DebiChem Analytical Biochemistry packages

Comet er tandem-massespektromi (MS/MS) sekvensdatabasesøgemaskine, udviklet i åben kildekode. Den identificerer peptider ved at søge i MS/MS-spektra mod sekvenser til stede i proteinsekvensdatabaser.

Denne pakke indeholder en binær fil, som udfører MS/mS-databasesøgninger. Understøttede inddataformater er mzXML-, mzML- og ms2-filer. Understøttede uddataformater er .out, SQT, og pepXML.

FreesSASA er et C-bibliotek og C++-kommandolinjeværktøj for beregning af Solvent Accessible Surface Area (SASA) for biomolekyler. Det er designet til at være simpelt at bruge med standarderne, men tillader tilpasning af alle parametre for beregningen og tilbyder nogle få andre værktøjer til at analyse resultaterne. Pythonbindinger tilbydes separat.

The MSToolkit is a light-weight C++ library for reading, writing, and manipulating mass spectrometry data. The MSToolkit is easily linked to virtually any C++ algorithm for simple, fast file reading and analysis.

Supported File Formats:

• read-only mzML including internal compression (zlib and numpress) and external compression (.mzML.gz) read-only;
• read-only mzXML including internal compression (zlib) and external compression (.mzXML.gz)
• read/write mgf, ms1, ms2, bms1, bms2, cms1, cms2

Simple Interface:

• Open any file format from a single function call;
• Store any spectrum in a simple, comprehensive data structure;
• Sequential or random-access file reading.

This package ships a MS/MS spectrum loader tool.

The libpwiz library from the ProteoWizard project provides a modular and extensible set of open-source, cross-platform tools and libraries. The tools perform proteomics data analyses; the libraries enable rapid tool creation by providing a robust, pluggable development framework that simplifies and unifies data file access, and performs standard chemistry and LCMS dataset computations.

The primary goal of ProteoWizard is to eliminate the existing barriers to proteomic software development so that researchers can focus on the development of new analytic approaches, rather than having to dedicate significant resources to mundane (if important) tasks, like reading data files.

This package ships command line tools that include idconvert (conversion of MS identifications) and msconvert (conversion of MS raw data files from/to any supported format).

Lutefisk udfører en de novo-fortolkning af kollisionspåførte nedbrydningsspektre (CID), ved at give brugeren en fil indeholdende alle de mulige sekvenskandidater, der svarer til CID-dataene.

Dette er en overgangspakke. Den kan fjernes igen. Kørselstidspakke.

mineXpert2 gør at brugeren kan udføre de følgende opgaver:

• Åbne massespektromidatafiler (mzML, mzXML, asc, xy ...)
• Vise i en tabelvisning det fulde datasæt, for nem filtrering
• Beregn og vis TIC-chromatogram
• Beregn og vis et mz=f(rt)-farvekort
• For mobilitetsdata, beregn og vis et mz=f(dt)-farvekort
• Integrer massespektrometriske data fra enhver slags datarepræsentation (mass | drift spectra, TIC | XIC chromatogram, 2D-farvekort) til enhver slags datarepræsentation
• For enhver massedatafunktion (mass peak, TIC | XIC peak, color map) integrer til en en XIC-enkelt intensitetsværdi
• Funktionsrig isotopisk klyngeberegning startende fra en kemisk formel, valgfrit med brugerdefinerede isotopiske overflodsforhold
• Gaussisk pasning over enhver isotopisk klynge for at estimere gennemsnitlig masse af en given ion
• Musedrevet deconvolution af m/z-data (charge envelope-baseret eller isotopisk klyngebaseret)
• Eksporter dataene til tekstfiler
• Eksporter den grafiske repræsentation for massespektrometriske data til grafiske filer i et antal formater (jpg, png, pdf)

Denne pakke indeholder programmet mineXpert2.

mMass er en fri massespektrum fremviser/analyseprogram hvor de følgende proteomikrelaterede opgaver kan udføres:

• Åbn rå tekst, mzXML- og mzData-massespektra
• Definer højdelister
• Funktionsrig massespektrumsfremviser (zoom, markør ...)
• Omkalibrering af data
• Simulationer kun med proteiner
• Mascot-søgninger på nettet

Programmet kan nemt udvides med yderligere Pythonmoduler. Denne pakke indeholder de platformsuafhængige dele af programmet.

OpenMS er en pakke for LC/MS-datahåndtering og -analyse. OpenMS tilbyder en infrastruktur for udvikling af programmer relateret til massespektrometri og funktionsrige 2D- og 3D-virtualiseringsløsninger.

TOPP (OpenMS proteomisk datakanal) er en datakanal for analyse af HPLC/MS-data. Det består af et sæt af utallige små programmer, som kan kædes sammen for at oprette analysedatakanaler skræddersyet for et specifikt problem.

Denne pakke er en metapakke, som afhænger af både bibliotekspakken libopenms (libOpenMS og libOpenMS_GUI) og pakken OpenMS Proteomic Pipeline (topp).

python-pymzml (pymzML) is an extension to Python that offers:

• easy access to mass spectrometry (MS) data that allows the rapid development of tools;
• a very fast parser for mzML data, the standard in mass spectrometry data format;
• a set of functions to compare or handle spectra.

This package contains python-pymzml for Python 3.

MALDIquant tilbyder en komplet analyse pipeline for MALDI-TOF og andre massespektrometriske data. Særlige funktioner omfatter baseline subtraktion ved hjælp af SNIP-algoritme, toppunktstilpasning ved hjælp af warp-funktioner, håndtering af replikerede målinger samt ved at tillade spektre med forskellige opløsninger.

MALDIquantForeign-pakken læser (tab, csv, Bruker fid, Ciphergen XML, mzXML, mzML, imzML, Analyze 7.5) og skriver (tab, csv, msd, mzML) forskellige filformater for massespektrometridata til/fra MALDIquant- objekter.

GNU R mixtools-pakken er en samling af R-funktioner til at analysere finitte mixture-modeller. Denne pakke er baseret på arbejder understøttet af National Science Foundation under Grant No. SES-0518772.

Pakken readBrukerFlexDAta læser datafilerne indhentet af MALDI-TOF MS på Bruker Daltonics-maskiner i *flex-serien.

Pakken readMzXmlData indeholder funktioner for læsning af massespektrometridata i mzXML-formatet.

Denne GNU R-pakke tilbyder effektiv beregning af nøjagtige masser og mængderne af isotopiske toppe. Det er en forudsætning for R NITPICK, som udfører topidentifikation for massespektrometridata.

Dette er en GNU R-pakke til publikationen Analytical Chemistry med titlen »Estimering af tilliden til peptididentifikationer uden lokkedatabaser« (Estimating the Confidence of Peptide Identifications without Decoy Databases). Funktionen curveFDR(score) passer til en gaussisk blandingsmodel til en bedømmelsesfordeling af peptididentifikationer og tillader dermed estimering af konfidensniveauer baseret på den falske discvory-del.

Denne GNU R-pakke indeholder effektive procedurer for montering af en hel lassosekvens med prisen på en enkelt mindste kvadraters-tilpasning. Mindste vinkelregression og infinitessimal fremad stagewise-regression er relateret til lasso beskrevet i http://www- stat.stanford.edu/~hastie/Papers/#LARS.

Dette er en modificeret version af den oprindelige pakke lars ved Hastie og Efron, der tilbyder en LARS-modifikation for ikke-negative lasso.

Denne R-pakke gør det muligt troværdigt at udtrække funktioner fra massespektra og hjælper i den automatiserede analyse af proteomisk massespektrometri-eksperimenter (MS).

Dette er NITPICK-implementeringen af spidsvalg i MS-spektra.

X! Tandem kan matche tandem-massespektre med peptidsekvenser, i en proces, der er almindeligt anvendt til at udføre proteinidentifikation.

Dette program har en meget enkel og ukompliceret programmeringsgrænseflade: Det tager simpelthen en XML-fil med instruktioner på sin kommandolinje, og viser resultaterne i en XML-fil, der er specificeret i den anvendte XML-fil. Resultatfilens format er beskrevet på http://www.thegpm.org/docs/X_series_output_form.pdf

I modsætning til nogle tidligere søgemaskiner beregner alle X!-seriens søgemaskiner statistisk tillid (forventningsværdier) for alle de individuelle spektrum-til-sekvens opgaver. De samler også alle peptidopgaverne i et datasæt på de kendte proteinsekvenser og tildeler den statistiske tillid at denne samling og justering ikke er tilfældig. Formlen for dette kan findes her. Derfor er der ikke brug for separate samlings- og statistiske analyseprogrammer, f.eks. PeptideProphet og ProteinProphet.

TopPIC Suite består af fire programværktøjer for fortolkningen af top-down massespektrometridata: TopFD, TopPIC, TopMG og TopDiff.

-TopFD (Top-down mass spectral Feature Detection) er et værktøj for

   top-down spektral deconvolution og en efterfølger til MS-Deconv.
 -TopPIC (Top-down mass spectrometry based Proteoform Identification
   and Characterization) identificerer og karakteriserer proteoformer
   på proteome-niveau ved at søge top-down tandem mass spectra mod en
   proteinsekvensdatabasen.
 -TopMG (Top-down mass spectrometry based proteoform identification
   using Mass Graphs) er et værktøj til at identificere ultra-ændrede
   proteoformer ved at søge top-down tandem mass spectra mod en
   proteinsekvensdatabase.
 -TopDiff (Top-down mass spectrometry-based identification of
   Differentially expressed proteoforms) sammenligner overfloden af
   proteoformer og finder differentielt udtrykte proteoformer ved hjælp
   af identifikationer af top-down massespektrometridata for flere
   proteiner.

Programmet gør, at du kan udføre de følgende opgaver:

• Læser X!Tandem xml-resultatfiler
• Læser MASCOT dat-resultatfiler
• Læser TPP pepXML-resultatfiler
• Læser PSI mzIdentML-resultatfiler
• Run X!Tandem analyserer igennem en grafisk brugerflade
• Implementerer diverse filtre baseret på statistiske værdier
• Funktionsrig original algoritme til gruppering til at filtrere redundans
• Phosphopeptide-tilstand til at håndtere phosphoproteomics-datasæt
• Rediger, søg og sorter data grafisk
• XIC chromatogram-browser (eXtracted Ion Current)
• Sammenligninger af teoretiske isotopmønstre til målte MS1 XIC-områder
• Eksporter data direkte til Microsoft Office 2010 and LibreOffice (ods eksport)
• Håndter store datasæt meget hurtigt
• Udfør peptid kvantificering via MassChroQml-eksport

IsoSpec implementerer en algoritme til hurtig beregning af isotopologer for kemiske substanser, der kan skifte mellem »joint probability« og »peak height threshold«.

Denne pakke indeholder udviklingsfilerne.

Biblioteket libpwiz fra projektet ProteoWizard tilbyder et modulopbygget sæt af værktøjer og biblioteker for flere platforme, der kan udvides. Værktøjerne udfører proteomics-dataanalyser; bibliotekerne aktiverer hurtig værktøjsoprettelse ved at tilbyde en robust, klar til tilslutning udviklingsramme, der forenkler og forener datafiladgang, og udfører standardkemi og LCMS-datasætberegninger.

Det primære formål med ProteoWizard er at eliminere de eksisterende barrierer til proteomic-programudvikling, så at forskere kan fokusere på udvikling af nye analytiske fremgangsmåder, frem for at skulle dedikere signifikante ressourcer til hverdagsagtige (hvis vigtige) opgaver, såsom at læse datafiler.

Denne pakke indeholder udviklingsfilerne for biblioteket.

This library is a dumbed-down version of the Proteowizard library. This library only contains the required features to load standard mzML/mzXML mass spectrometry data files.

See http://proteowizard.sourceforge.net/ for the original project.

This package ships the development files.

BICEPS is tool for the error-tolerant identification of peptides based on a statistical regularization scheme. It balances possible improvements in peptide-spectrum-matches by allowing substitutions against the increased risk of false positives. BICEPS can identify peptides containing two or more substitutions as occuring e.g. in cross-species searches.