PAN Blend diffraction packages

BINoculars è uno strumento per la riduzione di dati e per l'analisi di grandi insiemi di dati diffrazione di superficie che sono stati acquisiti con un rilevatore bidimensionale di raggi X. L'intensità di ciascun pixel di un rilevatore bidimensionale è proiettata su una griglia tridimensionale in coordinate reciproche di griglia usando un algoritmo di classificazione. Ciò permette una veloce acquisizione ed elaborazione di insiemi di dati ad alta risoluzione e ha come risultato una significativa riduzione delle dimensioni dell'insieme di dati. L'analisi successiva procede poi nello spazio reciproco. È evoluto dalle necessità specifiche del beamline ID03 allo ESRF, ma è una progettazione modulare e può essere facilmente adattato ed esteso per funzionare con dati da altri beamline o da altre tecniche di misurazione.

BINoculars è uno strumento per la riduzione di dati e per l'analisi di grandi insiemi di dati diffrazione di superficie che sono stati acquisiti con un rilevatore bidimensionale di raggi X. L'intensità di ciascun pixel di un rilevatore bidimensionale è proiettata su una griglia tridimensionale in coordinate reciproche di griglia usando un algoritmo di classificazione. Ciò permette una veloce acquisizione ed elaborazione di insiemi di dati ad alta risoluzione e ha come risultato una significativa riduzione delle dimensioni dell'insieme di dati. L'analisi successiva procede poi nello spazio reciproco. È evoluto dalle necessità specifiche del beamline ID03 allo ESRF, ma è una progettazione modulare e può essere facilmente adattato ed esteso per funzionare con dati da altri beamline o da altre tecniche di misurazione.

Questo è il pacchetto per la documentazione comune.

Questo programma calcola i fattori di struttura |F^2| per neutroni, raggi X ed elettroni da descrizioni cristallografiche CIF/CFL/SHX/PCR. Ciò è utile per calcolare i modelli di diffrazione dai materiali.

Questo pacchetto contiene l'eseguibile.

Questo metapacchetto installa pacchetti per la cristallografia che possono essere utili per i chimici.

The program density-fitness calculates electron density metrics, for main- (includes Cβ atom) and side-chain atoms of individual residues.

For this calculation, the program uses the structure model in either PDB or mmCIF format and the electron density from the 2mFo-DFc and mFo-DFc maps. If these maps are not readily available, the MTZ file and model can be used to calculate maps clipper. Density-fitness support both X-ray and electron diffraction data.

This program is essentially a reimplementation of edstats, a program available from the CCP4 suite. However, the output now contains only the RSR, SRSR and RSCC fields as in edstats with the addition of EDIAm and OPIA and no longer requires pre-calculated map coefficients.

Programma con GUI per analisi veloce di immagini di diffrazione di polveri a raggi X. Fornisce la possibilità di calibrazione, creazione di maschere, sovrapposizione di trame e visualizzazione di linee di fase.

Fityk è un programma flessibile e portabile per l'interpolazione non lineare di funzioni analitiche (in particolare per funzioni con picchi) e l'analisi dati (solitamente dati sperimentali). In altre parole, per l'analisi e la separazione di picchi non lineari.

È stato sviluppato per l'analisi di pattern di diffrazione, ma può anche essere usato in altri campi, poiché il concetto e le operazioni specifiche per la cristallografia sono separati dal resto del programma.

Fityk offre vari metodi di interpolazione non lineare, sottrazione di fondo, calibrazione di dati, posizionamento facilitato di picchi e variazione dei parametri del picco, automazione tramite script e molto altro. Il principale vantaggio del programma è la flessibilità: i parametri dei picchi possono essere arbitrariamente collegati con altri parametri, ad esempio la larghezza del picco può essere una variabile indipendente, può essere la stessa larghezza di un altro picco o un'espressione complicata relativa a tutti i picchi.

Per il materiale JavaScript nella documentazione è necessario libjs-sphinxdoc.

GNOME Crystal è un leggero visualizzatore della struttura di cristalli. Si appoggia alle GNOME Chemistry Utils e visualizza i modelli di tutti i tipi di strutture di cristalli microscopici usando OpenGL.

La libreria hkl è un'infrastruttura per calcolo di diffrazione e controllo del diffrattometro, pesantemente usata nel sincrotrone SOLEIL. Gestisce vari tipi di geometria del diffrattometro: Eulerian 4-circle, Eulerian 6-circle, kappa 4-circle, kappa 6-circle e geometria dell'asse z. Per ognuna di esse fornisce diversi modi calcolati numericamente, come bisettore e psi costante.

Questo pacchetto fornisce una GUI sopra alla libreria hkl.

La libreria hkl è un'infrastruttura per calcolo di diffrazione e controllo del diffrattometro, pesantemente usata nel sincrotrone SOLEIL. Gestisce vari tipi di geometria del diffrattometro: Eulerian 4-circle, Eulerian 6-circle, kappa 4-circle, kappa 6-circle e geometria dell'asse z. Per ognuna di esse fornisce diversi modi calcolati numericamente, come bisettore e psi costante.

Questo pacchetto può essere usato da altri pacchetti che utilizzano il formato GIRepository per generare collegamenti dinamici.

La suite di software CCP4 è basata su una libreria di procedure che coprono compiti comuni, come apertura di file, analisi di parole chiave nell'input, lettura e scrittura di formati di dati standard, applicazione di operazioni di simmetria, ecc. I programmi nella suite chiamano tali procedure che, oltre ad evitare un po' di sforzo al programmatore, assicurano che i vari programmi nella suite abbiano lo stesso aspetto e stile.

La libreria contiene diversi sottocomponenti:

• libreria CMTZ -- contiene svariate funzioni per manipolare la struttura di dati, per esempio aggiungere cristalli, insiemi di dati o colonne; si può fare il dump della struttura di dati in un file di output MTZ.

• libreria CMAP -- funzioni che definiscono l'API a livello del C per accedere a file mappa CCP4;

• libreria CSYM -- una raccolta di funzioni centrate intorno a un file syminfo.lib che è generato automaticamente da sgtbx (lo Space Group Toolbox di cctbx);

• libreria di utilità CCP4 -- molte funzioni di utilità che danno funzionalità specifiche di CCP4 o indipendenti dalla piattaforma;

• libreria CCP4 Parser -- fornisce un'analisi in stile CCP4, come usata per elaborare parole chiave dei programmi di CCP4, intestazioni di record MTZ, ecc.;

• array ridimensionabili di CCP4 -- definisce un oggetto e dei metodi che sembrano un semplice array del C, ma possono essere ridimensionati a piacimento senza incorrere in carichi eccessivi.

Questo pacchetto fornisce i file comuni per la libreria CCP4.

La suite di software CCP4 è basata su una libreria di procedure che coprono compiti comuni, come apertura di file, analisi di parole chiave nell'input, lettura e scrittura di formati di dati standard, applicazione di operazioni di simmetria, ecc. I programmi nella suite chiamano tali procedure che, oltre ad evitare un po' di sforzo al programmatore, assicurano che i vari programmi nella suite abbiano lo stesso aspetto e stile.

La libreria contiene diversi sottocomponenti:

• libreria CMTZ -- contiene svariate funzioni per manipolare la struttura di dati, per esempio aggiungere cristalli, insiemi di dati o colonne; si può fare il dump della struttura di dati in un file di output MTZ.

• libreria CMAP -- funzioni che definiscono l'API a livello del C per accedere a file mappa CCP4;

• libreria CSYM -- una raccolta di funzioni centrate intorno a un file syminfo.lib che è generato automaticamente da sgtbx (lo Space Group Toolbox di cctbx);

• libreria di utilità CCP4 -- molte funzioni di utilità che danno funzionalità specifiche di CCP4 o indipendenti dalla piattaforma;

• libreria CCP4 Parser -- fornisce un'analisi in stile CCP4, come usata per elaborare parole chiave dei programmi di CCP4, intestazioni di record MTZ, ecc.;

• array ridimensionabili di CCP4 -- definisce un oggetto e dei metodi che sembrano un semplice array del C, ma possono essere ridimensionati a piacimento senza incorrere in carichi eccessivi.

La libreria hkl è un'infrastruttura per calcolo di diffrazione e controllo del diffrattometro, pesantemente usata nel sincrotrone SOLEIL. Gestisce vari tipi di geometria del diffrattometro: Eulerian 4-circle, Eulerian 6-circle, kappa 4-circle, kappa 6-circle e geometria dell'asse z. Per ognuna di esse fornisce diversi modi calcolati numericamente, come bisettore e psi costante.

Questo pacchetto fornisce tutto ciò che è necessario per fare il link a hkl.

La libreria hkl è un'infrastruttura per calcolo di diffrazione e controllo del diffrattometro, pesantemente usata nel sincrotrone SOLEIL. Gestisce vari tipi di geometria del diffrattometro: Eulerian 4-circle, Eulerian 6-circle, kappa 4-circle, kappa 6-circle e geometria dell'asse z. Per ognuna di esse fornisce diversi modi calcolati numericamente, come bisettore e psi costante.

Questo pacchetto fornisce la documentazione per hkl.

xylib è una libreria C++ per leggere file che contengono dati x-y relativi alla diffrazione da polveri, alla spettroscopia e ad altri metodi sperimentali.

Questo pacchetto contiene un piccolo programma, xyconv, che converte i file gestiti dalla libreria xylib in TSV (tab-separated value, valori separati da tabulazioni).

File di sviluppo per xylib.

xylib è una libreria C++ per leggere file che contengono dati x-y relativi alla diffrazione da polveri, alla spettroscopia e ad altri metodi sperimentali.

FOX è un programma per la determinazione ab initio della struttura dalla diffrazione della polvere (neutroni, raggi X). La struttura dei cristalli può essere descritta come qualsiasi combinazione di atomi, molecole o poliedri, senza informazioni a priori riguardanti la connettività di questi "elementi costruttivi". FOX può fare ottimizzazioni globali multi-modello e correggere automaticamente posizioni speciali.

FOX può anche essere usato per scopi educativi per visualizzare la struttura dei cristalli in 3D con il modello di diffrazione della polvere associato.

PyFAI è una libreria Python per integrazione azimutale; permette la conversione di immagini di diffrazione riprese con rilevatori 2D come telecamere CCD in pattern di diffrazione da polveri dei raggi X che possono essere usati da altri software come gli strumenti di raffinamento Rietveld (cioè FullProf), analisi di fase o analisi di texture.

Siccome PyFAI è una libreria, il suo obiettivo principale è di essere integrata in altri strumenti come PyMca, LiMa o EDNA. Per eseguire analisi di dati in linea, la descrizione precisa delle condizioni sperimentali deve essere conosciuta. Questa è la ragione per cui PyFAI include codice per l'ottimizzazione delle geometrie che lavora su "powder ring" dei campioni di riferimento. Alternativamente, PyFAI può anche importare geometrie di cui si è fatto il fit con altri strumenti come Fit2D.

PyFAI è stata progettata per funzionare con qualsiasi tipo di rivelatore con qualsiasi geometria (trasmissione, riflessione, fuori asse, ...). Usa la libreria FabIO Python per leggere la maggior parte delle immagini riprese dai diffrattometri.

PyFAI è una libreria Python per integrazione azimutale; permette la conversione di immagini di diffrazione riprese con rilevatori 2D come telecamere CCD in pattern di diffrazione da polveri dei raggi X che possono essere usati da altri software come gli strumenti di raffinamento Rietveld (cioè FullProf), analisi di fase o analisi di texture.

Siccome PyFAI è una libreria, il suo obiettivo principale è di essere integrata in altri strumenti come PyMca, LiMa o EDNA. Per eseguire analisi di dati in linea, la descrizione precisa delle condizioni sperimentali deve essere conosciuta. Questa è la ragione per cui PyFAI include codice per l'ottimizzazione delle geometrie che lavora su "powder ring" dei campioni di riferimento. Alternativamente, PyFAI può anche importare geometrie di cui si è fatto il fit con altri strumenti come Fit2D.

PyFAI è stata progettata per funzionare con qualsiasi tipo di rivelatore con qualsiasi geometria (trasmissione, riflessione, fuori asse, ...). Usa la libreria FabIO Python per leggere la maggior parte delle immagini riprese dai diffrattometri.

Questo è il pacchetto per la documentazione comune.

Il progetto silx ha lo scopo di fornire una raccolta di pacchetti Python per supportare lo sviluppo di applicazioni di raccolta, riduzione e analisi di dati in impianti di radiazioni di sincrotrone. Ha lo scopo di fornire lettura/scrittura per differenti formati di file, procedure di riduzione dei dati e un insieme di widget Qt per navigare tra i dati e visualizzarli.

La versione attuale fornisce:

• lettura del formato di file HDF5 (con gestione del formato di file SPEC);
• istogrammi;
• fitting;
• visualizzazione 1D e 2D usando backend multipli (matplotlib o OpenGL);
• widget per disegno di immagini con un insieme di strumenti associati (vedere il file changelog);
• navigatore unificato per formati di file HDF5, SPEC e immagini che gestisce ispezione e visualizzazione di insiemi di dati n-dimensionali);
• visualizzatore unificato (silx view NOMEFILE) per formati di file HDF5, SPEC e immagini;
• widget basato su OpenGL per visualizzare campi scalari 3D con isosuperfici e piani di taglio.

Questo è il pacchetto per la documentazione comune.

xrayutilities è una raccolta di script usati per analizzare dati di diffrazione a raggi X. Consiste in un pacchetto Python e svariate procedure codificate in C. È particolarmente utile per la conversione in spazio reciproco di dati di diffrazione acquisiti con rilevatori di area e di linea.

Questo pacchetto include il manuale in formato HTML.

BINoculars è uno strumento per la riduzione di dati e per l'analisi di grandi insiemi di dati diffrazione di superficie che sono stati acquisiti con un rilevatore bidimensionale di raggi X. L'intensità di ciascun pixel di un rilevatore bidimensionale è proiettata su una griglia tridimensionale in coordinate reciproche di griglia usando un algoritmo di classificazione. Ciò permette una veloce acquisizione ed elaborazione di insiemi di dati ad alta risoluzione e ha come risultato una significativa riduzione delle dimensioni dell'insieme di dati. L'analisi successiva procede poi nello spazio reciproco. È evoluto dalle necessità specifiche del beamline ID03 allo ESRF, ma è una progettazione modulare e può essere facilmente adattato ed esteso per funzionare con dati da altri beamline o da altre tecniche di misurazione.

Questa è la versione per Python 3 del pacchetto.

CodraFT è un software per elaborazione generica di immagini e segnali, basato sulle librerie scientifiche Python (come NumPy, SciPy o scikit-image) e le interfacce utente grafiche Qt (grazie a guidata e guiqwt).

CodraFT sta per "CODRA Filtering Tool".

CodraFT è disponibile come applicazione autonoma o come modulo aggiuntivo per le applicazioni Python-Qt grazie a funzionalità avanzate per automazione e integrazione.

DENSS is an algorithm used for calculating ab initio electron density maps directly from solution scattering data. DENSS implements a novel iterative structure factor retrieval algorithm to cycle between real space density and reciprocal space structure factors, applying appropriate restraints in each domain to obtain a set of structure factors whose intensities are consistent with experimental data and whose electron density is consistent with expected real space properties of particles.

DENSS utilizes the NumPy Fast Fourier Transform for moving between real and reciprocal space domains. Each domain is represented by a grid of points (Cartesian), N x N x N. N is determined by the size of the system and the desired resolution. The real space size of the box is determined by the maximum dimension of the particle, D, and the desired sampling ratio. Larger sampling ratio results in a larger real space box and therefore a higher sampling in reciprocal space (i.e. distance between data points in q). Smaller voxel size in real space corresponds to higher spatial resolution and therefore to larger q values in reciprocal space.

Lightweight, simple Python(-only) package. It is used to provide access to data files used in regression tests, but does not contain any of those data files itself.

Although it is envisaged as mostly being used in a cctbx/DIALS environment for tests in DIALS, dxtbx, xia2 and related packages, it has no dependencies on either cctbx or DIALS, in fact all dependencies are explicitly declared in the setup.py file and are installable via standard setuptools/pip methods. This means dials_data can easily be used in other projects accessing the same data, and can be used in temporary environments such as Travis containers.

MoviePy è una libreria Python per il montaggio video: taglio, concatenazione, inserzione di titoli, composizione di video (alias montaggio non lineare), elaborazione video e creazione di effetti personalizzati.

PyFAI è una libreria Python per integrazione azimutale; permette la conversione di immagini di diffrazione riprese con rilevatori 2D come telecamere CCD in pattern di diffrazione da polveri dei raggi X che possono essere usati da altri software come gli strumenti di raffinamento Rietveld (cioè FullProf), analisi di fase o analisi di texture.

Siccome PyFAI è una libreria, il suo obiettivo principale è di essere integrata in altri strumenti come PyMca, LiMa o EDNA. Per eseguire analisi di dati in linea, la descrizione precisa delle condizioni sperimentali deve essere conosciuta. Questa è la ragione per cui PyFAI include codice per l'ottimizzazione delle geometrie che lavora su "powder ring" dei campioni di riferimento. Alternativamente, PyFAI può anche importare geometrie di cui si è fatto il fit con altri strumenti come Fit2D.

PyFAI è stata progettata per funzionare con qualsiasi tipo di rivelatore con qualsiasi geometria (trasmissione, riflessione, fuori asse, ...). Usa la libreria FabIO Python per leggere la maggior parte delle immagini riprese dai diffrattometri.

Questa è la versione per Python 3 del pacchetto.

Python bindings to ObjCryst++, the Object-Oriented Crystallographic Library.

Some examples offer 3D support which can use python3-ipywidgets.

This package installs the library for Python 3.

python implementation of the matrix algorithm for computer modeling of X-ray diffraction (XRD) patterns of disordered lamellar structures. It's goals are to:

• provide an easy user-interface for end-users
• provide basic tools for displaying and manipulating XRD patterns
• produce high-quality (publication-grade) figures
• make modelling of XRD patterns for mixed-layer clay minerals 'easy'
• be free and open-source (open box instead of closed box model)

PyXRD was written with the multi-specimen full-profile fitting method in mind. A direct result is the ability to 'share' parameters among similar phases. This allows for instance to have an air-dry and a glycolated illite-smectite share their coherent scattering domain size, but still have different basal spacings and interlayer compositions for the smectite component. Or play with the di/tri-octahedral composition of a chlorite with ease.

Il progetto silx ha lo scopo di fornire una raccolta di pacchetti Python per supportare lo sviluppo di applicazioni di raccolta, riduzione e analisi di dati in impianti di radiazioni di sincrotrone. Ha lo scopo di fornire lettura/scrittura per differenti formati di file, procedure di riduzione dei dati e un insieme di widget Qt per navigare tra i dati e visualizzarli.

La versione attuale fornisce:

• lettura del formato di file HDF5 (con gestione del formato di file SPEC);
• istogrammi;
• fitting;
• visualizzazione 1D e 2D usando backend multipli (matplotlib o OpenGL);
• widget per disegno di immagini con un insieme di strumenti associati (vedere il file changelog);
• navigatore unificato per formati di file HDF5, SPEC e immagini che gestisce ispezione e visualizzazione di insiemi di dati n-dimensionali);
• visualizzatore unificato (silx view NOMEFILE) per formati di file HDF5, SPEC e immagini;
• widget basato su OpenGL per visualizzare campi scalari 3D con isosuperfici e piani di taglio.

Questa è la versione per Python 3 del pacchetto.

xrayutilities è una raccolta di script usati per analizzare dati di diffrazione a raggi X. Consiste in un pacchetto Python e svariate procedure codificate in C. È particolarmente utile per la conversione in spazio reciproco di dati di diffrazione acquisiti con rilevatori di area e di linea.

Questa è la versione per Python 3 del pacchetto.

Il progetto silx ha lo scopo di fornire una raccolta di pacchetti Python per supportare lo sviluppo di applicazioni di raccolta, riduzione e analisi di dati in impianti di radiazioni di sincrotrone. Ha lo scopo di fornire lettura/scrittura per differenti formati di file, procedure di riduzione dei dati e un insieme di widget Qt per navigare tra i dati e visualizzarli.

La versione attuale fornisce:

• lettura del formato di file HDF5 (con gestione del formato di file SPEC);
• istogrammi;
• fitting;
• visualizzazione 1D e 2D usando backend multipli (matplotlib o OpenGL);
• widget per disegno di immagini con un insieme di strumenti associati (vedere il file changelog);
• navigatore unificato per formati di file HDF5, SPEC e immagini che gestisce ispezione e visualizzazione di insiemi di dati n-dimensionali);
• visualizzatore unificato (silx view NOMEFILE) per formati di file HDF5, SPEC e immagini;
• widget basato su OpenGL per visualizzare campi scalari 3D con isosuperfici e piani di taglio.

Usa la versione Python 3 del pacchetto.

Nebula è uno strumento per sovrapporre reti scalabili che si focalizza su prestazioni, semplicità e sicurezza. È pensato per essere più robusto rispetto alle soluzioni di reti virtuali fornendo meccanismi di attraversamento NAT e connettività peer-to-peer. Nebula usa crittografia allo stato dell'arte e basata sul protocollo "Noise".

Questo pacchetto fornisce i binari e la configurazione predefinita per Nebula.

PyNX stands for Python tools for Nano-structures Crystallography. It is a python library with the following main modules:

1) pynx.scattering: X-ray scattering computing using graphical processing units, allowing up to 2.5x10^11 reflections/atoms/seconds (single nVidia Titan X). The sub-modulepynx.scattering.gid can be used for Grazing Incidence Diffraction calculations, using the Distorted Wave Born Approximation

2) pynx.ptycho : simulation and analysis of experiments using the ptychography technique, using either CPU (deprecated) or GPU using OpenCL. Examples are available in the pynx/Examples directory. Scripts for analysis of raw data from beamlines are also available, as well as using or producing ptychography data sets in CXI (Coherent X-ray Imaging) format.

3) pynx.wavefront: X-ray wavefront propagation in the near, far field, or continuous (examples available at the end of wavefront.py). Also provided are sub-modules for Fresnel propagation and simulation of the illumination from a Fresnel Zone Plate, both using OpenCL for high performance computing.

4) pynx.cdi: Coherent Diffraction Imaging reconstruction algorithms using GPU.

In addition, it includes :doc:scripts <scripts/index> for command-line processing of ptychography data from generic CXI data (pynx-ptycho-cxi) or specific to beamlines (pynx-ptycho-id01, pynx-ptycho-id13,...).