Debian Fun Covid-19 packages

ABACAS (Algorithm Based Automatic Contiguation of Assembled Sequences) przeznaczony jest do szybkiej obsługi przylegania połączonych sekwencji (wyrównania, uporządkowania, orientacji), wizualizacji i projektowania primerów w celu zlikwidowania odstępów w podwójnie połączonych sekwencjach przylegających (kontigach) opartych na sekwencji referencyjnej.

ABACAS używa systemu Mummer aby znaleźć miejsca wyrównania i zidentyfikować synteny gotowych sekwencji przylegających w stosunku do punktu odniesienia. Wynik jest następnie przetwarzany w celu wygenerowania pseudomolekuł składanych z nakładających się sekwencji przylegających i uwzględnionych odstępów. ABACAS generuje plik porównywania, który można wykorzystać do wizualizacji uporządkowania i orientacji sekwencji przylegających za pomocą narzędzia ACT. Synteny jest reprezentowane przez czerwone paski, w których intensywność koloru maleje wraz z mniejszymi wartościami procentowymi zbieżności pomiędzy porównywalnymi blokami. Informacje na temat sekwencji przylegających takich jak orientacja, procentowa zbieżność, zasięg i pokrywanie się z innymi sekwencjami przylegającymi mogą być również wizualizowane przez załadowanie pliku wyprowadzanej funkcji w programie ACT.

BWA is a software package for mapping low-divergent sequences against a large reference genome, such as the human genome. It consists of three algorithms: BWA-backtrack, BWA-SW and BWA-MEM. The first algorithm is designed for Illumina sequence reads up to 100bp, while the rest two for longer sequences ranged from 70bp to 1Mbp. BWA-MEM and BWA-SW share similar features such as long-read support and split alignment, but BWA-MEM, which is the latest, is generally recommended for high-quality queries as it is faster and more accurate. BWA-MEM also has better performance than BWA-backtrack for 70-100bp Illumina reads.

Reads one (or more) alignment files (sorted BAM) and prints a BED with the coverage. It will join consecutive bases with the same coverage, and can be used to only print a BED file with the regions having a specific coverage range.

Acacia is a java program developed to quickly and conservatively correct errors, whilst simultaneously de-replicating, amplicon sequences.

The main purpose of Acacia is to correct the over-call, under-call errors prevalent in Roche 454 GS-FLX data, and more recently, with the Titanium chemistry. Acacia will only ectively correct errors in amplicons - as it assumes that the 5' end of the sequences start at the same position, the MID, followed by the primer. Acacia uses empirically-derived models to identify homopolymer regions where there are more `errors' than expected by chance - these imply that the differences are due to population differences rather than error-induced polymorphisms.

Nat Methods. 2012 Apr 27;9(5):425-6. doi: 10.1038/nmeth.1990. Fast, accurate error-correction of amplicon pyrosequences using Acacia. Bragg L, Stone G, Imelfort M, Hugenholtz P, Tyson GW.