2.8-1amd64,armel,armhf,i386
buster2.8.1-3all
bullseye2.8.1-4all
bookworm2.8.2-1all
trixie2.8.3-1all
sid2.8.3-1all
stretch2.8.1-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Debtags of package r-cran-readmzxmldata:
devellang:r
fieldbiology, chemistry
useanalysing
works-with-formatxml
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Git

The readMzXmlData package contains functions for reading mass spectrometry data in mzXML format.

r-other-amsmercury
efficient calculation of accurate masses and abundances of isotopic peaks
Versions of package r-other-amsmercury
ReleaseVersionArchitectures
jessie1.3.0-1amd64,armel,armhf,i386
sid1.3.0-4amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
trixie1.3.0-4amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,s390x
bookworm1.3.0-4amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye1.3.0-4amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster1.3.0-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
stretch1.3.0-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
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License: DFSG free
Git

This GNU R package provides efficient calculation of accurate masses and abundances of isotopic peaks. It is a precondition for R NITPICK which does peak identification for mass spectrometry data.

r-other-curvefdp
estimation of confidence levels for peptide identifications
Versions of package r-other-curvefdp
ReleaseVersionArchitectures
jessie2.0-1all
stretch2.0-2all
buster2.0-5all
bullseye2.0-6all
bookworm2.0-6all
trixie2.0-6all
sid2.0-6all
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Git

This is a GNU R package for the Analytical Chemistry publication entitled 'Estimating the Confidence of Peptide Identifications without Decoy Databases'. The function curveFDR(scores) fits a gaussian mixture model to a score distribution of peptide identifications and thereby allows the estimation of confidence levels based on the false discvory proportion.

Please cite: Bernhard Y. Renard abd Wiebke Timm, Marc Kirchner, Judith A. J. Steen, Fred A. Hamprecht and Hanno Steen: Estimating the Confidence of Peptide Identifications without Decoy Databases. (eprint) Analytical Chemistry 82(11):4314-4318 (2010)
r-other-iwrlars
least angle regression, lasso, positive lasso and forward stagewise
Versions of package r-other-iwrlars
ReleaseVersionArchitectures
stretch0.9-5-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie0.9-5-1amd64,armel,armhf,i386
buster0.9-5-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye0.9-5-4amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid0.9-5-4amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
trixie0.9-5-4amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,s390x
bookworm0.9-5-4amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Popcon: 1 users (0 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

This GNU R package provides efficient procedures for fitting an entire lasso sequence with the cost of a single least squares fit. Least angle regression and infinitessimal forward stagewise regression are related to the lasso described in http://www-stat.stanford.edu/~hastie/Papers/#LARS.

This is a modified version of the original lars package by Hastie and Efron, providing a LARS modification for non-negative lasso.

r-other-nitpick
peak identification for mass spectrometry data
Versions of package r-other-nitpick
ReleaseVersionArchitectures
trixie2.0-7all
stretch2.0-2all
buster2.0-5all
sid2.0-7all
jessie2.0-1all
bullseye2.0-7all
bookworm2.0-7all
Popcon: 1 users (0 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

This R package allows reliable extraction of features from mass spectra and helps in the automated analysis of proteomic mass spectrometry (MS) experiments.

This is the NITPICK implementation for peak picking in MS spectra.

Please cite: Bernhard Y Renard, Marc Kirchner, Hanno Steen, Judith AJ Steen and Fred A Hamprecht: NITPICK: peak identification for mass spectrometry data. (PubMed,eprint) BMC Bioinformatics 9:355 (2008)
tandem-mass
logiciel de spectrométrie de masse pour l’identification de protéines
Versions of package tandem-mass
ReleaseVersionArchitectures
jessie2013.09.01-2amd64,armel,armhf,i386
stretch20151215-4amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster201702011-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye201702011-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bookworm201702011-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
trixie201702011-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,s390x
sid201702011-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
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X! Tandem peut faire la correspondance de spectrométrie de masse en tandem avec des séquences de peptide, dans un processus qui est couramment utilisé pour réaliser l’identification de protéines.

Ce logiciel a une interface de programmation applicative (IPA) très simple et non sophistiquée : elle prend un fichier XML d’instructions sur sa ligne de commande et produit le résultat sous forme de fichier XML ayant été indiqué dans le fichier XML d’entrée. Le format de la sortie est décrit dans http://www.thegpm.org/docs/X_series_output_form.pdf.

Au contraire de quelques moteurs de recherche de générations précédentes, tous les moteurs des séries X! calculent la fiabilité statistique (valeurs espérées) pour toutes les affectations spectre-vers-séquence particulières. Ils réassemblent toutes les affectations de peptide dans un ensemble de données sur les séquences de protéine connues et affecte la fiabilité statistique de non aléatoirité de cet assemblage et alignement. La formule pour cela est disponible sur https://www.thegpm.org/docs/peptide_protein_expect.pdf. Par conséquent des logiciels d’assemblage et d’analyse statistique distincts, par exemple, PeptideProphet et ProteinProphet, n’ont pas besoin d’être utilisés.

toppic
caractérisation et identification des protéoformes (approche descendante) – programmes
Versions of package toppic
ReleaseVersionArchitectures
bookworm1.5.3+dfsg1-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
trixie1.5.3+dfsg1-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,s390x
bullseye1.3.0+dfsg1-4amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid1.5.3+dfsg1-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
upstream1.7.2
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Newer upstream!
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La suite TopPIC consiste en quatre logiciels pour une interprétation de données de spectrométrie de masse avec approche descendante : TopFD, TopPIC, TopMG et TopDiff.

 — TopFD (Top-down mass spectral Feature Detection) est un outil pour la
   déconvolution spectrale (approche descendante) et un successeur de MS-
   Deconv. Il groupe les pics spectraux dans des enveloppes d’isotopomère
   et convertit celles-ci en masses mono-isotopiques neutres. De plus, il
   extrait les caractéristiques de formes de protéine de LC-MS ou CE-MS.
 — TopPIC (Top-down mass spectrometry based Proteoform Identification
   and Characterization) identifie et caractérise les protéoformes au
   niveau protéoforme avec une recherche par spectrométrie de masse en
   tandem dans une base de données de séquences de protéines. TopPIC est
   un successeur de MS-Align+. Il identifie efficacement les protéoformes
   avec altérations inattendues, telles que les mutations et les
   modifications post-traductionnelles (PTM), estime précisément la valeur
   statistiquement significative des identifications et caractérise les
   protéoformes signalées comme ayant des variations de masse inconnues.
   Il utilise plusieurs techniques, tels que les indices, l’alignement
   spectral, des méthodes de série génératrice et MIScore pour accroître
   la vitesse, la sensibilité et la précision.

– TopMG (Top-down mass spectrometry based proteoform identification

   using Mass Graphs) est un outil logiciel pour identifier les
   protéoformes ultra modifiées avec une recherche par spectrométrie de
   masse en  tandem dans une base de données de séquences de protéines. Il
   peut identifier des protéoformes avec plusieurs PTM différentes et des
   altérations inattendues, telles que les protéoformes d’histones ou
   avec phosphorylation. Il utilise des graphes de masse qui représente
   efficacement les protéoformes candidates avec plusieurs PTM différentes
   pour augmenter la vitesse et la sensibilité d’identification de
   protéoformes. De plus, des méthodes de filtre par approximation basées
   sur le spectre sont employées pour le filtrage de séquences de
   protéines et la méthode de Monte-Carlo par chaînes de Markov (TopMCMC)
   est utilisée pour estimer la valeur statistiquement significative des
   identifications.
 – TopDiff (Top-down mass spectrometry-based identification of
   Differentially expressed proteoforms) compare les abondances des
   protéoformes et trouve les protéoformes exprimés différemment en
   utilisant les identifications des données de spectrométrie de masse par
   approche descendante de plusieurs échantillons de protéines.
xtpcpp
paquet de transition de xtpcpp vers i2masschroq
Versions of package xtpcpp
ReleaseVersionArchitectures
bullseye0.4.18-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid0.4.54-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,s390x
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License: DFSG free

Le programme permet de réaliser les tâches suivantes :

 – lire les fichiers xml de résultats de X!Tandem ;
 – lire les fichiers dat de résultats de MASCOT ;
 – lire les fichiers pepXML de résultats de TPP ;
 – lire les fichiers mzIdentML de résultats de PSI ;
 – lancer des analyses avec X!Tandem à travers une interface graphique ;
 – mettre en œuvre divers filtres basés sur des valeurs statistiques ;
 – filtrer la redondance à l’aide d’un algorithme original de groupage ;
 – gérer des ensembles de données phosphoprotéomiques avec le
   mode phosphopeptide ;
 – éditer, rechercher et trier les données graphiquement ;
 – naviguer dans la chromatographie XIC (eXtracted Ion Current) ;
 – comparer les modèles théoriques d’isotope pour mesurer
   les régions de chromatogrammes MS1 ;
 – exporter les données directement dans Microsoft Office 2010
   et LibreOffice (exportation ods) ;
 – gérer des ensembles énormes de données très rapidement ;
 – quantifier les peptides à l’aide d’une exportation MassChroQml.

Ce paquet est un paquet de transition. Vous pouvez le supprimer à tout moment.

Please cite: Olivier Langella, Benoît Valot, Thierry Balliau, Mélisande Blein-Nicolas, Ludovic Bonhomme and Michel Zivy: X!TandemPipeline: A Tool to Manage Sequence Redundancy for Protein Inference and Phosphosite Identification. (PubMed,eprint) Journal of Proteome Research 16(2):494-503 (2017)

Official Debian packages with lower relevance

libisospec++-dev
Isotopic fine structure calculator (C++ development files)
Versions of package libisospec++-dev
ReleaseVersionArchitectures
buster1.9.1-5amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bookworm2.2.1-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye2.1.3-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
trixie2.2.1-4amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,s390x
sid2.2.1-4.1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
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IsoSpec implements an algorithm for fast computation of isotopologues of chemical substances that can alternate between joint probability and peak height threshold.

This package ships the development files.

Please cite: Mateusz K. Łącki, Michał Startek, Dirk Valkenborg and Anna Gambin: IsoSpec: Hyperfast Fine Structure Calculator. (PubMed,eprint) Analytical Chemistry 89(5):3272-3277 (2017)
libpwiz-dev
library to perform proteomics data analyses (devel files)
Versions of package libpwiz-dev
ReleaseVersionArchitectures
sid3.0.18342-4.1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
jessie3.0.6585-2amd64,armel,armhf,i386
buster3.0.18342-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye3.0.18342-4amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bookworm3.0.18342-4amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
trixie3.0.18342-4amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,s390x
stretch3.0.9393-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Debtags of package libpwiz-dev:
devellibrary
roledevel-lib
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License: DFSG free
Git

The libpwiz library from the ProteoWizard project provides a modular and extensible set of open-source, cross-platform tools and libraries. The tools perform proteomics data analyses; the libraries enable rapid tool creation by providing a robust, pluggable development framework that simplifies and unifies data file access, and performs standard chemistry and LCMS dataset computations.

The primary goal of ProteoWizard is to eliminate the existing barriers to proteomic software development so that researchers can focus on the development of new analytic approaches, rather than having to dedicate significant resources to mundane (if important) tasks, like reading data files.

This package ships the library development files.

libpwizlite-dev
Library to load mzML/mzXML files (dev files)
Versions of package libpwizlite-dev
ReleaseVersionArchitectures
sid3.0.5-2.1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
trixie3.0.5-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,s390x
bookworm3.0.4-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye3.0.3-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
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Versions and Archs
License: DFSG free
Git

This library is a dumbed-down version of the Proteowizard library. This library only contains the required features to load standard mzML/mzXML mass spectrometry data files.

See http://proteowizard.sourceforge.net/ for the original project.

This package ships the development files.

Packaging has started and developers might try the packaging code in VCS

biceps
error-tolerant peptide identification
Versions of package biceps
ReleaseVersionArchitectures
VCS0.0.201401-1all
Versions and Archs
License: BSDlike
Debian package not available
Git
Version: 0.0.201401-1

BICEPS is tool for the error-tolerant identification of peptides based on a statistical regularization scheme. It balances possible improvements in peptide-spectrum-matches by allowing substitutions against the increased risk of false positives. BICEPS can identify peptides containing two or more substitutions as occuring e.g. in cross-species searches.

Please cite: Bernhard Y. Renard‡and Buote Xu, Marc Kirchner, Franziska Zickmann‡and Dominic Winter, Simone Korten‡and Norbert W. Brattig‡and Amit Tzur, Fred A. Hamprecht and Hanno Steen: Overcoming Species Boundaries in Peptide Identification with Bayesian Information Criterion-driven Error-tolerant Peptide Search (BICEPS). (PubMed,eprint) Mol Cell Proteomics ;11(7):M111.014167 (2012)
*Popularitycontest results: number of people who use this package regularly (number of people who upgraded this package recently) out of 236909