Summary
Cheminformatics
DebiChem - Cheminformatics
Denne metapakke vil installere cheminformatics-pakker nyttige for kemikere.
Description
For a better overview of the project's availability as a Debian package, each head row has a color code according to this scheme:
If you discover a project which looks like a good candidate for DebiChem
to you, or if you have prepared an unofficial Debian package, please do not hesitate to
send a description of that project to the DebiChem mailing list
Links to other tasks
|
DebiChem Cheminformatics packages
Official Debian packages with high relevance
libcdk-java
Chemistry Development Kit (CDK) - Javabiblioteker
|
Versions of package libcdk-java |
Release | Version | Architectures |
trixie | 2.9-1 | all |
bookworm | 2.8-2 | all |
bullseye | 2.3.134.g1bb9a64587-2 | all |
stretch | 1.2.10-6 | all |
jessie | 1.2.10-6 | all |
sid | 2.9-1 | all |
buster | 1.2.10-7 | all |
Debtags of package libcdk-java: |
devel | lang:java, library |
field | chemistry |
role | devel-lib |
|
License: DFSG free
|
CDK'en er et bibliotek med Javaklasser brugt i beregnings- og informationskemi og i bioinformatik. Det indeholder optegnere, fil-IO, SMILES-oprettelse/fortolkning, maksimale fælles understrukturalgoritmer, fingeraftryk og meget, meget mere.
|
|
libchemicaltagger-java
tool for semantic text-mining in chemistry
|
Versions of package libchemicaltagger-java |
Release | Version | Architectures |
sid | 1.6.2-4 | all |
trixie | 1.6.2-4 | all |
bookworm | 1.6.2-2 | all |
|
License: DFSG free
|
ChemicalTagger parser is a medium-depth, phrase-based semantic NLP tool for the
language of chemical experiments. Tagging is based on a modular architecture
and uses a combination of OSCAR, domain-specific regex and English taggers to
identify parts-of-speech. The ANTLR grammar is used to structure this into
tree-based phrases.
|
|
libinchi-bin
International Chemical Identifier (InChI) algorithm (executable)
|
Versions of package libinchi-bin |
Release | Version | Architectures |
trixie | 1.07.1+dfsg-5 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
bookworm | 1.03+dfsg-4 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
sid | 1.07.1+dfsg-5 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
|
License: DFSG free
|
The International Chemical Identifier (InChI) is an Open Source chemical
structure representation algorithm.
InChIs are text strings comprising different layers and sublayers of
information separated by slashes (/). Each InChI strings starts with the
InChI version number followed by the main layer. This main layer contains
sublayers for chemical formula, atom connections and hydrogen atoms.
Depending on the structure of the molecule the main layer may be followed
by additional layers e. g. for charge, stereochemical and/or isotop
information.
This package contains the executable, inchi_main.
|
|
libjni-inchi-java
Java Native Interface wrapper for InChI
|
Versions of package libjni-inchi-java |
Release | Version | Architectures |
sid | 0.8+dfsg-8 | all |
bullseye | 0.8+dfsg-6 | all |
trixie | 0.8+dfsg-8 | all |
bookworm | 0.8+dfsg-7 | all |
|
License: DFSG free
|
JNI-InChI provides JNI (Java Native Interface) wrappers for the InChI
(International Chemical Identifier) C library distributed by IUPAC.
All of the features from the InChI libarary are supported:
- Standard and Non-Standard InChI generation from structures with 3D, 2D,
or no coordinates
- Structure generation (without coordinates) from InChI
- InChIKey generation
- Check InChI / InChIKey
- InChI-to-InChI conversion
- AuxInfo to InChI input
- Access to the full range of options supported by InChI
- Full support for InChI's handling of stereochemistry
|
|
libopenchemlib-java
Ramme der tilbyder den grundlæggende funktionalitet for cheminformatics
|
Versions of package libopenchemlib-java |
Release | Version | Architectures |
bullseye | 2021.2.0+dfsg-1 | all |
bookworm | 2023.1.1+dfsg-1 | all |
sid | 2023.1.1+dfsg-1 | all |
trixie | 2023.1.1+dfsg-1 | all |
upstream | 2024.11.2 |
|
License: DFSG free
|
OpenChemLib er en Javabaseret ramme, der tilbyder den grundlæggende funktionalitet og komponenter for brugerfladen for cheminformatics. Hovedformålet er på organisk kemi og små molekyler. Er bygget omkring en StereoMolecule-klasse, der repræsenterer et molekyle via atom- og bond-tabeller, tilbyder atomnaboer, ring og aromatisk information samt understøtter MDL's koncept for forbedret stereorepræsentation. Yderligere klasser tilbyder, 2D-afbildelse, deskriptorberegning, molekylær lighed og understruktursøgning, reaktionssøgning, egenskabsforudsigelse, conformer-oprettelse, understøttelse for molfile- og SMILES-formater, energioptimering, ligand-protein-interaktioner med mere. OpenChemLibs idcode repræsenterer molekyler, fragmenter eller reaktioner som kanonisk, meget kompakt streng, der inkluderer stereo og funktioner for forespørgsler.
Forskellig i forhold til andre cheminformatics-rammer. OpenChemLib tilbyder også brugerfladekomponenter, der gør det nemt at indlejre kemisk funktionalitet i Javaprogrammer, f.eks. for at vise eller redigere kemiske strukturer eller reaktioner.
|
|
libopsin-java
Kemisk navn til struktur-konverteringsprogram
|
Versions of package libopsin-java |
Release | Version | Architectures |
trixie | 2.8.0-1 | all |
jessie | 1.5.0-1 | all |
stretch | 1.5.0-1 | all |
buster | 2.3.1-1 | all |
bullseye | 2.5.0-1 | all |
bookworm | 2.7.0-2 | all |
sid | 2.8.0-1 | all |
|
License: DFSG free
|
OPSIN (Open Parser for Systematic IUPAC Nomenclature) konverterer
IUPAC-forbindelsesnavne til semantik kemisk information og viser en
struktur enten som CML (Chemical Markup Language), SMILES eller InChi.
Denne pakke indeholder Javabiblioteket.
|
|
liboscar4-java
automated annotation of chemistry in scientific articles
|
Versions of package liboscar4-java |
Release | Version | Architectures |
bookworm | 5.2.0+dfsg-2 | all |
sid | 5.2.0+dfsg-2 | all |
trixie | 5.2.0+dfsg-2 | all |
|
License: DFSG free
|
OSCAR (Open Source Chemistry Analysis Routines) is an open source extensible
system for the automated annotation of chemistry in scientific articles. It can
be used to identify chemical names, reaction names, ontology terms, enzymes and
chemical prefixes and adjectives, and chemical data such as state, yield, IR,
NMR and mass spectra and elemental analyses. In addition, where possible, any
chemical names detected will be annotated with structures derived either by
lookup, or name-to-structure parsing using OPSIN or with identifiers from the
ChEBI (Chemical Entities of Biological Interest) ontology.
|
|
openbabel
Redskaber til kemisk værktøjskasse - kommandolinje
|
Versions of package openbabel |
Release | Version | Architectures |
jessie | 2.3.2+dfsg-2 | amd64,armel,armhf,i386 |
buster | 2.4.1+dfsg-3 | amd64,arm64,armhf,i386 |
sid | 3.1.1+dfsg-11 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
trixie | 3.1.1+dfsg-11 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
bullseye | 3.1.1+dfsg-6 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bookworm | 3.1.1+dfsg-9 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
stretch | 2.3.2+dfsg-3 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
Debtags of package openbabel: |
field | chemistry |
interface | commandline |
role | program |
scope | utility |
use | converting |
|
License: DFSG free
|
Open Babel er en kemisk værktøjskasse, som er designet til at tale mange
kemiske data-sprog. Den tillader søgning, konvertering, analyse eller
lagring af data fra molekylær modellering, kemi, faste materialer, biokemi
eller beslægtede områder. Egenskaber inkluderer:
- Indsættelse og fjernelse af hydrogen
- Understøttelse af molekylær-mekanik
- Understøttelse af SMARTS molekylære syntaks-sammenligninger
- Automatisk registrering af egenskaber (ringe, bånd, hybridisering,
aromaticitet)
- Fleksibel bestemmelse af atomtyper og registrering af atomare
koordinater med flere bånd
- Gasteiger-Marsili-beregning af delvis ladning
Filformater som Open Babel understøtter inkluderer PDB, XYZ, CIF, CML,
SMILES, MDL Molfile, ChemDraw, Gaussian, GAMESS, MOPAC og MPQC.
Denne pakke inkluderer følgende redskaber:
- obabel: Konverter mellem forskellige kemiske filformater
- obenergy: Beregn energien for et molekyle
- obminimize: Optimer geometrien, minimer energien for et molekyle
- obgrep: Molekylært søgeprogram som anvender mønstre fra SMARTS
- obgen: Opret 3D-koordinater for et molekyle
- obprop: Udskriv standardegenskaber for molekyler
- obfit: Læg to molekyler oveni hinanden baseret på et mønster
- obrotamer: Opret konformer/rotamer-koordinater
- obconformer: Opret konformere med lavt energiniveau
- obchiral: Udskriv informationer om molekylær kiralitet
- obrotate: Roter torsionsvinkel for molekyler i stakkevis tilstand
- obprobe: Opret elektrostatisk sondegitter
|
|
osra
Optisk strukurgenkendelse
|
Versions of package osra |
Release | Version | Architectures |
trixie | 2.1.3-3 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
bookworm | 2.1.3-3 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
sid | 2.1.3-3 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
|
License: DFSG free
|
OSRA er et redskab designet til at konvertere grafiske repræsentationer af kemiske strukturer, som de fremgår af journalartikler, patentdokumenter, tekstbøger, handelsmagasiner etc., til SMILES (Simplified Molecular
Input Line Entry Specification) - et format for molekylær struktur der genkendes af computeren. OSRA kan læse et dokument i ethvert af de over 90 grafiske formater, der kan fortolkes af ImageMagick - inklusive gif, jpeg, png, tiff, pdf, ps etc. og oprette SMILES-repræsentationen for molekylære strukturbilleder mødt i dokumentet.
|
|
python3-indigo
Organic Chemistry Toolkit - Pythonmodul
|
Versions of package python3-indigo |
Release | Version | Architectures |
sid | 1.2.3-3.1 | all |
bullseye | 1.2.3-3.1 | all |
bookworm | 1.2.3-3.1 | all |
trixie | 1.2.3-3.1 | all |
|
License: DFSG free
|
Indigo er et C++-baseret programmiljø for organisk kemi og kemiinformatik.
Inkluderede funktioner:
- Molekyle- og reaktionsoptegning inklusive SVG-understøttelse
- Automatisk layout for SMILES-repræsenterede molekyler og reaktioner
- Kanonisk (isomerisk) SMILES-beregning
- Præcis matchning, matchning af understruktur, SMARTS-matchning
- Matchning af tautomerer og resonansstrukturer
- Molekylefingeraftryk, beregning af molekylelighed
- Hurtig enumeration af SSSR-ringe, undertræer og kant-sugraphs
- Molekylær vægt, molekylær formelberegning
- R-Group dekonvolution og scaffold-detektion
- Beregning af den præcise maksimale fælles understruktur for en arbitrær
mængde af inddatastrukturer
- Kombinatorisk kemi
- Understøttelse af udvidelsesmoduler i API'en
Filformater som Indigo understøtter inkluderer MDL Mol, SDF, RDF, CML,
SMILES og SMARTS.
Denne pakke indeholder Pythonmodulerne.
|
|
python3-openbabel
Kemisk værktøjskassebibliotek - Pythonbindinger
|
Versions of package python3-openbabel |
Release | Version | Architectures |
bookworm | 3.1.1+dfsg-9 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bullseye | 3.1.1+dfsg-6 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
sid | 3.1.1+dfsg-11 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
trixie | 3.1.1+dfsg-11 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
|
License: DFSG free
|
Open Babel er en kemisk værktøjskasse, som er designet til at tale mange
kemiske data-sprog. Den tillader søgning, konvertering, analyse eller
lagring af data fra molekylær modellering, kemi, faste materialer, biokemi
eller beslægtede områder. Egenskaber inkluderer:
- Indsættelse og fjernelse af hydrogen
- Understøttelse af molekylær-mekanik
- Understøttelse af SMARTS molekylære syntaks-sammenligninger
- Automatisk registrering af egenskaber (ringe, bånd, hybridisering,
aromaticitet)
- Fleksibel bestemmelse af atomtyper og registrering af atomare
koordinater med flere bånd
- Gasteiger-Marsili-beregning af delvis ladning
Filformater som Open Babel understøtter inkluderer PDB, XYZ, CIF, CML,
SMILES, MDL Molfile, ChemDraw, Gaussian, GAMESS, MOPAC og MPQC.
Denne pakke indeholder Pythonbindingerne.
|
|
python3-rdkit
Program til indsamling af cheminformatics og maskinlæring
|
Versions of package python3-rdkit |
Release | Version | Architectures |
sid | 202309.3-7 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
bullseye | 202009.4-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bookworm | 202209.3-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
upstream | 202409.2 |
|
License: DFSG free
|
RDKit er et programmiljø baseret på Python/C++ cheminformatics og
maskinlæring. Funktioner omfatter:
- Kemisk reaktionshåndtering og -transformationer
- Underkonstruktionssøgning med SMARTS
- Kanoniske SMILES
- Molekyle-molekyle tilpasning
- Stort antal molekylære deskriptorer, herunder topologiske,
kompositoriske, Estate-, SlogP/SMR-, VSA- og Feature-map-vektorer
- Fragmentering via RECAP-regler
- 2D-koordinatoprettelse og skildring, herunder begrænset skildring
- 3D-koordinatoprettelse via geometriindlejring
- UFF- og MMFF94-kraftfelter
- Chiralitet-understøttelse, herunder beregning af (R/S)-stereokemikoder
- 2D-farmakoforsøgning
- Fingeraftryk, herunder Daylight-lignende, atompar, topologiske
vridninger, Morganalogritme og MACCS-nøgler
- Beregning af formlighed
- Fler-molekyle maksimum for fælles understruktur
- Maskinlæring via klyngedannelse og informationsteorialgoritmer
- Delvis Gasteiger-Marsili-opladningsberegning
Filformater som RDKit understøtter inkluderer de binære formater MDL Mol,
FBF, SDF, TDT, SMILES og RDKit.
|
|
smiles-scripts
Kommandolinjeværktøjer til at håndtere SMILES-deskriptorer
|
Versions of package smiles-scripts |
Release | Version | Architectures |
sid | 0.2.0+dfsg1-6 | all |
trixie | 0.2.0+dfsg1-6 | all |
bookworm | 0.2.0+dfsg1-4 | all |
|
License: DFSG free
|
Denne pakke tilbyder kommandolinjeværktøjer til arbejdet med Simplified Molecular-Input Line-Entry System-deskriptorer (SMILES). Pakken indeholder skripter for kommandolinjens grænseflade for Chemistry Development Kit (CDK) samt en syntakskontrol for SMILES.
|
|
|