Summary
Molecular Dynamics
dinamica molecolare per DebiChem
Questo metapacchetto installa i pacchetti di dinamica molecolare che
possono essere utili per i chimici.
Description
For a better overview of the project's availability as a Debian package, each head row has a color code according to this scheme:
If you discover a project which looks like a good candidate for DebiChem
to you, or if you have prepared an unofficial Debian package, please do not hesitate to
send a description of that project to the DebiChem mailing list
Links to other tasks
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DebiChem Molecular Dynamics packages
Official Debian packages with high relevance
adun.app
simulatore molecolare per GNUstep (GUI)
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Versions of package adun.app |
Release | Version | Architectures |
bullseye | 0.81-14 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bookworm | 0.81-14 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
trixie | 0.81-14 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,s390x |
sid | 0.81-14 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
jessie | 0.81-6 | amd64,armel,armhf,i386 |
stretch | 0.81-9 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 0.81-13 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
Debtags of package adun.app: |
field | biology, biology:structural |
interface | x11 |
role | program |
scope | application |
suite | gnustep |
uitoolkit | gnustep |
use | analysing, organizing, viewing |
works-with | 3dmodel, db |
x11 | application |
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License: DFSG free
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Adun è un simulatore biomolecolare che include anche capacità di gestione e
analisi di dati. È stato sviluppato presso il Laboratorio di Biofisica e
Biochimica Computazionale, una sezione dell'Unità di Ricerca
sull'Informatica Biomedica dell'UPF (Universitat Pompeu Fabra).
Questo pacchetto contiene UL, il frontend con interfaccia utente grafica
per Adun.
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cp2k
dinamica molecolare ab initio
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Versions of package cp2k |
Release | Version | Architectures |
buster | 6.1-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bullseye | 8.1-9 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
sid | 2023.2-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,s390x |
jessie | 2.5.1-3 | amd64,armel,armhf,i386 |
bookworm | 2023.1-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
stretch | 4.1-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
upstream | 2024.1 |
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License: DFSG free
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CP2K è un programma per fare simulazioni di sistemi allo stato solido,
liquido, sistemi molecolari e biologici. È espressamente pensato per metodi
per strutture elettroniche massivamente paralleli e scalabili linearmente e
per simulazioni di dinamica molecolare ab-initio (AIMD) allo stato
dell'arte. Le sue caratteristiche comprendono:
CP2K è ottimizzato per il metodo misto GPW (gaussiane e onde piane) basato
su pseudopotenziali, ma è in grado di eseguire anche i calcoli a tutti gli
elettroni oppure puramente su onde piane/gaussiane. Le sue funzionalità
includono:
Metodi della teoria della struttura elettronica ab-initio usando il modulo
QUICKSTEP:
- energie e forze della teoria del funzionale della densità (DFT);
- energie e forze Hartree-Fock (HF);
- energie e forze della teoria della perturbazione di secondo ordine di
Moeller-Plesset (MP2);
- energie RPA (Random Phase Approximation);
- fase gassosa e condizioni periodiche al contorno (PBC, Periodic
Boundary Conditions);
- gli insiemi base includono vari orbitali di tipo gaussiano (GTO)
standard, onde piane (PW) pseudopotenziali e un approccio misto
gaussiano e con onde piane (aumentate) (GPW / GAPW);
- pseudo potenziali a norma conservata separabili GTH (Goedecker-Teter-
Hutter) e NLCC (Non-Linear Core Corrected) o calcolo a tutti gli
elettroni;
- pseudopotenziali (PP) incluso il PP a norma conservata separabile
Goedecker-Teter-Hutter (GTH);
- funzionali XC di approssimazione della densità locale (LDA) inclusi
SVWN3, SVWN5, PW92 e PADE;
- funzionali XC a gradiente corretto (GGA) inclusi BLYP, BP86, PW91, PBE e
HCTH120, così come il funzionale XC meta-GCA TPSS;
- funzionali XC ibridi con scambio Hartree-Fock (HFX) esatto inclusi
B3LYP, PBE0 e MCY3;
- funzionali XC doppio-ibrido XC inclusi B2PLYP e B2GPPLYP;
- funzionali XC aggiuntivi attraverso LibXC;
- correzioni di dispersione attraverso modelli di potenziale di coppia
DFT-D2 e DFT-D3;
- correzioni van der Waals non locali per funzionali XC inclusi B88-vdW,
PBE-vdW e B97X-D;
- correzione DFT+U (Hubbard);
- fitting della densità per DFT con Bloechl o DDAPC (Density Derived
Atomic Point Charges), per HFX con metodi ADMM (Auxiliary Density
Matrix Methods) e per MP2/RPA con RI (risoluzione all'identità);
- tecniche per matrici sparse e prescreening per calcolo di matrici
Kohn-Sham (KS) per scalamento lineare;
- minimizzatore del campo autoconsistente (SCF) per trasformazioni di
orbitale (OT) o inversione diretta del sottospazio
iterativo (DIIS);
- metodo LRIGPW (Local Resolution-of-Identity Projector Augmented Wave);
- energie ALMO-SCF (Absolutely Localized Molecular Orbitals SCF) per
scalamento lineare di sistemi molecolari;
- stati eccitati attraverso TDDFPT (teoria della perturbazione della
funzione di densità dipendente dal tempo).
Dinamica molecolare ab-initio:
- dinamica molecolare Born-Oppenheimer (BOMD);
- dinamica molecolare Ehrenfest (EMD);
- estrapolazione PS di funzione d'onda iniziale;
- integratore ASPC (Always Stable Predictor-Corrector) reversibile nel
tempo;
- dinamica molecolare approssimata Car-Parinello stile Langevin
Born-Oppenheimer (dinamica molecolare Car-Parrinello di seconda
generazione, SGCP).
Simulazioni miste quantistiche/classiche (QM/MM):
- approccio multigriglia in spazio reale per la valutazione delle
interazioni di Coulomb tra la parte QM e quella MM;
- trattamento con accoppiamento elettrostatico con scalamento lineare
delle condizioni periodiche al contorno;
- QM/MM adattivo.
Ulteriori funzionalità includono:
- calcoli di energie di singolo punto, ottimizzazioni geometriche e
frequenze;
- svariati algoritmi per NEB (Nudged-Elastic Band) (B-NEB, IT-NEB,
CI-NEB, D-NEB) per calcoli del percorso a energia minima (MEP);
- ottimizzazione globale delle geometrie;
- solvatazione con il modello SCCS (Solvation via the Self-Consistent
Continuum);
- calcoli semi-empirici incluse le parametrizzazioni AM1, RM1, PM3, MNDO,
MNDO-d, PNNL e PM6, DFTB (Density-Functional Tight-Binding) e SCP-TB
(Self-Consistent Polarization Tight-Binding) con o senza condizioni
periodiche al contorno;
- simulazioni di dinamica molecolare (MD) classica in insiemi
microcanonici (NVE) o insiemi canonici (NVT) con campionamento
Nose-Hover e canonico attraverso termostati a riscalamento di velocità
(CSVR);
- metadinamiche inclusa la metadinamica ben-temperata per calcoli
dell'energia libera;
- simulazioni classiche del campo di forza (MM);
- simulazioni KS-DFT Monte-Carlo (MC);
- proprietà statiche (es. spettri) e dinamiche (es. diffusione);
- codice ATOM per generazione di pseudopotenziali;
- ottimizzazione integrata dell'insieme di base molecolare.
CP2K non implementa la dinamica molecolare convenzionale di Car-Parrinello
(CPMD).
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cpptraj
analisi veloce e parallela di dati di traiettorie di dinamica molecolare
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Versions of package cpptraj |
Release | Version | Architectures |
sid | 5.1.0+dfsg-3 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
upstream | 6.4.4 |
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License: DFSG free
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CPPTRAJ è un programma progettato per elaborare e analizzare traiettorie di
dinamica molecolare e relativi insiemi di dati derivati dalla loro analisi.
CPPTRAJ supporta molti popolari pacchetti di software per dinamica
molecolare inclusi Amber, CHARMM, Gromacs e NAMD.
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gromacs
simulatore di dinamica molecolare, con strumenti di costruzione e di analisi
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Versions of package gromacs |
Release | Version | Architectures |
bullseye | 2020.6-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
jessie | 5.0.2-1 | amd64,armel,armhf,i386 |
stretch | 2016.1-2 | amd64,arm64,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 2019.1-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
sid | 2024.1-1 | amd64,arm64,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
bookworm | 2022.5-2 | amd64,arm64,mips64el,ppc64el,s390x |
trixie | 2024.1-1 | amd64,arm64,mips64el,ppc64el,s390x |
Debtags of package gromacs: |
field | biology, biology:structural, chemistry |
interface | commandline, x11 |
role | program |
uitoolkit | xlib |
x11 | application |
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License: DFSG free
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GROMACS è un pacchetto versatile per l'esecuzione di dinamiche molecolari,
ovvero simulazioni delle equazioni newtoniane del moto per sistemi con un
numero di particelle tra le centinaia e i milioni.
Progettato principalmente per biomolecole come proteine e lipidi con molte
complesse interazioni di legame, GROMACS, essendo estremamente veloce nei
calcoli per le interazioni di non-legame (che solitamente dominano le
simulazioni) è anche utilizzato da molti gruppi per ricerche su sistemi
non biologici, come ad esempio polimeri.
Il pacchetto contiene varianti sia per l'esecuzione su una macchina singola
sia per l'uso dell'interfaccia MPI su più macchine.
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lammps
simulatore di dinamiche molecolari
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Versions of package lammps |
Release | Version | Architectures |
sid | 20240207+dfsg-1.1 | amd64,arm64,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
stretch | 0~20161109.git9806da6-7 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
stretch-backports | 0~20181211.gitad1b1897d+dfsg1-1~bpo9+1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 0~20181211.gitad1b1897d+dfsg1-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster-backports | 20191120+dfsg1-2~bpo10+1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bullseye | 20210122~gita77bb+ds1-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bookworm | 20220106.git7586adbb6a+ds1-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
trixie | 20240207+dfsg-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,s390x |
sid | 20240207+dfsg-1 | armel,armhf |
experimental | 20240207+dfsg-1.1~exp1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
jessie | 0~20140523.gite5e877d-1 | amd64,armel,armhf,i386 |
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License: DFSG free
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LAMMPS è il classico codice per dinamica molecolare e un acronimo per
Large-scale Atomic/Molecular Massively Parallel Simulator (simulatore
atomico/molecolare su grande scala massicciamente parallelo).
LAMMPS ha i potenziali per materiali flessibili (biomolecole, polimeri) e
materiali a stato solido (metalli, semiconduttori) e sistemi mesoscopici o
a grana grossa. Può essere usato per modellare atomi o, più genericamente,
come simulatore parallelo di particelle a scala atomica, meso o continua.
LAMMPS funziona su processori singoli o in parallelo usando tecniche di
passaggio di messaggi e decomposizione spaziale del dominio di simulazione.
Il codice è progettato per essere facile da modificare o estendere con
nuove funzionalità.
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nwchem
software per chimica computazionale ad alte prestazioni (MPI predefinito)
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Versions of package nwchem |
Release | Version | Architectures |
trixie | 7.2.2-1 | all |
sid | 7.2.2-1 | all |
bullseye | 7.0.2-1 | amd64,arm64,armhf,i386,mips64el,ppc64el,s390x |
jessie | 6.5+r26243-4 | amd64,armel,armhf,i386 |
buster | 6.8.1-5 | amd64,arm64,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bookworm | 7.0.2-4 | all |
Debtags of package nwchem: |
field | chemistry |
role | program |
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License: DFSG free
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NWCHem è un programma per chimica computazionale. Fornisce metodi che sono
scalabili sia nella loro capacità di trattare efficacemente vasti problemi
di chimica computazionale, sia nell'uso di risorse per elaborazione in
parallelo disponibili, dai supercomputer paralleli ad altissime prestazioni
ai classici cluster di workstation.
NWChem può gestire:
- Tecniche che coinvolgono la struttura elettronica molecolare usando
funzioni di tipo gaussiano per calcoli di molecole con alta precisione
- Tecniche che coinvolgono la struttura elettronica ad onde piane di
pseudopotenziale per il calcolo di molecole, liquidi, cristalli,
superfici, semiconduttori o metalli
- Simulazioni di dinamica molecolare classica ed ab-initio
- Simulazioni con tecniche miste di chimica quantistica e classica
- Scalabilità parallela fino a migliaia di processori
Funzionalità incluse:
- Metodi che coinvolgono la struttura elettronica molecolare con
derivate analitiche al second'ordine:
- Hartree-Fock ristretta o non ristretta (RHF, UHF)
- Teoria del funzionale densità (DFT) ristretta usando numerosi
potenziali di correlazione di scambio, locali, non-locali
(corretto con il gradiente) e ibridi (locali, non-locali e HF)
- Metodi che coinvolgono la struttura elettronica molecolare con
gradienti analitici:
- Hartree-Fock ristretta a shell aperta (ROHF)
- Teoria del funzionale densità (DFT) non ristretta
- Teoria perturbativa di Moeller-Plesset al secondo ordine (MP2), usando
come riferimento RHF e UHF
- MP2 con approssimazione della risoluzione di integrale identità
(RI-MP2)
- Spazio attivo completo SCF (CASSCF)
- Teoria del funzionale densità dipendente dal tempo (TDDFT)
- Metodi che coinvolgono la struttura elettronica molecolare, energia
di singolo punto:
- MP2 con approccio scalato alla componente spin (SCS-MP2)
- Metodi Coupled Cluster con singole, doppie o triple eccitazioni, o
triple eccitazioni perturbative (CCSD, CCSDT, CCSD(T)), usando come
riferimento RHF e UHF
- Interazione di configurazione (CISD, CISDT e CISDTQ)
- Metodo Coupled Cluster con singole o doppie eccitazioni approssimato
al secondo ordine (CC2)
- Ulteriori caratteristiche delle strutture elettroniche molecolari:
- Ottimizzazione della geometria incluse rilevazioni di stati di
transizione, vincoli e percorsi di minima energia
- Frequenze di vibrazione
- Equazioni del moto (EOM)-CCSD, EOM-CCSDT, EOM-CCSD(T), CC2,
Interazione di configurazione singola (CIS), HF (TDHF) e TDDFT
dipendenti dal tempo, per stati eccitati con riferimenti RHF, UHF,
RDFT o UDFT
- Solvatazione usando il modello di analisi di tipo conduttore
(COSMO) per RHF, ROHF e DFT
- Calcoli ibridi usando il modello ONIOM a due e tre strati
- Effetti relativistici attraverso le approssimazioni tipo Douglas-Kroll
ad un elettrone senza spin o con accoppiamento spin-orbita e
approssimazione regolare all'ordine zero (ZORA); effetti di
accoppiamento spin-orbita ad un elettrone per DFT con potenziali
spin-orbita
- Struttura elettronica con onda piana a pseudopotenziale:
- Onda piana a pseudopotenziale (PSPW), Projector Augmented Wave (PAW) o
metodi di struttura delle bande per calcolo di molecole, liquidi,
cristalli, superfici, semiconduttori o metalli
- Ottimizzazione di geometria o celle unitarie incluse rilevazioni di
stati di transizione
- Frequenze di vibrazione
- Potenziali di correlazione-scambio di tipo LDA, PBE96 e PBE0
(ristretti o non ristretti)
- Funzionali SIC, pert-OEP, Hartree-Fock e ibridi (ristretti o
non ristretti)
- Pseudopotenziali a conservazione di norma con correzione di semicore
di tipo Hamann, Troullier-Martins e Hartwigsen-Goedecker-Hutter
- Grafici per funzioni d'onda, densità, elettrostatica e di Wannier
- Generazione della struttura a bande e della densità di stato
- Dinamica molecolare ab-initio Car-Parrinello (CPMD):
- Dinamica ad energia e temperatura costante
- Integrazione con algoritmo di Verlet
- Vincoli geometrici in coordinate cartesiane
- Dinamica molecolare classica (MD):
- Valutazione dell'energia di singola configurazione
- Minimizzazione dell'energia
- Simulazioni di dinamica molecolare
- Simulazione di energia libera (metodi di termodinamica perturbativa a
multistep (MSTP) o integrazione termodinamica a molte configurazioni
(MCTI) con opzioni di singola o doppia topologia, campionamento a
doppia larghezza, scalatura con spostamento e separazione)
- Campi di forze con potenziale efficace di coppia, polarizzazione al
primo ordine, polarizzazione autocoerente, maglia Ewald di particella
omogenea (SPME), condizioni periodiche al contorno e vincoli di tipo
SHAKE
- Mix quantistico classico:
- Minimizzazioni miste con meccanica quantistica e meccanica molecolare
(QM/MM) e simulazioni di dinamica molecolare
- Simulazione di dinamiche molecolari quantistiche utilizzando qualsiasi
metodo di meccanica quantistica in grado di restituire gradienti.
Il pacchetto fornisce script di input d'esempio e dipende da nwchem
compilato per l'implementazione MPI predefinita per l'architettura.
L'MPI predefinito è openmpi per la maggior parte dei sistemi Debian.
OpenMPI ha problemi noti con l'esecuzione di nwchem su nodi multipli. Se
si ha la necessità di calcolare grandi molecole usando il calcolo in
cluster, si può voler usare invece la versione MPICH fornita da
nwchem-mpich.
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python3-parmed
parameter and topology file editor and molecular mechanical simulator
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Versions of package python3-parmed |
Release | Version | Architectures |
bookworm | 3.4.3+dfsg-1 | amd64,arm64,ppc64el |
trixie | 4.2.2+dfsg-3 | amd64,arm64,ppc64el |
sid | 4.2.2+dfsg-3 | amd64,arm64,ppc64el |
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License: DFSG free
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ParmEd is a package designed to facilitate creating and easily manipulating
molecular systems that are fully described by a common classical force field.
Supported force fields include Amber, CHARMM, AMOEBA, and several others that
share a similar functional form (e.g., GROMOS).
ParmEd is capable of reading and writing to a wide array of different file
formats, like the Amber topology and coordinate files, CHARMM PSF, parameter,
topology, and coordinate files, Tinker parameter, topology, and coordinate
files, and many others. The expressive central data structure (the 'Structure'
class) makes it easy to quickly and safely manipulate a chemical system, its
underlying topology, and force field parameters describing its potential energy
function.
There are two parts of ParmEd -- a documented API that one can incorporate into
their own Python scripts and programs, and a GUI/CLI pair of programs that
provides a means to quickly perform various modifications to chemical systems
for rapid prototyping.
The API also provides bindings to the OpenMM library, permitting one to carry
out full molecular dynamics investigations using ParmEd on high-performant
hardware, like AMD and NVidia GPUs.
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python3-prody
pacchetto Python per analisi di dinamica di proteine
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Versions of package python3-prody |
Release | Version | Architectures |
bookworm | 2.3.1+dfsg-3 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el |
sid | 2.4.1+dfsg-2 | amd64,arm64,armel,armhf,mips64el,ppc64el,riscv64 |
sid | 2.3.1+dfsg-3 | i386 |
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License: DFSG free
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ProDy è un pacchetto Python libero e open source per analisi di struttura,
dinamica e sequenze di proteine. Permette l'analisi comparativa e la
modellazione di dinamiche strutturali e co-evoluzione di sequenze di
proteine. L'API veloce e flessibile di ProDy è per l'uso interattivo e per
lo sviluppo di applicazioni. ProDy viene fornito anche con diverse
applicazioni di analisi e un'interfaccia utente grafica per l'analisi
visuale.
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votca
analisi di dinamiche molecolari - grana grossa e trasporto di carica
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Versions of package votca |
Release | Version | Architectures |
bookworm | 2022.1-1 | amd64,arm64,mips64el,ppc64el,s390x |
sid | 2024-2 | amd64,arm64,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
trixie | 2023-1 | amd64,arm64,mips64el,ppc64el,s390x |
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License: DFSG free
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VOTCA (Versatile Object-Oriented Toolkit for Coarse-Graining Applications)
è un pacchetto di modellazione per l'analisi di dati di dinamiche
molecolari, lo sviluppo di tecniche sistematiche a grana grossa e metodi
usati per simulare il trasporto di cariche microscopiche in semiconduttori
disordinati.
Numerosi pacchetti per dinamica molecolare, inclusi GROMACS, ESPREesSo e
LAMPPS, ma non solo, possono essere usati insieme a VOTCA.
Questo pacchetto contiene programmi utente per il toolkit a grana grossa
(CSG) e il toolkit di trasporto di eccitazione (XTP).
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Packaging has started and developers might try the packaging code in VCS
dl-poly-classic
General purpose molecular dynamics simulation package
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Versions of package dl-poly-classic |
Release | Version | Architectures |
VCS | 1.10+dfsg-1 | all |
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License: BSD-3-Clause
Debian package not available
Version: 1.10+dfsg-1
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DL_POLY Classic is a general purpose (parallel and serial) molecular
dynamics simulation package.
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