DebiChem Project
Summary
Cheminformatics
DebiChem - Cheminformatics

Denne metapakke vil installere cheminformatics-pakker nyttige for kemikere.

Description

For a better overview of the project's availability as a Debian package, each head row has a color code according to this scheme:

If you discover a project which looks like a good candidate for DebiChem to you, or if you have prepared an unofficial Debian package, please do not hesitate to send a description of that project to the DebiChem mailing list

Links to other tasks

DebiChem Cheminformatics packages

Official Debian packages with high relevance

libcdk-java
Chemistry Development Kit (CDK) - Javabiblioteker
Versions of package libcdk-java
ReleaseVersionArchitectures
trixie2.9-1all
bookworm2.8-2all
bullseye2.3.134.g1bb9a64587-2all
stretch1.2.10-6all
jessie1.2.10-6all
sid2.9-1all
buster1.2.10-7all
Debtags of package libcdk-java:
devellang:java, library
fieldchemistry
roledevel-lib
Popcon: 3 users (3 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

CDK'en er et bibliotek med Javaklasser brugt i beregnings- og informationskemi og i bioinformatik. Det indeholder optegnere, fil-IO, SMILES-oprettelse/fortolkning, maksimale fælles understrukturalgoritmer, fingeraftryk og meget, meget mere.

Please cite: C. Steinbeck, Y. Han, S. Kuhn, O. Horlacher, E. Luttmann and E. L. Willighagen: The Chemistry Development Kit (CDK): An Open-Source Java Library for Chemo- and Bioinformatics. (2003)
libchemicaltagger-java
tool for semantic text-mining in chemistry
Versions of package libchemicaltagger-java
ReleaseVersionArchitectures
sid1.6.2-4all
trixie1.6.2-4all
bookworm1.6.2-2all
Popcon: 0 users (0 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

ChemicalTagger parser is a medium-depth, phrase-based semantic NLP tool for the language of chemical experiments. Tagging is based on a modular architecture and uses a combination of OSCAR, domain-specific regex and English taggers to identify parts-of-speech. The ANTLR grammar is used to structure this into tree-based phrases.

Please cite: Lezan Hawizy, David M Jessop, Nico Adams and Peter Murray-Rust: ChemicalTagger: A tool for semantic text-mining in chemistry. Journal of Cheminformatics 3(1) (2011)
libinchi-bin
International Chemical Identifier (InChI) algorithm (executable)
Versions of package libinchi-bin
ReleaseVersionArchitectures
trixie1.07.1+dfsg-5amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
bookworm1.03+dfsg-4amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid1.07.1+dfsg-5amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
Popcon: 1 users (1 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

The International Chemical Identifier (InChI) is an Open Source chemical structure representation algorithm.

InChIs are text strings comprising different layers and sublayers of information separated by slashes (/). Each InChI strings starts with the InChI version number followed by the main layer. This main layer contains sublayers for chemical formula, atom connections and hydrogen atoms. Depending on the structure of the molecule the main layer may be followed by additional layers e. g. for charge, stereochemical and/or isotop information.

This package contains the executable, inchi_main.

libjni-inchi-java
Java Native Interface wrapper for InChI
Versions of package libjni-inchi-java
ReleaseVersionArchitectures
sid0.8+dfsg-8all
bullseye0.8+dfsg-6all
trixie0.8+dfsg-8all
bookworm0.8+dfsg-7all
Popcon: 53 users (48 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

JNI-InChI provides JNI (Java Native Interface) wrappers for the InChI (International Chemical Identifier) C library distributed by IUPAC. All of the features from the InChI libarary are supported:

  • Standard and Non-Standard InChI generation from structures with 3D, 2D, or no coordinates
  • Structure generation (without coordinates) from InChI
  • InChIKey generation
  • Check InChI / InChIKey
  • InChI-to-InChI conversion
  • AuxInfo to InChI input
  • Access to the full range of options supported by InChI
  • Full support for InChI's handling of stereochemistry
libopenchemlib-java
Ramme der tilbyder den grundlæggende funktionalitet for cheminformatics
Versions of package libopenchemlib-java
ReleaseVersionArchitectures
bullseye2021.2.0+dfsg-1all
bookworm2023.1.1+dfsg-1all
sid2023.1.1+dfsg-1all
trixie2023.1.1+dfsg-1all
upstream2024.11.2
Popcon: 0 users (0 upd.)*
Newer upstream!
License: DFSG free
Git

OpenChemLib er en Javabaseret ramme, der tilbyder den grundlæggende funktionalitet og komponenter for brugerfladen for cheminformatics. Hovedformålet er på organisk kemi og små molekyler. Er bygget omkring en StereoMolecule-klasse, der repræsenterer et molekyle via atom- og bond-tabeller, tilbyder atomnaboer, ring og aromatisk information samt understøtter MDL's koncept for forbedret stereorepræsentation. Yderligere klasser tilbyder, 2D-afbildelse, deskriptorberegning, molekylær lighed og understruktursøgning, reaktionssøgning, egenskabsforudsigelse, conformer-oprettelse, understøttelse for molfile- og SMILES-formater, energioptimering, ligand-protein-interaktioner med mere. OpenChemLibs idcode repræsenterer molekyler, fragmenter eller reaktioner som kanonisk, meget kompakt streng, der inkluderer stereo og funktioner for forespørgsler.

Forskellig i forhold til andre cheminformatics-rammer. OpenChemLib tilbyder også brugerfladekomponenter, der gør det nemt at indlejre kemisk funktionalitet i Javaprogrammer, f.eks. for at vise eller redigere kemiske strukturer eller reaktioner.

libopsin-java
Kemisk navn til struktur-konverteringsprogram
Versions of package libopsin-java
ReleaseVersionArchitectures
trixie2.8.0-1all
jessie1.5.0-1all
stretch1.5.0-1all
buster2.3.1-1all
bullseye2.5.0-1all
bookworm2.7.0-2all
sid2.8.0-1all
Popcon: 0 users (0 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

OPSIN (Open Parser for Systematic IUPAC Nomenclature) konverterer IUPAC-forbindelsesnavne til semantik kemisk information og viser en struktur enten som CML (Chemical Markup Language), SMILES eller InChi.

Denne pakke indeholder Javabiblioteket.

liboscar4-java
automated annotation of chemistry in scientific articles
Versions of package liboscar4-java
ReleaseVersionArchitectures
bookworm5.2.0+dfsg-2all
sid5.2.0+dfsg-2all
trixie5.2.0+dfsg-2all
Popcon: 0 users (0 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

OSCAR (Open Source Chemistry Analysis Routines) is an open source extensible system for the automated annotation of chemistry in scientific articles. It can be used to identify chemical names, reaction names, ontology terms, enzymes and chemical prefixes and adjectives, and chemical data such as state, yield, IR, NMR and mass spectra and elemental analyses. In addition, where possible, any chemical names detected will be annotated with structures derived either by lookup, or name-to-structure parsing using OPSIN or with identifiers from the ChEBI (Chemical Entities of Biological Interest) ontology.

Please cite: David M Jessop, Sam E Adams, Egon L Willighagen, Lezan Hawizy and Peter Murray-Rust: OSCAR4: a flexible architecture for chemical text-mining. Journal of Cheminformatics 3(1) (2011)
openbabel
Redskaber til kemisk værktøjskasse - kommandolinje
Versions of package openbabel
ReleaseVersionArchitectures
jessie2.3.2+dfsg-2amd64,armel,armhf,i386
buster2.4.1+dfsg-3amd64,arm64,armhf,i386
sid3.1.1+dfsg-11amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
trixie3.1.1+dfsg-11amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
bullseye3.1.1+dfsg-6amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bookworm3.1.1+dfsg-9amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
stretch2.3.2+dfsg-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Debtags of package openbabel:
fieldchemistry
interfacecommandline
roleprogram
scopeutility
useconverting
Popcon: 63 users (53 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Open Babel er en kemisk værktøjskasse, som er designet til at tale mange kemiske data-sprog. Den tillader søgning, konvertering, analyse eller lagring af data fra molekylær modellering, kemi, faste materialer, biokemi eller beslægtede områder. Egenskaber inkluderer:

  • Indsættelse og fjernelse af hydrogen
  • Understøttelse af molekylær-mekanik
  • Understøttelse af SMARTS molekylære syntaks-sammenligninger
  • Automatisk registrering af egenskaber (ringe, bånd, hybridisering, aromaticitet)
  • Fleksibel bestemmelse af atomtyper og registrering af atomare koordinater med flere bånd
  • Gasteiger-Marsili-beregning af delvis ladning

Filformater som Open Babel understøtter inkluderer PDB, XYZ, CIF, CML, SMILES, MDL Molfile, ChemDraw, Gaussian, GAMESS, MOPAC og MPQC.

Denne pakke inkluderer følgende redskaber:

  • obabel: Konverter mellem forskellige kemiske filformater
  • obenergy: Beregn energien for et molekyle
  • obminimize: Optimer geometrien, minimer energien for et molekyle
  • obgrep: Molekylært søgeprogram som anvender mønstre fra SMARTS
  • obgen: Opret 3D-koordinater for et molekyle
  • obprop: Udskriv standardegenskaber for molekyler
  • obfit: Læg to molekyler oveni hinanden baseret på et mønster
  • obrotamer: Opret konformer/rotamer-koordinater
  • obconformer: Opret konformere med lavt energiniveau
  • obchiral: Udskriv informationer om molekylær kiralitet
  • obrotate: Roter torsionsvinkel for molekyler i stakkevis tilstand
  • obprobe: Opret elektrostatisk sondegitter
Screenshots of package openbabel
osra
Optisk strukurgenkendelse
Versions of package osra
ReleaseVersionArchitectures
trixie2.1.3-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
bookworm2.1.3-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid2.1.3-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
Popcon: 1 users (0 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

OSRA er et redskab designet til at konvertere grafiske repræsentationer af kemiske strukturer, som de fremgår af journalartikler, patentdokumenter, tekstbøger, handelsmagasiner etc., til SMILES (Simplified Molecular Input Line Entry Specification) - et format for molekylær struktur der genkendes af computeren. OSRA kan læse et dokument i ethvert af de over 90 grafiske formater, der kan fortolkes af ImageMagick - inklusive gif, jpeg, png, tiff, pdf, ps etc. og oprette SMILES-repræsentationen for molekylære strukturbilleder mødt i dokumentet.

python3-indigo
Organic Chemistry Toolkit - Pythonmodul
Versions of package python3-indigo
ReleaseVersionArchitectures
sid1.2.3-3.1all
bullseye1.2.3-3.1all
bookworm1.2.3-3.1all
trixie1.2.3-3.1all
Popcon: 3 users (0 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Indigo er et C++-baseret programmiljø for organisk kemi og kemiinformatik. Inkluderede funktioner:

  • Molekyle- og reaktionsoptegning inklusive SVG-understøttelse
  • Automatisk layout for SMILES-repræsenterede molekyler og reaktioner
  • Kanonisk (isomerisk) SMILES-beregning
  • Præcis matchning, matchning af understruktur, SMARTS-matchning
  • Matchning af tautomerer og resonansstrukturer
  • Molekylefingeraftryk, beregning af molekylelighed
  • Hurtig enumeration af SSSR-ringe, undertræer og kant-sugraphs
  • Molekylær vægt, molekylær formelberegning
  • R-Group dekonvolution og scaffold-detektion
  • Beregning af den præcise maksimale fælles understruktur for en arbitrær mængde af inddatastrukturer
  • Kombinatorisk kemi
  • Understøttelse af udvidelsesmoduler i API'en

Filformater som Indigo understøtter inkluderer MDL Mol, SDF, RDF, CML, SMILES og SMARTS.

Denne pakke indeholder Pythonmodulerne.

python3-openbabel
Kemisk værktøjskassebibliotek - Pythonbindinger
Versions of package python3-openbabel
ReleaseVersionArchitectures
bookworm3.1.1+dfsg-9amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye3.1.1+dfsg-6amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid3.1.1+dfsg-11amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
trixie3.1.1+dfsg-11amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
Popcon: 17 users (14 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Open Babel er en kemisk værktøjskasse, som er designet til at tale mange kemiske data-sprog. Den tillader søgning, konvertering, analyse eller lagring af data fra molekylær modellering, kemi, faste materialer, biokemi eller beslægtede områder. Egenskaber inkluderer:

  • Indsættelse og fjernelse af hydrogen
  • Understøttelse af molekylær-mekanik
  • Understøttelse af SMARTS molekylære syntaks-sammenligninger
  • Automatisk registrering af egenskaber (ringe, bånd, hybridisering, aromaticitet)
  • Fleksibel bestemmelse af atomtyper og registrering af atomare koordinater med flere bånd
  • Gasteiger-Marsili-beregning af delvis ladning

Filformater som Open Babel understøtter inkluderer PDB, XYZ, CIF, CML, SMILES, MDL Molfile, ChemDraw, Gaussian, GAMESS, MOPAC og MPQC.

Denne pakke indeholder Pythonbindingerne.

python3-rdkit
Program til indsamling af cheminformatics og maskinlæring
Versions of package python3-rdkit
ReleaseVersionArchitectures
sid202309.3-7amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
bullseye202009.4-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bookworm202209.3-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
upstream202409.2
Popcon: 33 users (0 upd.)*
Newer upstream!
License: DFSG free
Git

RDKit er et programmiljø baseret på Python/C++ cheminformatics og maskinlæring. Funktioner omfatter:

  • Kemisk reaktionshåndtering og -transformationer
  • Underkonstruktionssøgning med SMARTS
  • Kanoniske SMILES
  • Molekyle-molekyle tilpasning
  • Stort antal molekylære deskriptorer, herunder topologiske, kompositoriske, Estate-, SlogP/SMR-, VSA- og Feature-map-vektorer
  • Fragmentering via RECAP-regler
  • 2D-koordinatoprettelse og skildring, herunder begrænset skildring
  • 3D-koordinatoprettelse via geometriindlejring
  • UFF- og MMFF94-kraftfelter
  • Chiralitet-understøttelse, herunder beregning af (R/S)-stereokemikoder
  • 2D-farmakoforsøgning
  • Fingeraftryk, herunder Daylight-lignende, atompar, topologiske vridninger, Morganalogritme og MACCS-nøgler
  • Beregning af formlighed
  • Fler-molekyle maksimum for fælles understruktur
  • Maskinlæring via klyngedannelse og informationsteorialgoritmer
  • Delvis Gasteiger-Marsili-opladningsberegning

Filformater som RDKit understøtter inkluderer de binære formater MDL Mol, FBF, SDF, TDT, SMILES og RDKit.

Registry entries: SciCrunch 
smiles-scripts
Kommandolinjeværktøjer til at håndtere SMILES-deskriptorer
Versions of package smiles-scripts
ReleaseVersionArchitectures
sid0.2.0+dfsg1-6all
trixie0.2.0+dfsg1-6all
bookworm0.2.0+dfsg1-4all
Popcon: 0 users (0 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Denne pakke tilbyder kommandolinjeværktøjer til arbejdet med Simplified Molecular-Input Line-Entry System-deskriptorer (SMILES). Pakken indeholder skripter for kommandolinjens grænseflade for Chemistry Development Kit (CDK) samt en syntakskontrol for SMILES.

Please cite: Miguel Quirós, Saulius Gražulis, Saulė Girdzijauskaitė, Andrius Merkys and Antanas Vaitkus: Using SMILES strings for the description of chemical connectivity in the Crystallography Open Database. Journal of Cheminformatics 10(1) (2018)
*Popularitycontest results: number of people who use this package regularly (number of people who upgraded this package recently) out of 248577