Debian Med Project
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Summary
Psychology
Debian Med - Psychologie-Pakete

Diese Metapaket enthält Abhängigkeiten für eine Softwaresammlung, die für die psychologische Forschung nützlich sein könnte.

Description

For a better overview of the project's availability as a Debian package, each head row has a color code according to this scheme:

If you discover a project which looks like a good candidate for Debian Med to you, or if you have prepared an unofficial Debian package, please do not hesitate to send a description of that project to the Debian Med mailing list

Links to other tasks

Debian Med Psychology packages

Official Debian packages with high relevance

orthanc-neuro
Neuroimaging plugin for Orthanc
Versions of package orthanc-neuro
ReleaseVersionArchitectures
trixie1.1+dfsg-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
bookworm1.0-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid1.1+dfsg-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
Popcon: 8 users (0 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

This package installs a plugin for Orthanc, the lightweight, RESTful Vendor Neutral Archive for medical imaging. This plugin adds support for neuroimaging in Orthanc, notably to easily convert from DICOM to NIfTI.

Please cite: Sebastien Jodogne: The Orthanc Ecosystem for Medical Imaging. J Digit Imaging (2018)
praat
Programm zur Sprachanalyse und -synthese
Versions of package praat
ReleaseVersionArchitectures
bullseye6.1.38-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster6.0.48-1amd64,arm64,i386
stretch6.0.23-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie5.4.0-1amd64,armel,armhf,i386
sid6.4.23+dfsg-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
bookworm6.3.07-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Debtags of package praat:
fieldlinguistics
interfacex11
roleprogram
scopeapplication
uitoolkitmotif
works-withaudio
x11application
Popcon: 19 users (23 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Laut den Autoren, macht praat Phonetik durch den Computer (frei übersetzt von »doing phonetics by computer«). Durch die grafische Oberfläche sind verschiedene Funktionalitäten zur Sprachanalyse vorhanden: Spektrogramme, Cochleogramme sowie Pitch- und Formant-Extraktion. Artikulationssythese als auch Synthesen von Pitch, Formant und Intensität sind ebenfalls verfügbar. Andere Fähigkeiten sind Segmentierung, Kennzeichnungen, die die Lautschrift benutzen und Berechnung von Statistiken. Praat ist konfigurier- und durch die eigene Skriptsprache erweiterbar und hat Vorkehrungen, um mit anderen Programmen zu kommunizieren.

Please cite: Paul Boersma: Praat, a system for doing phonetics by computer. Glot International 5(9/10):341-345 (2001)
Screenshots of package praat
psignifit
Fitting and testing hypotheses about psychometric functions
Versions of package psignifit
ReleaseVersionArchitectures
bullseye2.5.6-7amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid2.5.6-8amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
trixie2.5.6-8amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
bookworm2.5.6-8amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster2.5.6-5amd64,arm64,armhf,i386
stretch2.5.6-3.1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie2.5.6-3amd64,armel,armhf,i386
Debtags of package psignifit:
fieldstatistics
interfacecommandline
roleprogram
Popcon: 3 users (5 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Psignifit allows fitting of psychometric functions to datasets while maintaining full control over a large number of parameters. Data can either be read from text files or passed through a pipe.

Psignifit performs the calculation of confidence intervals as well as goodness-of-fit tests.

This is the command line version.

Please note: This is the legacy version 2.x of psignifit.

Screenshots of package psignifit
psychopy
Umgebung zur Erstellung psychologischer Reize in Python
Versions of package psychopy
ReleaseVersionArchitectures
stretch1.83.04.dfsg-2all
sid2023.2.4+dfsg-3all
bullseye2020.2.10+dfsg-2all
upstream2024.2.4
Popcon: 0 users (1 upd.)*
Newer upstream!
License: DFSG free
Git

PsychoPy bietet eine Umgebung um psychologische Reize unter Verwendung der Skriptsprache Python zu erstellen. Sie kombiniert die grafischen Stärken von OpenGL mit der einfachen Syntax von Python, um der Psychophysik ein freies und einfaches Präsentations- und Kontrollpaket für Reize bereit zu stellen.

Das Ziel ist es, dem geschäftigen Wissenschaftler Werkzeuge zur Kontrolle von Zeitnehmung und Windowing sowie einen einfachen Satz von vorgefertigten Reizen und Methoden zu liefern. Die Merkmale von PsychoPy:

  • IDE mit grafischer Oberfläche für die Codierung mit einer mächtigen Skriptsprache (Python)
  • grafische Oberfläche für die schnelle Entwicklung von Stimulationssequenzen
  • verwendet hardwarebeschleunigte Grafik (OpenGL)
  • einfache Monitorkalibrierung bei Spectrascan PR650 durch gute Integration
  • einfache Routinen für die Staircase-Methode und die Methode der konstanten Stimuli sowie für Ausgleichsrechnungen und Bootstrapping
  • einfache (oder komplexe) GUIs mittels wxPython
  • einfache Schnittstelle für Joysticks, Mäuse, Soundkarten etc. mittels PyGame
  • Abspielen von Filmen (MPG, DivX, AVI, QuickTime) als Reize
The package is enhanced by the following packages: python-pyoptical
Please cite: Jonathan W.Peirce: PsychoPy—Psychophysics software in Python. Journal of Neuroscience Methods 162(1-2):8-13 (2007)
Screenshots of package psychopy
python3-bioxtasraw
process biological small angle scattering data
Versions of package python3-bioxtasraw
ReleaseVersionArchitectures
bookworm2.1.1-4amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el
sid2.3.0-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64
Popcon: 2 users (0 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

BioXTAS RAW is a GUI based, Python program for reduction and analysis of small-angle X-ray solution scattering (SAXS) data. The package is designed for biological SAXS data.

BioXTAS RAW provides an alternative to closed source programs such as Primus and Scatter for primary data analysis. Because it can calibrate, mask, and integrate images it also provides an alternative to synchrotron beamline pipelines that scientists can install on their own computers and use both at home and at the beamline.

r-cran-foreign
GNU-R-Paket zum Lesen/Schreiben von anderen Statistiksystemen
Maintainer: Dirk Eddelbuettel
Versions of package r-cran-foreign
ReleaseVersionArchitectures
bookworm0.8.84-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie0.8.61-1amd64,armel,armhf,i386
stretch0.8.67-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster0.8.71-1amd64,arm64,armhf,i386
bullseye0.8.81-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid0.8.87-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
trixie0.8.87-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
Debtags of package r-cran-foreign:
devellang:r, library
fieldstatistics
roleapp-data
suitegnu
useconverting
Popcon: 685 users (451 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Dieses Paket bietet Funktionen für das Lesen und Schreiben von Daten, die von anderen Statistikpaketen wie Minitab, S, SAS, SPSS, Stata, … gespeichert wurden.

Dieses Paket ist Teil des Satzes der Pakete, die von »R Core« empfohlen werden und wird mit Original-Quellcode-Releases von R verteilt.

r-cran-psy
GNU-R-Prozeduren für die Psychometrie
Versions of package r-cran-psy
ReleaseVersionArchitectures
bullseye1.1-5all
buster1.1-4all
sid1.2-1all
stretch1.1-2all
jessie1.1-1all
trixie1.2-1all
bookworm1.2-1all
Debtags of package r-cran-psy:
devellang:r, library
fieldmedicine, statistics
interfacecommandline
roleshared-lib
scopeutility
useanalysing, viewing
Popcon: 20 users (7 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Dieses Paket enthält etliche Prozeduren, die in der Psychometrie und bei der Skalierung angewendet werden, unter anderem:

  • Cohens Kappa und gewichtetes Kappa (Test der Übereinstimmung von Einschätzungen zweier Beurteiler)
  • Cronbachs Alpha (ein Test der Itemreliabilität)
  • Fokussierte Hauptkomponentenanalyse
  • Intra-Klassen-Korrelationskoeffizienten
  • Lights Kappa (Test der Übereinstimmung von Einschätzungen von n Beurteilern)
  • Screeplots und grafische Darstellungen von Hauptkomponenten
Remark of Debian Med team: r-cran-psy is orphaned upstream.

Hint to users of statistical psychological software. This package seems to be orphaned upstream. There are several related packages at CRAN for instance. See the list of prospective packages below and drop the Debian Med team a note if you are interested in one of them.

r-cran-psych
GNU R procedures for psychological, psychometric, and personality research
Versions of package r-cran-psych
ReleaseVersionArchitectures
sid2.4.1-1all
stretch-backports1.8.12-1~bpo9+1all
bullseye2.0.12-1all
trixie2.4.1-1all
bookworm2.2.9-1all
buster1.8.12-1all
upstream2.4.6.26
Popcon: 60 users (19 upd.)*
Newer upstream!
License: DFSG free
Git

This GNU R package provides a general purpose toolbox for personality, psychometric theory and experimental psychology. Functions are primarily for multivariate analysis and scale construction using factor analysis, principal component analysis, cluster analysis and reliability analysis, although others provide basic descriptive statistics. Item Response Theory is done using factor analysis of tetrachoric and polychoric correlations. Functions for analyzing data at multiple levels include within and between group statistics, including correlations and factor analysis. Functions for simulating and testing particular item and test structures are included. Several functions serve as a useful front end for structural equation modeling. Graphical displays of path diagrams, factor analysis and structural equation models are created using basic graphics. Some of the functions are written to support a book on psychometric theory as well as publications in personality research.

r-cran-psychometric
GNU R applied psychometric theory
Versions of package r-cran-psychometric
ReleaseVersionArchitectures
sid2.4-1all
bookworm2.3-1all
trixie2.4-1all
bullseye2.2-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Popcon: 5 users (3 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Contains GNU R functions useful for correlation theory, meta-analysis (validity-generalization), reliability, item analysis, inter-rater reliability, and classical utility.

r-cran-psychotree
GNU R recursive partitioning based on psychometric models
Versions of package r-cran-psychotree
ReleaseVersionArchitectures
trixie0.16-0-1all
sid0.16-0-1all
bookworm0.16-0-1all
bullseye0.15-3-2all
upstream0.16-1
Popcon: 22 users (48 upd.)*
Newer upstream!
License: DFSG free
Git

Recursive partitioning based on psychometric models, employing the general MOB algorithm (from package partykit) to obtain Bradley-Terry trees, Rasch trees, rating scale and partial credit trees, and MPT trees.

r-cran-psyphy
functions for analyzing psychophysical data in GNU R
Versions of package r-cran-psyphy
ReleaseVersionArchitectures
sid0.3-1all
trixie0.3-1all
bookworm0.2-3-1all
bullseye0.2-2-1all
Popcon: 3 users (3 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

An assortment of functions that could be useful in analyzing data from psychophysical experiments. It includes functions for calculating d' from several different experimental designs, links for m-alternative forced- choice (mafc) data to be used with the binomial family in glm (and possibly other contexts) and self-Start functions for estimating gamma values for CRT screen calibrations.

Official Debian packages with lower relevance

python-pyepl
Python-Modul zum Entwurf psychologischer Experimente
Versions of package python-pyepl
ReleaseVersionArchitectures
buster1.1.0+git12-g365f8e3-3amd64,arm64,armhf,i386
jessie1.1.0+git12-g365f8e3-2amd64,armel,armhf,i386
Debtags of package python-pyepl:
devellang:python
hardwareinput, input:keyboard, input:mouse, video
interfacecommandline, x11
officepresentation
roledevel-lib, program
scopesuite
soundplayer
usemonitor, playing, viewing
works-withpeople
x11application
Popcon: 1 users (0 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

PyEPL ist ein Werkzeugsatz für die experimentelle Erfassung von Reizen und Reaktionen. Einsatzmöglichkeiten sind primär der Entwurf psychologischer Untersuchungen, aber auch Probleme z.B. in Neurowissenschaften und Marktforschung können damit untersucht werden.

Er bietet

  • Darstellung: visuelle und auditive Reize
  • mit einem Zeitstempel versehene Erfassung von Reaktionen: sowohl manuell (Tastatur/Joystick) als auch Ton (Mikrofon)
  • Sync-Taktung: Synchronisierung Ihres Verhaltensexperiments mit externer Hardware für die Datenerfassung
  • flexible Codierung verschiedener Experimente durch den Einsatz von Python als Beschreibungssprache
  • schnelle Ausführung zeitkritischer Aufgaben durch Aufruf kompilierter Bibliotheken

Dieser Werkzeugkasten soll eine Alternative für ein weit verbreitetes kommerzielles Produkt E' (E-Prime) sein.

Dieses Paket enthält PyEPL für die unterstützten Python-Versionen.

The package is enhanced by the following packages: python-pyoptical
python3-bids-validator
validator for the Brain Imaging Data Structure (BIDS) datasets
Versions of package python3-bids-validator
ReleaseVersionArchitectures
trixie1.14.5-1all
bullseye1.6.0-1all
bookworm1.9.9-1all
sid1.14.5-1all
Popcon: 0 users (0 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

This package contains a Python module to validate BIDS (Brain Imaging Data Structure) datasets. It does not contain original bids-validator command line tool (written in JS).

python3-bmtk
development package for building, simulating and analysing large-scale networks
Versions of package python3-bmtk
ReleaseVersionArchitectures
bullseye0.0+git20210109.8572664+ds-1amd64
bookworm1.0.6+ds-1amd64
trixie1.1.1+ds-2amd64
sid1.1.1+ds-2amd64
Popcon: 0 users (1 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

The brain modelling toolkit is a software development package for building, simulating and analysing large-scale networks of different levels of resolution.

python3-pynwb
Python library for working with Neurodata in the NWB format
Versions of package python3-pynwb
ReleaseVersionArchitectures
buster0.5.1-1all
sid2.8.2-2all
trixie2.8.2-2all
Popcon: 0 users (0 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

PyNWB is a Python package for working with NWB files. It provides a high-level API for efficiently working with Neurodata stored in the NWB format.

Neurodata Without Borders: Neurophysiology (NWB:N) is a project to develop a unified data format for cellular-based neurophysiology data, focused on the dynamics of groups of neurons measured under a large range of experimental conditions.

science-psychophysics
Debian Science - Psychophysik-Pakete
Versions of package science-psychophysics
ReleaseVersionArchitectures
buster1.10all
sid1.14.6all
jessie1.4all
stretch1.7all
trixie1.14.6all
bookworm1.14.5all
bullseye1.14.2all
Debtags of package science-psychophysics:
rolemetapackage
suitedebian
Popcon: 1 users (1 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Dieses Metapaket installiert Debian-Pakete, die für die Durchführung von Experimenten zu physischen Reizen und ihren psychologischen Auswirkungen hilfreich sein können.

Die Auswahl der Pakete zielt auf Software zur Stimulusabgabe ab. Weitere Software zur Analyse der erfassten Daten finden Sie je nach Anwendungsbereich in den Paketen science-neuroscience-cognitive und med-imaging. Schauen Sie sich außerdem science-bci an, da diese häufig einen vollständigen Loop-Rahmen einschließlich der Stimulusabgabe bieten.

*Popularitycontest results: number of people who use this package regularly (number of people who upgraded this package recently) out of 246672