Summary
Cheminformatics
Questo metapacchetto installa i pacchetti di informatica chimica utili per
i chimici.
Description
For a better overview of the project's availability as a Debian package, each head row has a color code according to this scheme:
If you discover a project which looks like a good candidate for DebiChem
to you, or if you have prepared an unofficial Debian package, please do not hesitate to
send a description of that project to the DebiChem mailing list
Links to other tasks
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DebiChem Cheminformatics packages
Official Debian packages with high relevance
libcdk-java
librerie Java Chemistry Development Kit (CDK)
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Versions of package libcdk-java |
Release | Version | Architectures |
trixie | 2.9-1 | all |
bookworm | 2.8-2 | all |
bullseye | 2.3.134.g1bb9a64587-2 | all |
stretch | 1.2.10-6 | all |
jessie | 1.2.10-6 | all |
sid | 2.9-1 | all |
buster | 1.2.10-7 | all |
Debtags of package libcdk-java: |
devel | lang:java, library |
field | chemistry |
role | devel-lib |
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License: DFSG free
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CDK è una libreria di classi Java utilizzate in chimica computazionale e
informatica, e in bioinformatica. Include strumenti per rendering, IO su
file, generazione/analisi di SMILES, algoritmi per sottostruttura massima
comune, fingerprinting e molto, molto altro.
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libchemicaltagger-java
tool for semantic text-mining in chemistry
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Versions of package libchemicaltagger-java |
Release | Version | Architectures |
sid | 1.6.2-4 | all |
trixie | 1.6.2-4 | all |
bookworm | 1.6.2-2 | all |
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License: DFSG free
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ChemicalTagger parser is a medium-depth, phrase-based semantic NLP tool for the
language of chemical experiments. Tagging is based on a modular architecture
and uses a combination of OSCAR, domain-specific regex and English taggers to
identify parts-of-speech. The ANTLR grammar is used to structure this into
tree-based phrases.
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libinchi-bin
algoritmo InChI (International Chemical Identifier) (eseguibile)
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Versions of package libinchi-bin |
Release | Version | Architectures |
trixie | 1.07.1+dfsg-5 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
bookworm | 1.03+dfsg-4 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
sid | 1.07.1+dfsg-5 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
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License: DFSG free
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InChI (International Chemical Identifier) è un algoritmo open source di
rappresentazione della struttura chimica.
Gli InChI sono stringhe di testo contenenti vari livelli e sottolivelli di
informazioni separati da barre ("/"). Ogni stringa InChI inizia con il
numero di versione di InChI, seguito dal livello principale. Tale livello
principale contiene sottolivelli per formula chimica, connessioni tra atomi
e atomi di idrogeno. A seconda della struttura della molecola, il livello
principale può essere seguito da livelli aggiuntivi, ad esempio per
carica, informazioni stereochimiche o su isotopi.
Questo pacchetto contiene l'eseguibile inchi_main.
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libjni-inchi-java
Java Native Interface wrapper for InChI
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Versions of package libjni-inchi-java |
Release | Version | Architectures |
sid | 0.8+dfsg-8 | all |
bullseye | 0.8+dfsg-6 | all |
trixie | 0.8+dfsg-8 | all |
bookworm | 0.8+dfsg-7 | all |
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License: DFSG free
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JNI-InChI provides JNI (Java Native Interface) wrappers for the InChI
(International Chemical Identifier) C library distributed by IUPAC.
All of the features from the InChI libarary are supported:
- Standard and Non-Standard InChI generation from structures with 3D, 2D,
or no coordinates
- Structure generation (without coordinates) from InChI
- InChIKey generation
- Check InChI / InChIKey
- InChI-to-InChI conversion
- AuxInfo to InChI input
- Access to the full range of options supported by InChI
- Full support for InChI's handling of stereochemistry
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libopenchemlib-java
framework providing cheminformatics core functionality
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Versions of package libopenchemlib-java |
Release | Version | Architectures |
bullseye | 2021.2.0+dfsg-1 | all |
bookworm | 2023.1.1+dfsg-1 | all |
sid | 2023.1.1+dfsg-1 | all |
trixie | 2023.1.1+dfsg-1 | all |
upstream | 2024.11.2 |
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License: DFSG free
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OpenChemLib is Java based framework providing cheminformatics core
functionality and user interface components. Its main focus is on organics
chemistry and small molecules. It is built around a StereoMolecule class,
which represents a molecule using atom and bond tables, provides atom
neighbours, ring and aromaticity information, and supports MDL's concept of
enhanced stereo representation. Additional classes provide, 2D-depiction,
descriptor calculation, molecular similarity and substructure search,
reaction search, property prediction, conformer generation, support for
molfile and SMILES formats, energy minimization, ligand-protein
interactions, and more. OpenChemLib's idcode represents molecules,
fragments or reactions as canonical, very compact string that includes
stereo and query features.
Different to other cheminformatics frameworks, OpenChemLib also provides
user interface components that allow one to easily embed chemical functionality
into Java applications, e.g. to display or edit chemical structures or
reactions.
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libopsin-java
convertitore da nome chimico a struttura
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Versions of package libopsin-java |
Release | Version | Architectures |
trixie | 2.8.0-1 | all |
jessie | 1.5.0-1 | all |
stretch | 1.5.0-1 | all |
buster | 2.3.1-1 | all |
bullseye | 2.5.0-1 | all |
bookworm | 2.7.0-2 | all |
sid | 2.8.0-1 | all |
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License: DFSG free
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OPSIN (Open Parser for Systematic IUPAC Nomenclature) converte nomi di
composti IUPAC in informazioni chimiche semantiche e produce in output una
struttura come CML (Chemical Markup Language), SMILES o InChI.
Questo pacchetto contiene la libreria Java.
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liboscar4-java
automated annotation of chemistry in scientific articles
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Versions of package liboscar4-java |
Release | Version | Architectures |
bookworm | 5.2.0+dfsg-2 | all |
sid | 5.2.0+dfsg-2 | all |
trixie | 5.2.0+dfsg-2 | all |
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License: DFSG free
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OSCAR (Open Source Chemistry Analysis Routines) is an open source extensible
system for the automated annotation of chemistry in scientific articles. It can
be used to identify chemical names, reaction names, ontology terms, enzymes and
chemical prefixes and adjectives, and chemical data such as state, yield, IR,
NMR and mass spectra and elemental analyses. In addition, where possible, any
chemical names detected will be annotated with structures derived either by
lookup, or name-to-structure parsing using OPSIN or with identifiers from the
ChEBI (Chemical Entities of Biological Interest) ontology.
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openbabel
cassetta degli attrezzi con utilità per la chimica (cli)
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Versions of package openbabel |
Release | Version | Architectures |
jessie | 2.3.2+dfsg-2 | amd64,armel,armhf,i386 |
buster | 2.4.1+dfsg-3 | amd64,arm64,armhf,i386 |
sid | 3.1.1+dfsg-11 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
trixie | 3.1.1+dfsg-11 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
bullseye | 3.1.1+dfsg-6 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bookworm | 3.1.1+dfsg-9 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
stretch | 2.3.2+dfsg-3 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
Debtags of package openbabel: |
field | chemistry |
interface | commandline |
role | program |
scope | utility |
use | converting |
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License: DFSG free
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Open Babel è una cassetta degli attrezzi per la chimica progettata per
capire i molti linguaggi dei dati chimici. Permette di cercare, convertire,
analizzare o archiviare dati relativi ai campi dei modelli molecolari,
chimica, materiali in stato solido, biochimica o aree correlate. Tra le sue
funzionalità sono incluse:
- aggiunta e cancellazione di idrogeni;
- supporto per meccanica molecolare;
- supporto per sintassi SMARTS per corrispondenze molecolari;
- rilevamento automatico di caratteristiche (anelli, legami,
ibridizzazioni, aromaticità);
- tipizzatore flessibile per atomi e rilevazione di legami multipli dalle
coordinate atomiche;
- calcolo della carica parziale con metodo Gasteiger-Marsili.
I formati di file supportati da Open Babel includono PDB, XYZ, CIF, CML,
SMILES, MDL Molfile, ChemDraw, Gaussian, GAMESS, MOPAC e MPQC.
Questo pacchetto include le seguenti utilità:
- obabel: converte tra diversi formati di file relativi alla chimica;
- obenergy: calcola l'energia di una molecola;
- obminimize: ottimizza la geometria, minimizza l'energia di una molecola;
- obgrep: programma di ricerca di molecole che usa modelli SMARTS;
- obgen: genera le coordinate 3D per una molecola;
- obprop: stampa proprietà standard delle molecole;
- obfit: sovrappone due molecole in base ad un modello;
- obrotamer: genera coordinate conformero/rotamero;
- obconformer: genera conformeri a bassa energia;
- obchiral: stampa informazioni sulla chiralità delle molecole;
- obrotate: ruota gli angoli diedri delle molecole in modalità non
interattiva;
- obprobe: crea una griglia di sonde elettrostatiche.
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osra
riconoscimento ottico di strutture
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Versions of package osra |
Release | Version | Architectures |
trixie | 2.1.3-3 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
bookworm | 2.1.3-3 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
sid | 2.1.3-3 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
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License: DFSG free
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OSRA è un'utilità progettata per convertire rappresentazioni grafiche di
strutture chimiche, come appaiono su articoli di riviste, documenti di
brevetti, libri di testo, riviste specializzate, ecc., in SMILES
(Simplified Molecular Input Line Entry Specification), un formato per
strutture molecolari leggibile da computer. OSRA può leggere un documento
in uno qualsiasi dei più di 90 formati grafici analizzabili da ImageMagick,
inclusi GIF, JPEG, PNG, TIFF, PDF, PS, ecc., e genera la rappresentazione
SMILES delle immagini di strutture molecolari incontrate nel documento.
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python3-indigo
toolkit per chimica organica (modulo Python)
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Versions of package python3-indigo |
Release | Version | Architectures |
sid | 1.2.3-3.1 | all |
bullseye | 1.2.3-3.1 | all |
bookworm | 1.2.3-3.1 | all |
trixie | 1.2.3-3.1 | all |
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License: DFSG free
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Indigo è un ambiente software basato sul C++ per chimica organica e
chemioinformatica. Le funzionalità includono:
- rendering di molecole e reazioni incluso il supporto per SVG;
- disposizione automatica di molecole e reazioni rappresentate in SMILES;
- calcolo canonico (isomerico) di SMILES;
- corrispondenza esatta, corrispondenza di sottostrutture, corrispondenza
SMARTS;
- corrispondenza di tautomeri e strutture di risonanza;
- calcolo di similarità delle molecole, impronte digitali delle molecole;
- veloce enumerazione di anelli SSSR, sottoalberi e sottografi di margini;
- calcolo di formula molecolare, peso molecolare;
- rilevamento di scaffold e deconvoluzione R-Group;
- calcolo della sottostruttura comune massima esatta per un numero
arbitrario di strutture di input;
- chimica combinatoria;
- supporto per plugin nell'API.
I formati di file supportati da Indigo includono MDL Mol, SDF, RDF, CML,
SMILES e SMARTS.
Questo pacchetto contiene i moduli Python.
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python3-openbabel
libreria della cassetta degli attrezzi per la chimica (collegamenti Python)
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Versions of package python3-openbabel |
Release | Version | Architectures |
bookworm | 3.1.1+dfsg-9 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bullseye | 3.1.1+dfsg-6 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
sid | 3.1.1+dfsg-11 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
trixie | 3.1.1+dfsg-11 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
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License: DFSG free
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Open Babel è una cassetta degli attrezzi per la chimica progettata per
capire i molti linguaggi dei dati chimici. Permette di cercare, convertire,
analizzare o archiviare dati relativi ai campi dei modelli molecolari,
chimica, materiali in stato solido, biochimica o aree correlate. Tra le sue
funzionalità sono incluse:
- aggiunta e cancellazione di idrogeni;
- supporto per meccanica molecolare;
- supporto per sintassi SMARTS per corrispondenze molecolari;
- rilevamento automatico di caratteristiche (anelli, legami,
ibridizzazioni, aromaticità);
- tipizzatore flessibile per atomi e rilevazione di legami multipli dalle
coordinate atomiche;
- calcolo della carica parziale con metodo Gasteiger-Marsili.
I formati di file supportati da Open Babel includono PDB, XYZ, CIF, CML,
SMILES, MDL Molfile, ChemDraw, Gaussian, GAMESS, MOPAC e MPQC.
Questo pacchetto contiene i collegamenti per Python.
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python3-rdkit
raccolta di software per chemioinformatica e apprendimento automatico
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Versions of package python3-rdkit |
Release | Version | Architectures |
sid | 202309.3-7 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
bullseye | 202009.4-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bookworm | 202209.3-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
upstream | 202409.2 |
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License: DFSG free
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RDKit è un ambiente software per chemioinformatica e apprendimento
automatico basato su Python/C++. Le funzionalità includono:
- gestione e trasformazione di reazioni chimiche,
- ricerca di sottostrutture con SMARTS,
- SMILES canonico,
- allineamento molecola-molecola,
- un vasto numero di descrittori molecolari, inclusi topologici, di
composizione, EState, SlogP/SMR, VSA e vettori Feature-map,
- frammentazione usando le regole RECAP,
- generazione e descrizione di coordinate 2D, inclusa descrizione con
vincoli,
- generazione di coordinate 3D usando l'incorporazione di geometria,
- campi di forza UFF e MMFF94,
- gestione della chiralità, incluso calcolo di codici (R/S) stereochimici,
- ricerca di farmacofori 2D,
- impronte digitali, inclusi stile Daylight, di coppie di atomi, torsioni
topologiche, algoritmo di Morgan e chiavi MACCS,
- calcolo di similarità di forma,
- massima sottostruttura comune multimolecola,
- apprendimento automatico con algoritmi di teoria dell'informazione e
clustering,
- calcolo della carica parziale di Gasteiger-Marsili.
I formati di file gestiti da RDKit includono MDL Mol, PDB, SDF, TDT, SMILES
e il formato binario di RDKit.
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smiles-scripts
strumenti a riga di comando per gestire descrittori SMILES
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Versions of package smiles-scripts |
Release | Version | Architectures |
sid | 0.2.0+dfsg1-6 | all |
trixie | 0.2.0+dfsg1-6 | all |
bookworm | 0.2.0+dfsg1-4 | all |
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License: DFSG free
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Pacchetto che fornisce strumenti a riga di comando per lavorare con
descrittori SMILES (Simplified Molecular-Input Line-Entry System).
Il pacchetto contiene script di interfaccia a riga di comando per CDK
(Chemistry Development Kit) come anche un controllore della sintassi per
SMILES.
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