DebiChem Project
Summary
Molecular Dynamics
dinamica molecolare per DebiChem

Questo metapacchetto installa i pacchetti di dinamica molecolare che possono essere utili per i chimici.

Description

For a better overview of the project's availability as a Debian package, each head row has a color code according to this scheme:

If you discover a project which looks like a good candidate for DebiChem to you, or if you have prepared an unofficial Debian package, please do not hesitate to send a description of that project to the DebiChem mailing list

Links to other tasks

DebiChem Molecular Dynamics packages

Official Debian packages with high relevance

adun.app
simulatore molecolare per GNUstep (GUI)
Versions of package adun.app
ReleaseVersionArchitectures
bullseye0.81-14amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bookworm0.81-14amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
trixie0.81-14amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
sid0.81-14amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
jessie0.81-6amd64,armel,armhf,i386
stretch0.81-9amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster0.81-13amd64,arm64,armhf,i386
Debtags of package adun.app:
fieldbiology, biology:structural
interfacex11
roleprogram
scopeapplication
suitegnustep
uitoolkitgnustep
useanalysing, organizing, viewing
works-with3dmodel, db
x11application
Popcon: 6 users (5 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Adun è un simulatore biomolecolare che include anche capacità di gestione e analisi di dati. È stato sviluppato presso il Laboratorio di Biofisica e Biochimica Computazionale, una sezione dell'Unità di Ricerca sull'Informatica Biomedica dell'UPF (Universitat Pompeu Fabra).

Questo pacchetto contiene UL, il frontend con interfaccia utente grafica per Adun.

Please cite: Michael A. Johnston, Ignacio Fdez. Galván and Jordi Villà-Freixa: Framework-based design of a new all-purpose molecular simulation application: The Adun simulator. (PubMed) J. Comp. Chem. 26(15):1647-1659 (2005)
Screenshots of package adun.app
cp2k
dinamica molecolare ab initio
Versions of package cp2k
ReleaseVersionArchitectures
jessie2.5.1-3amd64,armel,armhf,i386
sid2023.2-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,s390x
bookworm2023.1-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye8.1-9amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster6.1-2amd64,arm64,armhf,i386
stretch4.1-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
upstream2024.3
Popcon: 12 users (3 upd.)*
Newer upstream!
License: DFSG free
Git

CP2K è un programma per fare simulazioni di sistemi allo stato solido, liquido, sistemi molecolari e biologici. È espressamente pensato per metodi per strutture elettroniche massivamente paralleli e scalabili linearmente e per simulazioni di dinamica molecolare ab-initio (AIMD) allo stato dell'arte. Le sue caratteristiche comprendono:

CP2K è ottimizzato per il metodo misto GPW (gaussiane e onde piane) basato su pseudopotenziali, ma è in grado di eseguire anche i calcoli a tutti gli elettroni oppure puramente su onde piane/gaussiane. Le sue funzionalità includono:

Metodi della teoria della struttura elettronica ab-initio usando il modulo QUICKSTEP:

  • energie e forze della teoria del funzionale della densità (DFT);
  • energie e forze Hartree-Fock (HF);
  • energie e forze della teoria della perturbazione di secondo ordine di Moeller-Plesset (MP2);
  • energie RPA (Random Phase Approximation);
  • fase gassosa e condizioni periodiche al contorno (PBC, Periodic Boundary Conditions);
  • gli insiemi base includono vari orbitali di tipo gaussiano (GTO) standard, onde piane (PW) pseudopotenziali e un approccio misto gaussiano e con onde piane (aumentate) (GPW / GAPW);
  • pseudo potenziali a norma conservata separabili GTH (Goedecker-Teter- Hutter) e NLCC (Non-Linear Core Corrected) o calcolo a tutti gli elettroni;
  • pseudopotenziali (PP) incluso il PP a norma conservata separabile Goedecker-Teter-Hutter (GTH);
  • funzionali XC di approssimazione della densità locale (LDA) inclusi SVWN3, SVWN5, PW92 e PADE;
  • funzionali XC a gradiente corretto (GGA) inclusi BLYP, BP86, PW91, PBE e HCTH120, così come il funzionale XC meta-GCA TPSS;
  • funzionali XC ibridi con scambio Hartree-Fock (HFX) esatto inclusi B3LYP, PBE0 e MCY3;
  • funzionali XC doppio-ibrido XC inclusi B2PLYP e B2GPPLYP;
  • funzionali XC aggiuntivi attraverso LibXC;
  • correzioni di dispersione attraverso modelli di potenziale di coppia DFT-D2 e DFT-D3;
  • correzioni van der Waals non locali per funzionali XC inclusi B88-vdW, PBE-vdW e B97X-D;
  • correzione DFT+U (Hubbard);
  • fitting della densità per DFT con Bloechl o DDAPC (Density Derived Atomic Point Charges), per HFX con metodi ADMM (Auxiliary Density Matrix Methods) e per MP2/RPA con RI (risoluzione all'identità);
  • tecniche per matrici sparse e prescreening per calcolo di matrici Kohn-Sham (KS) per scalamento lineare;
  • minimizzatore del campo autoconsistente (SCF) per trasformazioni di orbitale (OT) o inversione diretta del sottospazio iterativo (DIIS);
  • metodo LRIGPW (Local Resolution-of-Identity Projector Augmented Wave);
  • energie ALMO-SCF (Absolutely Localized Molecular Orbitals SCF) per scalamento lineare di sistemi molecolari;
  • stati eccitati attraverso TDDFPT (teoria della perturbazione della funzione di densità dipendente dal tempo).

Dinamica molecolare ab-initio:

  • dinamica molecolare Born-Oppenheimer (BOMD);
  • dinamica molecolare Ehrenfest (EMD);
  • estrapolazione PS di funzione d'onda iniziale;
  • integratore ASPC (Always Stable Predictor-Corrector) reversibile nel tempo;
  • dinamica molecolare approssimata Car-Parinello stile Langevin Born-Oppenheimer (dinamica molecolare Car-Parrinello di seconda generazione, SGCP).

Simulazioni miste quantistiche/classiche (QM/MM):

  • approccio multigriglia in spazio reale per la valutazione delle interazioni di Coulomb tra la parte QM e quella MM;
  • trattamento con accoppiamento elettrostatico con scalamento lineare delle condizioni periodiche al contorno;
  • QM/MM adattivo.

Ulteriori funzionalità includono:

  • calcoli di energie di singolo punto, ottimizzazioni geometriche e frequenze;
  • svariati algoritmi per NEB (Nudged-Elastic Band) (B-NEB, IT-NEB, CI-NEB, D-NEB) per calcoli del percorso a energia minima (MEP);
  • ottimizzazione globale delle geometrie;
  • solvatazione con il modello SCCS (Solvation via the Self-Consistent Continuum);
  • calcoli semi-empirici incluse le parametrizzazioni AM1, RM1, PM3, MNDO, MNDO-d, PNNL e PM6, DFTB (Density-Functional Tight-Binding) e SCP-TB (Self-Consistent Polarization Tight-Binding) con o senza condizioni periodiche al contorno;
  • simulazioni di dinamica molecolare (MD) classica in insiemi microcanonici (NVE) o insiemi canonici (NVT) con campionamento Nose-Hover e canonico attraverso termostati a riscalamento di velocità (CSVR);
  • metadinamiche inclusa la metadinamica ben-temperata per calcoli dell'energia libera;
  • simulazioni classiche del campo di forza (MM);
  • simulazioni KS-DFT Monte-Carlo (MC);
  • proprietà statiche (es. spettri) e dinamiche (es. diffusione);
  • codice ATOM per generazione di pseudopotenziali;
  • ottimizzazione integrata dell'insieme di base molecolare.

CP2K non implementa la dinamica molecolare convenzionale di Car-Parrinello (CPMD).

cpptraj
analisi veloce e parallela di dati di traiettorie di dinamica molecolare
Versions of package cpptraj
ReleaseVersionArchitectures
trixie5.1.0+dfsg-4amd64
sid5.1.0+dfsg-4amd64
upstream6.4.4
Popcon: users ( upd.)*
Newer upstream!
License: DFSG free
Git

CPPTRAJ è un programma progettato per elaborare e analizzare traiettorie di dinamica molecolare e relativi insiemi di dati derivati dalla loro analisi. CPPTRAJ supporta molti popolari pacchetti di software per dinamica molecolare inclusi Amber, CHARMM, Gromacs e NAMD.

gromacs
simulatore di dinamica molecolare, con strumenti di costruzione e di analisi
Versions of package gromacs
ReleaseVersionArchitectures
bookworm2022.5-2amd64,arm64,mips64el,ppc64el,s390x
jessie5.0.2-1amd64,armel,armhf,i386
stretch2016.1-2amd64,arm64,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster2019.1-1amd64,arm64,armhf,i386
bullseye2020.6-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
trixie2024.3-2amd64,arm64,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
sid2024.4-1amd64,arm64,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
Debtags of package gromacs:
fieldbiology, biology:structural, chemistry
interfacecommandline, x11
roleprogram
uitoolkitxlib
x11application
Popcon: 22 users (18 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

GROMACS è un pacchetto versatile per l'esecuzione di dinamiche molecolari, ovvero simulazioni delle equazioni newtoniane del moto per sistemi con un numero di particelle tra le centinaia e i milioni.

Progettato principalmente per biomolecole come proteine e lipidi con molte complesse interazioni di legame, GROMACS, essendo estremamente veloce nei calcoli per le interazioni di non-legame (che solitamente dominano le simulazioni) è anche utilizzato da molti gruppi per ricerche su sistemi non biologici, come ad esempio polimeri.

Il pacchetto contiene varianti sia per l'esecuzione su una macchina singola sia per l'uso dell'interfaccia MPI su più macchine.

Please cite: Berk Hess, Carsten Kutzner, David van der Spoel and Erik Lindahl: GROMACS 4: Algorithms for Highly Efficient, Load-Balanced, and Scalable Molecular Simulation. (eprint) J. Chem. Theory Comput. 4(3):435-447 (2008)
Registry entries: Bio.tools  SciCrunch  Bioconda 
lammps
simulatore di dinamiche molecolari
Versions of package lammps
ReleaseVersionArchitectures
stretch0~20161109.git9806da6-7amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster0~20181211.gitad1b1897d+dfsg1-2amd64,arm64,armhf,i386
sid20240207+dfsg-1.1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
buster-backports20191120+dfsg1-2~bpo10+1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye20210122~gita77bb+ds1-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bookworm20220106.git7586adbb6a+ds1-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie0~20140523.gite5e877d-1amd64,armel,armhf,i386
stretch-backports0~20181211.gitad1b1897d+dfsg1-1~bpo9+1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
upstream20240829
Popcon: 11 users (5 upd.)*
Newer upstream!
License: DFSG free
Git

LAMMPS è il classico codice per dinamica molecolare e un acronimo per Large-scale Atomic/Molecular Massively Parallel Simulator (simulatore atomico/molecolare su grande scala massicciamente parallelo).

LAMMPS ha i potenziali per materiali flessibili (biomolecole, polimeri) e materiali a stato solido (metalli, semiconduttori) e sistemi mesoscopici o a grana grossa. Può essere usato per modellare atomi o, più genericamente, come simulatore parallelo di particelle a scala atomica, meso o continua.

LAMMPS funziona su processori singoli o in parallelo usando tecniche di passaggio di messaggi e decomposizione spaziale del dominio di simulazione. Il codice è progettato per essere facile da modificare o estendere con nuove funzionalità.

Screenshots of package lammps
nwchem
??? missing short description for package nwchem :-(
Versions of package nwchem
ReleaseVersionArchitectures
sid7.2.3-4all
jessie6.5+r26243-4amd64,armel,armhf,i386
buster6.8.1-5amd64,arm64,armhf,i386
bullseye7.0.2-1amd64,arm64,armhf,i386,mips64el,ppc64el,s390x
bookworm7.0.2-4all
trixie7.2.2-2all
sid7.2.2-2all
sid7.2.3-3all
Debtags of package nwchem:
fieldchemistry
roleprogram
Popcon: 9 users (3 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git
Please cite: M. Valiev, E.J. Bylaska, N. Govind, K. Kowalski, T.P. Straatsma, H.J.J. van Dam, D. Wang, J. Nieplocha, E. Apra, T.L. Windus and W.A. de Jong: NWChem: a comprehensive and scalable open-source solution for large scale molecular simulations. Comput. Phys. Commun. 181(9):1477-1489 (2010)
Screenshots of package nwchem
python3-parmed
parameter and topology file editor and molecular mechanical simulator
Versions of package python3-parmed
ReleaseVersionArchitectures
trixie4.2.2+dfsg-3amd64,arm64,ppc64el
sid4.2.2+dfsg-3amd64,arm64,ppc64el
bookworm3.4.3+dfsg-1amd64,arm64,ppc64el
upstream4.3.0
Popcon: 1 users (1 upd.)*
Newer upstream!
License: DFSG free
Git

ParmEd is a package designed to facilitate creating and easily manipulating molecular systems that are fully described by a common classical force field. Supported force fields include Amber, CHARMM, AMOEBA, and several others that share a similar functional form (e.g., GROMOS).

ParmEd is capable of reading and writing to a wide array of different file formats, like the Amber topology and coordinate files, CHARMM PSF, parameter, topology, and coordinate files, Tinker parameter, topology, and coordinate files, and many others. The expressive central data structure (the 'Structure' class) makes it easy to quickly and safely manipulate a chemical system, its underlying topology, and force field parameters describing its potential energy function.

There are two parts of ParmEd -- a documented API that one can incorporate into their own Python scripts and programs, and a GUI/CLI pair of programs that provides a means to quickly perform various modifications to chemical systems for rapid prototyping.

The API also provides bindings to the OpenMM library, permitting one to carry out full molecular dynamics investigations using ParmEd on high-performant hardware, like AMD and NVidia GPUs.

python3-prody
pacchetto Python per analisi di dinamica di proteine
Versions of package python3-prody
ReleaseVersionArchitectures
sid2.3.1+dfsg-3i386
sid2.4.1+dfsg-2amd64,arm64,armel,armhf,mips64el,ppc64el,riscv64
bookworm2.3.1+dfsg-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el
upstream2.5.0rc0
Popcon: 1 users (0 upd.)*
Newer upstream!
License: DFSG free
Git

ProDy è un pacchetto Python libero e open source per analisi di struttura, dinamica e sequenze di proteine. Permette l'analisi comparativa e la modellazione di dinamiche strutturali e co-evoluzione di sequenze di proteine. L'API veloce e flessibile di ProDy è per l'uso interattivo e per lo sviluppo di applicazioni. ProDy viene fornito anche con diverse applicazioni di analisi e un'interfaccia utente grafica per l'analisi visuale.

votca
analisi di dinamiche molecolari - grana grossa e trasporto di carica
Versions of package votca
ReleaseVersionArchitectures
bookworm2022.1-1amd64,arm64,mips64el,ppc64el,s390x
sid2024.1-1amd64,arm64,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
trixie2024.1-1amd64,arm64,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
upstream2024.2
Popcon: 2 users (0 upd.)*
Newer upstream!
License: DFSG free
Git

VOTCA (Versatile Object-Oriented Toolkit for Coarse-Graining Applications) è un pacchetto di modellazione per l'analisi di dati di dinamiche molecolari, lo sviluppo di tecniche sistematiche a grana grossa e metodi usati per simulare il trasporto di cariche microscopiche in semiconduttori disordinati.

Numerosi pacchetti per dinamica molecolare, inclusi GROMACS, ESPREesSo e LAMPPS, ma non solo, possono essere usati insieme a VOTCA.

Questo pacchetto contiene programmi utente per il toolkit a grana grossa (CSG) e il toolkit di trasporto di eccitazione (XTP).

Please cite: Victor Ruehle, Christoph Junghans, Alexander Lukyanov, Kurt Kremer and Denis Andrienko: Versatile object-oriented toolkit for coarse-graining applications. J. Chem. Theo. Comp. 5:3211-3223 (2009)

Packaging has started and developers might try the packaging code in VCS

dl-poly-classic
General purpose molecular dynamics simulation package
Versions of package dl-poly-classic
ReleaseVersionArchitectures
VCS1.10+dfsg-1all
Versions and Archs
License: BSD-3-Clause
Debian package not available
Git
Version: 1.10+dfsg-1

DL_POLY Classic is a general purpose (parallel and serial) molecular dynamics simulation package.

*Popularitycontest results: number of people who use this package regularly (number of people who upgraded this package recently) out of 245494