DebiChem Project
Summary
Cheminformatics
DebiChem Cheminformatics

Questo metapacchetto installa i pacchetti di informatica chimica utili per i chimici.

Description

For a better overview of the project's availability as a Debian package, each head row has a color code according to this scheme:

If you discover a project which looks like a good candidate for DebiChem to you, or if you have prepared an unofficial Debian package, please do not hesitate to send a description of that project to the DebiChem mailing list

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DebiChem Cheminformatics packages

Official Debian packages with high relevance

libcdk-java
librerie Java Chemistry Development Kit (CDK)
Versions of package libcdk-java
ReleaseVersionArchitectures
trixie2.9-1all
bookworm2.8-2all
bullseye2.3.134.g1bb9a64587-2all
stretch1.2.10-6all
jessie1.2.10-6all
sid2.9-1all
buster1.2.10-7all
Debtags of package libcdk-java:
devellang:java, library
fieldchemistry
roledevel-lib
Popcon: 3 users (3 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

CDK è una libreria di classi Java utilizzate in chimica computazionale e informatica, e in bioinformatica. Include strumenti per rendering, IO su file, generazione/analisi di SMILES, algoritmi per sottostruttura massima comune, fingerprinting e molto, molto altro.

Please cite: C. Steinbeck, Y. Han, S. Kuhn, O. Horlacher, E. Luttmann and E. L. Willighagen: The Chemistry Development Kit (CDK): An Open-Source Java Library for Chemo- and Bioinformatics. (2003)
libchemicaltagger-java
tool for semantic text-mining in chemistry
Versions of package libchemicaltagger-java
ReleaseVersionArchitectures
sid1.6.2-4all
trixie1.6.2-4all
bookworm1.6.2-2all
Popcon: 0 users (0 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

ChemicalTagger parser is a medium-depth, phrase-based semantic NLP tool for the language of chemical experiments. Tagging is based on a modular architecture and uses a combination of OSCAR, domain-specific regex and English taggers to identify parts-of-speech. The ANTLR grammar is used to structure this into tree-based phrases.

Please cite: Lezan Hawizy, David M Jessop, Nico Adams and Peter Murray-Rust: ChemicalTagger: A tool for semantic text-mining in chemistry. Journal of Cheminformatics 3(1) (2011)
libinchi-bin
algoritmo InChI (International Chemical Identifier) (eseguibile)
Versions of package libinchi-bin
ReleaseVersionArchitectures
trixie1.07.1+dfsg-5amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
bookworm1.03+dfsg-4amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid1.07.1+dfsg-5amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
Popcon: 1 users (1 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

InChI (International Chemical Identifier) è un algoritmo open source di rappresentazione della struttura chimica.

Gli InChI sono stringhe di testo contenenti vari livelli e sottolivelli di informazioni separati da barre ("/"). Ogni stringa InChI inizia con il numero di versione di InChI, seguito dal livello principale. Tale livello principale contiene sottolivelli per formula chimica, connessioni tra atomi e atomi di idrogeno. A seconda della struttura della molecola, il livello principale può essere seguito da livelli aggiuntivi, ad esempio per carica, informazioni stereochimiche o su isotopi.

Questo pacchetto contiene l'eseguibile inchi_main.

libjni-inchi-java
Java Native Interface wrapper for InChI
Versions of package libjni-inchi-java
ReleaseVersionArchitectures
sid0.8+dfsg-8all
bullseye0.8+dfsg-6all
trixie0.8+dfsg-8all
bookworm0.8+dfsg-7all
Popcon: 53 users (48 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

JNI-InChI provides JNI (Java Native Interface) wrappers for the InChI (International Chemical Identifier) C library distributed by IUPAC. All of the features from the InChI libarary are supported:

  • Standard and Non-Standard InChI generation from structures with 3D, 2D, or no coordinates
  • Structure generation (without coordinates) from InChI
  • InChIKey generation
  • Check InChI / InChIKey
  • InChI-to-InChI conversion
  • AuxInfo to InChI input
  • Access to the full range of options supported by InChI
  • Full support for InChI's handling of stereochemistry
libopenchemlib-java
framework providing cheminformatics core functionality
Versions of package libopenchemlib-java
ReleaseVersionArchitectures
bullseye2021.2.0+dfsg-1all
bookworm2023.1.1+dfsg-1all
sid2023.1.1+dfsg-1all
trixie2023.1.1+dfsg-1all
upstream2024.11.2
Popcon: 0 users (0 upd.)*
Newer upstream!
License: DFSG free
Git

OpenChemLib is Java based framework providing cheminformatics core functionality and user interface components. Its main focus is on organics chemistry and small molecules. It is built around a StereoMolecule class, which represents a molecule using atom and bond tables, provides atom neighbours, ring and aromaticity information, and supports MDL's concept of enhanced stereo representation. Additional classes provide, 2D-depiction, descriptor calculation, molecular similarity and substructure search, reaction search, property prediction, conformer generation, support for molfile and SMILES formats, energy minimization, ligand-protein interactions, and more. OpenChemLib's idcode represents molecules, fragments or reactions as canonical, very compact string that includes stereo and query features.

Different to other cheminformatics frameworks, OpenChemLib also provides user interface components that allow one to easily embed chemical functionality into Java applications, e.g. to display or edit chemical structures or reactions.

libopsin-java
convertitore da nome chimico a struttura
Versions of package libopsin-java
ReleaseVersionArchitectures
trixie2.8.0-1all
jessie1.5.0-1all
stretch1.5.0-1all
buster2.3.1-1all
bullseye2.5.0-1all
bookworm2.7.0-2all
sid2.8.0-1all
Popcon: 0 users (0 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

OPSIN (Open Parser for Systematic IUPAC Nomenclature) converte nomi di composti IUPAC in informazioni chimiche semantiche e produce in output una struttura come CML (Chemical Markup Language), SMILES o InChI.

Questo pacchetto contiene la libreria Java.

liboscar4-java
automated annotation of chemistry in scientific articles
Versions of package liboscar4-java
ReleaseVersionArchitectures
bookworm5.2.0+dfsg-2all
sid5.2.0+dfsg-2all
trixie5.2.0+dfsg-2all
Popcon: 0 users (0 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

OSCAR (Open Source Chemistry Analysis Routines) is an open source extensible system for the automated annotation of chemistry in scientific articles. It can be used to identify chemical names, reaction names, ontology terms, enzymes and chemical prefixes and adjectives, and chemical data such as state, yield, IR, NMR and mass spectra and elemental analyses. In addition, where possible, any chemical names detected will be annotated with structures derived either by lookup, or name-to-structure parsing using OPSIN or with identifiers from the ChEBI (Chemical Entities of Biological Interest) ontology.

Please cite: David M Jessop, Sam E Adams, Egon L Willighagen, Lezan Hawizy and Peter Murray-Rust: OSCAR4: a flexible architecture for chemical text-mining. Journal of Cheminformatics 3(1) (2011)
openbabel
cassetta degli attrezzi con utilità per la chimica (cli)
Versions of package openbabel
ReleaseVersionArchitectures
jessie2.3.2+dfsg-2amd64,armel,armhf,i386
buster2.4.1+dfsg-3amd64,arm64,armhf,i386
sid3.1.1+dfsg-11amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
trixie3.1.1+dfsg-11amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
bullseye3.1.1+dfsg-6amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bookworm3.1.1+dfsg-9amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
stretch2.3.2+dfsg-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Debtags of package openbabel:
fieldchemistry
interfacecommandline
roleprogram
scopeutility
useconverting
Popcon: 63 users (53 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Open Babel è una cassetta degli attrezzi per la chimica progettata per capire i molti linguaggi dei dati chimici. Permette di cercare, convertire, analizzare o archiviare dati relativi ai campi dei modelli molecolari, chimica, materiali in stato solido, biochimica o aree correlate. Tra le sue funzionalità sono incluse:

  • aggiunta e cancellazione di idrogeni;
  • supporto per meccanica molecolare;
  • supporto per sintassi SMARTS per corrispondenze molecolari;
  • rilevamento automatico di caratteristiche (anelli, legami, ibridizzazioni, aromaticità);
  • tipizzatore flessibile per atomi e rilevazione di legami multipli dalle coordinate atomiche;
  • calcolo della carica parziale con metodo Gasteiger-Marsili.

I formati di file supportati da Open Babel includono PDB, XYZ, CIF, CML, SMILES, MDL Molfile, ChemDraw, Gaussian, GAMESS, MOPAC e MPQC.

Questo pacchetto include le seguenti utilità:

  • obabel: converte tra diversi formati di file relativi alla chimica;
  • obenergy: calcola l'energia di una molecola;
  • obminimize: ottimizza la geometria, minimizza l'energia di una molecola;
  • obgrep: programma di ricerca di molecole che usa modelli SMARTS;
  • obgen: genera le coordinate 3D per una molecola;
  • obprop: stampa proprietà standard delle molecole;
  • obfit: sovrappone due molecole in base ad un modello;
  • obrotamer: genera coordinate conformero/rotamero;
  • obconformer: genera conformeri a bassa energia;
  • obchiral: stampa informazioni sulla chiralità delle molecole;
  • obrotate: ruota gli angoli diedri delle molecole in modalità non interattiva;
  • obprobe: crea una griglia di sonde elettrostatiche.
Screenshots of package openbabel
osra
riconoscimento ottico di strutture
Versions of package osra
ReleaseVersionArchitectures
trixie2.1.3-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
bookworm2.1.3-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid2.1.3-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
Popcon: 1 users (0 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

OSRA è un'utilità progettata per convertire rappresentazioni grafiche di strutture chimiche, come appaiono su articoli di riviste, documenti di brevetti, libri di testo, riviste specializzate, ecc., in SMILES (Simplified Molecular Input Line Entry Specification), un formato per strutture molecolari leggibile da computer. OSRA può leggere un documento in uno qualsiasi dei più di 90 formati grafici analizzabili da ImageMagick, inclusi GIF, JPEG, PNG, TIFF, PDF, PS, ecc., e genera la rappresentazione SMILES delle immagini di strutture molecolari incontrate nel documento.

python3-indigo
toolkit per chimica organica (modulo Python)
Versions of package python3-indigo
ReleaseVersionArchitectures
sid1.2.3-3.1all
bullseye1.2.3-3.1all
bookworm1.2.3-3.1all
trixie1.2.3-3.1all
Popcon: 3 users (0 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Indigo è un ambiente software basato sul C++ per chimica organica e chemioinformatica. Le funzionalità includono:

  • rendering di molecole e reazioni incluso il supporto per SVG;
  • disposizione automatica di molecole e reazioni rappresentate in SMILES;
  • calcolo canonico (isomerico) di SMILES;
  • corrispondenza esatta, corrispondenza di sottostrutture, corrispondenza SMARTS;
  • corrispondenza di tautomeri e strutture di risonanza;
  • calcolo di similarità delle molecole, impronte digitali delle molecole;
  • veloce enumerazione di anelli SSSR, sottoalberi e sottografi di margini;
  • calcolo di formula molecolare, peso molecolare;
  • rilevamento di scaffold e deconvoluzione R-Group;
  • calcolo della sottostruttura comune massima esatta per un numero arbitrario di strutture di input;
  • chimica combinatoria;
  • supporto per plugin nell'API.

I formati di file supportati da Indigo includono MDL Mol, SDF, RDF, CML, SMILES e SMARTS.

Questo pacchetto contiene i moduli Python.

python3-openbabel
libreria della cassetta degli attrezzi per la chimica (collegamenti Python)
Versions of package python3-openbabel
ReleaseVersionArchitectures
bookworm3.1.1+dfsg-9amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye3.1.1+dfsg-6amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid3.1.1+dfsg-11amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
trixie3.1.1+dfsg-11amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
Popcon: 17 users (14 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Open Babel è una cassetta degli attrezzi per la chimica progettata per capire i molti linguaggi dei dati chimici. Permette di cercare, convertire, analizzare o archiviare dati relativi ai campi dei modelli molecolari, chimica, materiali in stato solido, biochimica o aree correlate. Tra le sue funzionalità sono incluse:

  • aggiunta e cancellazione di idrogeni;
  • supporto per meccanica molecolare;
  • supporto per sintassi SMARTS per corrispondenze molecolari;
  • rilevamento automatico di caratteristiche (anelli, legami, ibridizzazioni, aromaticità);
  • tipizzatore flessibile per atomi e rilevazione di legami multipli dalle coordinate atomiche;
  • calcolo della carica parziale con metodo Gasteiger-Marsili.

I formati di file supportati da Open Babel includono PDB, XYZ, CIF, CML, SMILES, MDL Molfile, ChemDraw, Gaussian, GAMESS, MOPAC e MPQC.

Questo pacchetto contiene i collegamenti per Python.

python3-rdkit
raccolta di software per chemioinformatica e apprendimento automatico
Versions of package python3-rdkit
ReleaseVersionArchitectures
sid202309.3-7amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
bullseye202009.4-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bookworm202209.3-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
upstream202409.2
Popcon: 33 users (0 upd.)*
Newer upstream!
License: DFSG free
Git

RDKit è un ambiente software per chemioinformatica e apprendimento automatico basato su Python/C++. Le funzionalità includono:

  • gestione e trasformazione di reazioni chimiche,
  • ricerca di sottostrutture con SMARTS,
  • SMILES canonico,
  • allineamento molecola-molecola,
  • un vasto numero di descrittori molecolari, inclusi topologici, di composizione, EState, SlogP/SMR, VSA e vettori Feature-map,
  • frammentazione usando le regole RECAP,
  • generazione e descrizione di coordinate 2D, inclusa descrizione con vincoli,
  • generazione di coordinate 3D usando l'incorporazione di geometria,
  • campi di forza UFF e MMFF94,
  • gestione della chiralità, incluso calcolo di codici (R/S) stereochimici,
  • ricerca di farmacofori 2D,
  • impronte digitali, inclusi stile Daylight, di coppie di atomi, torsioni topologiche, algoritmo di Morgan e chiavi MACCS,
  • calcolo di similarità di forma,
  • massima sottostruttura comune multimolecola,
  • apprendimento automatico con algoritmi di teoria dell'informazione e clustering,
  • calcolo della carica parziale di Gasteiger-Marsili.

I formati di file gestiti da RDKit includono MDL Mol, PDB, SDF, TDT, SMILES e il formato binario di RDKit.

Registry entries: SciCrunch 
smiles-scripts
strumenti a riga di comando per gestire descrittori SMILES
Versions of package smiles-scripts
ReleaseVersionArchitectures
sid0.2.0+dfsg1-6all
trixie0.2.0+dfsg1-6all
bookworm0.2.0+dfsg1-4all
Popcon: 0 users (0 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Pacchetto che fornisce strumenti a riga di comando per lavorare con descrittori SMILES (Simplified Molecular-Input Line-Entry System). Il pacchetto contiene script di interfaccia a riga di comando per CDK (Chemistry Development Kit) come anche un controllore della sintassi per SMILES.

Please cite: Miguel Quirós, Saulius Gražulis, Saulė Girdzijauskaitė, Andrius Merkys and Antanas Vaitkus: Using SMILES strings for the description of chemical connectivity in the Crystallography Open Database. Journal of Cheminformatics 10(1) (2018)
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