Summary
Molecular Dynamics
dinamica molecolare per DebiChem
Questo metapacchetto installa i pacchetti di dinamica molecolare che
possono essere utili per i chimici.
Description
For a better overview of the project's availability as a Debian package, each head row has a color code according to this scheme:
If you discover a project which looks like a good candidate for DebiChem
to you, or if you have prepared an unofficial Debian package, please do not hesitate to
send a description of that project to the DebiChem mailing list
Links to other tasks
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DebiChem Molecular Dynamics packages
Official Debian packages with high relevance
adun.app
simulatore molecolare per GNUstep (GUI)
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Versions of package adun.app |
Release | Version | Architectures |
bullseye | 0.81-14 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bookworm | 0.81-14 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
trixie | 0.81-14 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
sid | 0.81-14 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
jessie | 0.81-6 | amd64,armel,armhf,i386 |
stretch | 0.81-9 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 0.81-13 | amd64,arm64,armhf,i386 |
Debtags of package adun.app: |
field | biology, biology:structural |
interface | x11 |
role | program |
scope | application |
suite | gnustep |
uitoolkit | gnustep |
use | analysing, organizing, viewing |
works-with | 3dmodel, db |
x11 | application |
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License: DFSG free
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Adun è un simulatore biomolecolare che include anche capacità di gestione e
analisi di dati. È stato sviluppato presso il Laboratorio di Biofisica e
Biochimica Computazionale, una sezione dell'Unità di Ricerca
sull'Informatica Biomedica dell'UPF (Universitat Pompeu Fabra).
Questo pacchetto contiene UL, il frontend con interfaccia utente grafica
per Adun.
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cp2k
dinamica molecolare ab initio
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Versions of package cp2k |
Release | Version | Architectures |
jessie | 2.5.1-3 | amd64,armel,armhf,i386 |
sid | 2023.2-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,s390x |
bookworm | 2023.1-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bullseye | 8.1-9 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 6.1-2 | amd64,arm64,armhf,i386 |
stretch | 4.1-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
upstream | 2024.3 |
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License: DFSG free
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CP2K è un programma per fare simulazioni di sistemi allo stato solido,
liquido, sistemi molecolari e biologici. È espressamente pensato per metodi
per strutture elettroniche massivamente paralleli e scalabili linearmente e
per simulazioni di dinamica molecolare ab-initio (AIMD) allo stato
dell'arte. Le sue caratteristiche comprendono:
CP2K è ottimizzato per il metodo misto GPW (gaussiane e onde piane) basato
su pseudopotenziali, ma è in grado di eseguire anche i calcoli a tutti gli
elettroni oppure puramente su onde piane/gaussiane. Le sue funzionalità
includono:
Metodi della teoria della struttura elettronica ab-initio usando il modulo
QUICKSTEP:
- energie e forze della teoria del funzionale della densità (DFT);
- energie e forze Hartree-Fock (HF);
- energie e forze della teoria della perturbazione di secondo ordine di
Moeller-Plesset (MP2);
- energie RPA (Random Phase Approximation);
- fase gassosa e condizioni periodiche al contorno (PBC, Periodic
Boundary Conditions);
- gli insiemi base includono vari orbitali di tipo gaussiano (GTO)
standard, onde piane (PW) pseudopotenziali e un approccio misto
gaussiano e con onde piane (aumentate) (GPW / GAPW);
- pseudo potenziali a norma conservata separabili GTH (Goedecker-Teter-
Hutter) e NLCC (Non-Linear Core Corrected) o calcolo a tutti gli
elettroni;
- pseudopotenziali (PP) incluso il PP a norma conservata separabile
Goedecker-Teter-Hutter (GTH);
- funzionali XC di approssimazione della densità locale (LDA) inclusi
SVWN3, SVWN5, PW92 e PADE;
- funzionali XC a gradiente corretto (GGA) inclusi BLYP, BP86, PW91, PBE e
HCTH120, così come il funzionale XC meta-GCA TPSS;
- funzionali XC ibridi con scambio Hartree-Fock (HFX) esatto inclusi
B3LYP, PBE0 e MCY3;
- funzionali XC doppio-ibrido XC inclusi B2PLYP e B2GPPLYP;
- funzionali XC aggiuntivi attraverso LibXC;
- correzioni di dispersione attraverso modelli di potenziale di coppia
DFT-D2 e DFT-D3;
- correzioni van der Waals non locali per funzionali XC inclusi B88-vdW,
PBE-vdW e B97X-D;
- correzione DFT+U (Hubbard);
- fitting della densità per DFT con Bloechl o DDAPC (Density Derived
Atomic Point Charges), per HFX con metodi ADMM (Auxiliary Density
Matrix Methods) e per MP2/RPA con RI (risoluzione all'identità);
- tecniche per matrici sparse e prescreening per calcolo di matrici
Kohn-Sham (KS) per scalamento lineare;
- minimizzatore del campo autoconsistente (SCF) per trasformazioni di
orbitale (OT) o inversione diretta del sottospazio
iterativo (DIIS);
- metodo LRIGPW (Local Resolution-of-Identity Projector Augmented Wave);
- energie ALMO-SCF (Absolutely Localized Molecular Orbitals SCF) per
scalamento lineare di sistemi molecolari;
- stati eccitati attraverso TDDFPT (teoria della perturbazione della
funzione di densità dipendente dal tempo).
Dinamica molecolare ab-initio:
- dinamica molecolare Born-Oppenheimer (BOMD);
- dinamica molecolare Ehrenfest (EMD);
- estrapolazione PS di funzione d'onda iniziale;
- integratore ASPC (Always Stable Predictor-Corrector) reversibile nel
tempo;
- dinamica molecolare approssimata Car-Parinello stile Langevin
Born-Oppenheimer (dinamica molecolare Car-Parrinello di seconda
generazione, SGCP).
Simulazioni miste quantistiche/classiche (QM/MM):
- approccio multigriglia in spazio reale per la valutazione delle
interazioni di Coulomb tra la parte QM e quella MM;
- trattamento con accoppiamento elettrostatico con scalamento lineare
delle condizioni periodiche al contorno;
- QM/MM adattivo.
Ulteriori funzionalità includono:
- calcoli di energie di singolo punto, ottimizzazioni geometriche e
frequenze;
- svariati algoritmi per NEB (Nudged-Elastic Band) (B-NEB, IT-NEB,
CI-NEB, D-NEB) per calcoli del percorso a energia minima (MEP);
- ottimizzazione globale delle geometrie;
- solvatazione con il modello SCCS (Solvation via the Self-Consistent
Continuum);
- calcoli semi-empirici incluse le parametrizzazioni AM1, RM1, PM3, MNDO,
MNDO-d, PNNL e PM6, DFTB (Density-Functional Tight-Binding) e SCP-TB
(Self-Consistent Polarization Tight-Binding) con o senza condizioni
periodiche al contorno;
- simulazioni di dinamica molecolare (MD) classica in insiemi
microcanonici (NVE) o insiemi canonici (NVT) con campionamento
Nose-Hover e canonico attraverso termostati a riscalamento di velocità
(CSVR);
- metadinamiche inclusa la metadinamica ben-temperata per calcoli
dell'energia libera;
- simulazioni classiche del campo di forza (MM);
- simulazioni KS-DFT Monte-Carlo (MC);
- proprietà statiche (es. spettri) e dinamiche (es. diffusione);
- codice ATOM per generazione di pseudopotenziali;
- ottimizzazione integrata dell'insieme di base molecolare.
CP2K non implementa la dinamica molecolare convenzionale di Car-Parrinello
(CPMD).
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cpptraj
analisi veloce e parallela di dati di traiettorie di dinamica molecolare
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Versions of package cpptraj |
Release | Version | Architectures |
trixie | 5.1.0+dfsg-4 | amd64 |
sid | 5.1.0+dfsg-4 | amd64 |
upstream | 6.4.4 |
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License: DFSG free
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CPPTRAJ è un programma progettato per elaborare e analizzare traiettorie di
dinamica molecolare e relativi insiemi di dati derivati dalla loro analisi.
CPPTRAJ supporta molti popolari pacchetti di software per dinamica
molecolare inclusi Amber, CHARMM, Gromacs e NAMD.
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gromacs
simulatore di dinamica molecolare, con strumenti di costruzione e di analisi
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Versions of package gromacs |
Release | Version | Architectures |
bookworm | 2022.5-2 | amd64,arm64,mips64el,ppc64el,s390x |
jessie | 5.0.2-1 | amd64,armel,armhf,i386 |
stretch | 2016.1-2 | amd64,arm64,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 2019.1-1 | amd64,arm64,armhf,i386 |
bullseye | 2020.6-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
trixie | 2024.3-2 | amd64,arm64,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
sid | 2024.4-1 | amd64,arm64,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
Debtags of package gromacs: |
field | biology, biology:structural, chemistry |
interface | commandline, x11 |
role | program |
uitoolkit | xlib |
x11 | application |
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License: DFSG free
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GROMACS è un pacchetto versatile per l'esecuzione di dinamiche molecolari,
ovvero simulazioni delle equazioni newtoniane del moto per sistemi con un
numero di particelle tra le centinaia e i milioni.
Progettato principalmente per biomolecole come proteine e lipidi con molte
complesse interazioni di legame, GROMACS, essendo estremamente veloce nei
calcoli per le interazioni di non-legame (che solitamente dominano le
simulazioni) è anche utilizzato da molti gruppi per ricerche su sistemi
non biologici, come ad esempio polimeri.
Il pacchetto contiene varianti sia per l'esecuzione su una macchina singola
sia per l'uso dell'interfaccia MPI su più macchine.
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lammps
simulatore di dinamiche molecolari
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Versions of package lammps |
Release | Version | Architectures |
stretch | 0~20161109.git9806da6-7 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 0~20181211.gitad1b1897d+dfsg1-2 | amd64,arm64,armhf,i386 |
sid | 20240207+dfsg-1.1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
buster-backports | 20191120+dfsg1-2~bpo10+1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bullseye | 20210122~gita77bb+ds1-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bookworm | 20220106.git7586adbb6a+ds1-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
jessie | 0~20140523.gite5e877d-1 | amd64,armel,armhf,i386 |
stretch-backports | 0~20181211.gitad1b1897d+dfsg1-1~bpo9+1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
upstream | 20240829 |
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License: DFSG free
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LAMMPS è il classico codice per dinamica molecolare e un acronimo per
Large-scale Atomic/Molecular Massively Parallel Simulator (simulatore
atomico/molecolare su grande scala massicciamente parallelo).
LAMMPS ha i potenziali per materiali flessibili (biomolecole, polimeri) e
materiali a stato solido (metalli, semiconduttori) e sistemi mesoscopici o
a grana grossa. Può essere usato per modellare atomi o, più genericamente,
come simulatore parallelo di particelle a scala atomica, meso o continua.
LAMMPS funziona su processori singoli o in parallelo usando tecniche di
passaggio di messaggi e decomposizione spaziale del dominio di simulazione.
Il codice è progettato per essere facile da modificare o estendere con
nuove funzionalità.
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nwchem
??? missing short description for package nwchem :-(
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Versions of package nwchem |
Release | Version | Architectures |
sid | 7.2.3-4 | all |
jessie | 6.5+r26243-4 | amd64,armel,armhf,i386 |
buster | 6.8.1-5 | amd64,arm64,armhf,i386 |
bullseye | 7.0.2-1 | amd64,arm64,armhf,i386,mips64el,ppc64el,s390x |
bookworm | 7.0.2-4 | all |
trixie | 7.2.2-2 | all |
sid | 7.2.2-2 | all |
sid | 7.2.3-3 | all |
Debtags of package nwchem: |
field | chemistry |
role | program |
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License: DFSG free
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python3-parmed
parameter and topology file editor and molecular mechanical simulator
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Versions of package python3-parmed |
Release | Version | Architectures |
trixie | 4.2.2+dfsg-3 | amd64,arm64,ppc64el |
sid | 4.2.2+dfsg-3 | amd64,arm64,ppc64el |
bookworm | 3.4.3+dfsg-1 | amd64,arm64,ppc64el |
upstream | 4.3.0 |
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License: DFSG free
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ParmEd is a package designed to facilitate creating and easily manipulating
molecular systems that are fully described by a common classical force field.
Supported force fields include Amber, CHARMM, AMOEBA, and several others that
share a similar functional form (e.g., GROMOS).
ParmEd is capable of reading and writing to a wide array of different file
formats, like the Amber topology and coordinate files, CHARMM PSF, parameter,
topology, and coordinate files, Tinker parameter, topology, and coordinate
files, and many others. The expressive central data structure (the 'Structure'
class) makes it easy to quickly and safely manipulate a chemical system, its
underlying topology, and force field parameters describing its potential energy
function.
There are two parts of ParmEd -- a documented API that one can incorporate into
their own Python scripts and programs, and a GUI/CLI pair of programs that
provides a means to quickly perform various modifications to chemical systems
for rapid prototyping.
The API also provides bindings to the OpenMM library, permitting one to carry
out full molecular dynamics investigations using ParmEd on high-performant
hardware, like AMD and NVidia GPUs.
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python3-prody
pacchetto Python per analisi di dinamica di proteine
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Versions of package python3-prody |
Release | Version | Architectures |
sid | 2.3.1+dfsg-3 | i386 |
sid | 2.4.1+dfsg-2 | amd64,arm64,armel,armhf,mips64el,ppc64el,riscv64 |
bookworm | 2.3.1+dfsg-3 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el |
upstream | 2.5.0rc0 |
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License: DFSG free
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ProDy è un pacchetto Python libero e open source per analisi di struttura,
dinamica e sequenze di proteine. Permette l'analisi comparativa e la
modellazione di dinamiche strutturali e co-evoluzione di sequenze di
proteine. L'API veloce e flessibile di ProDy è per l'uso interattivo e per
lo sviluppo di applicazioni. ProDy viene fornito anche con diverse
applicazioni di analisi e un'interfaccia utente grafica per l'analisi
visuale.
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votca
analisi di dinamiche molecolari - grana grossa e trasporto di carica
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Versions of package votca |
Release | Version | Architectures |
bookworm | 2022.1-1 | amd64,arm64,mips64el,ppc64el,s390x |
sid | 2024.1-1 | amd64,arm64,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
trixie | 2024.1-1 | amd64,arm64,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
upstream | 2024.2 |
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License: DFSG free
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VOTCA (Versatile Object-Oriented Toolkit for Coarse-Graining Applications)
è un pacchetto di modellazione per l'analisi di dati di dinamiche
molecolari, lo sviluppo di tecniche sistematiche a grana grossa e metodi
usati per simulare il trasporto di cariche microscopiche in semiconduttori
disordinati.
Numerosi pacchetti per dinamica molecolare, inclusi GROMACS, ESPREesSo e
LAMPPS, ma non solo, possono essere usati insieme a VOTCA.
Questo pacchetto contiene programmi utente per il toolkit a grana grossa
(CSG) e il toolkit di trasporto di eccitazione (XTP).
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Packaging has started and developers might try the packaging code in VCS
dl-poly-classic
General purpose molecular dynamics simulation package
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Versions of package dl-poly-classic |
Release | Version | Architectures |
VCS | 1.10+dfsg-1 | all |
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License: BSD-3-Clause
Debian package not available
Version: 1.10+dfsg-1
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DL_POLY Classic is a general purpose (parallel and serial) molecular
dynamics simulation package.
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