PAN Blend diffraction packages

BINoculars er et værktøj til datareduktion og analyse af store sæt af overfladediffraktionsdata, som er blevet indhentet med en todimensional røntgendetektor. Intensiteten for hvert billedpunkt på en todimensional detektor vises på en tredimensional gitter i gensidige-gitter koordinater ved hjælp af en binning-algoritme. Dette giver mulighed for hurtig erhvervelse og behandling af data med høj opløsning og resulterer i en væsentlig reduktion af dataens størrelse. Den efterfølgende analyse fortsætter derefter i et gensidigt rum. Programmet har udviklet sig fra de specifikke behov i ID03-strålen på ESRF, men det har et modulært design og kan let justeres og forlænges til arbejde med data fra andre stråler eller fra andre målingsteknikker.

BINoculars er et værktøj til datareduktion og analyse af store sæt af overfladediffraktionsdata, som er blevet indhentet med en todimensional røntgendetektor. Intensiteten for hvert billedpunkt på en todimensional detektor vises på en tredimensional gitter i gensidige-gitter koordinater ved hjælp af en binning-algoritme. Dette giver mulighed for hurtig erhvervelse og behandling af data med høj opløsning og resulterer i en væsentlig reduktion af dataens størrelse. Den efterfølgende analyse fortsætter derefter i et gensidigt rum. Programmet har udviklet sig fra de specifikke behov i ID03-strålen på ESRF, men det har et modulært design og kan let justeres og forlænges til arbejde med data fra andre stråler eller fra andre målingsteknikker.

Dette er den fælles dokumentationspakke.

Et program der beregner strukturfaktorer |F^2| for neutroner, røntgen og elektroner fra CIF/CFL/SHX/PCR-krystallografiske beskrivelser. Dette er nyttigt til at beregne diffraktionsmønsteret fra materialer.

Denne pakke indeholder den kørbare fil.

Denne metapakke vil installere pakker for krystallografi, som kan være nyttige for kemikere.

Programmet density-fitness beregner elektrontæthedsmålinger, for main- (inkluderer Cβ atom) og side-chain atomer med individuelle rester.

For denne beregning bruger programmet strukturmodellen i enten PDB- eller mmCIF-format og elektrontætheden fra kortene 2mFo-DFc og mFo-DFc. Hvis disse kort ikke er let tilgængelige kan MTZ-filen og -modellen bruges til at beregne kortklipper. Density-fitness understøtter både røntgen- og elektrondiffraktionsdata.

Dette program er grundlæggende en ny implementering af edstats, et program tilgængelig fra CCP4-programpakken. Resultatet består dog kun af RSR-, SRSR- og RSCC-felterne som i edstats med tilføjelse af EDIAm og OPIA og kræver ikke længere at kortkoefficienter er forhåndsberegnede.

En grafisk brugerflade for hurtig analyse af pulverrøntgendiffraktionsbilleder. Programmet tilbyder funktioner til at kalibrere, oprette masker, have mønsteroverlægninger og vise faselinjer.

Fityk er et fleksibelt og portabelt program til ikkelineær tilpasning af analytiske funktioner (særligt spidsformede) af data (som regel eksperimentelle data). Med andre ord til ikkelineær spidsadskillelse og analyse.

Det blev udviklet til at analysere diffraktionsmønstre, men kan også anvendes på andre felter, da begreber og operationer som er specifikke for krystallografi er adskilt fra resten af programmet.

Fityk tilbyder forskellige ikkelineære tilpasningsmetoder, baggrundssubtraktion, datakalibrering, nem placering af spidser og ændring af spidsparametre, automatisering af rutineopgaver med skripter, og meget mere. Den største fordel i programmet er fleksibilitet - parametre fra spidser kan vilkårligt bindes til hinanden, dvs. bredden på en spids kan være en uafhængig variabel, kan være den samme som bredden på en anden spids eller kan være givet af en kompliceret - fælles for alle spidser - formel.

Libjs-sphinxdoc er nødvendig for Javascript-tingene i dokumentationen.

GNOME Crystal er en let modelvisualisering af krystalstrukturer. Programmet er baseret på GNOME Chemistry Utils og bør vise modeller for alle slags mikroskopiske krystalstrukturer, der bruger OpenGL.

Biblioteket hkl er en ramme til diffraktionsberegning og kontrol af diffraktometer, der anvendes i stor stil ved SOLEIL-synkrotonen. Den understøtter forskellige typer af diffraktometer-geometri: Eulersk 4- cirkel, Eulersk 6-cirkel, kappa 4-cirkel, kappa 6-cirkel og z-akse geometri. For hver af disse tilbyder den adskillige numerisk beregnede tilstande, såsom vinkelhalveringslinjen og konstant psi.

Denne pakke tilbyder en grafisk brugerflade oven på biblioteket hkl.

Biblioteket hkl er en ramme til diffraktionsberegning og kontrol af diffraktometer, der anvendes i stor stil ved SOLEIL-synkrotonen. Den understøtter forskellige typer af diffraktometer-geometri: Eulersk 4- cirkel, Eulersk 6-cirkel, kappa 4-cirkel, kappa 6-cirkel og z-akse geometri. For hver af disse tilbyder den adskillige numerisk beregnede tilstande, såsom vinkelhalveringslinjen og konstant psi.

Denne pakke kan bruges af andre pakker, der bruger GIRepository-formatet til at oprette dynamiske bindinger.

The CCP4 software suite is based around a library of routines which cover common tasks, such as file opening, parsing keyworded input, reading and writing of standard data formats, applying symmetry operations, etc. Programs in the suite call these routines which, as well as saving the programmer some effort, ensure that the varied programs in the suite have a similar look-and-feel.

The library contains several sub components:

• CMTZ library -- Contains a variety of functions for manipulating the data structure, for example adding crystals, datasets or columns. The data structure can be dumped to an output MTZ data file.

• CMAP library -- Functions defining the C-level API for accessing CCP4 map files.

• CSYM library -- a collection of functions centered around a data file syminfo.lib which is auto-generated from sgtbx (the Space Group Toolbox of cctbx).

• CCP4 utility library -- many utility functions which either give specific CCP4 or platform independent functionality.

• CCP4 Parser library -- provides CCP4-style parsing, as used for processing keywords of CCP4 programs, MTZ header records, etc.

• CCP4 resizable arrays -- defines an object and methods which looks just like a simple C array, but can be resized at will without incurring excessive overheads.

This package provides the common files for the CCP4 library.

The CCP4 software suite is based around a library of routines which cover common tasks, such as file opening, parsing keyworded input, reading and writing of standard data formats, applying symmetry operations, etc. Programs in the suite call these routines which, as well as saving the programmer some effort, ensure that the varied programs in the suite have a similar look-and-feel.

The library contains several sub components:

• CMTZ library -- Contains a variety of functions for manipulating the data structure, for example adding crystals, datasets or columns. The data structure can be dumped to an output MTZ data file.

• CMAP library -- Functions defining the C-level API for accessing CCP4 map files.

• CSYM library -- a collection of functions centered around a data file syminfo.lib which is auto-generated from sgtbx (the Space Group Toolbox of cctbx).

• CCP4 utility library -- many utility functions which either give specific CCP4 or platform independent functionality.

• CCP4 Parser library -- provides CCP4-style parsing, as used for processing keywords of CCP4 programs, MTZ header records, etc.

• CCP4 resizable arrays -- defines an object and methods which looks just like a simple C array, but can be resized at will without incurring excessive overheads.

Biblioteket hkl er en ramme til diffraktionsberegning og kontrol af diffraktometer, der anvendes i stor stil ved SOLEIL-synkrotonen. Den understøtter forskellige typer af diffraktometer-geometri: Eulersk 4- cirkel, Eulersk 6-cirkel, kappa 4-cirkel, kappa 6-cirkel og z-akse geometri. For hver af disse tilbyder den adskillige numerisk beregnede tilstande, såsom vinkelhalveringslinjen og konstant psi.

Denne pakke tilbyder alt der kræves for at lænke mod hkl.

Biblioteket hkl er en ramme til diffraktionsberegning og kontrol af diffraktometer, der anvendes i stor stil ved SOLEIL-synkrotonen. Den understøtter forskellige typer af diffraktometer-geometri: Eulersk 4- cirkel, Eulersk 6-cirkel, kappa 4-cirkel, kappa 6-cirkel og z-akse geometri. For hver af disse tilbyder den adskillige numerisk beregnede tilstande, såsom vinkelhalveringslinjen og konstant psi.

Denne pakke tilbyder dokumentationen for hkl.

Xylib er et C++-bibliotek for læsning af filer, som indeholde x-y data fra pulverdiffraktion, spektroskopi og andre eksperimentelle metoder.

Denne pakke indeholder et lille program xyconv, der konverterer filer understøttet af xylib-biblioteket til TSV (værdier adskilt af indryk).

Udviklingsfiler for xylib.

Xylib er et C++-bibliotek for læsning af filer, som indeholde x-y data fra pulverdiffraktion, spektroskopi og andre eksperimentelle metoder.

FOX er et program for ab initio-strukturbestemmelse fra pulverdiffraktion (neutroner, X-røntgen). Krystalstrukturen kan beskrives som enhver kombination af atomer, molekyler eller polyedre, uden a priori-information om forbindelsen for disse »byggeklodser«. Fox kan udføre flermønstrede globale optimeringer og automatisk rette specifikke postioner.

FOX kan også bruges i undervisningsformål til at vise krystalstrukturer i 3D med det forbundne pulverdiffraktionsmønster.

PyFAI er et Pythonbibliotek for azimuthal integration; biblioteket giver mulighed for konvertering af diffraktionsbilleder taget med 2D-detektorer såsom CCD-kameraer til X-røntgen pulverbilleder, som kan bruges af andre programmer såsom Rietvelds forfiningsværktøjer (dvs. FullPorf), faseanalyse eller teksturanalyse.

Da PyFAI er et bibliotek, dets hovedformål er at være integreret i andre værktøjer såsom PyMca, LiMa eller EDNA. For at udføre dataanalyse på nettet skal den præcise beskrivelse af den eksperimentelle opsætning være kendt. Dette er årsagen til, at PyFAI inkluderer optimeringskode for geometri der arbejder på »powder rings« fra referenceprøver. Alternativt kan PyFAI også importere geometrier tilpasset med andre værktøjer såsom Fit2D.

PyFAI er blevet designet til at fungere med enhver slags detektor med enhver geometri (transmission, reflektion, off-axis ...). Den bruger Pythonbiblioteket FabIO til at læse de fleste billeder taget af diffractometer.

PyFAI er et Pythonbibliotek for azimuthal integration; biblioteket giver mulighed for konvertering af diffraktionsbilleder taget med 2D-detektorer såsom CCD-kameraer til X-røntgen pulverbilleder, som kan bruges af andre programmer såsom Rietvelds forfiningsværktøjer (dvs. FullPorf), faseanalyse eller teksturanalyse.

Da PyFAI er et bibliotek, dets hovedformål er at være integreret i andre værktøjer såsom PyMca, LiMa eller EDNA. For at udføre dataanalyse på nettet skal den præcise beskrivelse af den eksperimentelle opsætning være kendt. Dette er årsagen til, at PyFAI inkluderer optimeringskode for geometri der arbejder på »powder rings« fra referenceprøver. Alternativt kan PyFAI også importere geometrier tilpasset med andre værktøjer såsom Fit2D.

PyFAI er blevet designet til at fungere med enhver slags detektor med enhver geometri (transmission, reflektion, off-axis ...). Den bruger Pythonbiblioteket FabIO til at læse de fleste billeder taget af diffractometer.

Dette er den fælles dokumentationspakke.

Projektet silx forsøger at tilbyde en samling af Pythonpakker til at understøtte udviklingen af datavurdering, reduktion og analyseprogrammet på synchrotron-strålefaciliteter. Projektet forsøger at tilbyde læs/skriv for forskellige filformater, datareduktionsrutioner og et sæt af Qt-kontroller til at gennemse og visualisere data.

Den nuværende version tilbyder:

• læsning af HDF5-filformatet (med understøttelse af SPEC-filformatet)
• histogrammer
• tilpasning
• 1D- og 2D-visualisering via flere motorer (maplotlib eller OpenGL)
• ensartet browser for HDF5-, SPEC- og billedfilformater der understøtter inspektion og visualisering af n-dimensionelle datasæt
• ensartet fremviser (silx viser filnavn) for filformaterne HDF5, SPEC og billeder
• OpenGl-baseret kontrol til at vise 3D scalar-felt med isooverflade og skæreplan

Dette er den fælles dokumentationspakke.

xrayutilities is a collection of scripts used to analyze x-ray diffraction data. It consists of a Python package and several routines coded in C. It especially useful for the reciprocal space conversion of diffraction data taken with linear and area detectors.

This package includes the manual in HTML format.

BINoculars is a tool for data reduction and analysis of large sets of surface diffraction data that have been acquired with a two-dimensional X-ray detector. The intensity of each pixel of a two-dimensional detector is projected onto a three-dimensional grid in reciprocal-lattice coordinates using a binning algorithm. This allows for fast acquisition and processing of high-resolution data sets and results in a significant reduction of the size of the data set. The subsequent analysis then proceeds in reciprocal space. It has evolved from the specific needs of the ID03 beamline at the ESRF, but it has a modular design and can be easily adjusted and extended to work with data from other beamlines or from other measurement techniques.

This is the Python 3 version of the package.

CodraFT er et generisk signal- og billedbehandlingsprogram baseret på Pythons videnskabelige biblioteker (såsom NumPy, SciPy eller scikit-image) og den Qt-grafiske brugerflade (takket være guidata og guiqwt).

CodraFT står for »CODRA Filtering Tool«.

CodraFT er tilgængelig som et uafhængigt program eller som en udvidelse til dit Python Qt-program takket været avanceret automation og indlejrede funktioner.

DENSS is an algorithm used for calculating ab initio electron density maps directly from solution scattering data. DENSS implements a novel iterative structure factor retrieval algorithm to cycle between real space density and reciprocal space structure factors, applying appropriate restraints in each domain to obtain a set of structure factors whose intensities are consistent with experimental data and whose electron density is consistent with expected real space properties of particles.

DENSS utilizes the NumPy Fast Fourier Transform for moving between real and reciprocal space domains. Each domain is represented by a grid of points (Cartesian), N x N x N. N is determined by the size of the system and the desired resolution. The real space size of the box is determined by the maximum dimension of the particle, D, and the desired sampling ratio. Larger sampling ratio results in a larger real space box and therefore a higher sampling in reciprocal space (i.e. distance between data points in q). Smaller voxel size in real space corresponds to higher spatial resolution and therefore to larger q values in reciprocal space.

Simpel Pythonpakke. Den bruges til at tilbyde adgang til datafiler brugt i regressionstest, men indeholder ikke selv nogle af disse data.

Selvom forudsat til brug i et cctbx/DIALS-miljø for test i DIALS, dxtbx, xia2 og relaterede pakker, så har pakken ingen afhængigheder i hverken cctbx eller DIALS, faktisk er alle afhængigheder eksplicit erklæret i filen setup.py og kan installeres via setuptools/pip-metoder. Dette betyder at dials_data nemt kan bruges i andre projekter med adgang til de samme data, og kan bruges i midlertidige miljøer såsom Travis-containere.

PyFAI er et Pythonbibliotek for azimuthal integration; biblioteket giver mulighed for konvertering af diffraktionsbilleder taget med 2D-detektorer såsom CCD-kameraer til X-røntgen pulverbilleder, som kan bruges af andre programmer såsom Rietvelds forfiningsværktøjer (dvs. FullPorf), faseanalyse eller teksturanalyse.

Da PyFAI er et bibliotek, dets hovedformål er at være integreret i andre værktøjer såsom PyMca, LiMa eller EDNA. For at udføre dataanalyse på nettet skal den præcise beskrivelse af den eksperimentelle opsætning være kendt. Dette er årsagen til, at PyFAI inkluderer optimeringskode for geometri der arbejder på »powder rings« fra referenceprøver. Alternativt kan PyFAI også importere geometrier tilpasset med andre værktøjer såsom Fit2D.

PyFAI er blevet designet til at fungere med enhver slags detektor med enhver geometri (transmission, reflektion, off-axis ...). Den bruger Pythonbiblioteket FabIO til at læse de fleste billeder taget af diffractometer.

Dette er Python 3-versionen af pakken.

Pythonbindinger til ObjCryst++, det objektorienterede krystallografiske bibliotek.

Nogle eksempler tilbyder 3D-understøttelse, der kan bruge python3-ipywidgets.

Denne pakke installerer biblioteket for Python 3.

python implementation of the matrix algorithm for computer modeling of X-ray diffraction (XRD) patterns of disordered lamellar structures. It's goals are to:

• provide an easy user-interface for end-users
• provide basic tools for displaying and manipulating XRD patterns
• produce high-quality (publication-grade) figures
• make modelling of XRD patterns for mixed-layer clay minerals 'easy'
• be free and open-source (open box instead of closed box model)

PyXRD was written with the multi-specimen full-profile fitting method in mind. A direct result is the ability to 'share' parameters among similar phases. This allows for instance to have an air-dry and a glycolated illite-smectite share their coherent scattering domain size, but still have different basal spacings and interlayer compositions for the smectite component. Or play with the di/tri-octahedral composition of a chlorite with ease.

Xrayutilities er en samling af skripter brugt til at analysere røntgenstrålers diffraktionsdata. Samlingen består af en Pythonpakke og flere rutiner kodet i C. Er speciel nyttig for gensidigt rumkonvertering af diffraktionsdata taget med lineære detektorer og arealdetektorer.

Dette er Python 3-versionen af pakken.

Projektet silx forsøger at tilbyde en samling af Pythonpakker til at understøtte udviklingen af datavurdering, reduktion og analyseprogrammet på synchrotron-strålefaciliteter. Projektet forsøger at tilbyde læs/skriv for forskellige filformater, datareduktionsrutioner og et sæt af Qt-kontroller til at gennemse og visualisere data.

Den nuværende version tilbyder:

• læsning af HDF5-filformatet (med understøttelse af SPEC-filformatet)
• histogrammer
• tilpasning
• 1D- og 2D-visualisering via flere motorer (maplotlib eller OpenGL)
• ensartet browser for HDF5-, SPEC- og billedfilformater der understøtter inspektion og visualisering af n-dimensionelle datasæt
• ensartet fremviser (silx viser filnavn) for filformaterne HDF5, SPEC og billeder
• OpenGl-baseret kontrol til at vise 3D scalar-felt med isooverflade og skæreplan

Denne pakke bruger Python 3-versionen af pakken.

Nebula is a scalable overlay networking tool with a focus on performance, simplicity and security. It is intended to be more robust than current virtual networking solutions by providing peer-to-peer connectivity and NAT traversal mechanisms. Nebula uses state-of-the-art cryptography based on the "Noise" protocol.

This package provide the binaries and default configuration for Nebula.

PyNX stands for Python tools for Nano-structures Crystallography. It is a python library with the following main modules:

1) pynx.scattering: X-ray scattering computing using graphical processing units, allowing up to 2.5x10^11 reflections/atoms/seconds (single nVidia Titan X). The sub-modulepynx.scattering.gid can be used for Grazing Incidence Diffraction calculations, using the Distorted Wave Born Approximation

2) pynx.ptycho : simulation and analysis of experiments using the ptychography technique, using either CPU (deprecated) or GPU using OpenCL. Examples are available in the pynx/Examples directory. Scripts for analysis of raw data from beamlines are also available, as well as using or producing ptychography data sets in CXI (Coherent X-ray Imaging) format.

3) pynx.wavefront: X-ray wavefront propagation in the near, far field, or continuous (examples available at the end of wavefront.py). Also provided are sub-modules for Fresnel propagation and simulation of the illumination from a Fresnel Zone Plate, both using OpenCL for high performance computing.

4) pynx.cdi: Coherent Diffraction Imaging reconstruction algorithms using GPU.

In addition, it includes :doc:scripts <scripts/index> for command-line processing of ptychography data from generic CXI data (pynx-ptycho-cxi) or specific to beamlines (pynx-ptycho-id01, pynx-ptycho-id13,...).

MoviePy is a Python library for video editing: cutting, concatenations, title insertions, video compositing (a.k.a. non-linear editing), video processing, and creation of custom effects.