Debian Fun Covid-19 packages

ABACAS (Algorithm Based Automatic Contiguation of Assembled Sequences) er lavet for hurtig at få kontakt (juster, rækkefølge, orienter), visualisere og designe primere til at lukke gab på shotgun-sammensatte »contig«'er baseret på en referencesekvens.

ABACAS bruger MUMmer til at finde justeringspositioner og identificere syntenier af samlede contig'er mod referencen. Resultatet behandles så for at oprette et pseudomolekyle, der tager højde for overlappende contig'er og gap. ABACAS opretter en sammenligningsfil, som kan bruges til at visualisere ordnede og orienterede contig'er i ACT. Synteni er repræsenteret af røde bjælker, hvor farveintensiteten formindsker med lavere værdier procentidentitet mellem sammenlignelige blokke. Information om contig'er såsom orienteringen, procentidentitet, dækning og overlapning med andre contig'er kan også visualiseres ved at indlæse resultatfunktionsfil på ACT.

Burrows-Wheeler Aligner (BWA) er en programpakke, for oversættelse af lavafvigende sekvenser mod en stor referencearvemasse, såsom den menneskelige arvemasse. Den består af tre algoritmer: BWA-backtrack, BWA-SW og BWA-MEM. Den første algoritme er designet for Illunina-sekvenslæsninger op til 100 bp, mens de sidste to er for længere sekvenser fra 70 bp til 1 Mbp. BWA-MEM og BWA-SW deler funktioner såsom understøttelse af long-read og opdelingssammenligning, men BWA-MEM, som er den seneste, anbefales generelt for højkvalitets forespørgsler, da den er hurtigere og mere præcis. BWA-MEM har også bedre ydelse end BWA-backtrack for 70-100 bp Illumina-læsninger.

Reads one (or more) alignment files (sorted BAM) and prints a BED with the coverage. It will join consecutive bases with the same coverage, and can be used to only print a BED file with the regions having a specific coverage range.

Acacia is a java program developed to quickly and conservatively correct errors, whilst simultaneously de-replicating, amplicon sequences.

The main purpose of Acacia is to correct the over-call, under-call errors prevalent in Roche 454 GS-FLX data, and more recently, with the Titanium chemistry. Acacia will only ectively correct errors in amplicons - as it assumes that the 5' end of the sequences start at the same position, the MID, followed by the primer. Acacia uses empirically-derived models to identify homopolymer regions where there are more `errors' than expected by chance - these imply that the differences are due to population differences rather than error-induced polymorphisms.

Nat Methods. 2012 Apr 27;9(5):425-6. doi: 10.1038/nmeth.1990. Fast, accurate error-correction of amplicon pyrosequences using Acacia. Bragg L, Stone G, Imelfort M, Hugenholtz P, Tyson GW.