Summary
Periodic Ab Initio Calculations
calcoli periodici ab initio per DebiChem
Questo metapacchetto installa i pacchetti che eseguono calcoli periodici ab
initio che possono essere utili per i chimici.
Description
For a better overview of the project's availability as a Debian package, each head row has a color code according to this scheme:
If you discover a project which looks like a good candidate for DebiChem
to you, or if you have prepared an unofficial Debian package, please do not hesitate to
send a description of that project to the DebiChem mailing list
Links to other tasks
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DebiChem Periodic Ab Initio Calculations packages
Official Debian packages with high relevance
abinit
pacchetto per calcoli su strutture elettroniche
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Versions of package abinit |
Release | Version | Architectures |
stretch | 8.0.8-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
jessie | 7.8.2-2 | amd64,armel,armhf,i386 |
sid | 9.10.4-3 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
bookworm | 9.6.2-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bullseye | 9.2.2-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 8.8.4-2 | amd64,arm64,armhf,i386 |
upstream | 10.3.0 |
Debtags of package abinit: |
field | chemistry, physics |
role | program |
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License: DFSG free
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ABINIT è un pacchetto il cui programma principale permette di trovare
l'energia totale, la densità di carica e la struttura elettronica di
sistemi fatti da elettroni e nuclei (molecole e solidi periodici) nella
teoria del funzionale della densità (DFT), usando pseudopotenziali e basi a
onda piana.
ABINIT include anche opzioni per ottimizzare la geometria secondo le forze
e le sollecitazioni della DFT, o per eseguire simulazioni molecolari
dinamiche usando tali forze, o per generare matrici dinamiche, cariche di
Born effettive e tensori dielettrici. Gli stati eccitati possono essere
calcolati nella teoria del funzionale della densità dipendente dal tempo
(per le molecole), o nella teoria della perturbazione a molti corpi
(l'approssimazione GW). In aggiunta al codice principale di ABINIT, sono
forniti diversi programmi di utilità.
Questo pacchetto contiene gli eseguibili necessari per effettuare i calcoli
(gli pseudopotenziali non sono tuttavia forniti). Per un insieme di
pseudopotenziali installare il pacchetto abinit-data.
Please cite:
X. Gonze, B. Amadon, P.-M. Anglade, J.-M. Beuken, F. Bottin, P. Boulanger, F. Bruneval, D. Caliste, R. Caracas, M. Côté, T. Deutsch, L. Genovese, Ph. Ghosez, M. Giantomassi, S. Goedecker, D.R. Hamann, P. Hermet, F. Jollet, G. Jomard, S. Leroux, M. Mancini, S. Mazevet, M. J. T. Oliveira, G. Onida, Y. Pouillon, T. Rangel, G.-M. Rignanese, D. Sangalli, R. Shaltaf, M. Torrent, M. J. Verstraete, G. Zerah and J. W. Zwanziger:
ABINIT: First-principles approach to material and nanosystem properties.
(eprint)
Comput. Phys. Commun.
180(12):2582-2615
(2009)
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cp2k
dinamica molecolare ab initio
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Versions of package cp2k |
Release | Version | Architectures |
stretch | 4.1-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bullseye | 8.1-9 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
jessie | 2.5.1-3 | amd64,armel,armhf,i386 |
sid | 2023.2-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,s390x |
bookworm | 2023.1-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 6.1-2 | amd64,arm64,armhf,i386 |
upstream | 2024.3 |
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License: DFSG free
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CP2K è un programma per fare simulazioni di sistemi allo stato solido,
liquido, sistemi molecolari e biologici. È espressamente pensato per metodi
per strutture elettroniche massivamente paralleli e scalabili linearmente e
per simulazioni di dinamica molecolare ab-initio (AIMD) allo stato
dell'arte. Le sue caratteristiche comprendono:
CP2K è ottimizzato per il metodo misto GPW (gaussiane e onde piane) basato
su pseudopotenziali, ma è in grado di eseguire anche i calcoli a tutti gli
elettroni oppure puramente su onde piane/gaussiane. Le sue funzionalità
includono:
Metodi della teoria della struttura elettronica ab-initio usando il modulo
QUICKSTEP:
- energie e forze della teoria del funzionale della densità (DFT);
- energie e forze Hartree-Fock (HF);
- energie e forze della teoria della perturbazione di secondo ordine di
Moeller-Plesset (MP2);
- energie RPA (Random Phase Approximation);
- fase gassosa e condizioni periodiche al contorno (PBC, Periodic
Boundary Conditions);
- gli insiemi base includono vari orbitali di tipo gaussiano (GTO)
standard, onde piane (PW) pseudopotenziali e un approccio misto
gaussiano e con onde piane (aumentate) (GPW / GAPW);
- pseudo potenziali a norma conservata separabili GTH (Goedecker-Teter-
Hutter) e NLCC (Non-Linear Core Corrected) o calcolo a tutti gli
elettroni;
- pseudopotenziali (PP) incluso il PP a norma conservata separabile
Goedecker-Teter-Hutter (GTH);
- funzionali XC di approssimazione della densità locale (LDA) inclusi
SVWN3, SVWN5, PW92 e PADE;
- funzionali XC a gradiente corretto (GGA) inclusi BLYP, BP86, PW91, PBE e
HCTH120, così come il funzionale XC meta-GCA TPSS;
- funzionali XC ibridi con scambio Hartree-Fock (HFX) esatto inclusi
B3LYP, PBE0 e MCY3;
- funzionali XC doppio-ibrido XC inclusi B2PLYP e B2GPPLYP;
- funzionali XC aggiuntivi attraverso LibXC;
- correzioni di dispersione attraverso modelli di potenziale di coppia
DFT-D2 e DFT-D3;
- correzioni van der Waals non locali per funzionali XC inclusi B88-vdW,
PBE-vdW e B97X-D;
- correzione DFT+U (Hubbard);
- fitting della densità per DFT con Bloechl o DDAPC (Density Derived
Atomic Point Charges), per HFX con metodi ADMM (Auxiliary Density
Matrix Methods) e per MP2/RPA con RI (risoluzione all'identità);
- tecniche per matrici sparse e prescreening per calcolo di matrici
Kohn-Sham (KS) per scalamento lineare;
- minimizzatore del campo autoconsistente (SCF) per trasformazioni di
orbitale (OT) o inversione diretta del sottospazio
iterativo (DIIS);
- metodo LRIGPW (Local Resolution-of-Identity Projector Augmented Wave);
- energie ALMO-SCF (Absolutely Localized Molecular Orbitals SCF) per
scalamento lineare di sistemi molecolari;
- stati eccitati attraverso TDDFPT (teoria della perturbazione della
funzione di densità dipendente dal tempo).
Dinamica molecolare ab-initio:
- dinamica molecolare Born-Oppenheimer (BOMD);
- dinamica molecolare Ehrenfest (EMD);
- estrapolazione PS di funzione d'onda iniziale;
- integratore ASPC (Always Stable Predictor-Corrector) reversibile nel
tempo;
- dinamica molecolare approssimata Car-Parinello stile Langevin
Born-Oppenheimer (dinamica molecolare Car-Parrinello di seconda
generazione, SGCP).
Simulazioni miste quantistiche/classiche (QM/MM):
- approccio multigriglia in spazio reale per la valutazione delle
interazioni di Coulomb tra la parte QM e quella MM;
- trattamento con accoppiamento elettrostatico con scalamento lineare
delle condizioni periodiche al contorno;
- QM/MM adattivo.
Ulteriori funzionalità includono:
- calcoli di energie di singolo punto, ottimizzazioni geometriche e
frequenze;
- svariati algoritmi per NEB (Nudged-Elastic Band) (B-NEB, IT-NEB,
CI-NEB, D-NEB) per calcoli del percorso a energia minima (MEP);
- ottimizzazione globale delle geometrie;
- solvatazione con il modello SCCS (Solvation via the Self-Consistent
Continuum);
- calcoli semi-empirici incluse le parametrizzazioni AM1, RM1, PM3, MNDO,
MNDO-d, PNNL e PM6, DFTB (Density-Functional Tight-Binding) e SCP-TB
(Self-Consistent Polarization Tight-Binding) con o senza condizioni
periodiche al contorno;
- simulazioni di dinamica molecolare (MD) classica in insiemi
microcanonici (NVE) o insiemi canonici (NVT) con campionamento
Nose-Hover e canonico attraverso termostati a riscalamento di velocità
(CSVR);
- metadinamiche inclusa la metadinamica ben-temperata per calcoli
dell'energia libera;
- simulazioni classiche del campo di forza (MM);
- simulazioni KS-DFT Monte-Carlo (MC);
- proprietà statiche (es. spettri) e dinamiche (es. diffusione);
- codice ATOM per generazione di pseudopotenziali;
- ottimizzazione integrata dell'insieme di base molecolare.
CP2K non implementa la dinamica molecolare convenzionale di Car-Parrinello
(CPMD).
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gpaw
DFT e oltre usando il metodo Projector-Augmented Wave
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Versions of package gpaw |
Release | Version | Architectures |
stretch | 1.1.0-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 1.5.1-1 | amd64,arm64,armhf,i386 |
bullseye | 21.1.0-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bookworm | 22.8.0-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
trixie | 24.6.0-1 | amd64,arm64,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
sid | 24.6.0-1 | amd64,arm64,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
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License: DFSG free
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Codice Python per la teoria del funzionale di densità (DFT) basato sul
metodo PAW (Projector-Augmented Wave) e l'ambiente ASE (Atomic
Simulation Environment). Usa i metodi delle griglie uniformi nello spazio
reale e delle griglie multiple, funzioni base centrate sugli atomi o onde
piane.
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nwchem
??? missing short description for package nwchem :-(
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Versions of package nwchem |
Release | Version | Architectures |
buster | 6.8.1-5 | amd64,arm64,armhf,i386 |
bullseye | 7.0.2-1 | amd64,arm64,armhf,i386,mips64el,ppc64el,s390x |
bookworm | 7.0.2-4 | all |
sid | 7.2.3-6 | all |
jessie | 6.5+r26243-4 | amd64,armel,armhf,i386 |
Debtags of package nwchem: |
field | chemistry |
role | program |
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License: DFSG free
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openmx
pacchetto per simulazioni su materiali a nanoscala
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Versions of package openmx |
Release | Version | Architectures |
stretch | 3.7.6-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 3.8.5+dfsg1-1 | amd64,arm64,armhf,i386 |
jessie | 3.7.6-1 | amd64,armel,armhf,i386 |
Debtags of package openmx: |
field | chemistry, physics |
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License: DFSG free
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OpenMX (Open source package for Material eXplorer) è un pacchetto di
programmi per simulazioni su materiali a nanoscala basato su teorie
funzionali di densità (DFT), pseudopotenziali a norma conservata e funzioni
di basi pseudo-atomiche localizzate. Dal momento che il codice è progettato
per la realizzazione di calcoli ab initio su larga-scala su computer
paralleli, si prevede che OpenMX possa essere uno strumento utile e potente
per la scienza dei materiali a nano-scala in un'ampia varietà di sistemi
come biomateriali, nanotubi di carbonio, materiali magnetici e conduttori a
nano-scala.
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quantum-espresso
suite per strutture elettroniche e dinamiche molecolari ab initio
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Versions of package quantum-espresso |
Release | Version | Architectures |
stretch | 6.0-3 | amd64,arm64,armhf,i386,mips,mipsel,ppc64el,s390x |
sid | 6.7-3 | amd64,arm64,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
bullseye | 6.7-2 | amd64,arm64,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
jessie | 5.1+dfsg-3 | amd64,armel,armhf,i386 |
bookworm | 6.7-2 | amd64,arm64,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 6.3-4 | amd64,arm64,armhf,i386 |
Debtags of package quantum-espresso: |
role | program |
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License: DFSG free
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Quantum ESPRESSO (prima chiamato PWscf) è una suite integrata di sorgenti
per calcoli di strutture elettroniche e modellazione di materiali alla
nanoscala. È basato sulla teoria del funzionale densità, sulle onde piane e
sui pseudopotenziali (sia a norma conservata, sia ultrasoft, sia PAW).
Tra le funzionalità vi sono:
- calcoli dello stato fondamentale e della struttura delle bande tramite
sollecitazioni, forze ed energie totali autocoerenti di onde piane;
- pseudopotenziali a norma conservata e ultrasoft (Vanderbilt) separabili,
PAW (Projector Augmented Waves);
- vari funzionali di scambio e correlazione, dalla LDA alle
approssimazioni di gradiente generalizzato (PW91, PBE, B88-P86,
BLYP) fino a funzionali meta-GGA, di scambio esatto (HF) e ibridi
(PBE0, B3LYP, HSE);
- dinamica molecolare Car-Parrinello e Born-Oppenheimer;
- ottimizzazione strutturale che include stati di transizione e percorsi
ad energia minima;
- magnetismo non collineare e accoppiamento spin-orbita;
- proprietà di risposta che includono frequenze di fononi e autovettori,
cariche efficaci e tensori dielettrici, sezioni d'urto Raman ed infrarossi,
spostamenti chimici EPR e NMR;
- proprietà spettroscopiche come l'eccitazione elettronica e le righe K
ed L1 nello spettro di assorbimento ai raggi X (XAS, X-ray Absorption
Spectra).
Please cite:
P. Giannozzi, S. Baroni, N. Bonini, M. Calandra, R. Car, C. Cavazzoni, D. Ceresoli, G. L. Chiarotti, M. Cococcioni, I. Dabo, A. Dal Corso, S. Fabris, G. Fratesi, S. de Gironcoli, R. Gebauer, U. Gerstmann, C. Gougoussis, A. Kokalj, M. Lazzeri, L. Martin-Samos, N. Marzari, F. Mauri, R. Mazzarello, S. Paolini, A. Pasquarello, L. Paulatto, C. Sbraccia, S. Scandolo, G. Sclauzero, A. P. Seitsonen, A. Smogunov, P. Umari and R. M. Wentzcovitch:
QUANTUM ESPRESSO: a modular and open-source software project for quantum simulations of materials.
J. Phys. Condens. Matter
21:395502
(2009)
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wannier90
funzioni di Wannier con localizzazione ottimale - eseguibili
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Versions of package wannier90 |
Release | Version | Architectures |
sid | 3.1.0+ds-10 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
bookworm | 3.1.0+ds-7 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bullseye | 3.1.0+ds-4 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
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License: DFSG free
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Wannier90 è un software per struttura elettronica che calcola funzioni di
Wannier con localizzazione ottimale (MLWF). Funziona sopra ad altro software
per struttura elettronica, come Abinit, FLEUR e PwSCF.
Questo pacchetto fornisce gli eseguibili di Wannier90.
Please cite:
Giovanni Pizzi, Valerio Vitale, Ryotaro Arita, Stefan Blügel, Frank Freimuth, Guillaume G{\'{e}}ranton, Marco Gibertini, Dominik Gresch, Charles Johnson, Takashi Koretsune, Julen Iba{\~{n}}ez-Azpiroz, Hyungjun Lee, Jae-Mo Lihm, Daniel Marchand, Antimo Marrazzo, Yuriy Mokrousov, Jamal I Mustafa, Yoshiro Nohara, Yusuke Nomura, Lorenzo Paulatto, Samuel Ponc{\'{e}}, Thomas Ponweiser, Junfeng Qiao, Florian Thöle, Stepan S Tsirkin, Ma{\l}gorzata Wierzbowska, Nicola Marzari, David Vanderbilt, Ivo Souza, Arash A Mostofi and Jonathan R Yates:
Wannier90 as a community code: new features and applications.
Journal of Physics: Condensed Matter
32(16):165902
(2020)
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