PAN Blend small-angle-scattering packages

En grafisk brugerflade for hurtig analyse af pulverrøntgendiffraktionsbilleder. Programmet tilbyder funktioner til at kalibrere, oprette masker, have mønsteroverlægninger og vise faselinjer.

Fityk er et fleksibelt og portabelt program til ikkelineær tilpasning af analytiske funktioner (særligt spidsformede) af data (som regel eksperimentelle data). Med andre ord til ikkelineær spidsadskillelse og analyse.

Det blev udviklet til at analysere diffraktionsmønstre, men kan også anvendes på andre felter, da begreber og operationer som er specifikke for krystallografi er adskilt fra resten af programmet.

Fityk tilbyder forskellige ikkelineære tilpasningsmetoder, baggrundssubtraktion, datakalibrering, nem placering af spidser og ændring af spidsparametre, automatisering af rutineopgaver med skripter, og meget mere. Den største fordel i programmet er fleksibilitet - parametre fra spidser kan vilkårligt bindes til hinanden, dvs. bredden på en spids kan være en uafhængig variabel, kan være den samme som bredden på en anden spids eller kan være givet af en kompliceret - fælles for alle spidser - formel.

Libjs-sphinxdoc er nødvendig for Javascript-tingene i dokumentationen.

PyFAI er et Pythonbibliotek for azimuthal integration; biblioteket giver mulighed for konvertering af diffraktionsbilleder taget med 2D-detektorer såsom CCD-kameraer til X-røntgen pulverbilleder, som kan bruges af andre programmer såsom Rietvelds forfiningsværktøjer (dvs. FullPorf), faseanalyse eller teksturanalyse.

Da PyFAI er et bibliotek, dets hovedformål er at være integreret i andre værktøjer såsom PyMca, LiMa eller EDNA. For at udføre dataanalyse på nettet skal den præcise beskrivelse af den eksperimentelle opsætning være kendt. Dette er årsagen til, at PyFAI inkluderer optimeringskode for geometri der arbejder på »powder rings« fra referenceprøver. Alternativt kan PyFAI også importere geometrier tilpasset med andre værktøjer såsom Fit2D.

PyFAI er blevet designet til at fungere med enhver slags detektor med enhver geometri (transmission, reflektion, off-axis ...). Den bruger Pythonbiblioteket FabIO til at læse de fleste billeder taget af diffractometer.

Sasmodels er et Pythomodul til at beregne teoretiske Small Angle Scattering-mønstre. Modellerne tilbudt er nyttige direkte i bumps fitting-pakken og i sasview-analysepakken.

Denne pakke indeholder dokumentationen for modulet.

BioXTAS RAW er et Pythonprogram, baseret på en grafisk brugerflade, til reduktion og analyse af lille-vinkel røntgenplotdata (SAXS). Pakken er designet for biologiske SAXS-data.

BioXTAS RAW tilbyder et alternativ til lukkede kildeprogrammer såsom Primus og Scatter for primær dataanalyse. Da programmet kan kalibrere, maskere og integrere billeder, så er det også et alternativ til synchroton beamline-datakanaler, som videnskabsfolk kan installere på deres egen computer og bruge både hjemme og ved beamline.

DENSS is an algorithm used for calculating ab initio electron density maps directly from solution scattering data. DENSS implements a novel iterative structure factor retrieval algorithm to cycle between real space density and reciprocal space structure factors, applying appropriate restraints in each domain to obtain a set of structure factors whose intensities are consistent with experimental data and whose electron density is consistent with expected real space properties of particles.

DENSS utilizes the NumPy Fast Fourier Transform for moving between real and reciprocal space domains. Each domain is represented by a grid of points (Cartesian), N x N x N. N is determined by the size of the system and the desired resolution. The real space size of the box is determined by the maximum dimension of the particle, D, and the desired sampling ratio. Larger sampling ratio results in a larger real space box and therefore a higher sampling in reciprocal space (i.e. distance between data points in q). Smaller voxel size in real space corresponds to higher spatial resolution and therefore to larger q values in reciprocal space.

Available tools:

• supycomb: a re-implementation of supcomb as described in J. Appl. Cryst. (2001). 34, 33-41;
• autorg: automatic guess of the Guinier region in a SAXS curve, based on BioXTAS-RAW;
• auto_guinier automatic guess of the Guinier region in a SAXS curve, based on J. Appl. Cryst. (2007). 40, s223-s228;
• auto_gpa: automatic Guinier peak analysis, based on J Appl Cryst. (2016). 49, 1412–1419;
• bift: an Bayesian inverse Fourier transform, based on J. Appl. Cryst. (2006). 39, 797-804 & BioXtas-RAW;
• cormap: a tool to assess the similarity of saxs curves, based on Nature Methods volume 12, pages 419–422 (2015).

Sasmodels er et Pythomodul til at beregne teoretiske Small Angle Scattering-mønstre. Modellerne tilbudt er nyttige direkte i bumps fitting-pakken og i sasview-analysepakken.

Denne pakke indeholder Python 3-versionen for modulet.

SasView er et program til analyse af Small-Angle Scattering-data (SAS).

Det passer til analytiske funktioner, der beskriver forskellige slags materiel mikrostruktur til eksperimentelle data for at kunne bestemme formen, størrelsen og graden af ordning.

SasView indeholder også værktøjer for beregning af spredte længdetætheder, opdelingsstørrelser, opløsning, fringe-tykkelser/d-mellemrum, (Porod) invariant (»total spredning«) og distributionsfunktioner for afstande.

SasView er en Small Angle Scattering Analysis-programpakke, oprindelig udviklet dom en del af NSF DANSE-projektet under navnet SansView, nu håndteret af en international samling af faciliteter.

Dette er pakken med Pythonmoduler; de fleste brugere vil nok efterspørge den grafiske brugerflade i pakken sasview.

Sasmodels er et Pythomodul til at beregne teoretiske Small Angle Scattering-mønstre. Modellerne tilbudt er nyttige direkte i bumps fitting-pakken og i sasview-analysepakken.

Denne pakke indeholder de prækompilerede versioner af modellerne.

SasView er et program til analyse af Small-Angle Scattering-data (SAS).

Det passer til analytiske funktioner, der beskriver forskellige slags materiel mikrostruktur til eksperimentelle data for at kunne bestemme formen, størrelsen og graden af ordning.

SasView indeholder også værktøjer for beregning af spredte længdetætheder, opdelingsstørrelser, opløsning, fringe-tykkelser/d-mellemrum, (Porod) invariant (»total spredning«) og distributionsfunktioner for afstande.

SasView er en Small Angle Scattering Analysis-programpakke, oprindelig udviklet dom en del af NSF DANSE-projektet under navnet SansView, nu håndteret af en international samling af faciliteter.

Denne pakke installerer det kørbare skript sasview.

SasView er et program til analyse af Small-Angle Scattering-data (SAS).

Det passer til analytiske funktioner, der beskriver forskellige slags materiel mikrostruktur til eksperimentelle data for at kunne bestemme formen, størrelsen og graden af ordning.

SasView indeholder også værktøjer for beregning af spredte længdetætheder, opdelingsstørrelser, opløsning, fringe-tykkelser/d-mellemrum, (Porod) invariant (»total spredning«) og distributionsfunktioner for afstande.

SasView er en Small Angle Scattering Analysis-programpakke, oprindelig udviklet dom en del af NSF DANSE-projektet under navnet SansView, nu håndteret af en international samling af faciliteter.

Dette er dokumentationspakken.

SPD står for SPatial Distortion. Skrevet i C-sproget, dette kommandolinjedrevne program beskæftiger sig med billeder, der kommer fra røntgen diffusion/diffraktion-eksperimenter. Det gør efterfølgende:

• Intensitetskorrektioner (mørk strøm, fladfeltkorrektion, ...)
• geometriske korrektioner ved hjælp af spline-filer eller et par forvrængningstabeller
• azimutal integration i 2D eller 1D efter maskindefekte billedpunkter. SPD blev oprindeligt skrevet af Jorg Klora for ESRF og blev skrevet om af Peter Boesecke. Vedligeholdelse og pakning af programmet leveres af Rainer Wilcke og Jerome Kieffer fra programgruppen hos ESRF.